珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究

喻达辉, 朱嘉濠

喻达辉, 朱嘉濠. 珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究[J]. 南方水产科学, 2005, 1(4): 6-12.
引用本文: 喻达辉, 朱嘉濠. 珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究[J]. 南方水产科学, 2005, 1(4): 6-12.
YU Da-hui, CHU ka-hou. Study on ITS 2 molecular markers of six pearl oyster species in the genus Pinctada[J]. South China Fisheries Science, 2005, 1(4): 6-12.
Citation: YU Da-hui, CHU ka-hou. Study on ITS 2 molecular markers of six pearl oyster species in the genus Pinctada[J]. South China Fisheries Science, 2005, 1(4): 6-12.

珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究

基金项目: 

863计划 2002AA603022

广东省科技计划 2002B2150101

广东省自然科学基金(037148)资助项目 

详细信息
    作者简介:

    喻达辉(1963-),男,副研究员,从事海洋生物技术研究。E-mail:pearlydh@pub.guangzhou.gd.cn

  • 中图分类号: Q523

Study on ITS 2 molecular markers of six pearl oyster species in the genus Pinctada

  • 摘要:

    对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、白珠母贝、黑珠母贝、长耳珠母贝、黑珠母贝和合浦珠母贝6个种的内部转录间隔区2(ITS 2)序列及其两侧的5.8S和28S的部分序列进行了比较分析。其中黑珠母贝的序列来自GenBank。PCR扩增片段大小为600 bp左右,测序结果表明,ITS 2长211~254 bp,两端的5.8S和28S分别长84 bp和272 bp(均含引物)。序列比对分析结果表明,5.8S和28S序列高度保守,不适合于种类鉴定,而ITS 2序列高度变异,270个比对位点中有146个位点发生突变,其中72个位点发生插入/缺失突变。除白珠母贝和黑珠母贝之间的遗传距离较小外,其余种类之间的遗传距离远远大于种内遗传距离。基因型分析表明,每个种具有各自特有的基因型。基因型和序列变异分析表明ITS 2序列可作为珍珠贝种类鉴定的分子标记。可用于种间、杂交育种、幼体和珍珠贝肉等材料的种类鉴定与遗传分析。

    Abstract:

    The ITS 2 complete sequences and flanked 5.8S and 28S rDNA partial sequences of six pearl oysters, namely, Pinctada maxima, P.margaritifera, P.albina, P.nigra, P.chemnitzi and P.fucata in the genus Pinctada were analyzed, among which the sequences of P. nigra were obtained from GenBank. The PCR product is about 600 bp, which contains 84 bp of 5.8S and 272 bp of 28S rDNA fragments(both including primer sequence). The full length of ITS 2 ranges from 211 to 254 bp. The sequence variation analysis indicated that 5.8S and 28S rDNA fragments are highly conservative and not suitable for species identification whereas ITS 2 is highly variable with 146 mutation sites (including 72 insertion/deletions) within 270 alignment positions. The interspecific genetic distances are much greater than the intraspecific distances except that between P.albina and P. nigra. The genotype analysis also demonstrated that each species has its own genotypes. These findings suggested that ITS 2 is a high-resolution molecular marker useful in identification of species, hybrids, larvae and tissue samples of the pearl oysters.

  • 酒糟鱼是中国传统的特色淡水鱼风味食品,原料为新鲜淡水鱼,经漂洗、腌制、干制后,以白糖、酒糟、白酒等浸渍发酵而成,具有酒味醇厚,香味浓郁等特点。传统方法生产酒糟鱼一般需1~2个月,往往以作坊式生产,受自然条件的影响较大,产品品质和卫生状况都难以控制[1-3]。目前国内外对酒糟鱼的研究主要集中在营养价值[4]、糟制方法[5]、糟制过程中微生物的生长[6]等方面,对如何缩短酒糟鱼生产周期方面的研究报道还较少见到。缩短酒糟鱼生产周期,提高生产效率,控制产品品质,是酒糟鱼工业化发展的重要因素。

    真空渗透是一种高效的食品加工方法,其原理是利用由压差引起的流体动力学机理和松弛现象[7]来达到缩短腌渍时间的目的。真空渗透能提高产品的品质,如改善冷贮藏芒果粒的硬度和质构[8]、鹅肉肌肉的嫩度[9]、火腿的品质[10]、猪肉的嫩度[11]及牛肉干的色泽和可接受性[12],此外,对改善皮蛋的品质[13]有一定的作用。基于真空渗透技术的诸多优点,将真空渗透技术与酒糟鱼加工技术相结合,提高酒糟鱼腌制发酵速率,对促进酒糟鱼工业化发展具有重大意义。该研究以罗非鱼(Oreochromis mossambicus)为原料,将真空渗透应用到酒糟鱼加工中,研究糟制温度、真空度、时间对酒糟罗非鱼生产效率和品质的影响,优化糟制工艺参数,确立酒糟鱼真空糟制工艺,缩短酒糟鱼生产周期,为酒糟鱼高效快速的工业化生产和品质控制提供理论参考。

    鲜活罗非鱼、糯米、白酒、料酒、食盐、复合香辛料、蔗糖、味精、酒曲均购于广州市海珠区华润万家超市;甲醛、氢氧化钠、硝酸银、浓硫酸等均为分析纯,购于广州齐云公司。

    809 Titrando自动电位滴定仪(瑞士Metrohm);DHG-9145A电热恒温鼓风干燥箱(上海一恒科技有限公司);DZF6050真空干燥箱(上海精宏);电子分析天平;紫外分光光度计(上海美谱达);凯氏定氮仪(瑞典FOSS公司);UItra Turrax T25B型均质机(德国IKA工业设备公司)。

    水分的测定采用恒温常压直接干燥[14];盐分的测定采用SC/T 3011—2001[15]电位滴定法;氨基态氮和总酸的测定采用中性甲醛[16]电位滴定法;粗蛋白的测定采用凯氏定氮法[17];总糖含量的测定采用GBT 9695.31—2008[18]分光光度法。鱼肉增重率η=(m2m1)/m1,其中m1为糟制前鱼肉的质量,m2为糟制后鱼肉的质量。在不同条件下糟制好的鱼块经过一定温度和时间干燥制成成品,感官评定小组由10名经过感官评定培训的成员组成,对产品的色泽、滋味、口感、香味等4个方面进行评价,总分为100分,参考谭汝成等[5]得到感官评定标准(表 1)。

    表  1  酒槽鱼感官评定标准
    Table  1.  Sensory evaluation standards of wine-lees fish
    类别class 评分标准evaluation standard 分值score
    滋味taste 甜咸适中滋味和谐酒味醇厚无酸涩味 26~30
    甜咸味重滋味较柔和酒味较醇厚无酸涩味 20~25
    甜咸轻或重酒味较淡回味短或有酸涩味 10~19
    酒味不明显回味短 0~9
    香味fragrance 酒香味突出纯正浓郁腊香味浓郁无异味 19~25
    酒香味突出柔和腊香味明显异味轻 12~18
    酒香味轻,腊香味明显异味轻 6~11
    无酒香味腊香味不足有明显异味 0~5
    色泽colour 表皮呈黄褐色均匀一致光泽好 16~20
    表皮黄褐色光泽好 11~15
    表皮呈黄色不均匀光泽差 6~10
    表皮和肉均呈深褐色或无光泽 0~5
    口感texture 咀嚼性好口感柔和 19~25
    咬劲过大口感较好 12~18
    咬劲不足或口感粗糙 6~11
    软烂或有纤维感 0~5
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    样品制备工艺流程:原料预处理→盐腌→预干制→糟制→低温冷风干燥→杀菌→真空包装→冷藏。

    糯米于清水中浸泡15 h,常压下蒸制40 min,取出后立即用约30 ℃的冷开水冲淋使饭粒分离,并降至28 ℃,转移至清洁的玻璃容器中,加入适量酒曲。其中,m(米饭) : m(酒曲)=250 : 1。将酒曲的60%与米饭拌匀,搭窝,然后将其余酒曲撒在米饭表面和窝内,加盖后于28 ℃恒温培养箱中发酵48 h。

    原料经去鳞、去内脏、去头后沿着脊椎骨取背部肉片,切成8 cm×4 cm×1.5 cm的鱼段,漂洗后沥干表面水分。将鱼以m(鱼) : V(水)=1 : 2的比例于4 ℃、15%的盐水中分别腌制4 h、7 h、10 h、13 h、16 h和20 h后,沥干表面水分。

    将腌制好的鱼片放于50 ℃的烘箱中干燥至鱼块水分质量分数分别为75%、65%、50%、40%和30%。

    将干燥后的鱼段按鱼糟质量体积比1 : 2的比例放于洁净的容器中,放于一定温度(5 ℃、15 ℃和25 ℃)和真空度(0 MPa、0.05 MPa和0.095 MPa)的真空干燥箱中糟制12 h,再恢复常压糟制12 h,如此反复2 d、4 d、6 d、8 d和12 d。

    每次实验设3个平行,取平均值。数据采用Excel 2010软件进行统计分析。

    食盐腌制过程包括了两个传质过程,1)盐从溶液进入食品结构内(鱼肌肉中),2)鱼肉中的水流出来[19]。腌制时间过短,产品风味不佳,反之产品口感较差。因此,腌制时间决定产品品质[20]。该实验在张群飞等[21]的研究基础上将沥干后的罗非鱼块于4 ℃条件下分别腌制4 h、7 h、10 h、13 h、16 h、20 h,再经50 ℃、7 h热风干燥,0.095 MPa、20 ℃、6 d间歇真空糟制制得成品。

    根据感官评价和含盐量确定最佳的腌制时间,结果分别见图 1表 2。盐腌13 h时所得产品感官评分值最高且产品风味较好(图 1)。鱼肉中含盐量约为4.71%(表 2),综合以上实验结果选择盐腌时间13 h。

    图  1  盐腌时间对鱼块咸味得分的影响
    不同字母表示数值之间存在显著性差异(P < 0.05)
    Figure  1.  Effect of pickling time on salty score of fish
    Different letters indicate significant difference.
    表  2  腌制时间对酒糟鱼含盐量的影响
    Table  2.  Effects of curing time on the salt content of fish
    腌制时间/h curing time 4 7 10 13 16 20
    w(盐)/% salt content 1.98±0.20a 2.53±0.16b 4.27±0.18c 4.71±0.22d 6.16±0.20e 6.42±0.12e
    注:同行不同上标字母表示具有显著差异(P<0.05)
    Note: Different superscripts within the same line indicate significant difference.
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    鱼块的糟醉速率可能与糟醉初始水分含量相关。该研究通过控制鱼块糟醉初始水分质量分数,达到提高糟醉速率的目的。将腌制后的鱼块分别在30 ℃、50 ℃和70 ℃的条件下热风干燥,每隔一定时间取样测水分质量分数,再经一定的糟制工艺制成成品。图 2显示的是不同热风干燥温度下罗非鱼块水分质量分数的变化。结果表明随着干燥时间的延长,鱼段水分质量分数逐渐下降,且温度越高,达到相同水分质量分数所需的时间越短。鱼肉在50 ℃温度条件下水分质量分数降到50%所需的时间与30 ℃相比缩短了13 h,在70 ℃温度条件下的热风干燥时间比50 ℃缩短了约5 h。考虑到鱼肉干燥速率与鱼肉品质,热风干燥温度选50 ℃较合适。

    图  2  干燥温度对鱼块水分质量分数的影响
    Figure  2.  Effect of dry temperature on moisture content of fish

    表 3是不同热风干燥温度对鱼肉色泽的影响。温度一定时,随着干燥时间的延长,明亮度(L*)逐渐降低,红绿色值(a*)和黄蓝色值(b*)逐渐增大,表明鱼肉的亮度随着干燥时间的延长逐渐降低,鱼肉的色泽逐渐变深。这是由于热风干燥过程中鱼肉发生美拉德反应,产生棕色物质[22-24],干燥时间越久,棕色物质积累越多[25]。除此之外,鱼肉在70 ℃干燥时,亮度降低情况较50 ℃和30 ℃明显,15 h后色泽较深(表 3),且在高温下,鱼肉表面容易出现较明显的收缩干结现象[26],不利于糟液渗入鱼肉内部,从而影响到制品的糟制效率。

    表  3  干燥温度对鱼块色泽的影响
    Table  3.  Effect of dry temperature on colour of fish
    温度/℃ temperature 时间/h time 明亮度L* light 红绿色值a* red 黄蓝色值b* yellow
    30 2 92.56±0.51a -5.21±0.44a 4.14±1.02a
    5 90.05±0.74a -4.96±0.65a 6.83±0.97b
    10 83.72±0.95b -3.67±0.38b 9.51±0.59c
    15 79.53±0.32c -2.78±0.34c 11.63±0.37d
    25 66.79±0.47d 1.03±0.83d 14.19±1.26e
    50 2 81.36±0.98a -2.92±0.48a 11.55±1.17a
    5 77.29±0.36b -2.46±0.53b 14.21±1.46b
    10 73.48±0.28c -1.10±0.72c 19.75±0.84c
    15 68.23±0.77d 0.61±0.61d 21.03±0.21d
    25 62.97±0.86e 2.39±0.35e 29.40±0.79e
    70 2 72.21±0.31a -2.04±0.58a 20.15±1.16a
    5 67.52±0.46b -0.58±0.55b 25.24±1.43b
    10 60.15±0.39c 3.30±0.70c 28.99±0.89c
    15 56.60±0.59d 5.24±0.49d 31.91±0.78d
    25 49.31±0.80e 8.69±0.33e 37.73±1.27e
    注:同列不同上标字母表示具有显著性差异(P<0.05),后表同此
    Note: Different superscripts within the same row indicate significant difference.The same case in the following tables.
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    表 4为鱼肉水分质量分数对糟制过程的影响。根据预干制干燥曲线,取不同含水量鱼肉,按糟制工艺进行糟制,根据感官评价及糟制增重率确定预干制终点水分质量分数。结果显示随着鱼肉水分质量分数的升高,鱼肉糟制后的增重率呈现先上升后下降的趋势,且糟制后鱼肉的口感、滋味、香味等感官评价值也呈现先上升后下降的趋势,由于较干鱼肉在糟制时易吸收米糟中的糟醉液,但过干的鱼肉收缩干结,在鱼肉表面形成一层硬壳,阻碍糟醉液渗入鱼肉内部,从而影响糟醉增重率和制品的口感。水分质量分数为约50%时制得的酒糟鱼产品感官评价值与干基增重率最高。综合以上分析,选定酒糟罗非鱼预干制终点鱼肉水分质量分数为50%,热风干燥温度为50 ℃,干燥时间为11 h。

    表  4  鱼块水分质量分数对糟制过程的影响
    Table  4.  Effect of moisture content of fish on wine-lees pickling processing
    w(水分)/%
    moisture content
    糟制增重率/%
    rate of wine lees pickling
    滋味
    taste
    香味
    fragrance
    色泽
    colour
    口感
    texture
    总分
    total point
    75 5.73±1.63a 26±3.02a 19±2.88a 16±1.13a 19±3.22a 80
    65 18.92±1.08b 26±2.99a 20±3.61a 18±2.76a 20±1.79a 84
    50 40.70±1.49c 28±4.24a 22±1.79a 18±2.09a 23±2.89b 91
    40 33.59±2.43d 20±2.56b 14±2.54b 15±3.17a 17±3.04a 66
    30 24.11±1.32e 9±1.06c 11±2.10c 6±1.01b 12±2.96c 38
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    酒糟鱼为发酵类产品,其风味物质与酒糟中乳酸菌、酵母菌等微生物的生长代谢有关。真空糟制可提供无氧环境,有利于乳酸菌[27]和酵母菌等兼性厌氧型微生物的生长,同时抑制杂菌的生长繁殖。真空糟制的主要影响因素有温度、真空度和糟制时间。糟醉液中氨基态氮、总糖含量较高且富含有机酸。因此以酒糟鱼中总糖、氨基态氮、盐含量、水分含量、总酸为指标,分别考察糟制温度、真空度和糟制时间对各项指标与产品品质的影响。

    由渗透理论可知,一般情况下,真空度与渗透速率呈正相关。表 5的结果显示:鱼肉中氨基态氮、总酸、总糖含量随着糟制真空度的增加而上升,盐含量随着真空度的增加呈现降低趋势,而真空度对鱼肉水分含量没有太大的影响。这是因为鱼肉在真空作用下产生一定程度的膨胀,鱼肉细胞间距增大[28],真空度越大,细胞间距越大,糟醉液更易进入鱼肉内部,提高糟醉速率。同时鱼肉较高浓度的盐分也会扩散到糟醉液中。在真空度为0.095 MPa时鱼肉的总糖、总酸和氨基态氮值优于常压和0.05 MPa,因此,真空糟制工艺真空度选择为0.095 MPa。

    表  5  真空度对酒糟鱼品质的影响
    Table  5.  Effects of vacuum degree on the quality of drunk fish
    真空度/MPa
    vacuum degree
    w(总糖)/μg·g-1
    total sugar
    w(盐)/%
    salt content
    w(总酸)/mg·g-1
    total acid
    w(氨基态氮)/g·kg-1
    amino acid nitrogen
    w(水分)/%
    moisture content
    0 34.71±0.34a 5.86±0.74a 26.11±0.41a 0.92±0.08a 63.62±1.22a
    0.05 57.91±0.52b 5.50±0.63a 28.83±0.32b 0.78±0.09b 63.20±2.17a
    0.095 71.80±0.48c 4.61±0.69b 31.34±0.62c 0.96±0.11a 63.06±1.69a
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    表 6为糟制过程中酒糟鱼感官品质的变化。结果表明,随着糟制时间的延长,酒糟鱼滋味、色泽、香味、口感等各项评分都显著提高,在糟制第6天时评分最高。这是因为随着糟制时间的延长,鱼肉中的食盐会渗透入糟醉液中,糟醉液中的风味物质和有机酸、氨基酸等物质会渗入鱼肉内部,鱼肉的咸味会由偏咸到适宜,酒糟鱼的滋味、香味等也会显著提升。酒糟鱼由于总糖含量的增加,再经过一定的干燥处理,会使酒糟鱼出现较诱人的色泽[29]和香味,有助于提升感官评价得分。此后,糟制时间继续延长,感官评分值降低,酒糟鱼出现酸涩苦味,可能是过度发酵的原因。此外,酒糟鱼中总糖含量过高时,酒糟鱼的色泽过深,从而影响感官评价值。

    表  6  糟制时间对酒糟鱼感官评价的影响
    Table  6.  Effect of vacuum wine lees pickling time on sensory evaluation of drunk fish
    糟制时间/d
    wine lees pickling time
    滋味
    taste
    香味
    fragrance
    色泽
    colour
    口感
    texture
    总分
    total point
    2 9±3.03a 11±2.98a 9±2.93a 16±1.73a 45
    4 19±2.07b 19±1.99b 11±1.76a 19±2.63ac 68
    6 28±3.46c 21±2.75bc 19±2.06b 24±3.06b 92
    8 26±2.69c 23±1.77c 20±3.17b 21±2.45c 90
    12 17±3.11b 13±2.08a 5±2.81c 11±1.86d 46
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    表 7为糟制过程中酒糟鱼品质变化。结果表明,在糟制过程中,酒糟鱼的成分出现了显著变化,这与以上分析结果即真空渗透能有效提高糟制速率相符。其中真空糟制6 d酒糟鱼品质和真空糟制8 d的相似,而真空糟制12 d总酸含量较高。考虑到糟制效率与产品的感官品质和营养成分,确定真空糟制时间为6 d。与传统糟制30 d~40 d[5]相比,糟制时间缩短了约4/5。

    表  7  糟制时间对酒糟鱼品质的影响
    Table  7.  Effect of vacuum wine lees pickling time on quality of drunk fish
    糟制时间/d
    wine lees pickling time
    w(总糖)/μg·g-1
    total sugar
    w(氨基态氮)/g·kg-1
    amino acid nitrogen
    w(总酸)/mg·g-1
    total acid
    w(盐)/%
    salt content
    w(水分)/%
    moisture content
    2 71.80±0.48a 0.96±0.11a 31.34±0.62a 4.61±0.69a 63.06±1.69a
    4 205.10±0.74b 1.58±0.11b 73.49±0.94b 3.15±0.40b 63.89±0.72a
    6 596.93±1.63c 1.98±0.15c 123.95±0.53c 2.99±0.54c 65.22±1.26b
    8 667.14±1.73d 2.16±0.14c 129.06±0.64c 2.06±0.68d 66.18±1.47c
    12 752.58±1.57e 3.28±0.10d 291.75±0.76d 1.03±0.92e 69.56±0.98d
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    表 8为糟制温度对酒糟鱼品质的影响。结果显示,糟制温度与酒糟鱼的品质呈正相关,即随着糟制温度的升高,酒糟鱼肉中氨基态氮、总酸、总糖含量逐渐增高,而鱼肉水分含量和盐含量没有显著变化。在一定温度范围内,随着温度的升高,酵母菌和乳酸菌等优势菌的生长代谢旺盛[30],对酒糟鱼的发酵成熟起到促进作用。根据渗透方程,环境温度越高时,物质的震动速率增高,酒糟鱼的渗透速率增高,酒糟鱼产品的品质好。由以上分析,酒糟鱼真空糟制温度选用25 ℃可以得到品质较高的酒糟鱼产品。

    表  8  糟制温度对酒糟鱼品质的影响
    Table  8.  Effects of vacuum wine lees pickling temperature on quality of drunk fish
    温度/℃
    temperature
    w(总糖)/μg·g-1
    total sugar
    w(盐)/%
    salt content
    w(总酸)/mg·g-1
    total acid
    w(氨基态氮)/g·kg-1
    amino acid nitrogen
    w(水分)/%
    moisture content
    5 52.94±0.45a 5.01±0.96a 30.70±0.34a 0.94±0.12a 65.07±1.16a
    15 60.08±0.57b 5.40±0.71a 33.85±0.76a 0.96±0.11a 63.51±0.63b
    25 71.80±0.37c 4.61±0.69b 31.34±0.62a 0.96±0.11a 63.06±1.69b
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    综合以上分析,真空糟制温度为25 ℃,真空糟制时间为6 d,真空度为0.095 MPa时,制得的酒糟鱼品质优于传统工艺[28]且糟制效率提高了约5倍。

    该研究综合分析了酒糟罗非鱼盐腌时间、预干制温度与时间以及真空糟制工艺对酒糟鱼成品品质的影响。发现罗非鱼鱼块在4 ℃、15%盐水条件下盐腌13 h,酒糟鱼成品咸度适宜;罗非鱼鱼块盐腌之后,在50 ℃热风干燥11 h,鱼块预干制终点水分在50%时,酒糟鱼感官评价得分较高,色泽较好;真空糟制温度25 ℃、糟制时间6 d,真空度0.095 MPa时制得的酒糟鱼品质较佳。通过真空渗透技术能够有效地提高酒糟鱼生产效率,成功避免了因长时间浸泡导致的鱼肉糜烂等问题,为酒糟鱼的工业化生产提供理论依据。

    致谢: 本研究承蒙澳大利亚的Dr. Wayne O′Connor提供澳大利亚的珍珠贝样品,广西海洋研究所阎冰先生提供广西北海的样品,广东省珍珠养殖场黄碧光场长提供广东大亚湾的样品,谨此致谢!
  • 图  1   种间ITS 2序列比对分析结果(显示单核苷酸多态(SNP)位点)

    Figure  1.   The alignment of six species ITS 2 sequences(showing the single nucleotide polymorphic sites).

    图  2   6种珠母贝的UPGMA无根系统发育树

    注:图中数字为bootstrap检测值,小于50%的未给出

    Figure  2.   Unrooted UPGMA tree showing the genetic relationships of the six Pinctada species

    Note: The number near the branch is bootstrap test value, value less than 50% are not shown.

    表  1   样品种类、采集地点以及ITS 2的扩增片段长度、基因型及其序列号

    Table  1   Species, sampling localities as well as amplified fragment length, genotype and accession numbers of ITS 2

    种类及采样地点
    species and locality
    代码
    code
    基因型
    genotype
    ITS 2(bp) 总长(bp)
    length(bp)
    GenBank序列号
    accession number
    大珠母贝P.maxima
    (海南三亚/ Sanya, Hainan)
    pmax pmax1 211 525 AY877505
    pmax2 211 525 AY883851
    pmax3 211 525 AY877504
    珠母贝P.margaritifera
    (海南三亚/ Sanya, Hainan)
    pmar pmar1 215 529 AY877507
    pmar2 214 528 AY883850
    pmar3 215 529 AY877506
    白珠母贝P.albina
    (澳大利亚/ Port Stephens)
    palb palb1 251 565 AY877508
    palb2 251 565 AY883846
    长耳珠母贝P.chemnitzi
    (海南三亚/ Sanya, Hainan)
    pche pche1 251 564 AY877511
    pche2 251 564 AY883848
    pche3 251 564 AY877510
    pche4 252 565 AY877509
    pche5 252 565 AY883847
    黑珠母贝P.nigra pnig pnig0 254 - AY192714
    pnig1 254 - AY282728
    pnig2 254 - AY282729
    pnig3 254 - AY282730
    合浦珠母贝P.fucata
    (海南三亚/ Sanya, Hainan(hn),广东大亚湾/ Daya Bay (db), Guangdong和广西北海/Beihai (bh), Guangxi)
    db db1 235 548 AY877581
    db2 231 544 AY877604
    bh bh1 233 546 AY877583
    bh2 231 544 AY877605
    hn hn1 237 550 AY877592
    hn2 230 543 AY877597
    下载: 导出CSV

    表  2   种间单核苷酸突变

    Table  2   Interspecific single nucleotide mutation

    种类
    species
    大珠母贝 珠母贝 白珠母贝 黑珠母贝 长耳珠母贝 合浦珠母贝
    大珠母贝 P.maxima - 8 21 21 23 20
    珠母贝 P.margaritifera 6 - 25 26 23 20
    白珠母贝 P.albina 31 26 - 1 19 18
    黑珠母贝 P.nigra 33 31 4 - 19 17
    长耳珠母贝 P.chemnitzi 22 22 34 34 - 14
    合浦珠母贝 P.fucata 21 19 31 32 24 -
    注:对角线下为颠换突变,对角线上为转换突变
    Note:transiversion-lower diagonal, transition-upper diagonal
    下载: 导出CSV

    表  3   珠母贝属种内与种间的遗传距离

    Table  3   Intraspecific and interspecific genetic divergences of pearl oysters in Pinctada

    种类species 1 2 3 4 5 6
    1max 0.010
    2mar 0.088 0.011
    3alb 0.271 0.280 0.004
    4nig 0.287 0.301 0.034 0.014
    5che 0.318 0.313 0.096 0.115 0.006
    6pfuc 0.268 0.280 0.233 0.238 0.223 0.014
    注:对角线为种内遗传距离,对角线下为种间遗传距离
    Note:intraspecific-diagonal, interspecific-belon diagonal
    下载: 导出CSV
  • [1] 王祯瑞. 中国近海珍珠贝科的研究[J]. 海洋科学集刊, 1978, (14): 101-117.
    [2] 王祯瑞. 软体动物门双壳纲珍珠贝亚目. 中国动物志, 无脊椎动物, 第31卷[M]. 北京: 科学出版社, 2002.68-98.
    [3]

    Hynd J S. A revision of the Australian pearl-shells, genus Pinctada (Lamellibranchia)[J]. Aust J Mar Fresh Res, 1955, 6(1): 98-137. doi: 10.1071/MF9550098

    [4] 李刚, 姜卫国, 魏贻尧. 合浦珠母贝、长耳珠母贝和大珠母贝种间人工杂交的研究: Ⅲ同工酶谱的比较研究[J]. 热带海洋, 1983, 2(4): 321-328. https://d.wanfangdata.com.cn/periodical/Ch9QZXJpb2RpY2FsQ0hJTmV3UzIwMjQxMTA1MTcxMzA0EhVDQVMyMDEzMDMwNDAwMDAyMDIwMjkaCDh2ZGF1MTJp
    [5]

    Hillis D M, Dixon M T. Ribosomal DNA: Molecular evolution and phylogenetic inference[J]. Q Rev Biol, 1991, 66(4): 411-453. doi: 10.1086/417338

    [6]

    Hillis D M, Davis S K. Ribosomal DNA: Intraspecific polymorphism, concerted evolution, and phylogeny reconstruction[J]. Syst Zool, 1988, 37(1): 63-66. doi: 10.2307/2413191

    [7]

    Sanderson M J, Doyle J J. Reconstruction of organismal and gene phylogenies from data on multigene families: concerted evolution, homoplasy, and confidence[J]. Syst Biol, 1992, 41(1): 4-17. doi: 10.1093/sysbio/41.1.4

    [8]

    Vogler A P, DeSalle R. Evolution and phylogenetic information content of the ITS-1 region in the tiger beetle, Cicindela dorsalis[J]. Mol Biol Evol, 1994, 11(3): 393-405. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040121

    [9]

    Anderson T J, Adlard R D. Nucleotide qequence of a rDNA internal transcribed spacer supports synonymy of Saccostrea commercialis and S. glomerata[J]. J Moll Stud, 1994, 60(2): 196-197. doi: 10.1093/mollus/60.2.196

    [10]

    Miller B R, Crabtree M B, Savage H M. Phylogeny of fourteen Culex mosquito species, including the Culex pipiens complex, inferred from the internal transcribed spacers of ribosoma DNA[J]. Insect Mol Biol, 1996, 5(1): 93-107. doi: 10.1111/j.1365-2583.1996.tb00044.x

    [11]

    Karvonen P, Szmidt A E, Savolainen O. ITS 2 length variation in the internal transcribed spacers of ribosomal DNA in Picea abies and related species[J]. Theor Appl Genet, 1994, 89(6): 969-974.

    [12]

    López-Piňón M J, Insua A, Méndez J. Identification of four scallop species using PCR and restriction analysis of the ribosomal DNA internal transcribed spacer region[J]. Mar Biotech, 2002, 4(5): 495-502. doi: 10.1007/s10126-002-0030-0

    [13]

    Remigio E A, Blair D. Relationships among problematic North American stagnicoline snails (Pulmonata: Lymnaeidae) reinvestigated using nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer sequences[J]. Can J Zool, 1997, 75(11): 1540-1545. doi: 10.1139/z97-779

    [14]

    Beauchamp K A, Powers D A. Sequence variation of the first internal transcribed spacer (ITS-1) of ribosomal DNA in ahermatypic corals from California[J]. Mol Mar Biol Biotech, 1996, 5(3): 357-362. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/8983201/

    [15]

    Chen C A, Chen C P, Fan T Y, et al. Nucleotide sequences of ribosomal internal transcribed spacers and their utility in distinguishing closely related Perinereis polychaetes (Annelida; Polychaeta; Nereididae)[J]. Mar Biotech, 2002, 4(1): 17-29. doi: 10.1007/s10126-001-0069-3

    [16]

    Harris D J, Crandall K A. Introgenomic variation within ITS 1 and ITS 2 of freshwater crayfishes (Decapoda: Cambaridae): Implications for phylogenetic and microsatellite studies[J]. Mol Biol Evol, 2000, 17(2): 284-291. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026308

    [17]

    He M, Huang L, Shi J, et al. Variability of ribosomal DNA ITS-2 and its utility in detecting genetic relatedness of pearl oyster[J]. Mar Biotech, 2005(In press). doi: 10.1007/s10126-004-0003-6

    [18] 喻达辉, 李有宁, 吴开畅. 中国、日本和澳大利亚珍珠贝的ITS 2序列特征分析[J]. 南方水产, 2005, 1(2): 1-5. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2005.02.001
    [19]

    Thompson J D, Gibson T J, Plewniak F, et al. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools[J]. Nucl Acids Res, 1997, 25(24): 4876-4882. doi: 10.1093/nar/25.24.4876

    [20]

    Kumar S, Tamura K, Nei M. MEGA3: molecular evolutionary genetics analysis software[M]. Tempe, Arizona: Arizona State University, USA, 2003.

    [21]

    Rozas J, Sánchez-DelBarrio J C, Messeguer X, et al. DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods[J]. Bioinformatics, 2003, 19(18): 2496-2497. doi: 10.1093/bioinformatics/btg359

    [22] 何毛贤, 黄良民. 长耳珠母贝核rRNA基因ITS-2序列分析[J]. 热带海洋学报, 2004, 23(5): 81-84. doi: 10.3969/j.issn.1009-5470.2004.05.011
  • 期刊类型引用(19)

    1. 邹丰,王楼. 智能感官技术在水产品检测中的应用进展. 江西水产科技. 2024(01): 20-26 . 百度学术
    2. 刘美娇,黎铸毅,陈秋翰,杨学博,徐颖怡,刘寿春,钟赛意,洪鹏志,朱春华. 酶解-美拉德反应制备金鲳鱼调味基料的工艺研究及风味分析. 中国调味品. 2024(06): 83-90+118 . 百度学术
    3. 赵莹鑫,张德权,葛岳,向灿,王振宇,杨伟,侯成立. 包装方式和宰后不同时间包装对羊肉品质的影响. 食品科学. 2022(15): 199-208 . 百度学术
    4. 熊雅雯,黄卉,李来好,杨贤庆,陈胜军,郝淑贤,吴燕燕,魏涯. 响应面法优化冷冻水煮罗非鱼片稳定剂配方. 食品与发酵工业. 2022(23): 225-234 . 百度学术
    5. 杭瑜瑜,张伟,张铁涛,于淑池,裴志胜. 真空包装基围虾在不同贮藏温度下的新鲜度分析. 农产品加工. 2021(11): 70-73 . 百度学术
    6. 李可欣,丁慧璞,周旭静,张捷,张晗琼,刘利萍. 金枪鱼蒸煮汁的抗氧化性、脱腥处理及其风味沙拉酱的研制. 食品工业科技. 2020(04): 153-160 . 百度学术
    7. 董浩,周晓东,鞠晓晨,钟明慧,赵元晖. 三文鱼在冰箱-18℃、-60℃条件下的冻藏品质变化研究. 家电科技. 2020(S1): 170-174 . 百度学术
    8. 陈胜军,刘先进,杨贤庆,李来好,黄卉,吴燕燕,李春生. 不同产地鲍鱼特征元素分析与主成分评价模型的建立. 渔业科学进展. 2019(02): 83-90 . 百度学术
    9. 张四喆,贾文珅,马洁,梁刚,王纪华. 一种高效的冷鲜肉新鲜度检测工具—电子鼻. 分析试验室. 2019(07): 878-884 . 百度学术
    10. 励建荣,李婷婷,丁婷. 水产品新鲜度综合评价与货架期预测模型的构建研究进展. 食品科学技术学报. 2016(01): 1-8 . 百度学术
    11. 赵永强,李娜,李来好,杨贤庆,郝淑贤,魏涯,岑剑伟. 鱼类鲜度评价指标及测定方法的研究进展. 大连海洋大学学报. 2016(04): 456-462 . 百度学术
    12. 李娜,赵永强,李来好,杨贤庆,郝淑贤,魏涯,岑剑伟,张红杰. 冰藏过程中罗非鱼鱼片肌肉蛋白质变化. 南方水产科学. 2016(02): 88-94 . 本站查看
    13. 明庭红,苏秀榕,周君,李晔,张春丹,季露,孙婷婷,黄忠白,何珊,裘迪红. 基于2种培养基生长的植物乳杆菌发酵草鱼的关键风味比较. 食品科学. 2016(16): 179-186 . 百度学术
    14. 曾妮,江勇,陈丽丽,白春清,袁美兰,魏颖,赵利. 冻藏前后草鱼肉性质的比较与研究. 食品科技. 2016(03): 156-160 . 百度学术
    15. 杜利农,柴春祥,郭美娟. 电子鼻在水产品品质检测中的应用研究进展. 电子测量技术. 2014(05): 80-84 . 百度学术
    16. 周婉君,李来好,吴燕燕,郝淑贤,岑剑伟,魏涯,林婉玲,杨少玲. 罗非鱼休闲食品的工艺技术研究. 食品工业科技. 2014(18): 256-259+263 . 百度学术
    17. 丁婷,李婷婷,励建荣. 0℃冷藏三文鱼片新鲜度综合评价. 中国食品学报. 2014(11): 252-259 . 百度学术
    18. 黄洁,李燕,尹芳缘,赵梦田,姜燕,沈凤,王绿野,惠国华,陈裕泉. 使用电子鼻预测低温贮藏罗非鱼储存时间. 传感技术学报. 2013(10): 1317-1322 . 百度学术
    19. 赵彩芳,许利群,朱燕琳,陈友吾,朱汤军. 不同品种与贮藏期间玫瑰花香味的电子鼻分析. 浙江林业科技. 2013(04): 49-53 . 百度学术

    其他类型引用(16)

图(2)  /  表(3)
计量
  • 文章访问数:  4981
  • HTML全文浏览量:  208
  • PDF下载量:  3732
  • 被引次数: 35
出版历程
  • 收稿日期:  2005-05-11
  • 刊出日期:  2005-08-19

目录

/

返回文章
返回