Comparative and phylogenetic analysis of mitochondrial Cytochrome b gene and control region from natural triploid (Carassius auratus gibelio) in Chuzhou
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摘要:
采用PCR产物直接测序法测定了14尾滁州鲫(Carassius auratus gibelio in Chuzhou)的线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因和控制区(D-loop)全序列,长度分别为1 141 bp和924 bp,且均无核苷酸变异位点。Cyt b基因的T、C、A和G含量分别为29.2%、27.8%、28.5%和14.5%;D-loop的T、C、A和G含量分别为33.2%、20.1%、32.6%和14.1%。2种序列中A+T含量(57.7%,65.8%)均明显大于G+C含量(42.3%,34.2%),且G含量偏低,显示了与其他水生动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征。通过对滁州鲫的控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。滁州鲫与其他鲫属鱼类的Cyt b和D-loop序列均具有高度的相似性,分别为93%~100%和94%~99%。基于2种序列的分子系统进化树分析均表明,滁州鲫与方正鲫(C.auratus gibelio in Fangzheng)亲缘关系最近,而与来自日本的鲫类群亲缘关系最远。
Abstract:The complete sequences of mitochondrial cytochrome b (Cyt b) gene and control region (D-loop) were amplified and sequenced in Carassius auratus gibelio, a natural triploid crucian carp in Chuzhou City of Anhui Province. No nucleotide variation sites were found in all sequences among 14 samples. The 1 141 bp Cyt b gene contained 29.2%, 27.8%, 28.5% and 14.5% of T, C, A and G, respectively; while 924 bp D-loop sequence contained 33.2%, 20.1%, 32.6% and 14.1% of T, C, A and G, respectively. The contents of A+T (57.5%, 65.8%) were significantly greater than those of G+C (42.3%, 34.2%) and G was the lowest among four nucleotides, the similar case as other aquatic animals. The key sequences of extended terminal associated sequences (ETAS), central domains (CSB-D, E and F) and conserved sequence blocks (CSB-1, CSB-2 and CSB-3) were identified. There was high sequence similarity between C.auratus gibelio in Chuzhou and other Carassius species recorded in GenBank based on Cyt b (93%~100%) and D-loop (94%~99%) sequences, respectively. The phylogenetic trees constructed by NJ and MP methods based on the two sequences indicated that the closest phylogenetic relationship was between C.auratus gibelio in Chuzhou and that in Fangzheng, while the farthest one was between C.auratus gibelio in Chuzhou and crucian carps in Japan.
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Keywords:
- Carassius auratus gibelio in Chuzhou /
- Cyt b /
- control region /
- phylogenetic analysis
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罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)又名马来西亚大虾、淡水长臂大虾,隶属节肢动物门、甲壳纲、十足目、长臂虾科、沼虾属。原产于印度和东南亚,是重要的淡水经济虾类[1]。20世纪70年代,中国水产科学研究院珠江水产研究所从日本、马来西亚引进罗氏沼虾,先后采用“浓缩海水”与“人工海水”配方,人工繁殖虾苗获得成功,并向全国多个省市推广养殖。现在中国罗氏沼虾年产量为13.5×104 t,产值达30×109元[2]。近年在罗氏沼虾养殖中出现了生长速度减慢、性成熟时间提早、抗病力下降等问题,严重影响罗氏沼虾的养殖效益,也危及产品的质量安全。因此了解现有罗氏沼虾养殖种群的遗传多样性可为培育罗氏沼虾优良品种奠定基础。
近十年来针对罗氏沼虾种质遗传变异已有不少的研究报道。张海琪等[3]采用同工酶和RAPD分析缅甸罗氏沼虾野生群体和浙江养殖群体的生化遗传变异;蒋钦杨等[4]用线粒体16S rRNA基因部分片段和RFLP比较缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体的遗传结构;杨学明等[5]用线粒体DNA的COI基因比较了缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性;姚茜等[6]用线粒体控制区(D-loop)基因序列比较浙江湖州养殖群体和“南太湖1号”的遗传多样性;陈雪峰等[7]用核糖体转录间隔区2基因(ITS2)序列进行孟加拉和缅甸野生群体、浙江和广西养殖群体、以及“南太湖2号”选育群体的遗传多样性的比较。
应用微卫星标记进行罗氏沼虾遗传多样性的研究报道尚不多见,仅见CHAREONTAWEE等[8]用6个微卫星标记对泰国5个养殖群体和2个野生群体的遗传多样性进行了分析;朱其建等[9]用8个微卫星标记对16个来自于上海养殖群体的选育群体进行遗传多样性分析。广东与江苏是罗氏沼虾的两大主养区,两省的罗氏沼虾养殖产量占全国总养殖产量的近80%,同时也均为罗氏沼虾苗种主要培育基地[10]。由于罗氏沼虾引进中国的时间较长,虽然也有多次小规模的重新引种,但多数虾苗场尚缺乏科学的保种与选育技术,因此笔者研究选取广东、江苏以及泰国的罗氏沼虾养殖群体,采用微卫星标记技术进行种群遗传结构和遗传多样性的分析,旨在为罗氏沼虾的选育种工作提供基础数据。
1. 材料与方法
1.1 试验材料
试验样品分别采自6个养殖场的普通养殖群体,均属非选育群体。其中在中国境内共有4个采样点,广东养殖群体1(GD1,32尾),广东养殖群体2(GD2,30尾),广东养殖群体3(GD3,32尾),江苏养殖群体(JS,34尾)。在泰国境内有2个采样点,泰国养殖群体1(TG1,29尾),泰国养殖群体2(TG2,25尾)。6个群体共计180尾。每个群体均为随机取样。分别剪取虾尾部肌肉组织,保存于95%的乙醇中。
根据GenBank上登录的罗氏沼虾微卫星序列[11-13],选取、设计合成30对引物并进行预扩增,从中挑选12对特异性强、重复性好和多态性较高的微卫星引物(表 1),由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。各对引物分别带有FAM、TAMRA和HEX的特异性荧光标记用于测算扩增目的条带的大小。
表 1 用于罗氏沼虾微卫星扩增的引物序列及其退火温度Table 1. Primer sequence and annealing temperature for microsatellite marker amplification序号No. 位点loci 重复序列repeat sequence 引物序列primer sequence 片段大小production size 复性温度/℃ annealing 1 EMR-31B (CA)7 F: FAM-GCTGTGCTCCAAAATCTCTCTC
R: CTCACCCATACTTGACAACGAC210 58 2 EMR-55 (TTA)13 F: FAM-GAAGTCATCCGACAAACTTCAC
R: AGTAATCATGTGGCCTAGCCTAG200 58 3 EMR81 (CT)15 F: TAMRA-GGAACCAGTGAAAAAGCAATGA
R: GGGGTGCATTCAAAAATAGGT240 58 4 EMR85 (AG)12 F: FAM-GACGGACAGACATTCATTAGCC
R: ATTCACCCCACACTTTGACATT220 58 5 Mbr1 (GA)24 F: HEX-CCCACCATCAATTCTCACTTACC
R: TCCTTTTCACATCGTTTCCAGTC272~320 60 6 Mbr-2 (GT)22 F: HEX-TTCCCGACCAATTTCTCTTTCTC
R: GGCAAAAATGATCTTGGATTCAC298~336 60 7 Mbr-3 (AG)14 F: TAMRA-CAACTCTATGTTTCGGCATTTGG
R: GGGGAATTTTACCGATGTTTCTG232~284 62 8 Mbr-4 (GT)29 F: HEX-CCACCTACCGTACATTCCCAAAC
R: CGGGGCGACTTTTAGTATCGAC288~326 62 9 Mbr-5 (AG)25 F: HEX-CAAGGCTCGTGTCTCTTGTTTC
R: GCTTGTACTTGTTCAGCTTTTGC286~328 62 10 Mbr-9 (TG)5(AG)17 F: TAMRA-TTGTTTGCTTGTTTAGTGTCAAGG
R: CTCCAAAACCGAAAAATCCTCAC240~284 60 11 Mbr11 (AG)31 F: TAMRA-GTATTGAGAACAAAGGCGCACAG
R: ATCTCTTTCCAAAACAGGGCACA263~291 60 12 MRMB25 (CT)17 F: FAM-CCGGTCCAAAGGAATACAGA
R: GTGGGTGGTGTCCCTATGTT194~216 46 按照天根生化科技(北京)有限公司的TIANamp Genomic DNA Kit试剂盒说明书提取罗氏沼虾肌肉组织的总DNA,并用0.8%的琼脂糖凝胶电泳和分光光度计检测DNA质量和浓度,-20 ℃保存备用。
1.2 PCR扩增与扩增产物检测
引物分为3类,分别用3种不同的荧光进行标记(FAM、TAMRA和HEX)(表 1)。PCR反应总体积为20 μL,含有10×buffer 2.0 μL、氯化镁(MgCl2)(25 mmol·L-1)0.8 μL、dNTP(2.5 mmol·L-1)0.4 μL、上下游引物(20 μmol·L-1)各0.4 μL、基因组DNA 40 ng、Taq酶[天根生化科技(北京)有限公司出品]1 U。PCR扩增程序为94 ℃预变性5 min后进入35个循环,94 ℃,30 s;55 ℃退火,30 s;72 ℃,30 s,循环结束后72 ℃再延伸10 min。
STR基因分型委托生工生物工程(上海)股份有限公司完成。使用DYY-8型稳压稳流电泳仪(上海琪特分析仪器有限公司出品)、凝胶成像系统(Gene Genius公司出品)和3730XL测序分析仪(美国ABI公司出品)进行STR序列分析,根据每个扩增条带分子量的差异性,判断每个个体各基因座的基因型。
1.3 数据统计及分析
通过STR分型确定每个标记在每个个体中的基因型,根据条带(等位基因)的大小,按从大到小按字母排序,用POPGENE 32进行统计分析,计算各群体每一个微卫星位点的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、群体间遗传距离(Da)、遗传相似度(S)。FSTAT软件计算遗传分化指数(Fst)。根据Nei氏遗传距离通过MEGA 5软件利用非加权配对算术平均法(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)构建系统树[14]。用CERVUS 3.0软件计算多态信息含量(polymorphism information content,PIC)[15]。群体间Fst、群体分子方差分析(AMOVA)采用ARLEQUIN 3.1软件进行[16]。利用STRUCTURE 2.3软件分析群体的遗传结构,再用最大似然性法分析最佳K值,即理论群体数[17]。
2. 结果
2.1 微卫星位点的多态性及群体遗传多样性
根据预扩增结果从30个微卫星位点中选取特异性强、重复性好和多态性较高的12对引物,对6个罗氏沼虾群体共180个个体的基因组DNA进行扩增,结果显示,各对引物在6个群体中均能扩增出目的条带,且表现出不同程度的多态性(表 2)。其中Na为13~28个,Ne为6.61~18.33,I为2.124~3.045,Ho为0.488~0.994,He为0.852~0.948;PIC为0.853~0.941,所检测的12个位点均属于高度多态位点(PIC>0.5)。
表 2 罗氏沼虾12个微卫星位点的等位基因数、杂合度及多态信息含量Table 2. Number of alleles, heterozygosity and polymorphic information content of 12 microsatellite loci of M.rosenbergii位点locus 等位基因数Na 有效等位基因数Ne Shannon指数I 观测杂合度Ho 期望杂合度He 多态信息含量PIC EMR-31B 22 12.71 2.766 0.673 0.924 0.915 EMR-55 14 10.79 2.506 0.906 0.910 0.908 EMR81 23 13.72 2.853 0.980 0.930 0.919 EMR85 21 14.70 2.840 0.853 0.935 0.933 Mbr1 19 12.96 2.725 0.671 0.926 0.897 Mbr-2 13 6.61 2.124 0.691 0.852 0.853 Mbr-3 16 8.68 2.449 0.590 0.888 0.887 Mbr-4 24 18.33 3.024 0.723 0.948 0.941 Mbr-5 19 11.40 2.666 0.891 0.915 0.914 Mbr-9 28 16.57 3.045 0.713 0.943 0.939 Mbr11 17 8.41 2.439 0.488 0.884 0.886 MRMB25 14 7.88 2.321 0.994 0.876 0.876 均值mean 19.17 11.90 2.646 0.765 0.911 0.906 6个罗氏沼虾群体的遗传多样性见表 3。GD3群体的平均Na、平均Ne和I均为最高(Na=13.833,Ne=8.947,I=2.348),而TG2的平均Na、平均Ne和I均为最低(Na=10.917,Ne=6.558,I=2.046)。Ho以GD1的最高(Ho=0.821)、TG2的最低(Ho=0.683)。He和多态信息含量则以GD3的最高(He=0.896,PIC=0.880)、TG2的最低(He=0.848,PIC=0.806)。综合上述各参数,可认为所检测的6个群体均具有较高的遗传多样性,并以广东群体3(GD3)的遗传多样性最高、泰国群体TG2的遗传多样性最低。
表 3 6个罗氏沼虾养殖群体的遗传多样性Table 3. Genetic diversity of six populations of M.rosenbergii参数index 广东1 GD1 江苏JS 广东2 GD2 广东3 GD3 泰国1 TG1 泰国2 TG2 等位基因数Na 13.000 12.750 12.000 13.833 12.500 10.917 有效等位基因数Ne 7.409 7.204 6.791 8.947 8.274 6.558 Shannon指数I 2.207 2.159 2.135 2.348 2.239 2.046 观测杂合度Ho 0.821 0.751 0.720 0.761 0.808 0.683 期望杂合度He 0.871 0.858 0.861 0.896 0.881 0.848 多态信息含量PIC 0.850 0.846 0.845 0.880 0.857 0.806 2.2 群体间的遗传分化及遗传距离分析
6个罗氏沼虾养殖群体间的Fst为0.006 1~0.093 1(表 4),属于中低水平遗传分化(Fst<0.15)。其中泰国群体1和泰国群体2之间遗传分化水平最低(Fst=0.006 1),属于低程度的分化(Fst<0.05)。而泰国群体2和广东群体1之间遗传分化水平最高(Fst=0.093 1),两者间的分化为中等程度的分化(0.05<Fst<0.15)(表 4)。
表 4 6个罗氏沼虾养殖群体的遗传分化指数Table 4. Fixation index (Fst) of six populations of M.rosenbergii广东1 GD1 江苏JS 广东2 GD2 广东3 GD3 泰国1 TG1 泰国2 TG2 广东1 GD1 江苏JS 0.023 0 广东2 GD2 0.024 5 0.006 3 广东3 GD3 0.031 0 0.046 9 0.041 0 泰国1 TG1 0.071 3 0.073 4 0.074 9 0.058 4 泰国2 TG2 0.093 1 0.077 8 0.082 5 0.072 9 0.006 1 AMOVA分析结果表明,群体中仅有5.27%的遗传变异来自于群体间,94.73%的遗传变异来自于群体内(P<0.01),表明遗传变异主要存在于个体之间,个体间的遗传变异远大于群体间的遗传变异(表 5)。
表 5 6个罗氏沼虾养殖群体的AMOVA分析Table 5. AMOVA analysis among six populations of M.rosenbergii变异来源source of variation 自由度df 平方和sum of squares 方差组分variance component 百分率/% percentage 群体间among populations 5 108.518 0.296 76 5.273 51 群体内within populations 312 1663.064 5.330 52 94.726 49** 总变异total 317 1771.582 5.627 28 注:* *. 1 023次模拟检验后显示为极显著(P<0.01)
Note:* *. very significance (P<0.01) after 1 023 permutation tests6个群体间Nei氏Da为0.160 8~0.695 8,S为0.311 7~0.851 5(表 6),其中江苏群体和广东群体2的Da最近(0.160 8)、S最高(0.851 5),而广东群体1和泰国群体2间的Da最远(0.695 8)、S最低(0.311 7)。根据遗传距离构建的UPGMA聚类树显示6个罗氏沼虾群体聚为2个大支,3个广东群体与江苏群体聚为一支,2个泰国群体聚为另一支(图 1)。
表 6 6个罗氏沼虾养殖群体的遗传距离(对角线下)和遗传相似度(对角线上)Table 6. Nei′s genetic distance (below diagonal)and genetic similarity (above diagonal)of six populations of M.rosenbergii广东1 GD1 江苏JS 广东2 GD2 广东3 GD3 泰国1 TG1 泰国2 TG2 广东1 GD1 - 0.760 4 0.737 4 0.664 0 0.393 9 0.311 7 江苏JS 0.273 9 - 0.851 5 0.572 2 0.407 7 0.432 5 广东2 GD2 0.304 6 0.160 8 - 0.597 4 0.382 2 0.390 0 广东3 GD3 0.409 4 0.458 2 0.415 2 - 0.423 5 0.379 7 泰国1 TG1 0.611 7 0.597 1 0.661 8 0.559 3 - 0.814 2 泰国2 TG2 0.695 8 0.568 1 0.611 7 0.628 4 0.205 5 - 2.3 群体遗传结构分析
利用STRUCTURE软件执行了2-7的假设K,设10次重复,根据K对应的参数、采用基于群体结构的贝叶斯分析法发现,K=4时出现平台期,推断笔者研究的所有参试个体最佳分组为4个理论群(图 2)。广东群体1、广东群体2和江苏群体群体聚为一组,广东群体3和2个泰国群体则各自成为一组。
3. 讨论
微卫星标记是分布于真核生物基因组中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),也称短串联重复序列(simple tandem repeats,STRs)。因其在基因组中分布广泛、具较高的多态性、呈共显性遗传,且由于分析方法相对简便快捷也被广泛应用于水产生物种群遗传多样性分析、种质资源保护、遗传图谱建立和QTL定位等研究中[18-20]。微卫星标记分析通常是通过PCR扩增、电泳检测和片段大小分离分析各等位基因。传统的片段分离采用聚丙烯酰胺凝胶电泳结合放射显影或银染的方法,其分辨率和效率均较低。笔者研究利用近年发展起来的STR分型新方法,通过荧光标记的PCR引物扩增微卫星位点区域序列,利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行毛细管电泳检测,结合分子量内标计算DNA片段长度,使STR分型更高效与准确[21]。
多态信息含量(PIC)起衡量基因位点多态性的作用,通常PIC能反映出某个群体的遗传变异程度、位点多样性等[22]。笔者研究所用的12个微卫星位点的PIC介于0.853~0.941,根据BOTSTEIN等提出的划分标准,PIC>0.5时该等位基因座位为高度多态性座位[22],所采用的12个位点均属于高度多态(PIC>0.5),可用于罗氏沼虾群体的遗传多样性及遗传结构的评估。
杂合度(heterozygosity)是评价群体遗传变异的重要指标。Ho容易受样本大小的影响,而He更能够反映群体的遗传多样性,杂合度越高物种遗传多样性越丰富,对环境适应能力则越强[24-25]。CHAREONTAWEE等[8]用6个微卫星标记分析了泰国的5个养殖群体和2个野生群体,认为这些养殖群体仍具有较高的遗传多样性水平,其中2个养殖群体的遗传多样性(He均为0.73)甚至高于2个野生群体(He=0.71和0.68)。朱其建等[9]用8个微卫星标记分析采自上海地区的16个罗氏沼虾选育群体,结果显示各群体的He相差较大(0.551 9~0.733 2)。在应用微卫星标记进行生物遗传多样性分析时其结果可能受选用的标记在基因组中所处的位置、位点的多态性以及分型手段等的影响。相比于STR基因分型技术,聚丙烯酰胺凝胶电泳的分辨率相对较低,可能会造成等位基因缺失、杂合度偏低[26]。笔者研究采用STR基因分型,结果显示6个罗氏沼虾养殖群体的平均He介于0.848~0.896,说明这6个群体均具有较高的遗传多样性与选育潜力。
遗传距离和遗传相似度是衡量群体间遗传关系的指标[27]。笔者研究结果发现,江苏群体和广东群体2的Da最近(0.160 8)、S最高(0.851 5),说明其亲缘关系最近;而广东群体1和泰国群体2之间的遗传距离最远(0.695 8)、S最低(0.311 7),说明其亲缘关系最远,且广东群体1和泰国群体2间的遗传分化水平也最高(Fst=0.093 1)。同时系统进化树更直观地表现出这种关系,中国的4个群体聚为一支,泰国的2个群体聚为另一支,说明泰国罗氏沼虾养殖群体和中国养殖群体的亲缘关系相对较远。
STRUCTURE软件是基于个体的遗传组成进行群体模拟分析,不受各群体样本数的影响,是群体遗传结构分析的理想工具[26, 28]。笔者研究的所有参试个体被划分为4个地理群,支持UPGMA树的聚类结果。同时遗传结构图的直观显示结果与遗传分化分析结果相吻合。广东群体1、广东群体2和江苏群体群体聚为一组,说明广东群体1、广东群体2和江苏群体之间的遗传结构相似,3个群体之间存在着一定程度的基因交换,这可能与江苏和广东两个罗氏沼虾养殖大省存在着一定程度的亲虾或苗种互相供给与交流有关。
文章所分析的罗氏沼虾养殖群体均具有较高的遗传多样性;中国养殖群体间遗传分化水平较低,但中国与泰国群体间的遗传分化程度达到中等水平,且遗传距离大、亲缘关系远,在下一步的罗氏沼虾选育种中可考虑引入泰国群体以提高选育群体的遗传多样性。
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图 1 鲫属鱼类线粒体控制区序列及结构
*. 相同的核苷酸位点;-. 缺失位点;中央保守序列(CSB-F,CSB-E,CSB-D)和保守序列(CSB-1,CSB-2,CSB-3) 用下划线表示;终止相关序列(TAS)和其反向互补序列(ATGTA)用阴影表示;短小重复序列用方框表示;删除线表示启动子序列
Figure 1. Sequence and structure of mitochondrial DNA control region in genus Carassius
*. the same base site; -. gaps required for alignment; the conserved blocks (CSB-F, CSB-E, CSB-D) in central conserved sequence domain and conserved sequence blocks (CSB1, CSB2, CSB3) in conserved sequence blocks domain are underlined; TAS motifs (TACAT) and palindromic motifs (ATGTA) are shadowed; short repeated sequences are framed; promoters are indicated with strikethroughs.
表 1 基于线粒体Cyt b基因和D-loop序列的滁州鲫的碱基组成
Table 1 Base composition of mitochondrial Cyt b and D-loop sequences of C.auratus gibelio in Chuzhou
% 序列
sequence密码子
condon碱基组成 base composition T C A G A+T C+G 细胞色素b Cyt b 第1位first site 23.6 26.2 25.2 24.9 48.8 51.2 第2位second site 41.8 25.0 20.0 13.2 61.8 38.2 第3位third site 2.4 32.1 40.3 5.3 62.7 37.3 总计total 29.3 27.8 28.5 14.5 57.7 43.3 控制区D-loop 总计total 33.2 20.1 32.6 14.1 65.8 34.2 表 2 滁州鲫与其他鱼类间线粒体Cyt b和D-loop区的序列相似率
Table 2 Similarity of nucleotide sequences of mitochondrial Cyt b or D-loop between C.auratus gibelio in Chuzhou and other fishes
% 物种
species细胞色素b
Cyt b控制区
D-loop domain方正鲫 C.auratus gibelio in Fangzheng 100 99 彭泽鲫 C.auratus in Pengze 99 99 淇河鲫 C.aurutus in Qihe River 98 97 鲫 C.auratus auratus 98 97 黑鲫 C.carassius 98 97 日本银鲫 C.auratus langsdorfi 94 96 日本白鲫 C.auratus cuvieri 93 94 鲤 C.carpio haematopterus 88 89 -
[1] 张克俭, 万全, 李公行, 等. 滁州鲫的形态学和血清蛋白电泳谱型[J]. 水产学报, 1996, 20(4): 352-356. https://xueshu.baidu.com/usercenter/paper/show?paperid=be53c9802dddecec1d656391de70e631&site=xueshu_se [2] 张克俭, 万全, 李公行, 等. 滁州鲫染色体组型的研究[J]. 中国水产科学, 1995, 2(4): 8-15. doi: 10.3321/j.issn:1005-8737.1995.04.006 [3] 徐广友, 万全, 袁兆祥, 等. 滁州鲫雌核发育的细胞学研究[J]. 安徽农业大学学报, 2009, 36(4): 533-537. [4] 凌武海, 任信林. 天然滁州鲫氨基酸成分分析与营养价值评价[J]. 水产养殖, 2011, 32(1): 50-52. doi: 10.3969/j.issn.1004-2091.2011.01.013 [5] 姚继花, 楼允东, 江涌. 我国六个地区银鲫种群线粒体DNA多态性研究[J]. 水产学报, 1998, 22(4): 289-295. doi: 10.1017/S0266078400010713 [6] 凌武海, 马明发, 袁兆祥, 等. 滁州鲫、方正银鲫和彭泽鲫分子遗传差异的分析[J]. 安徽农业科学, 2009, 37(28): 13482-13483, 13485. doi: 10.3969/j.issn.0517-6611.2009.28.023 [7] 肖武汉, 张亚平. 鱼类线粒体DNA的遗传与进化[J]. 水生生物学报, 2000, 24(4): 384-391. doi: 10.3321/j.issn:1000-3207.2000.04.014 [8] 郭新红, 刘少军, 刘巧, 等. 鱼类线粒体DNA研究新进展[J]. 遗传学报, 2004, 31(9): 983-1000. https://xueshu.baidu.com/usercenter/paper/show?paperid=25713e1ff4e884760e4e4364b31966b8&site=xueshu_se&hitarticle=1 [9] XIAO Wuhan, ZHANG Yaping, LIU Huanzhang. Molecular systematics of Xenocyprinae (Teleostei: Cyprinidae): taxonomy, biogeography, and coevolution of a special group restricted in East Asia[J]. Mol Phylogenet Evol, 2001, 18(2): 163-173. doi: 10.1006/mpev.2000.0879
[10] PERDICES A, DOADRIO I. The molecular systematics and biogeography of the European cobitids based on mitochondrial DNA sequences[J]. Mol Phylogenet Evol, 2001, 19(3): 468-478. doi: 10.1006/mpev.2000.0900
[11] TANG Qiongying, LIU Huanzhang, MAYDEN R, et al. Comparison of evolutionary rates in the mitochondrial DNA cytochrome b gene and control region and their implications for phylogeny of the Cobitoidea (Teleostei: Cypriniformes)[J]. Mol Phylogenet Evol, 2006, 39(2): 347-357. doi: 10.1016/j.ympev.2005.08.007
[12] YU Meiling, HE Shunping. Phylogenetic relationships and estimation of divergence times among Sisoridae catfishes[J]. Sci China Life Sci, 2012, 55(4): 312-320. doi: 10.1007/s11427-012-4305-z
[13] ANG Jinqun, TANG Wenqiao, LIAO Teyu, et al. Phylogeographical analysis on Squalidus argentatus recapitulates historical landscapes and drainage evolution on the island of Taiwan and mainland China[J]. Int J Mol Sci, 2012, 13(12): 1405-1425. doi: 10.3390/ijms13021405
[14] ZHAO Kai, DUAN Ziyuan, PENG Zuogang, et al. Phylogeography of the endemic Gymnocypris chilianensis (Cyprinidae): sequential westward colonization followed by allopatric evolution in response to cyclical Pleistocene glaciations on the Tibetan Plateau[J]. Mol Phylogenet Evol, 2011, 59(2): 303-310. doi: 10.1016/j.ympev.2011.02.001
[15] AVISE J C. Gene trees and organismal histories: a phylogenetic approach to population biology[J]. Evolution, 1989, 43(6): 1192-1208. doi: 10.2307/2409356
[16] YANG Guang, XIAO Mingsong, YU Yanyan, et al. Genetic variation at mtDNA and microsatellite loci in Chinese longsnout catfish (Leiocassis longirostris)[J]. Mol Biol Rep, 2012, 39(5): 4605-4617. doi: 10.1007/s11033-011-1252-x
[17] ALTER S E, PALUMBI S R. Comparing evolutionary patterns and variability in the mitochondrial control region and Cytochrome b in three species of baleen whales[J]. J Mol Evol, 2009, 68(1): 97-111. doi: 10.1007/s00239-008-9193-2
[18] LUNT D H, WHIPPLE L E, HYMAN B C. Mitochondrial DNA variable number tandem repeats (VNTRs): utility and problems in molecular ecology[J]. Mol Ecol, 1998, 7(11): 1441-1455. doi: 10.1046/j.1365-294x.1998.00495.x
[19] PEREIRA S L, GRAU E T, WAJNTAL A. Molecular architecture and rates of DNA substitutions of the mitochondrial control region of cracid birds[J]. Genome, 2004, 47(3): 535-545. doi: 10.1139/g04-009
[20] LIU Guangxun, ZHOU Jian, ZHOU Dinggang. Mitochondrial DNA reveals low population differentiation in elongate loach, Leptobotia elongata (Bleeker): implications for conservation[J]. Environ Biol Fish, 2012, 93(1): 393-402. doi: 10.1007/s10641-011-9927-7
[21] 李娜, 陈少波, 谢起浪, 等. 闽浙地区香鱼线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析[J]. 遗传, 2008, 30(7): 919-925. doi: 10.3321/j.issn:0253-9772.2008.07.018 [22] 赵亮, 谢本贵, 刘志瑾, 等. 太湖新银鱼线粒体D-loop和Cyt b片段序列结构与进化速率比较[J]. 动物学杂志, 2010, 45(2): 27-38. https://www.doc88.com/p-9971835339647.html [23] GALTIER N, GOUY M, GAUTIER C. Seaview and Phylo_ win: two graphic tools for sequence alignment and molecular phylogeny[J]. Comput Appl Biosci, 1996, 12(6): 543-548. doi: 10.1093/bioinformatics/12.6.543
[24] THOMPSON J D, GIBSON T J, PLEWNIAK F. The Clustal X windows interface: flexible strategies for multiple sequences alignment aided by quality analysis tools[J]. Nucleic Acids Res, 1997, 25(4): 4876-4882. doi: 10.1093/nar/25.24.4876
[25] KUMAR S, DUDLEY J, NEI M, et al. MEGA: a biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences[J]. Brief Bioinform, 2008, 9(4): 299-306. doi: 10.1093/bib/bbn017
[26] HOCHACHKA P, MOMMSEN T P. Biochemistry and molecular biology of fish[M]. London: Elsevier Science Publishers, 1993: 1-38. https://www.sciencedirect.com/bookseries/biochemistry-and-molecular-biology-of-fishes
[27] CANTATORE P, ROBERTI M, PESOLE G, et al. Evolutionary analysis of cytochrome b sequences in some perciformes: evidence for a slower rate of evolution than in mammals[J]. J Mol Evol, 1994, 39(6): 589-597. doi: 10.1007/BF00160404
[28] 刘焕章. 鱼类DNA控制区的结构和进化: 以鳑鲏为例[J]. 自然科学进展, 2002, 12(3): 266-270. doi: 10.3321/j.issn:1002-008X.2002.03.008 [29] 唐琼英, 刘焕章, 杨秀平. 沙鳅亚科鱼类线粒体DNA控制区结构分析及系统发育关系的研究[J]. 水生生物学报, 2005, 29(6): 645-653. doi: 10.3321/j.issn:1000-3207.2005.06.008 [30] 刘良国, 杨品红, 王文彬, 等. 洞庭青鲫与其他六个鲫鱼品系线粒体DNA控制区的比较分析[J]. 水生生物学报, 2010, 34(2): 378-387. doi: 10.3724/SP.J.1035.2010.00378 [31] 苏天凤, 江世贵, 马之明, 等. 二长棘犁齿鲷线粒体DNA控制区结构和进化[J]. 南方水产科学, 2012, 8(6): 1-8. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2012.06.001 [32] 马明发, 张克俭, 凌武海, 等. 三种群银鲫形态特征的比较研究[J]. 河北渔业, 2009(4): 17-19. doi: 10.3969/j.issn.1004-6755.2009.04.005 [33] 程磊, 常玉梅, 鲁翠云, 等. 鲫属鱼类DNA条码及种与亚种划分[J]. 动物学研究, 2012, 33(5): 463-472. doi: 10.3724/SP.J.1141.2012.05463 [34] 王姝妍. 古环境的变化和人工选择对鲫属鱼类遗传结构的影响[D]. 合肥: 中国科学技术大学, 2013. http://www.51papers.com/lw/70/8/wz1915427.htm [35] 乐佩琦. 硬骨鱼纲· 鲤形目· 下卷[M]. 北京: 科学技术出版社, 2000: 427-434. https://www.las.ac.cn/front/book/detail?id=91264d2d652fd346c5ed4c5ceb712232 [36] HOSOYA K. Cyprinidae[M]//NAKABO T. Fishes of Japan with pictorial keys to the species. Tokyo: Tokai University Press, 2002: 253-254.
[37] MURAKAMI M, MATSUBA C, FUJITANI H. The maternal origins of the triploid ginbuna (Carassius auratus langsdorfi): phylogenetic relationships within the C. auratus taxa by partial mitochondrial D-loop sequencing[J]. Genes Genet Syst, 2001, 76(1): 25-32. doi: 10.1266/ggs.76.25
[38] 付小全, 曾柳根, 洪一江, 等. 天然三倍体鲫鱼突变体萍乡肉红鲫线粒体细胞色素b基因序列分析[J]. 动物学杂志, 2009, 44(2): 97-101. http://dwxzz.ioz.ac.cn/dwxb/article/abstract/20090217?st=article_issue -
期刊类型引用(30)
1. 唐峰华,吴祖立,杨嘉樑,黄洪亮,蒋科技,ESTEFANIA Gonzalez Maiez Violeta,ARREOLA Juan Pedro Vela. 加利福尼亚湾茎柔鱼(Dosidicus gigas)渔场声学调查方法. 中国农业科技导报. 2022(04): 185-192 . 百度学术
2. 王炜祺,童剑锋,薛铭华. 商业渔船渔业声学数据采集及应用研究进展. 电声技术. 2022(12): 50-53 . 百度学术
3. 李哲,朱文斌,陈峰,李德伟,刘连为,张洪亮. 近年我国渔业资源声学评估研究进展. 浙江海洋大学学报(自然科学版). 2021(01): 80-85+92 . 百度学术
4. 王新元,李建龙,章翔,陈孟玲,吴沛霖,马文刚,彭思颖,张玺,谢建军,高菲,许强,王爱民. 三亚蜈支洲岛热带海洋牧场渔业资源现状及季节变动. 海洋与湖沼. 2021(06): 1557-1566 . 百度学术
5. 黄卉,魏涯,杨贤庆,岑剑伟,赵永强,陈胜军,胡晓,王悦齐,郝淑贤. 肌肉改性处理对鸢乌贼品质的影响. 食品与发酵工业. 2020(22): 42-47 . 百度学术
6. 范江涛,张俊,冯雪,陈作志. 南沙海域鸢乌贼渔场与海洋环境因子的关系. 上海海洋大学学报. 2019(03): 419-426 . 百度学术
7. 招春旭,邱星宇,何雄波,王国易,顾银娜,钟亚娜,颜云榕,康斌. 南海春季月相、水深、作业时间与鸢乌贼CPUE的关系. 水产学报. 2019(11): 2372-2382 . 百度学术
8. 王欢欢,张俊,陈作志,汤勇,孙铭帅,黄佳兴,邱永松. 鸢乌贼目标强度绳系控制法测量. 水产学报. 2019(12): 2533-2544 . 百度学术
9. 江淼,马胜伟,吴洽儿. 南海鸢乌贼资源探捕与开发. 中国渔业经济. 2018(02): 65-70 . 百度学术
10. 张俊,邱永松,陈作志,张鹏,张魁,范江涛,陈国宝,蔡研聪,孙铭帅. 南海外海大洋性渔业资源调查评估进展. 南方水产科学. 2018(06): 118-127 . 本站查看
11. 王东旭,陈国宝,汤勇,李斌,王志超. 大亚湾南部海域渔业资源水声学评估. 安徽农业科学. 2017(06): 95-98+159 . 百度学术
12. 董淑华,黄卉,李来好,杨贤庆,郝淑贤,荣辉,李春生. pH调节法优化鸢乌贼分离蛋白制备的工艺研究. 食品工业科技. 2017(09): 181-185 . 百度学术
13. 范江涛,张俊,冯雪,陈作志. 基于地统计学的南沙海域鸢乌贼渔场分析. 生态学杂志. 2017(02): 442-446 . 百度学术
14. 张俊,江艳娥,陈作志,龚玉艳,陈国宝. 南海中南部中层鱼资源声学积分值及时空分布初探. 中国水产科学. 2017(01): 120-135 . 百度学术
15. 张鹏,张俊,李渊,张然,林龙山,晏磊,邱永松,孙典荣,陈森. 秋季南海中南部海域的一次灯光罩网探捕调查. 南方水产科学. 2016(02): 67-74 . 本站查看
16. 张俊,张鹏,陈作志,陈国宝,张魁,许友伟,孙铭帅. 南海外海鲹科鱼类资源量及其分布. 南方水产科学. 2016(04): 38-48 . 本站查看
17. 粟丽,陈作志,张鹏. 南海中南部海域春秋季鸢乌贼繁殖生物学特征研究. 南方水产科学. 2016(04): 96-102 . 本站查看
18. 范江涛,陈作志,张俊,冯雪. 基于海洋环境因子和不同权重系数的南海中沙西沙海域鸢乌贼渔场分析. 南方水产科学. 2016(04): 57-63 . 本站查看
19. 江艳娥,方展强,林昭进,张鹏,陈作志. 南海鸢乌贼耳石微量元素研究. 南方水产科学. 2016(04): 71-79 . 本站查看
20. 杨贤庆,吴静,胡晓,李来好,吴燕燕,林婉玲,黄卉,裘超颖,马海霞. 响应面法优化酶解鸢乌贼制备抗氧化肽的工艺研究. 食品工业科技. 2016(11): 242-248 . 百度学术
21. 杨丽芝,杨贤庆,黄卉,李来好,邓建朝,赵永强,杨少玲. 响应面法优化南海鸢乌贼墨汁多糖提取工艺. 食品工业科技. 2016(18): 292-296 . 百度学术
22. 张俊,陈国宝,陈作志,于杰,范江涛,邱永松. 南沙南部陆架海域渔业资源声学评估. 南方水产科学. 2015(05): 1-10 . 本站查看
23. 范江涛,张俊,冯雪,陈作志. 基于栖息地模型的南沙海域鸢乌贼渔情预报研究. 南方水产科学. 2015(05): 20-26 . 本站查看
24. 许友伟,陈作志,范江涛,张俊. 南沙西南陆架海域底拖网渔获物组成及生物多样性. 南方水产科学. 2015(05): 76-81 . 本站查看
25. 江艳娥,张鹏,林昭进,邱永松,方展强,陈作志. 南海外海鸢乌贼耳石形态特征分析. 南方水产科学. 2015(05): 27-37 . 本站查看
26. 杨贤庆,杨丽芝,黄卉,李来好,邓建朝,赵永强,杨少玲. 南海鸢乌贼墨汁营养成分分析与评价. 南方水产科学. 2015(05): 138-142 . 本站查看
27. 黄卉,沈玉,吴燕燕,杨贤庆,胡晓,王锦旭. 南海中南部海域鸢乌贼甲醛本底质量分数调查分析. 南方水产科学. 2015(05): 132-137 . 本站查看
28. 李杰,晏磊,陈森,杨炳忠,谭永光,张鹏. 灯光罩网网口沉降与闭合性能研究. 南方水产科学. 2015(05): 117-124 . 本站查看
29. 张俊,陈国宝,江艳娥,龚玉艳,陈作志,邱永松,梁沛文. 南海中南部长钻光鱼渔业生物学初步研究. 热带海洋学报. 2015(03): 62-67 . 百度学术
30. 张俊,陈丕茂,房立晨,陈国宝,黎小国. 南海柘林湾—南澳岛海洋牧场渔业资源本底声学评估. 水产学报. 2015(08): 1187-1198 . 百度学术
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