Spatial and temporal variations of fish community structure in the Pearl River Estuary waters
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摘要:
根据1986~1987年珠江口及其邻近水域渔业资源的周年月份调查数据，运用MVSP软件包中的聚类分析和主坐标分析对珠江口鱼类群落的时空变化进行定量分析，描述珠江口鱼类群落的季节变化和区域变化特征，把珠江口从时空上划分为4个季节和5个水域，并与传统的划分方法作比较，讨论了这种分析结果的合理性。综合考虑个体数、重量、出现频率等因素，把珠江口鱼类的优势种确定为优势度大于1 000的丽叶鲹、棘头梅童鱼、凤鲚、银鲳、杜氏棱鳀、带鱼、黄斑鲾和赤鼻棱鳀等8种，分析了优势种的区域和季节变化。
Abstract:Based on monthly fishery resources investig ation data of demersal trawl from 1986~1987 in the Pearl River Estuary and adjacent waters, the paper quantitatively analyzed variation of fish community of various species by cluster analysis and principal coordinates analysis of a package of MVSP. The result described seasonal and spafial variations and showed that the waters can be divided into four seasons in temporal and five waters types in spatial, and compared with the traditional divided idea, and the rationality of the result was discussed. In addition, eight species of Caranx kalla, Pampus argenteus, Collichthys lucidus, Coilia mystus, Thrissa dussumieri, Trichiurus japonicus, Leiognathus bindus, Thrissa kammalensis were defined to be dominant species of fishes in the Pearl River Estuary by comsidering factors of individual, weight and frequeucy, and the seasonal and spatial variations of the dominant species were analyzed.
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鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)隶属于柔鱼科鸢乌贼属，广泛分布在印度洋、太平洋的赤道和亚热带等海域，以印度洋西北部海域的资源量为最大[1]。前苏联和日本学者[2-3]曾多次对印度洋鸢乌贼资源进行调查，同时根据种类的发光器、形态特征、肥满度等初步分为大型、中型和小型3个群体，主要是侧重于对其资源量的研究；SNYDER[4]曾对阿拉伯海鸢乌贼大型群体进行了生物学的初步研究；杨德康[5]根据中国拖网渔船在亚丁湾海域兼捕的鸢乌贼，从捕捞时间和渔获物的性腺成熟度来分析，认为鸢乌贼由春生群、夏生群和秋生群3个群体组成；我国于2003~2005年对印度洋西北部海域鸢乌贼资源进行调查研究，对其资源密度及其分布、钓捕技术、渔场形成机制与海洋环境因子之间的关系等作了较全面的分析，对其生物学特性也作了初步分析[6-9]，但是对该海域鸢乌贼的种群及其遗传结构没有作出进一步研究。文章是根据2004~2005年2次对印度洋西北部公海海域(13°N~20°N、59°E~64°E)鸢乌贼资源调查中所采集的鸢乌贼肌肉样本，利用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA，RAPD)检测方法，对该海域鸢乌贼种群及其遗传结构进行研究，为其资源评估、群体数量变动分析提供最基础的资料。
1. 材料和方法
1.1 材料来源
根据2004年9~12月和2005年3~5月2次印度洋西北部公海海域鸢乌贼资源调查结果，在27个站点中共采集鸢乌贼肌肉样本200尾(表 1)，其胴长范围为20.3~53.0 cm，平均胴长为36.7 cm。肌肉样本用75%的酒精固定并保存于4℃的冰箱中备用。根据形态学特征及其空间分布，选取了12个站点48尾鸢乌贼的肌肉样本进行RAPD分析(图 1)。
表 1 印度洋西北部海域鸢乌贼肌肉样品取样时间、地点、样本尾数以及分析的样本尾数Table 1. Sampling localities, sampling dates, total numbers and the numbers used for RAPD analysis ofS.oualaniensis in the northwestern Indian Ocean取样时间
sampling date经度/°N
longitude纬度/°E
latitude尾数/ind
numberRAPD分析尾数/ind
numbers used for RAPD analysis2004-10-11 65.25 12.78 5 0 2004-10-12 63.37 13.45 5 0 2004-10-14 62.55 14.55 5 0 2004-10-15 62.35 16.38 5 4 2004-10-16 62.33 18.93 5 4 2004-10-18 63.00 18.88 5 4 2004-10-21 63.93 18.95 5 4 2004-10-22 63.48 18.47 5 0 2004-10-24 62.83 18.12 5 4 2004-10-25 61.45 17.17 5 0 2004-10-26 61.45 17.72 5 0 2004-10-27 61.50 17.78 10 0 2004-10-31 60.93 16.32 10 4 2004-11-01 60.92 15.57 10 0 2004-11-02 59.42 15.08 10 0 2004-11-06 59.67 13.17 10 4 2004-11-07 60.10 13.33 10 4 2004-11-09 60.92 14.13 10 0 2004-11-10 61.02 14.50 10 4 2004-11-12 60.72 14.42 10 4 2004-11-14 60.78 16.97 10 4 2004-11-15 60.53 16.87 10 0 2004-11-17 60.82 15.87 10 4 2004-11-20 60.45 15.40 10 0 2005-03-27 60.43 13.00 4 0 2005-03-31 60.00 15.00 5 0 2005-04-03 61.05 16.95 6 0 合计 total 200 48 ![]()
图 1 遗传多样性分析的样品采集站点Figure 1. Sampling localities of S.oualaniensis used for RAPD analysis in the northwestern Indian Ocean1.2 试验方法和数据处理
1.2.1 基因组DNA的提取和检测
取肌肉样本25~30 mg加液氮后碾碎，-70℃保存备用。采用基因组DNA纯化试剂盒(SK1252，Sangon公司生产)提取基因组DNA。用Beckman DU-650紫外分光光度计检测DNA的含量，并用1%的琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA的质量。检测后的基因组DNA放置于-20℃冰箱中备用。
1.2.2 PCR-RAPD扩增反应及电泳
PCR-RAPD所采用的随机引物由上海Sangon公司合成。扩增反应中体积为25 μL，其中包括10×Taq buffer 2.5 μL，dNTPs(Fermentas公司生产，25 mol·L-1)0.5 μL，MgCl2(Fermentas公司生产，25 mmol·L-1)2.5 μL，Taq DNA Polymerase(Fermentas公司生产，5 μ·μL-1)0.2 μL，随机引物(Sangon公司生产，50 μmol·μL-1)0.5 μL，基因组DNA 1μL(50~100 ng·μL-1)，ddH2O 17.8 μL。
PCR扩增在GeneAmp PCR System 9700 PCR仪上进行，所有样本对每一个引物都进行1~2次扩增反应。反应条件为经94℃预变性2 min后，接着40个循环，每个循环包括94℃变性15 s，35℃复性60 s，72℃延伸90 s，最后是72℃终延伸10 min，4℃保温。扩增产物用1.5%琼脂糖凝胶电泳分离，EB染色，凝胶成像系统(genius bio imaging system，GENE公司生产)观察、拍照并记录。
1.2.3 数据处理
根据电泳后记录下清晰的扩增条带进行数据统计，在RAPD图谱中相对位置无条带的用“0”表示，在相对位置有条带的用“1”表示，将RAPD图谱转化成0、1矩阵，利用Popgene 1.31软件计算不同站点鸢乌贼样本的遗传相似度(S)和遗传距离(D)。计算公式为：
$$ S=\frac{2 N_\mathtt{x y}}{N_\mathtt{x}+N_\mathtt{y}} ; D=1-S $$ 式中Nxy为X、Y 2个样本共有的扩增条带，Nx、Ny分别为X、Y样本各自拥有的扩增带。
采用PHYLIP(phylogeny inference package，Ver.3.5)软件包中的NEIGHBOR程进行UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic average)聚类分析。参照恽锐等[10]的方法，用Shannon多样性指数计算种群的遗传多样性，其平均值即为种群的遗传多样性。计算公式为：
$$ h=-\sum p_i \log _2 p_i $$ 式中pi为某位点的表型频率，包括有带样本的频率和无带样本的频率，h为该位点的表型多样性，即样本在该位点出现“有带”或“无带”的不确定性。
利用Arlequin 2.0软件进行分子方差分析(analysis of molecular variance，AMOVA)，计算其遗传分化指数(GST)，GST即为种群间的遗传多样性占种群多样性的比例，以检测鸢乌贼种群内和种群间的遗传变异情况的显著性。计算公式为：
$$ G_{\mathrm{ST}}=\frac{H_{\mathrm{T}}-H_{\mathrm{S}}}{H_{\mathrm{T}}} $$ 式中HT为种群的总遗传多样性，HS为种群内平均遗传多样性。
2. 结果
2.1 RAPD扩增结果
PCR-RAPD试验所使用的16个随机引物中，经过筛选，选取扩增条带丰富且稳定性好的8个引物进行分析，引物序列见表 2。每个引物均可得到条带清晰且重复性好的扩增图谱，扩增条带为3~8，其分子量大小为200~1 500 bp。图 2为引物R8的扩增图谱。
表 2 所用的随机引物及其序列Table 2. Primers and their sequence used for RAPD analysis引物
primers序列
sequence引物
primers序列
sequenceR1 5′-ccatcctacc R5 5′-ccatggtgtc R2 5′-acagtaccgcc R6 5′-aaccgcgtcc R3 5′-gatggctgtg R7 5′-ctcaccgtcc R4 5′-ctccccaact R8 5′-acggcgtatg ![]()
图 2 随机引物R8对鸢乌贼肌肉样本的RAPD扩增图谱1~16号样本来源于18°N~20°N海域Figure 2. RAPD electrophoresis pattern of S.oualaniensis muscle samples using primer R8No.1~16 sampled from 18°N~20°N in the northwestern Indian Ocean.2.2 UPGMA分析
将RAPD图谱转化成0、1矩阵，经过POPGENE 1.31处理，根据NEI[11]的方法可得出各个样本间的遗传相似性指数(S)和遗传距离(D)。根据遗传距离，利用PHYLIP软件包中的NEIGHBOR程序进行UPGMA聚类分析，得出48尾鸢乌贼样本的聚类图(图 3)。
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图 3 基于鸢乌贼样本的遗传距离聚类图1~16号样本来源于18°N~20°N海域；17~48号样本来源于13°N~18°N海域Figure 3. Dendrogram revealed by UPGMA analysis of S.oualaniensis using Nei′s (1972) genetic distanceNo.1~16 sampled from18°N~20°N in the northwestern Indian Ocean; No.17~48 sampled from 13°N~18°N in the northwestern Indian Ocean.由图 3可知，18°N~20°N海域4个站点的16尾样本聚集在一起，且样本间的最大遗传距离为0.4858，可以推测认为，该海域的鸢乌贼形成一个种群。而在13°N~18°N海域的8个站点的32尾样本中，除第23号样本外，其余样本都聚集在一起，且样本间的最大遗传距离为0.4767，该海域的鸢乌贼也同样形成一个种群。因此，根据UPGMA聚类分析，可以得出在13°N以北的印度洋西北部海域鸢乌贼存在2个不同种群，且2个种群之间的遗传距离为0.1338，遗传相似性指数为0.8748。
2.3 遗传多样性
利用Shannon多样性指数计算印度洋西北部海域鸢乌贼种群的遗传多样性，其平均值即为种群的遗传多样性。计算结果表明，印度洋西北部海域鸢乌贼种群平均每个位点的多样性指数为0.3676±0.1801，由此可以看出其种群的遗传多样性较高，种群分化较大。
2.4 DNA多态性与遗传分化
根据获得的RAPD扩增带，计算种群间的多态位点比例(表 3)，2个种群多态位点比例分别为68.75%和93.75%，这说明印度洋西北部海域鸢乌贼2个种群均保持较高的遗传多样性。以种群内不同扩增图谱类型之间的遗传差异值为基础，计算种群的遗传多样性，18°N~20°N海域鸢乌贼种群的遗传多样性为0.2072，13°N~18°N海域鸢乌贼种群为0.1656，其平均值为0.1864。
表 3 印度洋西北部海域鸢乌贼种群多态位点比例与遗传多态性Table 3. Proportion of polymorphic loci and genetic diversity of S.oualaniensis populations in the northwest Indian Ocean内容
content18°N~20°N种群
population located in 18°N~20°N13°N~18°N种群
population located in 13°N~18°N多态位点比例/%
proportion of polymorphic loci68.75 93.75 遗传多态性(平均值±标准差)
genetic diversity (Mean±SE)0.2072±0.1928 0.1656±0.1441 GST是用来判断种群间的遗传分化情况，当GST < 0.05时，种群间没有遗传分化；当0.05 < GST < 0.15时，种群间的遗传分化程度为中等；当0.15 < GST < 0.25时，种群间有高度的分化；当GST>0.25时，种群间的分化程度非常高。印度洋西北部12°N以北海域鸢乌贼种群总遗传多样性为0.2375，种群内平均遗传多样性为0.1864，可以得出其种群间遗传分化指数为0.2150，即21.5%的遗传变异来自于种群间，而78.5%来自于种群内。该结果表明，不同种群间在遗传背景上存在较大的差异，且种群内的遗传变异水平较高。
3. 讨论
3.1 关于印度洋西北部海域鸢乌贼种群结构的探讨
通过对印度洋西北部海域鸢乌贼样本的RAPD分析，并根据遗传距离对其进行UPGMA聚类，发现18°N~20°N海域4个站点的16尾鸢乌贼样本聚集在一起，形成了一个种群，而13°N~18°N海域8个站点的32尾鸢乌贼样本聚集在一起，形成了另一个种群。对这2个不同种群的形态学参数进行统计，18°N~20°N海域鸢乌贼胴长为45.4~53.0 cm，平均胴长为48.9±2.81 cm，而13°N~18°N海域胴长为20.3~51.2 cm，平均胴长为36.3±8.03 cm，优势胴长为32.0~42.0 cm。经单因素方差(ANOVA)分析2个种群间的胴长的P=0.00002 < 0.05，差异性显著。陈新军等[12]认为印度洋西北部海域鸢乌贼分为形态特征存在一定差异性的3个种群：大型种群、中型种群和小型种群，其中大型种群主要分布在18°N以北海域，中型种群主要分布在12°N~18°N海域，小型种群主要分布在12°N以南及赤道附近海域，且这3个种群重叠分布；谷津明彦[3]也认为该海域的鸢乌贼存在3个不同体型的种群，此文所得出的种群结构与陈新军、谷津明彦等研究的结果基本一致。因此，印度洋西北部13°以北海域鸢乌贼种群在形态学与遗传上都可以被区分为18°N~20°N、13°N~18°N 2个不同的种群。
3.2 印度洋西北部海域鸢乌贼的遗传多样性
Shannon多样性指数表示种群间的多样性占总多样性的比例，可以用来估测遗传多样性在种群内和种群间的分布，即估测种群的遗传分化程度。利用Shannon多样性指数计算出的印度洋西北部海域鸢乌贼的遗传多样性指数为0.3676±0.1801，为较高的水平。由于其遗传多样性水平较高，种群分化较大，从侧面可以说明印度洋西北部海域鸢乌贼2个种群在形态上差别很大的原因。
另外，此研究结果还揭示，与18°N~20°N海域鸢乌贼种群相比，13°N~18°N海域鸢乌贼种群拥有较高的多态性位点比例，而遗传多态性却相对较低(表 3)，这一结果可能与所选用8条RAPD引物有关；笔者因此推测出13°N~18°N海域鸢乌贼可能所受的捕捞压力相对较大，生长速度较快。基于此研究的分析结果，该海域鸢乌贼2个种群间在遗传背景上存在较大的差异，且种群内的遗传变异水平较高，笔者认为，对该海域鸢乌贼资源的规模性开发还处于较合理水平。
3.3 RAPD结果的分析方法
种以下类群包括亚种、品种及地理种群等，遗传分析的目的在于了解遗传多样性、鉴别种群、分析种群间的差异大小和微进化等，多数学者采用2种方法对RAPD结果进行处理并对上述问题进行探讨[13-15]：(1)寻找种群的特有遗传标记，据此可以鉴别不同的种群；(2)基于遗传相似率的分析，包括相似率比较、遗传距离分析、聚类分析等。此研究在进行RAPD实验过程中未能寻找到用于区分印度洋西北部海域鸢乌贼2个种群的RAPD分子标记，这可能是由于在此次实验中使用引物较少的原因所造成的。因而，此研究选用了第2种分析方法。
RAPD技术能够快速、简便地检测大量基因组DNA的遗传变异，只要采用适当的分析方法，不仅可以用于鉴定头足类资源的品系、种群结构并探讨其进化关系，还可以在探讨头足类种群分化等方面发挥重要作用。
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图 3 珠江口鱼类月份主坐标排序分析
Figure 3. Ordination of merger of fishes in the Pearl River Estuary
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图 5 珠江口鱼类采样站位主坐标排序分析
Figure 5. Ordination of merger of fishes in the Pearl River Estuary
表 1 珠江口历次鱼类资源调查
Table 1 Fishes resources researches of the Pearl River Estuary
调查年份investigation year 项目item 采样方式sample mode 调查月份investigation months 调查区域investigationarea 站位数station number 1980~1981 广东省海岸带和海涂资源综合调查 阿氏拖网 季度月 近海区 27 1986~1987 珠江口渔业资源调查 底拖网 月度 虎门水道-近海区 18 1990~1991 广东省海岛资源综合调查 底拖网 3、9 近海区为主，部份咸淡水区 25 1997~1998 铜鼓水道海豚/渔业/底栖生物调查 掺缯网、尖尾罟网 月度 内伶仃岛附近 5 2003 广州南沙水域水生生态调查 底拖网 3、4、5、8、9、10、11 虎门水道-伶仃洋水域 6 
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表 3 珠江口优势种区域变化和季节变化
Table 3 The seasonal and spatial variations of the dominant species
区域area 种类species ni/N(%) wi/W(%) fi/m(%) Dy 季节season 种类species ni/N(%) wi/W(%) fi/m(%) Dy 珠江口Pearl RiverEstuarine 丽叶鲹C.kalla 47.8 46.9 37.0 35 011 春夏spring-summer 丽叶鲹C.kalla 57.7 28.7 42.2 36 469 棘头梅童鱼C.lucidus 24.4 2.3 39.4 11 663 鱼C.lucidus 20.0 5.4 31.1 7 898 凤鲚C.mystus 5.2 2.1 40.9 2 983 刺鲳P.anomala 0.8 5.1 53.3 3 119 杜氏棱鳀T.dussumieri 3.7 3.1 41.7 2 850 带鱼T.haumela 1.4 5.2 44.4 2 940 银鲳P.argenteus 0.5 3.2 59.1 2 158 杜氏棱鳀T.dussumieri 3.3 4.8 35.6 2 817 带鱼T.haumela 0.9 2.3 46.5 1 491 燕尾鲳P.nozawae 0.4 4.6 37.8 1 857 黄斑鲾L.bindus 2.8 1.5 26.0 1 096 黄斑鲾L.bindus 3.4 4.3 22.2 1 726 赤鼻棱鳀T.kammalensis 2.8 3.4 17.3 1 064 凤鲚C.mystus 2.9 0.7 44.4 1 612 总计total 87.9 67.7 竹筴鱼T.japonica 1.7 3.3 26.7 1 313 淡水区freshwaterzone 广东鲂M.hoffmanni 3.0 53.3 63.2 35 520 斑点马鲛S.guttatus 0.1 3.8 28.9 1 108 中华海鲶A.sinensis 10.1 16.2 94.7 24 913 赤鼻棱鳀T.kammalensis 1.2 2.6 28.9 1 096 七丝鲚C.grayi 23.9 3.5 89.5 24 484 总计total 92.6 68.4 棘头梅童鱼C.lucidus 44.1 3.7 31.6 15 102 夏秋summer-autumn 棘头梅童鱼C.lucidus 45.5 8.5 39.6 21 377 凤鲚C.mystus 14.6 1.1 63.2 9 843 丽叶鲹C.kalla 10.1 16.1 35.4 9 290 鲈鱼L.japonicus 0.7 4.6 26.3 1 398 凤鲚C.mystus 7.9 3.6 33.3 3 847 总计total 96.3 82.3 杜氏棱鳀T.dussumieri 4.7 3.8 43.8 3 721 咸淡水区brackish waterzone 棘头梅童鱼C.lucidus 70.7 48.9 100 119 637 广东鲂M.hoffmanni 0.3 14.9 16.7 2 540 凤鲚C.mystus 18.4 23.0 96.9 40 153 黄斑鲾L.bindus 4.4 1.4 43.8 2 517 银鲳P.argenteus 1.0 6.2 68.8 4 932 黄带鲱鲤U.moluccensis 2.0 2.4 43.8 1 914 康氏小公鱼A.commersonii 1.9 1.1 37.5 1 142 带鱼T.japonicus 0.7 2.9 43.8 1 600 鳓鱼I.elongata 0.3 1.5 59.4 1 116 中华海鲶A.sinensis 1.1 4.1 25.0 1 316 总计total 92.4 80.8 赤鼻棱鳀T.kammalenis 7.1 8.1 8.3 1 271 近岸区inshorezone 丽叶鲹C.kalla 63.4 43.4 55.6 59 337 乌鲳F.niger 0.3 2.1 47.9 1 122 杜氏棱鳀T.dussumieri 4.2 4.1 63.9 5 323 银鲳P.argenteus 0.3 1.7 52.1 1 031 棘头梅童鱼C.lucidus 13.2 2.8 33.3 5 314 总计total 84.5 69.6 银鲳P.argenteus 0.3 3.8 83.3 3 432 秋冬autumn-winter 丽叶鲹C.kalla 80.5 86.4 60.0 100 144 燕尾鲳P.nozawae 0.7 4.7 61.1 3 267 棘头梅童鱼C.lucidus 6.3 2.0 66.7 5 543 赤鼻棱鳀T.kammalenis 5.8 9.4 19.4 2 972 杜氏棱鳀T.dussumieri 2.9 1.4 80.0 3 440 中华青鳞H.nymphaea 1.6 4.9 36.1 2 370 凤鲚C.mystus 4.2 1.2 60.0 3 208 带鱼T.japonicus 0.6 1.6 72.2 1 565 银鲳P.argenteus 0.3 2.9 86.7 2 777 棕腹刺鲀L.spadiceus 0.4 2.8 44.4 1 419 总计total 94.2 93.8 总计total 90.2 77.6 冬末later-winter 银鲳P.argenteus 13.2 34.1 88.9 42 083 近海区offshorezone 丽叶鲹C.kalla 70.2 66.1 42.5 57 931 凤鲚C.mystus 22.2 8.9 38.9 12 099 黄斑鲾T.japonicus 8.2 2.7 65.0 7 079 棘头梅童鱼C.lucidus 10.3 11.1 38.9 8 348 杜氏棱鳀T.dussumieri 6.5 3.5 57.5 5 734 带鱼T.japonicus 7.4 3.6 72.2 7 991 带鱼T.japonicus 2.2 3.6 77.5 4 481 斑点马鲛S.guttatus 0.6 10.6 50.0 5 587 黄带鲱鲤U.moluccensis 2.1 1.7 60.0 2 231 鹿斑鲾L.ruconins 11.2 2.1 38.9 5 135 刺鲳P.anomala 1.1 2.6 52.5 1 923 杜氏棱鳀T.dussumieri 13.1 6.0 22.2 4 248 银鲳P.argenteus 0.3 3.0 55.0 1 796 中国鲳P.sinensis 0.1 5.3 27.8 1 505 长尾大眼鲷P.tayenus 1.2 1.9 45.0 1 386 棕腹刺鲀L.spadiceus 2.7 2.5 27.8 1 448 总计total 91.7 85.0 多齿蛇鲻S.tumbil 2.6 3.4 27.8 1 395 总计total 82.5 87.6
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