Genetic analysis for six wild and selection populations of common carp (Cyprinus carpio) using microsatellites
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摘要: 利用12个微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)的4个野生群体 [清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤(C.carpio haematopterus)和黑龙江鲤(C.carpio amurensis)] 和2个选育群体 [福瑞鲤(C.carpio var. FFRC)和松浦镜鲤(C. carpio var. specularis 'Song-pu')] 共208尾个体进行遗传分析。结果显示，12个位点共检测到341个等位基因，平均等位基因数为28.67，其中1个位点(HLJ1127)检测到正向选择压力；选育群体的遗传多样性参数普遍低于野生群体，其中松浦镜鲤群体的各项参数均值最低(Na=6.82，Ho=0.54，PIC=0.50)，清水江鲤群体的各项参数均值最高(Na=21.25，Ho=0.80，PIC=0.91)；分子方差分析显示，整体遗传变异主要来自群体内，但群体间呈极显著遗传分化(P<0.01)；基于群体Nei's遗传距离的UPGMA聚类树和PCoA分析表明，鲤4个野生群体间遗传距离较近，而与2个人工选育群体间遗传距离较远；基于个体遗传结构及PCoA分析显示部分野生个体遗传结构比较混杂，而选育个体的遗传结构则相对单一。研究表明，中国鲤野生资源具有较高的遗传多态性，而人工选育群体维持着较纯的遗传种质。Abstract: We genotyped a total of 208 individuals of common carp (Cyprinus carpio) from four wild populations [Qingshuijiang (QSJ), Taihu (TH), C.carpio haematopterus (Huangheli, HHL) and C.carpio amurensis (Heilongjiang, HLJ)] and two selected strains [C.carpio var. FFRC (FRL) and C.carpio var. specularis 'Song-pu' (SPJ)] by using 12 microsatellite markers. Altogether 341 alleles were detected in 12 loci, with an average of 28.67 alleles per locus, and one locus (HLJ1127) was under strong selection pressure. Two selection strains showed lower genetic diversity parameters values than four wild populations. Strain SPJ showed the lowest genetic diversity parameters values (Na=6.82, Ho=0.54 and PIC=0.50), whereas Strain QSJ presented the highest parameters values (Na=21.25, Ho=0.80 and PIC=0.91). The analysis of molecular variance indicates that most of the genetic variance was within populations; however, significant genetic divergence among populations was detected (P<0.01). Similar results had been found by UPGMA dendrogram and PCoA plots using Nei's genetic distances among six populations. The wild populations had closer genetic distance and clustered together earlier, but were clearly separated from two selection strains. The PCoA plots and genetic structure analysis reveal the distinct genetic structure of individuals from selection individuals and partial complexity genetic structure of wild individuals. In brief, wild C.carpio populations in China have high genetic diversity and good genetic purity in their selection strains.
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Keywords:
- Cyprinus carpio /
- population /
- selection /
- microsatellite /
- genetic diversity
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东北雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)亦称瓦氏雅罗鱼，隶属鲤形目、鲤科、雅罗鱼亚科的雅罗鱼属，主要分布于中国东北的黑龙江和辽河流域各水系及黄河下游、滦河等。在内蒙古除额济纳河水系以外的海拉河、岱海、达里湖、呼伦湖、乌梁素海等各大水域均有分布，是内蒙古地区的重要小型经济鱼类。内蒙古地区野生东北雅罗鱼是在该地区不同水系中经过长期自然选择而形成的适合当地恶劣的环境条件的“土著”鱼类，该物种对当地的生态环境具有极强的适应性，保持着耐低温、耐盐碱、适应性强的特点，具有一定的种群特异性。尤其是生活在内蒙古达里湖的东北雅罗鱼，可耐受碱度53.57 mmol·L-1、pH高达9.69的恶劣水域条件[1]。内蒙古各大中水面盐碱度高，东北雅罗鱼是开发和利用这些水体资源非常合适的品种，具有较大的开发和推广价值。20世纪80年代以前东北雅罗鱼在内蒙古各大中水面分布很广，90年代后由于水域生态环境的变化及过度捕捞，种群数量逐年减少，个体规格也在逐年减小，种质资源逐渐衰退，甚至在内蒙古的一些水面相继消失。
动物线粒体DNA的进化速度快，具有高度多态且无组织特异性，已被广泛应用于动物种群的进化研究和遗传多样性分析中[2]。其中D-loop区是线粒体中变异最大、进化最快的区域，具有较高的突变积累，比较适用于种内、种群或个体间遗传多样性的研究[3]。许多学者运用线粒体控制区技术研究了鱼类[4-6]、贝类[7]、虾类[8]、蟹类[9]、鳖[10]等种内或种群间的遗传结构和遗传分化。有关东北雅罗鱼的分子遗传的研究报道较少，刘金亮等[11-12]和池炳杰等[13]分别进行了东北雅罗鱼微卫星分子标记的筛选和瓦氏雅罗鱼(L.waleckii)达里湖群体和乌苏里江群体的遗传多样性和遗传结构分析，但对东北雅罗鱼的线粒体DNA遗传的研究还未见报道。文章对内蒙古地区东北雅罗鱼的线粒体DNA控制区的序列进行了测定，初步研究了达里湖和岗更湖东北雅罗鱼群体的遗传多样性和遗传分化，为该鱼的种质资源保护及选育积累相关材料，也为丰富中国淡水渔业资源提供参考资料。
1. 材料与方法
1.1 材料
试验所用东北雅罗鱼60尾，其中取自于内蒙古达里湖30例，岗更湖30例，另外的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)9例, 来自于呼和浩特东瓦窑农贸市场；取鱼肌肉, 于95%的乙醇－20 ℃保存备用。
1.2 试验方法
1.2.1 基因组DNA的提取和鉴定
将95%乙醇保存的标本取出，置于无菌蒸馏水中浸泡3 h以上，去除干净乙醇；用组织匀浆仪将组织打碎，取约100 μg匀浆后的组织，采用promega Wizard Genomic DNA Purification Kit试剂盒提取基因组DNA。提取的基因组DNA用微量紫外分光光度计测量260 nm和280 nm的吸光度以及DNA的质量浓度。0.8%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量和纯度。
1.2.2 引物设计
根据黄志坚等[14-15]方法设计扩增D-loop区域的兼并引物，序列如下：
MitDl-F：CACCCYTRRCTCCCAAAGCYA；
MitDl-R：GGTGCGGRKACTTGCATGTRTAA
1.2.3 PCR扩增和序列测定
基因扩增使用Takara Premix PrimeSTAR HS，反应总体积50 μL包括：PCR Premix 25 μL，上下游引物各2 μL，模板1 μL，补足灭菌水至50 μL。PCR反应条件如下：95 ℃预变性5 min，然后重复25个循环包括95 ℃变性30 s，56 ℃退火30 s，72 ℃延伸1 min 20 s，最后72℃延伸7 min。产物用8%琼脂糖凝胶电泳，凝胶成像仪下将扩增良好的条带进行切胶回收，用天根DP209-03柱式胶回收试剂盒纯化PCR产物。纯化后的PCR产物送至吉美公司进行测序。
1.2.4 数据处理
测定的DNA序列进行人工校正，采用DNAMAN (V 5.2.2)软件进行个体和各鱼群间的序列比对，分析基因序列的核苷酸碱基的组成、位点变异；用MEGA (V 5.1)软件进行系统进化树、遗传距离、GC含量等分析。利用DANsp V5软件分析基因多态性及单倍型。
2. 结果与分析
2.1 扩增结果
根据引物的位置，计算出不同基因片段PCR产物的长度。对2个湖东北雅罗鱼群体的60尾鱼线粒体D-loop基因进行了序列测定，得到的D-loop基因约1 kb的基因序列，扩增的部分结果见图 1。
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图 1 D-loop基因PCR扩增结果M.marker; D.达里湖的样品；G.岗更湖的样品Figure 1. PCR amplified products of D-loop geneM.marker; D. samples in Dali Lake; G. samples in Ganggeng Lake2.2 D-loop基因序列特征分析
2.2.1 GC含量
1 kb左右的mtDNA D-loop PCR扩增产物的测序结果经过校对和拼接后，同源排序得到60尾鱼896 bp的同源基因序列。用DNAMAN、MEGA分析同源序列，得到2个群体鱼同源基因片段中A、T、C和G碱基的平均含量是，达里湖鱼群为32.0%，32.2%，21.3%和14.5%；岗更湖为32.0%，32.2%，21.4%和14.5%；A+T平均含量为64.2%，G+C平均含量为35.8%。说明东北雅罗鱼D-loop区富含A+T碱基，并且达里湖和岗更湖群体D-loop基因CG含量相当，未见明显差异。
2.2.2 变异
在所分析两湖鱼群的D-loop基因896个位点中存在可变位点33个，其余位点较为保守；达里湖30条鱼D-loop基因含有多态性位点/突变位点21个，11个单倍型；岗更湖30条鱼D-loop基因含有多态性位点/突变体位点31，17个单倍型。说明岗更湖群体D-loop基因多样性高于达里湖。
2.3 遗传分化
2.3.1 系统进化
系统进化分析显示草鱼D-loop基因单独形成一个分支；而岗更湖和达里湖鱼群D-loop基因同处在一个大的进化分支上，该大分支又分为2个亚分支，基因Ⅰ群和Ⅱ群；达里湖和岗更湖两群体的D-loop基因没有以湖为单位独立形成自己的进化分支；基因Ⅰ群和基因Ⅱ群中，分别含有两湖鱼群的基因。基因进化树见图 2。
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图 2 D-loop序列UPGMA系统树进化树上名称含义举例说明如下：C7.第7号草鱼的样品；D2.达里湖第2号鱼的样品；G11.岗更湖第11号鱼的样品Figure 2. UPGMA phylogenetic tree based on D-loop sequencesThe codes in the UPGMA phylogenetic tree are illustrated as follows: C7. No.7 grass carp samples; D2. No.2 fish samples in Lake; G11. No.11 fish samples in Ganggeng Lake两湖样品中的G7、G8、G9、G12、G13、G21、G25、G31、D2、D4、D5、D6、D7、D11、D13、D14、D15、D17和D29的D-loop基因核苷酸同源性明显高于其他样品基因，对比进化树分析结果显示，此19份样品同处于基因Ⅰ群。进一步确定了此19份样品进化地位的相似性；不同湖鱼群D-loop基因存在相同的进化规律。
2.3.2 遗传距离
遗传距离计算结果见表 1，岗更湖和达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 0；达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.003 6；岗更湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 4；草鱼群之间的平均遗传距离为0.003 6。说明岗更湖群体D-loop基因的平均遗传距离大于达里湖鱼，前者鱼群D-loop基因进化速度大于后者。每尾鱼之间的两两遗传距离，与系统进化树显示结果基本一致。
表 1 达里湖和岗埂湖东北雅罗鱼群体之间的遗传距离Table 1. Genetic distance between L.waleckii Dybowski stocks in Dali Lake and Ganggeng Lake草鱼
C.idellus达里湖东北雅罗鱼
L.waleckiiin Dali Lake岗更湖东北雅罗鱼
L.waleckii in Ganggeng Lake草鱼C.idellus 0.003 6 0.393 0 0.395 0 达里湖东北雅罗鱼L.waleckii in Dali Lake 0.393 0 0.003 6 0.007 0 岗更湖东北雅罗鱼L.waleckii in Ganggeng Lake 0.395 0 0.007 0 0.007 4 3. 讨论
3.1 东北雅罗鱼mtDNA D-loop序列
生物的遗传形状决定于碱基组成和排列顺序，每一种生物都有稳定的DNA碱基组成及排列。在不同的物种中A+T/ C+G含量不同。笔者对2个湖东北雅罗鱼群体的60尾鱼线粒体D-loop基因进行了序列测定，扩增产物的测序结果经过校对和拼接后，同源排序得到896 bp的同源基因序列。其中D-loop区中的A+T碱基含量超过了一半，占全序列的64.2%；C+G含量为35.8%；A+T的含量高于C+G的含量，这与其他鱼类mtDNA D-loop区中A和T的含量丰富相一致[16-17]，与其他脊椎动物中mtDNA碱基的A+T的含量高于C+G含量的组成特点也相符合[18-19]。
3.2 东北雅罗鱼的多样性
从目前所能利用的鱼类mtDNA数据分析表明，鱼类mtDNA变异的主要特征是以碱基替换为主，插入和缺失较少，序列进化速率较核DNA快5~10倍，几乎无重组现象。在种内或种间控制区进化速率最快，具有较高的突变积累而形成多态性，是进行种内、种群或个体间遗传多样性研究的理想材料，其分子标记能够有效地检测到传统形态学所无法辨别的种群水平的分化[20]。笔者研究发现，达里湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变位点21个，11个单倍型；岗更湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变体位点31个，17个单倍型。说明岗更湖群体D-loop基因多样性高于达里湖，这可能与其生活的水环境有关。岗更湖是典型的淡水湖，水体中食料丰富，湖区周围水草繁茂，产卵条件较好；达里湖属高原内陆湖，为封闭式苏达型半咸水湖，酸碱度为9.4~9.6，其盐碱度极高且呈逐年增长趋势，生态环境不断恶化，水体食物越来越少等因素导致遗传多样性低的特点。另外，达里湖雅罗鱼市场需求量大，每年捕捞量约500 t, 长期捕捞强度不断加大，渔业资源不断下降减少[21]、分布范围限制、繁殖群体的数量减少而导致的近交衰退可能是造成岗更湖群体比达里湖群体的遗传多样性更为丰富的原因之一。池炳杰等[13]采用微卫星标记分别对达里湖和乌苏里江野生瓦氏雅罗鱼个体进行STR-PCR研究得出的结果与笔者研究相似，即淡水环境群体(乌苏里江)比高盐碱水环境群体(达里湖)的遗传多样性更为丰富。
3.3 遗传分化
达里湖和岗更湖群体D-loop基因的进化没有因为不同水域而独立进化，2个湖群体D-loop基因在同时进化，且进化方向类似，同时存在基因Ⅰ群和基因Ⅱ群；在2个群体60尾样品中，岗更湖8尾，达里湖11尾同处于基因Ⅰ群，说明达里湖和岗更湖群体D-loop基因存在相同的进化规律。究其原因可能是2个湖群地理位置相似，相似的环境(温度、湿度、气压等)促进了鱼群向相似方向进化。遗传距离既能反映一个群体内的遗传多样性，也可以反映不同群体间的遗传组成分化程度。SHAKLEE等[22]报道鱼类在属、种和种群几级水平上的遗传距离D值的分类判据分别为0.90、0.30和0.05。该研究中东北雅罗鱼2个自然种群间的遗传距离为0.007 0，说明其自然种群间的遗传分化远未达到种群的分化标准，其原因可能是它们分布于同一地区相近湖泊，历史上遇到特大暴雨，水位上涨两湖有时会相连，可能会发生基因交流。2个群体间的遗传距离均未达到种群水平上的分类标准，因此可认为达里湖和岗更湖2个地理群体的东北雅罗鱼属于同一个种群。虽然达里湖和岗更湖鱼群的进化方向类似，但岗更湖群体D-loop基因的平均遗传距离大于达里湖群体，前者群体D-loop基因进化速度可能大于后者。
3.4 内蒙古地区东北雅罗鱼群体多样性保护和合理利用
内蒙古地处边远地区，有着丰富的生物多样性，同时各个物种又有丰富的遗传多样性。遗传多样性是物种或种群长期进化的产物，也是生物多样性的基础，且影响其生存适应和发展进化。一个种群的遗传多样性越高，对栖息环境的生存能力和环境变迁的适应能力就越强，种群延续发展就越容易；遗传多样性低，对环境的适应能力就弱，在自然界进化过程中被淘汰的可能性就越大。据报道，东北雅罗鱼体内含有多醣粘蛋白质，能促进细胞发育和提高机体免疫力，对代谢性疾病和身体虚弱有较好的疗效，且营养价值高，所以市场需求量大。特别是近几年，对东北雅罗鱼的需求急剧增加导致了持续过度捕捞，使得内蒙古地区野生瓦氏雅罗鱼的群体数量日益下降，资源严重衰退，出现个体小型化、低龄化，渔获量大幅度下降，种质资源受到严重的威胁。该研究显示岗更湖东北雅罗鱼多样性高于达里湖，可采取每年将一定数量的岗更湖东北雅罗鱼放流到达里湖；在繁殖季节建立休渔期制度，保护产卵场；确定捕捞规格，限制捕捞量；逐步提高达里湖东北雅罗鱼群体的遗传多样性。另外，应开展对内蒙古东北雅罗鱼不同地理群体遗传多样性的研究，为该鱼种质资源的保护与利用尽可能多地积累基础数据。
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图 1 鲤微卫星位点的毛细电泳分型结果图
Figure 1. Genotyping results of C.carpio microsatellites using capillary electrophoresis
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图 2 鲤群体中选择压力位点分析结果
Figure 2. Detection of loci under selection in populations of C.carpio
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图 3 鲤群体基于Nei's遗传距离构建的UPGMA聚类图
Figure 3. UPGMA dendrogram based on Nei's genetic distance among C.carpio populations
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图 4 鲤群体基于Nei's遗传距离的主坐标分析
Figure 4. Principal coordinates analysis results based on Nei's genetic distance among C.Carpio populations
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图 5 鲤个体基于遗传距离的主坐标分析
Figure 5. Principal coordinate analysis based on genetic distance among C.Carpio individuals
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图 6 基于不同K值假设的似然对数值(a)和δK计算结果(b)
Figure 6. Likelihood logarithmic value (a) and δK (b) calculated based on different K values
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图 7 在K=4假设下鲤6个群体中个体的遗传结构图
Figure 7. Genetic structure of individuals from six populations of C.carpio (K=4)
表 1 鲤6个群体样本采集信息
Table 1 Sample information of six populations of C.carpio
群体
population群体来源
source经纬度
longitude, latitude样本数
number of sample清水江鲤 QSJ 贵州凯里 107.97°E，26.58°N 35 太湖鲤 TH 江苏无锡 120.29°E，31.59°N 36 黄河鲤 HHL 河南郑州 114.08°E，32.13°N 30 黑龙江鲤 HLJ 黑龙江抚远 134.28°E，48.37°N 23 福瑞鲤 FRL 淡水渔业研究中心 119.82°E，31.36°N 36 松浦镜鲤 SPJ 黑龙江水产研究所 126.63°E，45.75°N 48 
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表 2 鲤群体遗传研究所用12个微卫星位点的基本信息
Table 2 Basic information of 12 microsatellite loci used in genetic analysis for C.carpio populations
位点
locus重复单元
repeat unit荧光修饰
fluorescent dye引物序列 (5'–3')
primer sequence产物大小/bp
size range退火温度/℃
annealing temperatureKoi53 CA 6-FAM AGGTCACTGAAACAATACA 167~209 55 CTGATGCTTCTGGATAAA Koi87 GT HEX ATGCTTTTTTTCTCGGATTC 284~330 55 GCAAATCAGTCAAACATCAC Koi95 CA HEX TGTATTGCTTATTGTTAGTT 157~223 46 AGTCTGTCTGTTTCCGTCTT Koi113 CA 6-FAM CACTTTGCCATTTTCCTATC 119~201 55 TTCATTCGCTCTTTTTTTAT Koi115 GT HEX GAGGAAATGATGGAATAAAT 232~292 55 TAAGAGGGTTTTGTAGTGTA MFW18 CA 6-FAM GTCCCTGGTAGTGAGTGAGT 131~219 55 GCGTTGACTTGTTTTATACTAG MFW20 CA HEX CAGTGAGACGATTACCTTGG 162~264 55 GTGAGCAGCCCACATTGAAC HLJ307 AC 6-FAM ATCATTTGTATTCGTGCTTG 180~246 55 GATCCACTGGGTCCTTTT HLJ308 GT 6-FAM TGACAGGAAGAGCAGGAC 107~195 55 TCTCGAAGAACAGACACCC HLJ316 AC HEX TGCTAATCGGTGTTTCAT 173~249 55 TTCTGCTTCACAGCCATA HLJ322 AC 6-FAM GGGAGATGGGATGGATGA 183~261 55 GAGGGAGTATTTGTGAGTGTTG HLJ1127 AC HEX GTTACGTCTTTGCCCTGAGC 205~289 55 TGCCCTTCAATAAACGCTTC
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表 3 12个微卫星对6个鲤群体遗传多样性的检测结果
Table 3 Statistics for genetic variation at 12 microsatellite loci in six populations of C.carpio
位点
locus等位基因数
Na有效等位基因数
Ne观测杂合度
Ho期望杂合度
He多态信息含量
PIC哈-温平衡 HWE 野生群体
wild population选育群体
selected populationKoi53 18 5.86 0.48 0.83 0.81 NS ** Koi87 23 12.70 0.68 0.92 0.92 NS ** Koi95 28 13.85 0.69 0.93 0.92 NS ** Koi113 35 18.89 0.66 0.95 0.94 NS ** Koi115 23 7.68 0.48 0.87 0.86 NS ** MFW18 28 8.50 0.79 0.88 0.87 NS ** MFW20 35 18.89 0.75 0.95 0.95 NS ** HLJ307 30 14.99 0.85 0.94 0.93 NS ** HLJ308 30 8.83 0.83 0.89 0.88 NS NS HLJ316 28 7.08 0.73 0.86 0.85 NS ** HLJ322 32 9.42 0.87 0.89 0.89 NS ** HLJ1127 31 16.18 0.95 0.94 0.94 NS ** 平均 mean 28.67 11.88 0.73 0.91 0.90 – – 注：NS. 不显著(P>0.05)；**. 极显著偏离哈-温平衡(P<0.01) Note: NS. insignificant difference (P>0.05); **. very significant deviation from HWE (P<0.01)
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表 4 鲤6个群体遗传多样性参数
Table 4 Genetic diversity parameters of six populations of C.carpio
参数
index清水江鲤
QSJ太湖鲤
TH黄河鲤
HHL黑龙江鲤
HLJ福瑞鲤
FRL松浦镜鲤
SPJ等位基因数 Na 21.25 19.42 12.50 12.83 7.41 6.82 有效等位基因数 Ne 13.06 11.76 7.83 7.68 4.77 3.41 观测杂合度 Ho 0.80 0.78 0.79 0.83 0.73 0.54 期望杂合度 He 0.93 0.92 0.88 0.87 0.78 0.60 多态信息含量 PIC 0.91 0.90 0.85 0.84 0.73 0.50
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表 5 鲤群体基于微卫星标记的分子方差分析
Table 5 Analysis results of molecular variance of microsatellites in C.carpio populations
变异来源
source of variation平方和
sum of squares方差组分
variance component百分率/%
percentage of variation分化指数
fixation index不分组 ungrouped 群体间 among populations 218.48 0.62 12.19 FST=0.12** 群体内 within populations 1 691.64 4.45 87.81 总体 total 1 910.12 5.06 区分组 (选育和野生) grouped (selection and wild) 不同组间 among groups 78.86 0.21 4.04 FCT=0.04** 组内不同群体间 among populations within groups 139.62 0.50 9.63 FSC=0.10** 群体内 within populations 1 691.64 4.45 86.33 FST=0.14** 总体 total 1 910.12 5.15 注：**. 差异极显著(P<0.01)；后表同此 Note: **. very significant difference (P<0.01)；the same case in the following table.
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表 6 鲤群体间的遗传分化指数 (FST，对角线以上) 和Nei's遗传距离 (DA，对角线以下)
Table 6 Pair-wise FST (above diagonal) and Nei's genetic distance (below diagonal) among C.carpio populations
清水江鲤
QSJ太湖鲤
TH黄河鲤
HHL黑龙江鲤
HLJ福瑞鲤
FRL松浦镜鲤
SPJ清水江鲤 QSJ 0.018** 0.023** 0.032** 0.094** 0.185** 太湖鲤 TH 0.328 0.011** 0.027** 0.074** 0.182** 黄河鲤 HHL 0.595 0.533 0.035** 0.076** 0.211** 黑龙江鲤 HLJ 0.650 0.437 0.783 0.087** 0.193** 福瑞鲤 FRL 1.054 0.895 0.807 0.821 0.212** 松浦镜鲤 SPJ 0.901 0.966 1.183 1.105 1.152
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[1] HULAK M, KASPAR V, KOHLMANN K, et al. Microsatellite-based genetic diversity and differentiation of foreign common carp (Cyprinus carpio) strains farmed in the Czech Republic[J]. Aquaculture, 2010, 298(3/4): 194-201.
[2] REN W, HU L, GUO L, et al. Preservation of the genetic diversity of a local common carp in the agricultural heritage rice-fish system[J]. Proc Natl Acad Sci USA, 2018, 115(3): E546-E554.
[3] 董在杰, 刘念, 朱文彬, 等. 清水江鲤基于微卫星标记和形态指标的遗传分析[J]. 南方水产科学, 2018, 14(1): 1-8. [4] XIAO T, LU C, XU Y, et al. Screening of SSR markers associated with scale cover pattern and mapped to a genetic linkage map of common carp (Cyprinus carpio L.)[J]. J Appl Genet, 2015, 56(2): 261-269.
[5] 刘伟, 苏胜彦, 董在杰, 等. 3个鲤群体的微卫星标记与生长性状相关性分析[J]. 南方水产科学, 2012, 8(3): 17-24. [6] ZHENG X, KUANG Y, LV W, et al. Quantitative trait loci for morphometric traits in multiple families of common carp (Cyprinus carpio)[J]. Sci China Life Sci, 2017, 60(3): 287-297.
[7] 常玉梅, 孙效文, 梁利群. 中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析[J]. 水产学报, 2004, 28(5): 481-486. [8] 全迎春, 孙效文, 梁利群. 应用微卫星多态分析四个鲤鱼群体的遗传多样性[J]. 动物学研究, 2005, 26(6): 595-602. [9] XU L H, WANG C H, WANG J, et al. Selection pressures have driven population differentiation of domesticated and wild common carp (Cyprinus carpio L.)[J]. Genet Mol Res, 2012, 11(3): 3222-3235.
[10] LIAO X L, YU X M, TONG J O. Genetic diversity of common carp from two largest Chinese lakes and the Yangtze River revealed by microsatellite markers[J]. Hydrobiologia, 2006, 568(1): 445-453.
[11] LI D, KANG D, YIN Q, et al. Microsatellite DNA marker analysis of genetic diversity in wild common carp (Cyprinus carpio L.) populations[J]. J Genet Genom, 2007, 34(11): 984-993.
[12] 鲁翠云, 张晓丽, 顾颖, 等. 福瑞鲤与豫选黄河鲤选育群体的遗传结构及亲本间遗传距离分布[J]. 中国水产科学, 2016, 23(5): 1091-1098. [13] 桑滨, 鲁翠云, 李超, 等. 微卫星标记分析3个耐寒鲤品种的遗传多样性[J]. 生物学杂志, 2017, 34(3): 24-32,56. [14] 董在杰. 福瑞鲤选育技术和养殖对比试验[J]. 科学养鱼, 2011(6): 41-42. [15] 石连玉, 李池陶, 葛彦龙, 等. 黑龙江水产研究所鲤育种概要[J]. 水产学杂志, 2016, 29(3): 1-8. [16] 单云晶, 鲁翠云, 李超, 等. 基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究[J]. 中国水产科学, 2013, 20(5): 931-938. [17] 刘念, 傅建军, 董在杰, 等. 中国6个鲤群体的mtDNA D-loop序列遗传变异分析[J]. 水生态学杂志, 2017, 38(3): 75-82. [18] DAVID L, RAJASEKARAN P, FANG J, et al. Polymorphism in ornamental and common carp strains (Cyprinus carpio L.) as revealed by AFLP analysis and a new set of microsatellite markers[J]. Mol Genet Genom, 2001, 266(3): 353-362.
[19] CROOIJMANS R P M A, van der POEL J J, GROENEN M, et al. Microsatellite markers in common carp (Cyprinus carpio L.)[J]. Anim Genet, 1997, 28(2): 129-134.
[20] 孙效文, 贾智英, 魏东旺, 等. 磁珠富集法与小片段克隆法筛选鲤微卫星的比较研究[J]. 中国水产科学, 2005, 12(2): 126-132. [21] NEI M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals[J]. Genetics, 1978, 89(3): 583-590.
[22] KALINOWSKI S T, TAPER M L, MARSHALL T C. Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment[J]. Mol Ecol, 2007, 16(5): 1099-1106.
[23] FOLL M, GAGGIOTTI O. A genome-scan method to identify selected loci appropriate for both dominant and codominant markers: a Bayesian perspective[J]. Genetics, 2008, 180(2): 977-993.
[24] JEFFREY H. Some tests of significance, treated by the theory of probability[J]. Math Proc Cambridge Philos Soc, 1935, 31(2): 203-222.
[25] EXCOFFIER L, LISCHER H E. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows[J]. Mol Ecol Resour, 2010, 10(3): 564-567.
[26] TAMURA K, PETERSON D, PETERSON N, et al. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods[J]. Mol Biol Evol, 2011, 28(10): 2731-2739.
[27] PEAKALL R, SMOUSE P E. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research[J]. Mol Ecol Notes, 2006, 6(1): 288-295.
[28] PRITCHARD J K, STEPHENS M, DONNELLY P. Inference of population structure using multilocus genotype data[J]. Genetics, 2000, 155(2): 945-959.
[29] EVANNO G, REGNAUT S, GOUDET J. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study[J]. Mol Ecol, 2005, 14(8): 2611-2620.
[30] BALLOUX F, LUGON-MOULIN N. The estimation of population differentiation with microsatellite markers[J]. Mol Ecol, 2002, 11(2): 155-165.
[31] BOTSTEIN D, WHITE R L, SKOLNICK M, et al. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms[J]. Am J Hum Genet, 1980, 32(3): 314-331.
[32] 高雅, 李生斌. STR遗传多态性研究中样本数量对等位基因检出数量的影响[J]. 遗传, 2008, 30(3): 313-320. [33] 傅建军, 李家乐, 沈玉帮, 等. 草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析[J]. 遗传, 2013, 35(2): 192-201. [34] LIU F, XIA J H, BAI Z Y, et al. High genetic diversity and substantial population differentiation in grass carp (Ctenopharyngodon idella) revealed by microsatellite analysis[J]. Aquaculture, 2009, 297(1/2/3/4): 51-56.
[35] 朱冰, 樊佳佳, 白俊杰, 等. 金草鱼与中国4个草鱼群体的微卫星多态性比较分析[J]. 南方水产科学, 2017, 13(2): 51-58. [36] 刘青, 刘皓, 吴旭干, 等. 长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析[J]. 海洋与湖沼, 2015, 46(4): 958-968. [37] DANISH M, SINGH I J. Genetic diversity analysis of common carp (Cyprinus carpio var. communis) and Labeo rohita (Hamilton, 1822) collected from hatchery by using microsatellite markers[J]. Int J Chem Stud, 2017, 5(3): 513-518.
[38] SINGH E, SHARMA O P, JAIN H K, et al. Microsatellite based genetic diversity and differentiation of common carp, Cyprinus carpio in Rajasthan (India)[J]. Nat Acad Sci Lett, 2015, 38(3): 193-196.
[39] 古珍珍, 杨新鑫, 胡建尊, 等. 瓯江彩鲤酪氨酸酶(TYR)基因的选择压力分析[J]. 上海海洋大学学报, 2016, 25(3): 329-336. [40] LEHOCZKY I, MAGYARY I, HANCZ C, et al. Preliminary studies on the genetic variability of six Hungarian common carp strains using microsatellite DNA markers[J]. Hydrobiologia, 2005, 533(1/2/3): 223-228.
[41] 曲疆奇, 毕滢佳, 董在杰, 等. 应用SRAP标记分析福瑞鲤及其原始亲本的遗传结构[J]. 动物学杂志, 2011, 46(5): 120-125. [42] KOHLMANN K, KERSTEN P, FLAJSHANS M. Microsatellite-based genetic variability and differentiation of domesticated, wild and feral common carp (Cyprinus carpio L.) populations[J]. Aquaculture, 2005, 247(1/2/3/4): 253-266.
[43] 岳兴建, 邹远超, 王永明, 等. 元江鲤种群遗传多样性[J]. 生态学报, 2013, 33(13): 4068-4077. [44] 张倩倩, 陈杰, 蒋霞云, 等. 不同鳊鲂鱼类群体微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析[J]. 水产学报, 2014, 38(1): 15-22. [45] 杨慧荣, 欧阳徘徊, 李桂峰, 等. 用微卫星技术研究珠江流域三个野生大眼鳜群体的遗传多样性[J]. 中山大学学报(自然科学版), 2015, 54(1): 103-109. [46] 唐首杰, 毕详, 王成辉, 等. 团头鲂3个选育群体遗传潜力的微卫星分析[J]. 南方水产科学, 2017, 13(2): 59-68. [47] 唐首杰, 杨洁, 王成辉, 等. 驯养、选育条件下尼罗罗非鱼群体的选择压力分析[J]. 中国水产科学, 2016, 23(4): 900-913. -
期刊类型引用(21)
1. 朱文嘉，郭莹莹，李娜，姚琳，江艳华，王联珠. 我国水产品加工标准体系的构建. 食品安全质量检测学报. 2025(01): 67-73 . 
百度学术
2. 张园园，亢庄庄，刘畅，张国栋，肖付刚. 不同腌制方式对预制白条鱼肉品质的影响. 肉类研究. 2024(11): 23-27 . 百度学术
3. 栾傲男，王传洋，KEVIN Li，俞健，王发祥，刘永乐，李向红，李彦. 干制工艺对鲢鱼品质及晚期糖化终末产物含量的影响. 食品与机械. 2022(07): 13-20 . 百度学术
4. 杨文鹤，刘策，韩乃瑄，张沛. 肉类腌制工艺安全性的研究进展. 肉类工业. 2022(11): 39-45 . 百度学术
5. 黄卉，魏涯，李来好，杨贤庆，岑剑伟，潘创，郝淑贤. 季节变化对杂交鲟鱼肉营养成分的影响. 食品工业科技. 2021(07): 360-365 . 百度学术
6. 吴燕燕，陶文斌，赵娜，陈茜，暴伊芮，赵永强，王悦齐. 两种低钠咸味剂腌制大黄鱼片的贮藏品质比较. 食品工业科技. 2021(10): 295-302 . 百度学术
7. 张进伟，胡晓，陈胜军，吴燕燕，王悦齐，潘创，黄卉. 腌制方式对卵形鲳鲹理化指标及其挥发性风味成分的影响. 水产学报. 2021(07): 1066-1079 . 百度学术
8. 岑剑伟，郝淑贤，魏涯，李来好，杨贤庆，赵永强，黄卉，邓建朝. 不同来源鲑科鱼肌肉营养组成比较. 南方农业学报. 2020(01): 176-182 . 百度学术
9. 朱士臣，储雨姗，柯志刚，顾赛麒，吕飞，丁玉庭，周绪霞. 腌腊鱼贮藏过程品质变化及其多维度控制技术研究进展. 食品与发酵工业. 2020(10): 284-289 . 百度学术
10. 任章睿，熊善柏，胡杨，尹涛，李金玲，安玥琦. 真空浸渍处理对调理草鱼片品质的影响. 食品安全质量检测学报. 2020(12): 3831-3839 . 百度学术
11. 高凯日，林琳，陆剑锋，姜绍通. 不同腌制处理对草鱼肉理化性质的影响. 食品研究与开发. 2020(18): 21-28 . 百度学术
12. 常娅妮，马俪珍，杨梅，聂香香，闫海云，李玲. 开背调味鱼不同储藏温度下的品质变化. 保鲜与加工. 2020(05): 60-66 . 百度学术
13. 王浩明，郑海波，李景军，李先保，何语静，祝瑛泽. 酱卤肉制品关键加工技术研究进展. 肉类研究. 2020(08): 102-107 . 百度学术
14. 孙申宇，黄卉，魏涯，李来好，杨贤庆，郝淑贤，岑剑伟，赵永强，陈胜军，林织. 罗非鱼红色肉在冷藏期间的肉色稳定性. 食品与发酵工业. 2020(18): 33-40 . 百度学术
15. 张芸，章蔚，汪兰，高琼，熊光权. 木糖醇部分替代食盐腌制对大口黑鲈鱼品质的影响. 食品工业. 2020(12): 82-86 . 百度学术
16. 吴燕燕，赵志霞，李来好，林婉玲，邓建朝，杨贤庆. 响应面法优化复合咸味剂腌制罗非鱼片的工艺. 水产学报. 2019(02): 532-546 . 百度学术
17. 吴燕燕，赵志霞，李来好，林婉玲，邓建朝，岑剑伟. 不同包装与贮藏条件对两种低盐腌制罗非鱼片的品质影响. 食品科学. 2019(09): 241-247 . 百度学术
18. 杨大俏，王锦旭，李来好，杨贤庆，马海霞，岑剑伟，王悦齐. 响应面法优化褶牡蛎多糖多肽联产工艺. 食品科学. 2019(20): 269-278 . 百度学术
19. 吴燕燕，陶文斌，郝志明，林婉玲，杨贤庆，杨少玲，魏涯，潘创. 含盐量对腌制大黄鱼鱼肉品质的影响. 食品与发酵工业. 2019(21): 102-109 . 百度学术
20. 陈胜军，刘先进，杨贤庆，李来好，黄卉，李春生. 酶法提取鲍鱼内脏多糖工艺的优化. 南方农业学报. 2018(07): 1389-1395 . 百度学术
21. 吴燕燕，赵志霞，李来好，郝淑贤，邓建朝，胡晓. 添加外源酶类对腌制罗非鱼品质的影响. 南方水产科学. 2018(04): 102-111 . 本站查看
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