Characteristics of micorsatellites and genetic structure of wild Channa maculata
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摘要:
斑鳢 (Channa maculata) 是华南地区的本土经济鱼类，也是杂交鳢的亲本之一。养殖个体逃逸可能会对野生种群产生影响，存在种质混杂的风险，亟须开展野生资源的遗传背景分析。该研究分析了斑鳢基因组中微卫星标记的分布特征，筛选获得20个多态性位点构建多重PCR体系，对广州、化州、江华、南宁、阳江和邵武6个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示，6个野生群体各位点的等位基因 (Na) 为3~28、有效等位基因 (Ne) 为1.28~14.88、观测杂合度 (Ho) 为0.10~1.00、期望杂合度 (He) 为0.14~0.95以及多态信息含量 (PIC) 为0.13~0.95。UPGAM系统进化树结果显示，化州和福建种群遗传关系最近，化州和江华种群遗传关系最远。该研究结果将为斑鳢的遗传监测和亲缘关系鉴定提供技术支持，为斑鳢种质资源养护及管理提供参考。
Abstract:Channa maculata is not only an indigenous economic fish in South China but also a parent species of cultured hybrid snakehead. Escape of the bred individuals may have impacts on wild populations, which makes genetic background analysis of wild resources an urgently need. This study analyzed the distribution characteristics of microsatellite markers in genome of C. maculata, and developed 20 polymorphic loci to analyze the genetic diversity and genetic structure of six wild populations named as Guangzhou, Huazhou, Jianghua, Nanning, Yangjiang and Shaowu populations. The results show that the number of alleles (Na) of the six wild populations was 3−28; the number of effective alleles (Ne) was 1.28−14.88; the observed heterozygosity (Ho) was 0.10−1.00; the expected heterozygosity (He) was 0.14−0.95; the polymorphic information content (PIC) was 0.13−0.95. The UPGAM dendrogram indicates that the genetic relationship between Huazhou and Fujian populations was the closest, but that between Huazhou and Jianghua populations was the farthest. This study provides basis for the conservation and management of germplasm resources of C. maculata.
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Keywords:
- Channa maculata /
- Genetic structure /
- Microsatellite marker /
- Wild population
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斑鳢 (Channa maculata) 隶属于硬骨鱼纲、鲈形目、攀鲈亚目、鳢科、鳢属[1]，是我国重要的淡水经济鱼类[2]。其与乌鳢 (Channa argus) 杂交获得的杂交鳢具有明显的杂种优势[3]，已成为主要养殖品种之一。随着鳢的养殖规模逐渐扩大，苗种和亲本需求量剧增，而斑鳢亲本源于早期饲料驯化群体，遗传多样性较低，近年来出现了近亲繁殖、种质退化，抗病能力下降等问题。同时由于杂交鳢可育，养殖群体逃逸到自然群体中会造成野生群体遗传混杂等问题，亟需开展野生资源的遗传背景分析。
开展鱼类种群遗传背景研究有多种方法，包括形态学、同工酶及DNA水平。如陈薛伟杰等[4]利用形态学与框架分析法研究锦江和乌江大眼鳜 (Siniperca kneri) 群体与北盘江群体的形态差异；舒琥等[5]通过可量性状及框架结构发现华南及邻近地区的大刺鳅 (Mastacembelus armatus) 形态上存在明显分化；张龙岗等[6]发现苹果酸脱氢酶 (MDH) 和乙醇脱氢酶 (ADH) 可辨别乌鳢和杂交鳢。然而，以上均是对物种遗传变异的间接性反映，无法直接呈现出个体或群体间的遗传变异，而DNA序列的变异是遗传物质的改变，能够直接反映群体的遗传多样性和分化状况。
随着分子生物学的发展，DNA水平上的变异检测先后发展出限制性内切酶片段长度多态性 (Restriction fragment length polymorphism，RFLP)、随机扩增多态性DNA标记 (Random amplified polymorphic DNA，RAPD)、扩增片段长度多态性 (Amplified fragment length polymorphism，AFLP)、微卫星 (Simple sequence repeats，SSR) 等多种方法。其中，微卫星作为一种共显性标记，具有分布广、数量多、多态性信息丰富以及易于检测等优点，已被广泛用于群体遗传、多样性监测、家系鉴定等工作[7-8]。目前已有利用微卫星标记对二长棘鲷 (Parargyrops edita)[9]、红螯螯虾 (Cherax quadricarinatus)[10]、鲍[11]、青蟹 (Scylla paramamosain)[12]等进行种群遗传多样性研究的报道。
本研究利用高通量测序的方法对斑鳢进行微卫星标记开发，筛选多态性标记对我国自然分布区代表性野生群体进行种群遗传分析，为其种质的合理利用提供基础。
1. 材料与方法
1.1 实验材料
2017年4月至2018年9月，分别从广东、广西、福建、湖南等斑鳢自然分布地采集到196尾活体样本，取其部分尾鳍置于含有无水乙醇的离心管中，后带回实验室−20 ℃保存备用。样本采集信息见表1，采样点分布见图1。
表 1 斑鳢采集位置及数量Table 1. Sampling sites and quantity of C. maculata in this study群体编号
Population No.采样地点
Sampling site经纬度
Coordinate所属江段 (水系)
Water system样本数量
Quantity of samples样本采集部位
Tissue of samples1 广州 GZ 112.25°E，23.06°N 河口 (珠江) 29 鳍条 2 化州 HZ 110.65°E，21.92°N 鉴江 30 鳍条 3 江华 JH 111.58°E，26.43°N 湘江 35 鳍条 4 南宁 NN 108.22°E，22.79°N 邕江 (珠江) 33 鳍条 5 阳江 YJ 111.78°E，22.26°N 漠阳江 41 鳍条 6 邵武 SW 117.49°E，27.34°N 闽江 28 鳍条 1.2 实验方法
1.2.1 基因组DNA提取
参照试剂盒 (美国OMEGA Bio-Tek公司) NO. D3096-02说明书提取基因组DNA。经1%琼脂糖凝胶电泳对DNA进行检测，−20 ℃保存备用。
1.2.2 高通量测序与SSR分析
使用HiSeq2500高通量测序仪 (Illumina，USA) 对斑鳢基因组DNA进行“全基因组随机测序”，测序服务由深圳华大海洋科技有限公司提供。全基因组测序完成后进行拼接，过滤掉接头和低质量序列，使用软件MISA (http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/misa.html) 搜索微卫星位点。
1.2.3 引物设计与合成
从获得的微卫星序列中，挑选在不同的Scaffold上，重复次数介于20~45的微卫星片段，若在相同Scaffold上，则选择在基因组中间距5 Mb以上的微卫星片段进行克隆，参考张新宇和高燕宇[13]引物设计原则，使用Primer 5.0软件设计引物。在正向引物5'端分别添加用蓝色 (FAM：AGCTCGACCAGTGAGTCAG)、红色 (PET：CACGACGTTGTAAAACGAC) 和绿色 (VIC：CAGGAACTCAGTGTGACACTC) 标记的不同接头序列，并交由广州天一辉远基因科技有限公司合成。
1.2.4 引物的筛选
引物筛选参考Wang等[14]的描述。
1.2.5 数据统计
采用Peak Scanner Software 1.0软件对荧光标记微卫星进行基因型判定，并记录在Excel表格中。利用Popgen 32来计算等位基因 (Na)，有效等位基因 (Ne)，观测杂合度 (Ho) 和期望杂合度 (He)；使用Cervus软件统计多态信息含量 (PIC) 和哈迪-温伯格平衡 (HWE) 等种群遗传学参数；利用Arlequin 3.1软件计算种群间遗传距离、遗传分化系数 (FST) 和AMOVE方法分析6个群体的遗传差异；最后根据遗传距离在MEGA 5.1软件中构建UPMGA进化树。
2. 结果
2.1 斑鳢基因组中微卫星标记的分布
测序获得的数据量为318.4 Gb，经过处理组装得到基因组大小为627 Mb，共获得微卫星序列355 297条。检测出的SSR包含1、2、3、4和5个碱基重复单元的个数分别是187 962、139 672、20 272、6 059和1 094，5种重复微卫星出现频率分别是49.76%、26.30%、14.26%、7.29%和2.40% (表2)。随着碱基数的增加，不同重复单元出现的频率呈明显下降趋势。
表 2 斑鳢基因组序列中不同重复单元微卫星分布情况Table 2. Distribution of different types of SSR in genomic sequence单元碱基数
Number of base重复类型
Type of repeatSSR数目
Number of SSR出现频率
Frequency/%平均分布频率
Average distribution frequency/kb1 2 187 962 49.76 3.34 2 4 139 672 26.30 4.49 3 10 20 272 14.26 20.27 4 31 6 059 7.29 103.46 5 66 1 094 2.40 573.01 在单碱基重复中，A/T类型出现的频率最高(66.14%)；2碱基重复中，AC/GT类型出现的频率最高 (58.63%)；3碱基重复的SSR中AAC/GTT类型出现的频率最高 (17.21%)；4碱基重复的SSR中AAAC/GTTT类型出现的频率最高 (7.77%)；5碱基重复中，AAAGG/CCTTT类型出现的频率最高 (2.75%)，不同重复单元SSR的出现频率见表3。
表 3 斑鳢基因组序列中不同重复单元微卫星的出现频率Table 3. Frequency of classified repeat types of SSR in genomic sequence of C. maculata重复单元
Repeat unit重复次数 Repeat times 合计
Total5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 ≥21 A/T − − − − − 47 951 30 595 20 655 15 009 11 498 9 085 7 334 5 685 4 358 3 348 2 714 2 201 328 141 C/G − − − − − 4 830 3 552 2 415 1 320 737 462 365 288 214 183 154 97 167 999 AC/GT − 22 654 13 182 9 847 8 188 7 081 6 526 6 013 5 537 4 869 4 257 3 276 2 581 2 468 2 182 1 635 1 455 153 757 AG/CT − 7 028 3 756 2 298 1 487 1 043 838 637 583 524 424 351 280 293 265 211 183 52 034 AT/AT − 2 594 1 476 884 608 461 265 231 206 160 95 99 60 42 21 16 18 31 836 CG/CG − 171 83 20 11 3 − − − − − − − − − − − 24 620 AAC/GTT 1 261 599 314 200 132 84 50 21 25 11 11 5 6 2 3 3 − 24 463 AAG/CTT 816 303 181 105 68 54 33 30 24 14 9 9 12 6 9 3 2 21 742 AAT/ATT 2 464 1 134 652 424 357 297 239 231 198 148 125 80 53 50 34 38 22 20 065 ACC/GGT 478 203 106 66 33 20 8 2 − − − − − − − − − 13 711 ACG/CGT 22 12 4 − − 1 − − 1 − − − − − − − − 12 850 ACT/AGT 484 194 132 102 66 52 41 27 21 26 16 17 8 7 6 2 5 13 683 AGC/CTG 1 119 530 294 183 118 68 41 25 15 9 10 4 2 1 1 1 1 12 485 AGG/CCT 1 198 525 321 220 121 86 45 35 17 14 5 − 3 1 − − − 10 071 ATC/ATG 754 438 261 181 103 63 46 27 19 13 10 6 6 − 4 − − 7 496 CCG/CGG 59 14 3 1 1 − − − − − − − − − − − − 5 611 AAAC/GTTT 569 257 120 41 24 3 9 4 3 2 1 1 1 − 2 1 − 5 643 AAAG/CTTT 138 72 38 34 25 16 9 7 6 2 3 2 − − − − 1 4 975 AAAT/ATTT 896 315 102 35 9 4 3 − 1 1 − − − − − 3 − 4 624 AACC/GGTT 21 9 5 1 − 1 − − − − − − − − − − − 3 260 AACG/CGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 3 288 AACT/AGTT 38 13 6 8 1 3 2 2 − − − − − 1 − − − 3 315 AAGC/CTTG 4 − − 1 − − − − − 1 − − − − − − − 3 286 AAGG/CCTT 30 18 7 4 − − − − − − − − − − − − − 3 289 AAGT/ACTT 32 9 5 2 2 − 2 1 − − − − − 1 − − − 3 242 AATC/ATTG 88 40 30 17 13 11 3 3 2 − − 1 − − 1 − 1 3 192 AATG/ATTC 96 51 26 14 7 11 4 3 1 − 1 − − − − − − 3 000 AATT/AATT 43 11 9 − − 1 1 − − − − − − − − − − 2 797 ACAG/CTGT 160 63 36 11 5 5 4 1 2 2 − 1 1 − − − − 2 738 ACAT/ATGT 152 81 52 29 17 9 12 6 5 3 3 − 2 1 1 2 − 2 458 ACCC/GGGT 24 4 − − − − − − − − − − − − − − − 2 101 ACCG/CGGT − 3 − − − − − − − − − − − − − − − 2 076 ACCT/AGGT 13 5 1 − − − − 1 − − − − − − − − − 2 090 ACGC/CGTG 73 35 12 2 3 1 3 − − 1 − − 1 − − − − 2 071 ACGG/CCGT 5 1 − − − − − − − − − − − − − − − 1 941 ACGT/ACGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 1 938 ACTC/AGTG 80 42 12 23 12 5 3 4 1 2 3 3 − 2 − − − 1 938 ACTG/AGTC 25 14 9 2 1 1 1 − − 1 1 − − − − − − 1 751 AGAT/ATCT 230 159 122 69 70 51 40 32 17 25 11 16 6 11 4 7 3 1 710 AGCC/CTGG 3 1 2 1 − 1 − − − − − − − − − − − 852 AGCG/CGCT 7 1 − − − − − − − − − − − − − − − 845 AGCT/AGCT 14 2 − − − − − − − − − − − − − − − 853 AGGC/CCTG 22 9 7 5 1 1 1 − − − − − − − − − − 838 AGGG/CCCT 65 33 10 1 1 − − − − − − − − − − − − 892 ATCC/ATGG 186 78 54 22 14 7 4 1 1 2 − − 1 − − − − 787 ATCG/ATCG 1 − − 1 − − − − − − − − − − − − − 429 ATGC/ATGC 2 1 2 − − − − − − − − − − − − − − 442 AAAAC/GTTTT 47 17 1 − − − − − − − − − − − − − − 474 AAAAG/CTTTT 15 3 4 − − 2 1 − 1 − 1 1 − − − − − 410 AAAAT/ATTTT 35 6 3 − − − − 1 − − − − − − − − − 404 AAACC/GGTTT 5 2 2 − − − − − − − − − − − − − − 361 AAACT/AGTTT 7 3 1 1 − − − − − − − − − − − − − 353 AAAGC/CTTTG 2 1 − − 1 − − − − − − − − − − − − 345 AAAGG/CCTTT 7 5 1 2 2 1 − − − − − − − − − − − 658 AAAGT/ACTTT 4 2 1 − 1 1 − − − − 1 1 − − − − − 644 AAATC/ATTTG 2 − 3 − 1 − − − − − − − − − − − − 634 AAATT/AATTT 8 − 1 − 2 − − − − − − − − − − − − 631 AACAC/GTGTT 7 8 − − − 1 − − − 1 1 − − − − − − 632 AACAG/CTGTT 3 − − − − − − − − − − − − − − − − 623 AACAT/ATGTT 9 3 4 − − − − 1 − − − − − − − − − 637 AACCC/GGGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 621 AACCT/AGGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 621 AACTG/AGTTC 3 − − − − − − − − − − − − − − − − 621 AACTT/AAGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 622 AAGAC/CTTGT − 1 1 − − 1 2 − − − − − − − − − − 627 AAGAG/CTCTT 8 1 1 2 − − 1 − − 1 − − − − − − − 623 AAGAT/ATCTT 7 2 4 1 − 1 − − − − − − − − − − − 611 AAGCC/CTTGG 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 598 AAGCT/AGCTT 13 2 − 1 − − − − − − − − − − − − − 598 AAGGT/ACCTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 602 AAGTC/ACTTG 74 11 10 4 1 − − − − − − − − − − − − 602 AAGTG/ACTTC 3 2 − − − − − − − − − − − − − − − 506 AATAC/ATTGT 9 1 2 − − − − − − − − − − − − − − 503 AATAG/ATTCT 5 3 4 − 3 − − − − − − − − − − − − 492 AATAT/ATATT 19 10 2 1 − − 2 1 2 − − − − − − − − 493 AATCC/ATTGG 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 581 AATCT/AGATT 15 3 1 1 1 − 1 − − − − − − − − − − 583 AATGC/ATTGC 1 − − − 1 − − − − − − − − − − − − 564 AATGG/ATTCC − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 563 AATGT/ACATT 4 − − − − − − − − − − − − − − − − 564 AATTC/AATTG 241 56 9 6 2 − − 2 1 − − − − − − − − 561 ACACC/GGTGT 2 1 1 − − − − − − − − − − − − − − 246 ACACG/CGTGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 245 ACACT/AGTGT − 2 − 1 − − − − − − − − − − − − − 245 ACAGC/CTGTG 8 3 − 1 − − − − − − − − − − − − − 259 ACAGG/CCTGT 4 3 − − − 1 − − 1 − − − − − − − − 251 ACAGT/ACTGT 12 3 1 1 − − − − − − − − − − − − − 242 ACATC/ATGTG 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 225 ACATG/ATGTC − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 224 ACCAG/CTGGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 223 ACCAT/ATGGT − − 2 − 2 − − − − − − − − − − − − 222 ACCCC/GGGGT 5 1 − − − − − − − − − − − − − − − 218 ACCGG/CCGGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 212 ACCTC/AGGTG 1 − 1 − − − − − − − − − − − − − − 211 ACGAG/CGTCT − 1 1 − − − − − − − − − − − − − − 209 ACGAT/ATCGT − − 1 − − − − − − − − − − − − − − 207 ACTAT/AGTAT 7 5 1 3 3 − − 1 − − − − − − − − − 206 ACTCC/AGTGG − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 186 ACTCT/AGAGT 1 1 1 1 − − − − − − − − − − − − − 185 ACTGC/AGTGC 2 − − − − − − − − − − − − − − − − 181 ACTGG/AGTCC 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 179 AGAGC/CTCTG 13 3 − − − − − − − − − − − − − − − 178 AGAGG/CCTCT 42 29 7 5 8 12 3 12 4 2 − 1 − − − − − 162 AGATC/ATCTG 3 − − − − − − − − − − − − − − − − 37 AGATG/ATCTC 1 − − 1 − − 1 − − − − − − − − − − 34 AGCAT/ATGCT − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 31 AGCCC/CTGGG − 2 − − − − − − − − − − − − − − − 30 AGCGG/CCGCT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 28 AGCTC/AGCTG 2 − − − − − − − − − − − − − − − − 27 AGGCC/CCTGG 1 − 2 − − − − − − − − − − − − − − 25 AGGGC/CCCTG − − − − − 1 − − − − − − − − − − − 22 AGGGG/CCCCT 12 2 2 1 − − − − − − − − − − − − − 21 ATATC/ATATG 3 − − − 1 − − − − − − − − − − − − 4 以碱基重复数为横坐标，SSR数量为纵坐标，结果见图2，SSR数量随着碱基重复次数的增加明显减少。
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图 2 基因组中微卫星数量随碱基重复次数变化趋势Figure 2. Variation curve of number of SSRs in genome with repeat times2.2 斑鳢多态性微卫星标记筛选与多重PCR体系构建
使用Primer 5.0软件设计引物30对，根据Wang等[14]描述最终筛选出20个具有多态性且能稳定扩增的位点，构建7个多重PCR体系，用于6个斑鳢野生群体的扩增，结果见表4。
表 4 斑鳢微卫星位点相关信息Table 4. Information of 20 microsatellite loci from C. maculata多重PCR
Multiplex PCR位点
Locus引物序列 (5'−3')
Primer sequence简单重复单元
Repeat motif退火温度
Annealing temperature/℃荧光标记
Fluorescent labelMultiplex set 1 BCM83 F: TGAGAGATTTCCTGGGAGAATTA (ATA)33 60 FAM R: AACAGAACAAACACAGAAAAGGC BCM9 F: AACTGAACCTCATTCAGAACCAA (AC)32 61 PET R: CTATCACCCAGTAAACTGCATCC BCM94 F: TAAATTTAAATGCCACATGGGAG (AAAC)32 61 VIC R: GCAACCAAAAATGTAGGAGTCTG Multiplex set 2 BL-12 F: ACACCATAACAGTGACAA (TCTA)24 59 FAM R: GAGCAGAGTCAGTGTAGGTT BL-18 F: CCATACCTACCCAACCTG (GATA)25 59 PET R: CATCCTCATCCAGACCAT BL-19 F: ATCCATACCTACCCAACC (AGAT)22 60 VIC R: CATCCTCATCCAGACCAT Multiplex set 3 BCM90 F: ATATATTCCCATGCTGTTGTTGC (AC)32 61 FAM R: TTGTATTGTCAAAATTGTGTGCG BCM11 F: TGCAAAGCACGATAAGAACTACA (TAA)33 58 PET R: TATCAAAACTTGCTGCCAATAGC BL-4 F: AAAGAGGAGATTTCTGGAT (AGA)42 59 VIC R: CTGCCTGTTTGTCTGTCA Multiplex set 4 BCM97 F: CCCTCACTCTCTATCCAGTCCTT (AC)32 60 FAM R: GAGGGGAAATAGCCAGTGTAATG BL-24 F: TTGCCTTGTACTGACATT (TCTA)29 61 VIC R: CTCCCATAGTGCTCCGTG BL-33 F: TGACACTCACAGCCTCAG (ATCT)24 58 PET R: CACAACGTGGGATACAAT Multiplex set 5 BCM87 F: GTTTTTACCACAGCCAAAAACTG (GT)32 60 FAM R: CTGGAATACATTCGCTGTCTAGC BCM10 F: TTTGTTCTGGCAAACACTTTAGA (ATA)33 62 PET R: CTTTGGCCCAAGTAGTCATATTT Multiplex set 6 BCM95 F: CACATGCTCCCTATAGACAGTCC (AC)32 59 FAM R: TATGTGAGCCGGATGATAGAGTT BL-3 F: GATTGAACCACTCACCCT (GTA)40 61 PET R: GTAAGAAGCAGCATTGCA BL-21 F: TGACACTCACAGCCTCAG (ATCT)24 58 FAM R: CACAACGTGGGATACAAT Multiplex set 7 BCM91 F: CAAGAAGAAGACTGATACTGGGG (GT)32 59 FAM R: GATACAGGCATCCAAATTCTGAG BCM12 F: TGTAAAAGCAGCTATTCTTTGTTTC (TTA)33 60 PET R: CAACACTACCACCACCACAACTA BL-34 F: GGAAGAAGCTGTAAGAGG (AAAC)22 58 VIC R: AGTTGGCAATGGTGGAGA 2.3 斑鳢不同地理种群遗传多样性分析
本研究中斑鳢的6个群体各位点的Na、Ne、Ho、He和PIC分别介于3~28、1.28~14.88、0.10~1.00、0.14~0.95、0.13~0.95；各群体的Na、Ne、Ho、He和PIC分布介于6.4~13.45、2.53~9.44、0.287 8~0.661 9、0.520 5~0.874 5、0.480 5~0.848 1，6个群体中，群体JH遗传多样性相对较低 (0.480 5)，其余群体均呈现较高的多态性 (PIC>0.5)，结果见表5。另外结果显示6个斑鳢群体的Hardy-Weinberg平衡偏离常数均小于0.05，说明6个斑鳢群体具有极显著的遗传不平衡。单群体单基因座检测结果显示，79.17%表现为极显著的遗传不平衡 (P<0.01)；7.5%表现为显著的遗传不平衡 (0.01<P<0.05)；13.33%表现为遗传平衡状态 (P>0.05)。
表 5 6个斑鳢群体的多样性指数Table 5. Genetic diversity indices of six C. maculata populations位点
Locus指数
Index群体 Population 平均
Total广州 GZ 化州 HZ 江华 JH 南宁 NN 阳江 YJ 邵武 SW BCM83 Na 11 8 4 8 10 8 8.166 7 Ne 4.380 2 4.054 1 1.389 7 3.716 7 6.502 9 5.351 5 4.232 5 Ho 0.793 1 0.500 0 0.028 6 0.697 0 0.829 3 0.392 9 0.540 2 He 0.785 2 0.766 1 0.284 5 0.742 2 0.856 7 0.827 9 0.710 4 PIC 0.741 0 0.719 0 0.267 0 0.692 0 0.828 0 0.789 0 0.672 7 HWE 0.000 0 0.056 9 0.000 0 0.402 3 0.000 0 0.000 0 − BCM9 Na 5 13 8 15 9 8 9.666 7 Ne 2.248 7 7.058 8 3.319 8 8.126 9 2.333 1 4.639 1 4.621 1 Ho 0.551 7 0.633 3 0.057 1 0.666 7 0.487 8 0.250 0 0.441 1 He 0.565 0 0.872 9 0.708 9 0.890 4 0.578 4 0.798 7 0.735 7 PIC 0.524 0 0.844 0 0.655 0 0.866 0 0.550 0 0.751 0 0.698 3 HWE 0.000 0 0.034 6 0.000 0 0.002 0 0.000 0 0.000 0 − BL-12 Na 8 17 8 9 21 11 12.333 3 Ne 2.624 0 13.235 3 2.608 4 3.882 4 11.940 3 7.009 6 6.883 3 Ho 0.413 8 0.633 3 0.484 8 0.818 2 0.850 0 0.555 6 0.626 0 He 0.629 8 0.940 1 0.626 1 0.753 8 0.927 8 0.873 5 0.791 9 PIC 0.580 0 0.919 0 0.552 0 0.715 0 0.911 0 0.843 0 0.753 3 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.231 8 0.000 0 0.000 0 − BL-18 Na 6 15 4 11 14 12 10.333 3 Ne 4.805 7 9.556 8 2.688 9 3.067 6 7.837 3 8.615 4 6.095 3 Ho 0.965 5 0.724 1 0.787 9 0.606 1 0.764 7 0.321 4 0.695 0 He 0.805 8 0.911 1 0.637 8 0.684 4 0.885 4 0.900 0 0.804 1 PIC 0.760 0 0.887 0 0.555 0 0.656 0 0.860 0 0.873 0 0.765 2 HWE 0.005 8 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.000 0 − BL-19 Na 6 16 4 11 16 12 10.833 3 Ne 4.805 7 9.523 8 2.688 9 3.071 9 7.305 9 8.209 4 5.934 3 Ho 0.965 5 0.666 7 0.787 9 0.575 8 0.700 0 0.285 7 0.663 6 He 0.805 8 0.910 2 0.637 8 0.684 8 0.874 1 0.894 2 0.801 2 PIC 0.760 0 0.887 0 0.555 0 0.657 0 0.850 0 0.867 0 0.762 7 HWE 0.005 8 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BCM90 Na 4 9 5 6 6 6 6.000 0 Ne 2.345 9 5.056 2 2.411 4 1.716 7 2.614 3 3.359 4 2.917 3 Ho 0.586 2 0.766 7 0.514 3 0.375 0 0.487 8 0.703 7 0.572 3 He 0.583 8 0.815 8 0.593 8 0.424 1 0.625 1 0.715 6 0.626 4 PIC 0.484 0 0.775 0 0.535 0 0.395 0 0.549 0 0.655 0 0.565 5 HWE 0.364 7 0.245 4 0.000 0 0.001 7 0.506 0 0.616 0 − BCM11 Na 9 16 8 14 14 18 13.166 7 Ne 7.218 9 11.612 9 1.354 3 7.920 0 6.146 3 9.467 5 7.286 7 Ho 0.931 0 0.866 7 0.142 9 0.969 7 0.926 8 0.888 9 0.787 7 He 0.876 6 0.929 4 0.265 4 0.887 2 0.847 6 0.911 3 0.786 3 PIC 0.846 0 0.907 0 0.256 0 0.862 0 0.819 0 0.886 0 0.762 7 HWE 0.002 5 0.296 9 0.000 0 0.931 0 0.000 0 0.478 9 − BL-4 Na 9 24 11 22 28 17 18.500 0 Ne 3.706 9 15.929 2 7.538 5 13.212 9 9.261 7 12.255 3 10.317 4 Ho 0.428 6 0.533 3 0.142 9 0.593 8 0.463 4 0.333 3 0.415 9 He 0.743 5 0.953 1 0.899 5 0.939 0 0.903 0 0.937 9 0.896 0 PIC 0.706 0 0.942 0 0.855 0 0.947 0 0.887 0 0.913 0 0.875 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BCM97 Na 6 9 5 7 11 9 7.833 3 Ne 3.985 8 4.663 2 1.284 2 2.722 5 5.766 7 5.444 4 3.977 8 Ho 1.000 0 0.633 3 0.151 5 0.575 8 0.829 3 0.857 1 0.674 5 He 0.762 3 0.798 9 0.224 7 0.642 4 0.836 8 0.831 2 0.682 7 PIC 0.714 0 0.762 0 0.211 0 0.573 0 0.809 0 0.792 0 0.643 5 HWE 0.000 1 0.197 4 0.000 0 0.000 0 0.011 9 0.108 5 − BL-24 Na 10 16 5 12 14 8 10.833 3 Ne 4.792 0 9.045 2 1.976 8 9.151 3 5.520 2 5.807 4 6.048 8 Ho 0.724 1 0.500 0 0.000 0 0.848 5 0.702 7 0.321 4 0.516 1 He 0.805 2 0.904 5 0.502 0 0.904 4 0.830 1 0.842 9 0.798 2 PIC 0.763 0 0.880 0 0.462 0 0.881 0 0.804 0 0.805 0 0.765 8 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.215 7 0.000 0 0.000 0 − BL-33 Na 8 21 8 11 14 16 13.000 0 Ne 4.847 3 14.754 1 2.927 1 2.773 4 3.705 2 8.166 7 6.195 6 Ho 0.689 7 0.700 0 0.428 6 0.322 6 0.435 9 0.607 1 0.530 7 He 0.807 6 0.948 0 0.667 9 0.649 9 0.739 6 0.893 5 0.784 4 PIC 0.765 0 0.928 0 0.622 0 0.623 0 0.693 0 0.867 0 0.749 7 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.003 1 − BCM87 Na 8 9 5 9 10 9 8.333 3 Ne 4.072 6 4.422 6 1.436 1 4.204 6 5.345 0 5.333 3 4.135 7 Ho 0.724 1 0.466 7 0.000 0 0.606 1 0.829 3 0.535 7 0.527 0 He 0.767 7 0.787 0 0.308 1 0.773 9 0.822 9 0.827 3 0.714 5 PIC 0.725 0 0.750 0 0.290 0 0.732 0 0.791 0 0.788 0 0.679 3 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.000 0 − BCM10 Na 6 17 9 12 15 10 11.500 0 Ne 3.689 4 10.526 3 4.702 5 5.613 4 9.391 1 6.400 0 6.720 5 Ho 0.714 3 0.700 0 0.600 0 0.697 0 0.634 1 0.250 0 0.599 2 He 0.742 2 0.920 3 0.798 8 0.834 5 0.904 5 0.859 1 0.843 2 PIC 0.680 0 0.898 0 0.758 0 0.804 0 0.884 0 0.825 0 0.808 2 HWE 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.015 6 0.000 0 0.000 0 − BCM95 Na 9 21 8 14 13 15 13.333 3 Ne 5.339 7 13.235 3 2.110 2 11.000 0 6.331 5 7.466 7 7.580 6 Ho 0.724 1 0.633 3 0.200 0 0.757 6 0.756 1 0.607 1 0.613 0 He 0.827 0 0.940 1 0.533 7 0.923 1 0.852 5 0.881 8 0.826 4 PIC 0.789 0 0.920 0 0.505 0 0.902 0 0.825 0 0.853 0 0.799 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.029 9 0.000 0 0.000 0 − BL-3 Na 9 14 10 19 18 14 14.000 0 Ne 3.112 8 10.055 2 1.784 4 14.222 2 10.568 8 9.49 02 8.205 6 Ho 0.150 0 0.333 3 0.171 4 0.458 3 0.208 3 0.409 1 0.288 4 He 0.696 2 0.917 5 0.446 0 0.949 5 0.924 6 0.915 4 0.808 2 PIC 0.653 0 0.892 0 0.430 0 0.925 0 0.898 0 0.886 0 0.780 7 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BL-21 Na 11 21 7 11 15 17 13.666 7 Ne 5.360 3 14.876 0 2.822 6 2.998 2 4.224 1 9.286 6 6.594 6 Ho 0.629 6 0.666 7 0.514 3 0.275 9 0.542 9 0.925 9 0.592 6 He 0.828 8 0.948 6 0.655 1 0.678 2 0.774 3 0.909 2 0.799 0 PIC 0.791 0 0.929 0 0.602 0 0.648 0 0.737 0 0.883 0 0.765 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.120 0 − BCM91 Na 8 6 3 8 8 7 6.666 7 Ne 1.783 7 2.125 1 1.155 1 2.550 4 3.379 1 4.215 1 2.534 8 Ho 0.103 4 0.333 3 0.028 6 0.363 6 0.450 0 0.107 1 0.231 0 He 0.447 1 0.538 4 0.136 2 0.617 2 0.713 0 0.776 6 0.538 1 PIC 0.427 0 0.506 0 0.128 0 0.567 0 0.654 0 0.733 0 0.502 5 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BCM12 Na 11 21 7 11 15 17 13.666 7 Ne 5.360 3 14.876 0 2.822 6 2.998 2 4.224 1 9.286 6 6.594 6 Ho 0.629 6 0.666 7 0.514 3 0.275 9 0.542 9 0.925 9 0.592 6 He 0.828 8 0.948 6 0.655 1 0.678 2 0.774 3 0.909 2 0.799 0 PIC 0.791 0 0.929 0 0.602 0 0.648 0 0.737 0 0.883 0 0.765 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.120 0 − BL-34 Na 6 11 5 8 11 8 8.166 7 Ne 2.805 0 7.409 7 1.407 2 6.135 2 6.387 2 5.695 3 4.9733 Ho 0.892 9 0.689 7 0.029 4 0.787 9 0.800 0 0.259 3 0.576 5 He 0.655 2 0.880 2 0.293 7 0.849 9 0.854 1 0.840 0 0.728 9 PIC 0.576 0 0.850 0 0.278 0 0.817 0 0.827 0 0.802 0 0.691 7 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.087 2 0.000 0 0.000 0 − BCM94 Na 3 12 4 5 7 3 5.666 7 Ne 2.326 4 6.766 9 2.117 5 2.472 2 4.650 1 2.217 8 3.425 2 Ho 0.620 7 0.633 3 0.171 4 0.333 3 0.634 1 0.107 1 0.416 7 He 0.580 2 0.866 7 0.535 4 0.604 7 0.794 6 0.559 1 0.656 8 PIC 0.507 0 0.837 0 0.492 0 0.545 0 0.754 0 0.475 0 0.601 7 HWE 0.006 0 0.005 6 0.000 0 0.000 0 0.000 9 0.000 0 − 注：Na. 等位基因；Ne. 有效等位基因；Ho. 观测杂合度；He. 期望杂合度；PIC. 多态信息含量；HWE. Hardy-Weinberg平衡偏离常数 Note: Na. Number of alleles; Ne. Effective number of alleles; Ho. Observed heterozygosity; He. Expected heterozygosity; PIC. Polymorphism Information Content; HWE. Hardy-Weinberg 2.4 斑鳢群体间遗传分化分析
利用Arlequin 3.1软件得到6个斑鳢群体间的遗传距离 (表6)，GZ和JH群体间遗传距离最大 (0.476 072)，NN和JH群体间次之(0.402 79)，HZ和SW群体间最小 (0.065 88)。基于UPMGA法利用MEGA 5.1软件对6个斑鳢群体进行聚类分析，结果显示，HZ和SW群体遗传距离最小，首先聚为一支，紧接着与YJ群体聚为一支，之后与NN和GZ群体聚为一支，最后与JH群体聚为一支 (图3)。
表 6 6个斑鳢群体间的遗传距离Table 6. Genetic distance among six C. maculata populations群体
Population广州
GZ化州
HZ江华
JH南宁
NN阳江
YJ邵武
SW广州 GZ 化州 HZ 0.117 69 江华 JH 0.476 72 0.268 98 南宁 NN 0.153 89 0.079 37 0.402 79 阳江 YJ 0.120 51 0.067 34 0.361 52 0.106 18 邵武 SW 0.154 59 0.065 88 0.399 60 0.114 65 0.066 38 AMOVA分析结果表明6个斑鳢群体间的两两遗传分化系数FST介于0.061 8~0.322 8 (表7)，群体间的遗传分化达到了极显著性水平 (P<0.01)。其中GZ和JH群体间的FST值最大 (0.322 8)，NN和JH群体次之 (0.287 1)，HZ和SW群体间最小 (0.061 8)。群体内和群体间的遗传变异分析结果显示，在总的遗传变异中，群体间的遗传变异占15.18%，而群体内的遗传变异占84.82% (表8)。
表 7 6个斑鳢群体的遗传分化系数 (FST，对角线下) 和基因流 (Nm，对角线上)Table 7. Gene differentiation (FST, above the diagonal) and gene flow indices (Nm, below the diagonal) among six C. maculata populations群体
Population广州
GZ化州
HZ江华
JH南宁
NN阳江
YJ邵武
SW广州 GZ − 2.124 4 0.524 4 1.624 5 2.074 5 1.617 2 化州 HZ 0.105 3 − 0.929 4 3.150 0 3.712 6 3.794 7 江华 JH 0.322 8 0.212 0 − 0.620 7 0.691 5 0.625 6 南宁 NN 0.133 4 0.073 5 0.287 1 − 2.354 7 2.180 7 阳江 YJ 0.107 6 0.063 1 0.265 5 0.096 0 − 3.766 1 邵武 SW 0.133 9 0.061 8 0.285 5 0.102 9 0.062 3 − 注：Nm=0.25 (1−FST)/FST，下表同此 Note: The same below 表 8 6个斑鳢群体的AMOVA分析Table 8. Analysis on molecular variance (AMOVA) of six C. maculata populations变异来源
Source of variation平方和
Sum of squares变异组分
Variance component变异百分比
Variation percentage/
%群体间 Among populations 460.645 1.347 32 15.18 群体内 Within populations 2 796.240 7.529 68 84.82 合计 Total 3 256.884 8.877 00 − 3. 讨论
传统的微卫星分离技术主要包括小片段基因组DNA随机克隆法和磁珠富集法[15]。谢楠等[16]利用斑鳢EST序列发现8 439个SSR，SSR出现频率为19.03%；朱传坤等[17]利用磁珠富集法分离获得162个乌苏里拟鲿微卫星标记；曲妮妮等[18]利用FIASCO方法获得了479个合浦珠母贝微卫星标记。传统方法开发的微卫星标记虽然在一定程度上足够用于种群遗传多样性分析以及亲缘关系鉴定等工作，但不能满足遗传连锁图谱构建和特定基因定位等对分子标记需求量较大的研究需要。随着测序成本的降低，平台通量不断扩大，利用二代测序技术对基因组随机测序便可在短期内获得大量的微卫星序列[19]。Yuan等[20]对翘嘴鳜 (Siniperca chuatsi) 采用高通量测序，获得14 094个EST-SSR位点；李薇等[21]利用HiSeq 2500 高通量测序仪对达氏鲟 (Acipenser dabryanus) 基因组 DNA 进行随机测序，获得83 000多条SSR序列；孔啸兰等[22]对长体圆鲹 (Decapterus macrosoma) 进行高通量测序获得58 180个微卫星序列。而本研究利用HiSeq 2500高通量测序仪 (Illumina，USA) 进行全基因组测序，共获得355 297条斑鳢微卫星序列，这为筛选更多高多态性的微卫星标记及后续的资源养护、良种选育工作提供了重要保障。
目前，微卫星用于评价群体的遗传多样性已有诸多报道，Olsen等[23]研究发现SSR比线粒体DNA能够更好地揭示阿拉斯加鲱形白鲑 (Coregonus clupeaformis) 种群的遗传结构；Norouzi和Pouekazemi[24]在利用SSR研究闪光鲟 (Acipenser stellatus) 中发现沿里海海岸线有不同的遗传群体存在；Min等[25]对淡水贻贝 (Lamprotula leai) 微卫星分析发现近交是影响其位点偏离Hardy-Weinberg平衡的关键因子；陈静等[26]利用10个微卫星位点在10个日本沼虾 (Macrobrachium Nipponense) 群体中检测到平均Na为23.9、平均Ho为0.65~0.72、平均He为0.79~0.88。与上述研究类似，本研究样本数量为28~41，采用20个微卫星位点进行群体分析，群体平均Na介于6.4~14.8、平均Ho为0.288~0.662，平均He为0.52~0.87，其中在斑鳢化州群体中共检测到296个Na，Ho为0.33~0.87，He为0.54~0.95，多态信息含量为0.51~0.94，说明本研究采用的方法可行有效。PIC是衡量微卫星位点多态性高低的指标，Boststein[27]提出划分标准，PIC>0.5时该位点具有高度多态性；0.25<PIC<0.5时，该位点具有中度多态性；PIC<0.25时，该位点为低度多态性。本研究中，6个斑鳢群体的20个微卫星位点多态信息含量为0.565 5~0.875 0，均高于0.5，表明本实验所选取的位点均属于高度多态性。同时，根据牛东红等[28]在2010年探究样本数量对遗传多样性指标的影响时指出，当样本数量大于30时遗传多样性指数趋于稳定，表明本研究选取的样本适用于斑鳢种群遗传多样性的分析，具有较高的可靠性。
杂合度是度量群体遗传变异的最适参数[29]，种群杂合度越高，表明该种群遗传多样性越高，群内变异越大[30-31]，反之亦然。Ho与He相差越多，表明该种群受自然灾害、种内近交以及人为破坏因素影响越大，群体处于遗传不平衡状态；反之，若两者相差越近则表明该种群处于遗传平衡。本研究中，6个斑鳢群体平均Ho均小于对应的He，这与武世雄等[32]关于大泷六线鱼 (Hexagrammos otakii) 遗传多样性的研究结果类似，表明用于本研究的6个野生斑鳢群体均处于遗传不平衡状态。同时，Hardy-Weinberg平衡偏离常数显示，有79.17%的基因座表现为极显著的遗传连锁不平衡，7.5%的基因座表现为显著的遗传不平衡，仅有13.33%的基因座表现为遗传平衡。这可能是由于斑鳢属于非洄游性鱼类，主要分布于水系上游以及湖泊水库等水域，存在近亲交配，且各种群之间相隔较远，因而基因交流减少，造成部分等位基因缺失，从而出现杂合子缺失的现象[33-34]。同时，本研究中斑鳢各群体Ne较少，这可能是由于生存环境的逐渐恶化，如水体污染以及人们的肆意捕捞和鱼类产卵场所遭破坏等原因，导致种群活动区域缩小，有效种群缩小，近交严重，有效等位基因丢失[35]。
目前，遗传分化系数FST被广泛应用于衡量群体间的遗传分化程度，按照Balloux和Lugon-moulin[36]在2002年提出的评判标准，FST<0.05时表示种群间分化程度弱；0.05<FST<0.15时表示分化程度中等；0.15<FST<0.25时表示分化程度较大；若FST>0.25，则表示分化程度极大。本研究中6个斑鳢群体间JH与其他5个群体间的FST值均大于0.15，且除与HZ群体小于0.25外，与另外4个群体间FST值均大于0.25，属于表示江华群体与其他群体分化程度极大；广州、化州、南宁、阳江、邵武群体间的FST值均介于0.05~0.15，属于中等分化程度。AMOVA分析结果表明，6个群体遗传变异主要来源于群体内 (84.82%)，来源于群体间的变异为15.18%。本研究认为造成这种现象的原因可能是由于群体处于不同自然环境下，当地气候[37]、水体环境[38]、河流底泥营养成分[39]和底层微生物[40]等均不同，这些因子会直接或者间接地影响种群中某些基因的表达，进而引起种群波动和生态特征的变化。
本研究结果显示，HZ、YJ和SW 3个群体间遗传距离最近，在聚类分化时首先聚为一支，随后与NN、GZ 群体聚为一支；JH群体与其他5个群体间的遗传距离均较远，最后JH群体才与它们聚为一支。本文分析JH与其他种群遗传距离远，分化程度大的原因可能是JH群体的环境因子，如温度、盐度、饵料和底质等与其他群体不同[41]，也可能是由于JH群体生活的环境相对较封闭，与其他种群的基因交流较少[42]；湖南既有斑鳢也有乌鳢自然分布，属于由南到北，由斑鳢向乌鳢转变的过渡区[43]，在自然条件下可能存在基因交流，杂交鳢的遗传距离与斑鳢间的遗传距离较斑鳢种群内部更远[44]，这也可能是JH群体分化程度大的原因。NN与GZ群体遗传距离较近，推测是因为NN与GZ虽然分别属于西江与北江，但都属于珠江流域河流，为天然地理群体的基因交流提供了机会[45]，NN与GZ间的Nm值为1.624 5 (Nm是评估种群间基因交流的参数，Nm>1，表示基因交流水平较高) 也佐证了这一点。同时，杂交鳢可育，在养殖或流通过程中有可能逃逸到自然水体，从而造成野生群体的混杂。
4. 结论
本研究通过对斑鳢基因组进行高通量测序，获得了355 297条微卫星序列，与传统方法相比具有明显优势，将成为微卫星开发的主要手段之一。利用筛选的20个高多态性微卫星标记对花都、化州、江华、南宁、阳江和邵武6个斑鳢群体进行遗传多样性分析；结果表明，6个群体均有较高的遗传多样性，且种群间存在中等或高度分化状况。本研究为斑鳢种群管理、养殖亲本遗传改良奠定了基础。
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图 2 基因组中微卫星数量随碱基重复次数变化趋势
Figure 2. Variation curve of number of SSRs in genome with repeat times
表 1 斑鳢采集位置及数量
Table 1 Sampling sites and quantity of C. maculata in this study
群体编号
Population No.采样地点
Sampling site经纬度
Coordinate所属江段 (水系)
Water system样本数量
Quantity of samples样本采集部位
Tissue of samples1 广州 GZ 112.25°E，23.06°N 河口 (珠江) 29 鳍条 2 化州 HZ 110.65°E，21.92°N 鉴江 30 鳍条 3 江华 JH 111.58°E，26.43°N 湘江 35 鳍条 4 南宁 NN 108.22°E，22.79°N 邕江 (珠江) 33 鳍条 5 阳江 YJ 111.78°E，22.26°N 漠阳江 41 鳍条 6 邵武 SW 117.49°E，27.34°N 闽江 28 鳍条 
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表 2 斑鳢基因组序列中不同重复单元微卫星分布情况
Table 2 Distribution of different types of SSR in genomic sequence
单元碱基数
Number of base重复类型
Type of repeatSSR数目
Number of SSR出现频率
Frequency/%平均分布频率
Average distribution frequency/kb1 2 187 962 49.76 3.34 2 4 139 672 26.30 4.49 3 10 20 272 14.26 20.27 4 31 6 059 7.29 103.46 5 66 1 094 2.40 573.01
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表 3 斑鳢基因组序列中不同重复单元微卫星的出现频率
Table 3 Frequency of classified repeat types of SSR in genomic sequence of C. maculata
重复单元
Repeat unit重复次数 Repeat times 合计
Total5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 ≥21 A/T − − − − − 47 951 30 595 20 655 15 009 11 498 9 085 7 334 5 685 4 358 3 348 2 714 2 201 328 141 C/G − − − − − 4 830 3 552 2 415 1 320 737 462 365 288 214 183 154 97 167 999 AC/GT − 22 654 13 182 9 847 8 188 7 081 6 526 6 013 5 537 4 869 4 257 3 276 2 581 2 468 2 182 1 635 1 455 153 757 AG/CT − 7 028 3 756 2 298 1 487 1 043 838 637 583 524 424 351 280 293 265 211 183 52 034 AT/AT − 2 594 1 476 884 608 461 265 231 206 160 95 99 60 42 21 16 18 31 836 CG/CG − 171 83 20 11 3 − − − − − − − − − − − 24 620 AAC/GTT 1 261 599 314 200 132 84 50 21 25 11 11 5 6 2 3 3 − 24 463 AAG/CTT 816 303 181 105 68 54 33 30 24 14 9 9 12 6 9 3 2 21 742 AAT/ATT 2 464 1 134 652 424 357 297 239 231 198 148 125 80 53 50 34 38 22 20 065 ACC/GGT 478 203 106 66 33 20 8 2 − − − − − − − − − 13 711 ACG/CGT 22 12 4 − − 1 − − 1 − − − − − − − − 12 850 ACT/AGT 484 194 132 102 66 52 41 27 21 26 16 17 8 7 6 2 5 13 683 AGC/CTG 1 119 530 294 183 118 68 41 25 15 9 10 4 2 1 1 1 1 12 485 AGG/CCT 1 198 525 321 220 121 86 45 35 17 14 5 − 3 1 − − − 10 071 ATC/ATG 754 438 261 181 103 63 46 27 19 13 10 6 6 − 4 − − 7 496 CCG/CGG 59 14 3 1 1 − − − − − − − − − − − − 5 611 AAAC/GTTT 569 257 120 41 24 3 9 4 3 2 1 1 1 − 2 1 − 5 643 AAAG/CTTT 138 72 38 34 25 16 9 7 6 2 3 2 − − − − 1 4 975 AAAT/ATTT 896 315 102 35 9 4 3 − 1 1 − − − − − 3 − 4 624 AACC/GGTT 21 9 5 1 − 1 − − − − − − − − − − − 3 260 AACG/CGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 3 288 AACT/AGTT 38 13 6 8 1 3 2 2 − − − − − 1 − − − 3 315 AAGC/CTTG 4 − − 1 − − − − − 1 − − − − − − − 3 286 AAGG/CCTT 30 18 7 4 − − − − − − − − − − − − − 3 289 AAGT/ACTT 32 9 5 2 2 − 2 1 − − − − − 1 − − − 3 242 AATC/ATTG 88 40 30 17 13 11 3 3 2 − − 1 − − 1 − 1 3 192 AATG/ATTC 96 51 26 14 7 11 4 3 1 − 1 − − − − − − 3 000 AATT/AATT 43 11 9 − − 1 1 − − − − − − − − − − 2 797 ACAG/CTGT 160 63 36 11 5 5 4 1 2 2 − 1 1 − − − − 2 738 ACAT/ATGT 152 81 52 29 17 9 12 6 5 3 3 − 2 1 1 2 − 2 458 ACCC/GGGT 24 4 − − − − − − − − − − − − − − − 2 101 ACCG/CGGT − 3 − − − − − − − − − − − − − − − 2 076 ACCT/AGGT 13 5 1 − − − − 1 − − − − − − − − − 2 090 ACGC/CGTG 73 35 12 2 3 1 3 − − 1 − − 1 − − − − 2 071 ACGG/CCGT 5 1 − − − − − − − − − − − − − − − 1 941 ACGT/ACGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 1 938 ACTC/AGTG 80 42 12 23 12 5 3 4 1 2 3 3 − 2 − − − 1 938 ACTG/AGTC 25 14 9 2 1 1 1 − − 1 1 − − − − − − 1 751 AGAT/ATCT 230 159 122 69 70 51 40 32 17 25 11 16 6 11 4 7 3 1 710 AGCC/CTGG 3 1 2 1 − 1 − − − − − − − − − − − 852 AGCG/CGCT 7 1 − − − − − − − − − − − − − − − 845 AGCT/AGCT 14 2 − − − − − − − − − − − − − − − 853 AGGC/CCTG 22 9 7 5 1 1 1 − − − − − − − − − − 838 AGGG/CCCT 65 33 10 1 1 − − − − − − − − − − − − 892 ATCC/ATGG 186 78 54 22 14 7 4 1 1 2 − − 1 − − − − 787 ATCG/ATCG 1 − − 1 − − − − − − − − − − − − − 429 ATGC/ATGC 2 1 2 − − − − − − − − − − − − − − 442 AAAAC/GTTTT 47 17 1 − − − − − − − − − − − − − − 474 AAAAG/CTTTT 15 3 4 − − 2 1 − 1 − 1 1 − − − − − 410 AAAAT/ATTTT 35 6 3 − − − − 1 − − − − − − − − − 404 AAACC/GGTTT 5 2 2 − − − − − − − − − − − − − − 361 AAACT/AGTTT 7 3 1 1 − − − − − − − − − − − − − 353 AAAGC/CTTTG 2 1 − − 1 − − − − − − − − − − − − 345 AAAGG/CCTTT 7 5 1 2 2 1 − − − − − − − − − − − 658 AAAGT/ACTTT 4 2 1 − 1 1 − − − − 1 1 − − − − − 644 AAATC/ATTTG 2 − 3 − 1 − − − − − − − − − − − − 634 AAATT/AATTT 8 − 1 − 2 − − − − − − − − − − − − 631 AACAC/GTGTT 7 8 − − − 1 − − − 1 1 − − − − − − 632 AACAG/CTGTT 3 − − − − − − − − − − − − − − − − 623 AACAT/ATGTT 9 3 4 − − − − 1 − − − − − − − − − 637 AACCC/GGGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 621 AACCT/AGGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 621 AACTG/AGTTC 3 − − − − − − − − − − − − − − − − 621 AACTT/AAGTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 622 AAGAC/CTTGT − 1 1 − − 1 2 − − − − − − − − − − 627 AAGAG/CTCTT 8 1 1 2 − − 1 − − 1 − − − − − − − 623 AAGAT/ATCTT 7 2 4 1 − 1 − − − − − − − − − − − 611 AAGCC/CTTGG 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 598 AAGCT/AGCTT 13 2 − 1 − − − − − − − − − − − − − 598 AAGGT/ACCTT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 602 AAGTC/ACTTG 74 11 10 4 1 − − − − − − − − − − − − 602 AAGTG/ACTTC 3 2 − − − − − − − − − − − − − − − 506 AATAC/ATTGT 9 1 2 − − − − − − − − − − − − − − 503 AATAG/ATTCT 5 3 4 − 3 − − − − − − − − − − − − 492 AATAT/ATATT 19 10 2 1 − − 2 1 2 − − − − − − − − 493 AATCC/ATTGG 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 581 AATCT/AGATT 15 3 1 1 1 − 1 − − − − − − − − − − 583 AATGC/ATTGC 1 − − − 1 − − − − − − − − − − − − 564 AATGG/ATTCC − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 563 AATGT/ACATT 4 − − − − − − − − − − − − − − − − 564 AATTC/AATTG 241 56 9 6 2 − − 2 1 − − − − − − − − 561 ACACC/GGTGT 2 1 1 − − − − − − − − − − − − − − 246 ACACG/CGTGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 245 ACACT/AGTGT − 2 − 1 − − − − − − − − − − − − − 245 ACAGC/CTGTG 8 3 − 1 − − − − − − − − − − − − − 259 ACAGG/CCTGT 4 3 − − − 1 − − 1 − − − − − − − − 251 ACAGT/ACTGT 12 3 1 1 − − − − − − − − − − − − − 242 ACATC/ATGTG 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 225 ACATG/ATGTC − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 224 ACCAG/CTGGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 223 ACCAT/ATGGT − − 2 − 2 − − − − − − − − − − − − 222 ACCCC/GGGGT 5 1 − − − − − − − − − − − − − − − 218 ACCGG/CCGGT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 212 ACCTC/AGGTG 1 − 1 − − − − − − − − − − − − − − 211 ACGAG/CGTCT − 1 1 − − − − − − − − − − − − − − 209 ACGAT/ATCGT − − 1 − − − − − − − − − − − − − − 207 ACTAT/AGTAT 7 5 1 3 3 − − 1 − − − − − − − − − 206 ACTCC/AGTGG − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 186 ACTCT/AGAGT 1 1 1 1 − − − − − − − − − − − − − 185 ACTGC/AGTGC 2 − − − − − − − − − − − − − − − − 181 ACTGG/AGTCC 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 179 AGAGC/CTCTG 13 3 − − − − − − − − − − − − − − − 178 AGAGG/CCTCT 42 29 7 5 8 12 3 12 4 2 − 1 − − − − − 162 AGATC/ATCTG 3 − − − − − − − − − − − − − − − − 37 AGATG/ATCTC 1 − − 1 − − 1 − − − − − − − − − − 34 AGCAT/ATGCT − 1 − − − − − − − − − − − − − − − 31 AGCCC/CTGGG − 2 − − − − − − − − − − − − − − − 30 AGCGG/CCGCT 1 − − − − − − − − − − − − − − − − 28 AGCTC/AGCTG 2 − − − − − − − − − − − − − − − − 27 AGGCC/CCTGG 1 − 2 − − − − − − − − − − − − − − 25 AGGGC/CCCTG − − − − − 1 − − − − − − − − − − − 22 AGGGG/CCCCT 12 2 2 1 − − − − − − − − − − − − − 21 ATATC/ATATG 3 − − − 1 − − − − − − − − − − − − 4
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表 4 斑鳢微卫星位点相关信息
Table 4 Information of 20 microsatellite loci from C. maculata
多重PCR
Multiplex PCR位点
Locus引物序列 (5'−3')
Primer sequence简单重复单元
Repeat motif退火温度
Annealing temperature/℃荧光标记
Fluorescent labelMultiplex set 1 BCM83 F: TGAGAGATTTCCTGGGAGAATTA (ATA)33 60 FAM R: AACAGAACAAACACAGAAAAGGC BCM9 F: AACTGAACCTCATTCAGAACCAA (AC)32 61 PET R: CTATCACCCAGTAAACTGCATCC BCM94 F: TAAATTTAAATGCCACATGGGAG (AAAC)32 61 VIC R: GCAACCAAAAATGTAGGAGTCTG Multiplex set 2 BL-12 F: ACACCATAACAGTGACAA (TCTA)24 59 FAM R: GAGCAGAGTCAGTGTAGGTT BL-18 F: CCATACCTACCCAACCTG (GATA)25 59 PET R: CATCCTCATCCAGACCAT BL-19 F: ATCCATACCTACCCAACC (AGAT)22 60 VIC R: CATCCTCATCCAGACCAT Multiplex set 3 BCM90 F: ATATATTCCCATGCTGTTGTTGC (AC)32 61 FAM R: TTGTATTGTCAAAATTGTGTGCG BCM11 F: TGCAAAGCACGATAAGAACTACA (TAA)33 58 PET R: TATCAAAACTTGCTGCCAATAGC BL-4 F: AAAGAGGAGATTTCTGGAT (AGA)42 59 VIC R: CTGCCTGTTTGTCTGTCA Multiplex set 4 BCM97 F: CCCTCACTCTCTATCCAGTCCTT (AC)32 60 FAM R: GAGGGGAAATAGCCAGTGTAATG BL-24 F: TTGCCTTGTACTGACATT (TCTA)29 61 VIC R: CTCCCATAGTGCTCCGTG BL-33 F: TGACACTCACAGCCTCAG (ATCT)24 58 PET R: CACAACGTGGGATACAAT Multiplex set 5 BCM87 F: GTTTTTACCACAGCCAAAAACTG (GT)32 60 FAM R: CTGGAATACATTCGCTGTCTAGC BCM10 F: TTTGTTCTGGCAAACACTTTAGA (ATA)33 62 PET R: CTTTGGCCCAAGTAGTCATATTT Multiplex set 6 BCM95 F: CACATGCTCCCTATAGACAGTCC (AC)32 59 FAM R: TATGTGAGCCGGATGATAGAGTT BL-3 F: GATTGAACCACTCACCCT (GTA)40 61 PET R: GTAAGAAGCAGCATTGCA BL-21 F: TGACACTCACAGCCTCAG (ATCT)24 58 FAM R: CACAACGTGGGATACAAT Multiplex set 7 BCM91 F: CAAGAAGAAGACTGATACTGGGG (GT)32 59 FAM R: GATACAGGCATCCAAATTCTGAG BCM12 F: TGTAAAAGCAGCTATTCTTTGTTTC (TTA)33 60 PET R: CAACACTACCACCACCACAACTA BL-34 F: GGAAGAAGCTGTAAGAGG (AAAC)22 58 VIC R: AGTTGGCAATGGTGGAGA
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表 5 6个斑鳢群体的多样性指数
Table 5 Genetic diversity indices of six C. maculata populations
位点
Locus指数
Index群体 Population 平均
Total广州 GZ 化州 HZ 江华 JH 南宁 NN 阳江 YJ 邵武 SW BCM83 Na 11 8 4 8 10 8 8.166 7 Ne 4.380 2 4.054 1 1.389 7 3.716 7 6.502 9 5.351 5 4.232 5 Ho 0.793 1 0.500 0 0.028 6 0.697 0 0.829 3 0.392 9 0.540 2 He 0.785 2 0.766 1 0.284 5 0.742 2 0.856 7 0.827 9 0.710 4 PIC 0.741 0 0.719 0 0.267 0 0.692 0 0.828 0 0.789 0 0.672 7 HWE 0.000 0 0.056 9 0.000 0 0.402 3 0.000 0 0.000 0 − BCM9 Na 5 13 8 15 9 8 9.666 7 Ne 2.248 7 7.058 8 3.319 8 8.126 9 2.333 1 4.639 1 4.621 1 Ho 0.551 7 0.633 3 0.057 1 0.666 7 0.487 8 0.250 0 0.441 1 He 0.565 0 0.872 9 0.708 9 0.890 4 0.578 4 0.798 7 0.735 7 PIC 0.524 0 0.844 0 0.655 0 0.866 0 0.550 0 0.751 0 0.698 3 HWE 0.000 0 0.034 6 0.000 0 0.002 0 0.000 0 0.000 0 − BL-12 Na 8 17 8 9 21 11 12.333 3 Ne 2.624 0 13.235 3 2.608 4 3.882 4 11.940 3 7.009 6 6.883 3 Ho 0.413 8 0.633 3 0.484 8 0.818 2 0.850 0 0.555 6 0.626 0 He 0.629 8 0.940 1 0.626 1 0.753 8 0.927 8 0.873 5 0.791 9 PIC 0.580 0 0.919 0 0.552 0 0.715 0 0.911 0 0.843 0 0.753 3 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.231 8 0.000 0 0.000 0 − BL-18 Na 6 15 4 11 14 12 10.333 3 Ne 4.805 7 9.556 8 2.688 9 3.067 6 7.837 3 8.615 4 6.095 3 Ho 0.965 5 0.724 1 0.787 9 0.606 1 0.764 7 0.321 4 0.695 0 He 0.805 8 0.911 1 0.637 8 0.684 4 0.885 4 0.900 0 0.804 1 PIC 0.760 0 0.887 0 0.555 0 0.656 0 0.860 0 0.873 0 0.765 2 HWE 0.005 8 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.000 0 − BL-19 Na 6 16 4 11 16 12 10.833 3 Ne 4.805 7 9.523 8 2.688 9 3.071 9 7.305 9 8.209 4 5.934 3 Ho 0.965 5 0.666 7 0.787 9 0.575 8 0.700 0 0.285 7 0.663 6 He 0.805 8 0.910 2 0.637 8 0.684 8 0.874 1 0.894 2 0.801 2 PIC 0.760 0 0.887 0 0.555 0 0.657 0 0.850 0 0.867 0 0.762 7 HWE 0.005 8 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BCM90 Na 4 9 5 6 6 6 6.000 0 Ne 2.345 9 5.056 2 2.411 4 1.716 7 2.614 3 3.359 4 2.917 3 Ho 0.586 2 0.766 7 0.514 3 0.375 0 0.487 8 0.703 7 0.572 3 He 0.583 8 0.815 8 0.593 8 0.424 1 0.625 1 0.715 6 0.626 4 PIC 0.484 0 0.775 0 0.535 0 0.395 0 0.549 0 0.655 0 0.565 5 HWE 0.364 7 0.245 4 0.000 0 0.001 7 0.506 0 0.616 0 − BCM11 Na 9 16 8 14 14 18 13.166 7 Ne 7.218 9 11.612 9 1.354 3 7.920 0 6.146 3 9.467 5 7.286 7 Ho 0.931 0 0.866 7 0.142 9 0.969 7 0.926 8 0.888 9 0.787 7 He 0.876 6 0.929 4 0.265 4 0.887 2 0.847 6 0.911 3 0.786 3 PIC 0.846 0 0.907 0 0.256 0 0.862 0 0.819 0 0.886 0 0.762 7 HWE 0.002 5 0.296 9 0.000 0 0.931 0 0.000 0 0.478 9 − BL-4 Na 9 24 11 22 28 17 18.500 0 Ne 3.706 9 15.929 2 7.538 5 13.212 9 9.261 7 12.255 3 10.317 4 Ho 0.428 6 0.533 3 0.142 9 0.593 8 0.463 4 0.333 3 0.415 9 He 0.743 5 0.953 1 0.899 5 0.939 0 0.903 0 0.937 9 0.896 0 PIC 0.706 0 0.942 0 0.855 0 0.947 0 0.887 0 0.913 0 0.875 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BCM97 Na 6 9 5 7 11 9 7.833 3 Ne 3.985 8 4.663 2 1.284 2 2.722 5 5.766 7 5.444 4 3.977 8 Ho 1.000 0 0.633 3 0.151 5 0.575 8 0.829 3 0.857 1 0.674 5 He 0.762 3 0.798 9 0.224 7 0.642 4 0.836 8 0.831 2 0.682 7 PIC 0.714 0 0.762 0 0.211 0 0.573 0 0.809 0 0.792 0 0.643 5 HWE 0.000 1 0.197 4 0.000 0 0.000 0 0.011 9 0.108 5 − BL-24 Na 10 16 5 12 14 8 10.833 3 Ne 4.792 0 9.045 2 1.976 8 9.151 3 5.520 2 5.807 4 6.048 8 Ho 0.724 1 0.500 0 0.000 0 0.848 5 0.702 7 0.321 4 0.516 1 He 0.805 2 0.904 5 0.502 0 0.904 4 0.830 1 0.842 9 0.798 2 PIC 0.763 0 0.880 0 0.462 0 0.881 0 0.804 0 0.805 0 0.765 8 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.215 7 0.000 0 0.000 0 − BL-33 Na 8 21 8 11 14 16 13.000 0 Ne 4.847 3 14.754 1 2.927 1 2.773 4 3.705 2 8.166 7 6.195 6 Ho 0.689 7 0.700 0 0.428 6 0.322 6 0.435 9 0.607 1 0.530 7 He 0.807 6 0.948 0 0.667 9 0.649 9 0.739 6 0.893 5 0.784 4 PIC 0.765 0 0.928 0 0.622 0 0.623 0 0.693 0 0.867 0 0.749 7 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.003 1 − BCM87 Na 8 9 5 9 10 9 8.333 3 Ne 4.072 6 4.422 6 1.436 1 4.204 6 5.345 0 5.333 3 4.135 7 Ho 0.724 1 0.466 7 0.000 0 0.606 1 0.829 3 0.535 7 0.527 0 He 0.767 7 0.787 0 0.308 1 0.773 9 0.822 9 0.827 3 0.714 5 PIC 0.725 0 0.750 0 0.290 0 0.732 0 0.791 0 0.788 0 0.679 3 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.000 0 − BCM10 Na 6 17 9 12 15 10 11.500 0 Ne 3.689 4 10.526 3 4.702 5 5.613 4 9.391 1 6.400 0 6.720 5 Ho 0.714 3 0.700 0 0.600 0 0.697 0 0.634 1 0.250 0 0.599 2 He 0.742 2 0.920 3 0.798 8 0.834 5 0.904 5 0.859 1 0.843 2 PIC 0.680 0 0.898 0 0.758 0 0.804 0 0.884 0 0.825 0 0.808 2 HWE 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.015 6 0.000 0 0.000 0 − BCM95 Na 9 21 8 14 13 15 13.333 3 Ne 5.339 7 13.235 3 2.110 2 11.000 0 6.331 5 7.466 7 7.580 6 Ho 0.724 1 0.633 3 0.200 0 0.757 6 0.756 1 0.607 1 0.613 0 He 0.827 0 0.940 1 0.533 7 0.923 1 0.852 5 0.881 8 0.826 4 PIC 0.789 0 0.920 0 0.505 0 0.902 0 0.825 0 0.853 0 0.799 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.029 9 0.000 0 0.000 0 − BL-3 Na 9 14 10 19 18 14 14.000 0 Ne 3.112 8 10.055 2 1.784 4 14.222 2 10.568 8 9.49 02 8.205 6 Ho 0.150 0 0.333 3 0.171 4 0.458 3 0.208 3 0.409 1 0.288 4 He 0.696 2 0.917 5 0.446 0 0.949 5 0.924 6 0.915 4 0.808 2 PIC 0.653 0 0.892 0 0.430 0 0.925 0 0.898 0 0.886 0 0.780 7 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BL-21 Na 11 21 7 11 15 17 13.666 7 Ne 5.360 3 14.876 0 2.822 6 2.998 2 4.224 1 9.286 6 6.594 6 Ho 0.629 6 0.666 7 0.514 3 0.275 9 0.542 9 0.925 9 0.592 6 He 0.828 8 0.948 6 0.655 1 0.678 2 0.774 3 0.909 2 0.799 0 PIC 0.791 0 0.929 0 0.602 0 0.648 0 0.737 0 0.883 0 0.765 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.120 0 − BCM91 Na 8 6 3 8 8 7 6.666 7 Ne 1.783 7 2.125 1 1.155 1 2.550 4 3.379 1 4.215 1 2.534 8 Ho 0.103 4 0.333 3 0.028 6 0.363 6 0.450 0 0.107 1 0.231 0 He 0.447 1 0.538 4 0.136 2 0.617 2 0.713 0 0.776 6 0.538 1 PIC 0.427 0 0.506 0 0.128 0 0.567 0 0.654 0 0.733 0 0.502 5 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 − BCM12 Na 11 21 7 11 15 17 13.666 7 Ne 5.360 3 14.876 0 2.822 6 2.998 2 4.224 1 9.286 6 6.594 6 Ho 0.629 6 0.666 7 0.514 3 0.275 9 0.542 9 0.925 9 0.592 6 He 0.828 8 0.948 6 0.655 1 0.678 2 0.774 3 0.909 2 0.799 0 PIC 0.791 0 0.929 0 0.602 0 0.648 0 0.737 0 0.883 0 0.765 0 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.120 0 − BL-34 Na 6 11 5 8 11 8 8.166 7 Ne 2.805 0 7.409 7 1.407 2 6.135 2 6.387 2 5.695 3 4.9733 Ho 0.892 9 0.689 7 0.029 4 0.787 9 0.800 0 0.259 3 0.576 5 He 0.655 2 0.880 2 0.293 7 0.849 9 0.854 1 0.840 0 0.728 9 PIC 0.576 0 0.850 0 0.278 0 0.817 0 0.827 0 0.802 0 0.691 7 HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.087 2 0.000 0 0.000 0 − BCM94 Na 3 12 4 5 7 3 5.666 7 Ne 2.326 4 6.766 9 2.117 5 2.472 2 4.650 1 2.217 8 3.425 2 Ho 0.620 7 0.633 3 0.171 4 0.333 3 0.634 1 0.107 1 0.416 7 He 0.580 2 0.866 7 0.535 4 0.604 7 0.794 6 0.559 1 0.656 8 PIC 0.507 0 0.837 0 0.492 0 0.545 0 0.754 0 0.475 0 0.601 7 HWE 0.006 0 0.005 6 0.000 0 0.000 0 0.000 9 0.000 0 − 注：Na. 等位基因；Ne. 有效等位基因；Ho. 观测杂合度；He. 期望杂合度；PIC. 多态信息含量；HWE. Hardy-Weinberg平衡偏离常数 Note: Na. Number of alleles; Ne. Effective number of alleles; Ho. Observed heterozygosity; He. Expected heterozygosity; PIC. Polymorphism Information Content; HWE. Hardy-Weinberg
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表 6 6个斑鳢群体间的遗传距离
Table 6 Genetic distance among six C. maculata populations
群体
Population广州
GZ化州
HZ江华
JH南宁
NN阳江
YJ邵武
SW广州 GZ 化州 HZ 0.117 69 江华 JH 0.476 72 0.268 98 南宁 NN 0.153 89 0.079 37 0.402 79 阳江 YJ 0.120 51 0.067 34 0.361 52 0.106 18 邵武 SW 0.154 59 0.065 88 0.399 60 0.114 65 0.066 38
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表 7 6个斑鳢群体的遗传分化系数 (FST，对角线下) 和基因流 (Nm，对角线上)
Table 7 Gene differentiation (FST, above the diagonal) and gene flow indices (Nm, below the diagonal) among six C. maculata populations
群体
Population广州
GZ化州
HZ江华
JH南宁
NN阳江
YJ邵武
SW广州 GZ − 2.124 4 0.524 4 1.624 5 2.074 5 1.617 2 化州 HZ 0.105 3 − 0.929 4 3.150 0 3.712 6 3.794 7 江华 JH 0.322 8 0.212 0 − 0.620 7 0.691 5 0.625 6 南宁 NN 0.133 4 0.073 5 0.287 1 − 2.354 7 2.180 7 阳江 YJ 0.107 6 0.063 1 0.265 5 0.096 0 − 3.766 1 邵武 SW 0.133 9 0.061 8 0.285 5 0.102 9 0.062 3 − 注：Nm=0.25 (1−FST)/FST，下表同此 Note: The same below
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表 8 6个斑鳢群体的AMOVA分析
Table 8 Analysis on molecular variance (AMOVA) of six C. maculata populations
变异来源
Source of variation平方和
Sum of squares变异组分
Variance component变异百分比
Variation percentage/
%群体间 Among populations 460.645 1.347 32 15.18 群体内 Within populations 2 796.240 7.529 68 84.82 合计 Total 3 256.884 8.877 00 −
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