Application of a continuous Fox-form production model in fishery stock assessment
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摘要:
剩余产量模型因为具有形式简单和所需数据少的特点，在渔业资源评估中被广泛应用。文章应用连续形Fox产量模型对3种模拟渔业以及北大西洋剑鱼渔业进行了评估，并对模拟渔业的评估结果进行了比较，以发现连续Fox产量模型比较适宜的渔业条件。蒙特卡罗(Monte Carlo)分析表明，模型在产量和捕捞努力量随时间波动的波动性渔业中评估效果最好，可能是由于该类型渔业过程比较完整，数据中包含的信息比较丰富。比较不同的白色噪音水平，当白色噪音小于10%时评估结果偏差较小，小于3.3%；当白色噪音为50%时，评估结果偏差较大, 最大偏差为36.7%。
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关键词:
- 渔业资源评估 /
- Fox产量模型 /
- 蒙特卡罗(Monte Carlo)模拟
Abstract:Because of their simple form and relatively undemanding of data, surplus production models were widely used in fishery stock assessment. This paper used a continuous Fox-form production model to analyze 3 simulated fisheries and the North Atlantic swordfish fishery. The results of the simulated fisheries were compared to determine what fishery data condition is most suitable for the continuous Fox-form production model. Monte Carlo simulation analysis showed that the model performance for fishery 3 was better than those for the other two simulated fisheries. This may be because the exploitation process of fishery 3 is more complete and fishery 3 data contains more information. When white noise was less than 10%, the percentage biases were small, less than 3.3%. When the white noise was 50%, the percentage biases were large with the largest of 36.7%.
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鱼类的生长与发育和哺乳动物相似，主要受生长激素/胰岛素样生长因子(growth hormone/insulin-like growth factor，GH/IGF)轴调节[1-4]。近年来，已有多种鱼类的GH和IGF基因被克隆，并且有关其重组蛋白的促生长活性也有一定的研究。研究表明，重组GH和IGF都能促进多数鱼类的生长，但是重组GH对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)[5]并无显著促生长活性。最近研究表明，重组鲮(Cirrhinus molitorella)GH和IGF-Ⅰ均有促进罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长活性，且重组鲮GH对罗非鱼稚鱼的促生长活性较重组鲮IGF-Ⅰ弱[6]，但是重组鲮GH和IGF-Ⅰ促生长作用的分子机制以及它们在鲮体内的相互作用方式并不清楚。
笔者在研究了重组鲮IGF-Ⅰ对鲮GH表达的影响后[7]，为更深一步了解重组鲮GH和IGF-Ⅰ促生长作用的分子机制以及它们在鲮体内的相互作用方式，该试验以我国南方主要养殖鱼类之一鲮为研究对象，在鲮GH和IGF-ⅠcDNA被克隆和体外重组表达的基础上[3, 8]，对鲮IGF-ⅠmRNA进行组织表达分析，并分析重组鲮GH处理后鲮IGF-Ⅰ表达变化情况。
1. 材料与方法
1.1 重组鲮GH
重组鲮GH的表达和纯化参照ZHANG等[8]的方法进行，纯化后的重组鲮GH充分透析，冷冻干燥，溶解在0.7%的生理盐水中待用(pH 7.0)。
1.2 实验动物的处理以及组织的提取
将鲮(500±10 g)从广州市番禺区鱼窝头镇养殖户的池塘中捕捞起后暂养于广东省鲮鱼原种场，待其状态稳定后，按鱼体重120 μg·g-1注射重组鲮GH或0.7%的生理盐水，12 h后取鲮鱼脑、肝和肌肉保存于液氮中，对照组取脑、肝、肌肉、肠、性腺、鳃、皮肤、脾脏、心脏和肾10种组织保存于液氮；并从每条鱼中抽取血液(大约3 mL)4℃冷凝30 min，4℃ 1 500 g离心15 min，取上清保存于-20℃，待检测GH和IGF-Ⅰ含量[9]。
1.3 总RNA的提取与RT-PCR
按Trizol Reagent(Invitrogen)操作说明提取各组织总RNA，用0.5×TBE配置1%琼脂糖凝胶，取2 μL总RNA与2 μL 2×DEPC处理后加样缓冲液混合，65℃加热15 min后，立即于冰上放置2 min，加样电泳，鉴定所提取总RNA的质量，取2 μL总RNA测定其光密度值OD260和OD280，计算总RNA浓度。
进行RT-PCR前必须测RNA浓度，逆转录体系对RNA量有一定要求，该研究按照逆转录试剂盒TakaRa RNA LA PCRTM Kit (AMV) Ver. 1.1说明书要求，所用总RNA量为500 ng。
按逆转录试剂盒TakaRa RNA LA PCRTM Kit (AMV) Ver. 1.1介绍方法进行逆转录，MgCl2 2μL，10×RNA PCR Buffer 1μL，RNase Free H2O 4.25 μL，dNTP Mixture(各10 mM) 1μL，Rnase Inhibitor 0.25 μL，AMV Reverse Transcriptase 0.5 μL, Oligo(dT)-Adaptor Primer 0.5 μL，Total RNA 0.5 μL(500 ng)。50℃45 min，99℃5 min，5℃5 min，1个循环。
1.4 PCR循环数确定及鲮IGF-ⅠmRNA组织表达
首先确定PCR扩增反应条件，即确定PCR扩增反应循环数[10]。用对照组肝cDNA作模板，引物为Actin-F，Actin-R(表 1)，94℃变性30 s，54℃退火30 s，72℃延伸45 s，每PCR循环数为15、20、25、30、35、40、45取4 μL，PCR产物在1.5%的琼脂糖凝胶电泳EB染色分析。循环数确定后利用看家基因Actin做内标，PCR检测鲮IGF-ⅠmRNA各组织表达情况以及重组鲮GH处理后IGF-ⅠmRNA在脑、肝和肌肉的表达，所有PCR反应体系包括1 μL(0.15 μg)cDNA，0.25 μL rTaq酶(TaKaRa公司)，正反向引物各1 μL，4 μL dNTP，5 μL 10×PCR缓冲液，双蒸水37.75 μL，总体积50 μL。PCR反应均94℃变性5 min，35个循环(94℃变性30 s，54℃退火30 s，72℃延伸45 s)，最后72℃延伸10 min。IGF-Ⅰ mRNA检测引物序列如表 1。
表 1 扩增IGF-Ⅰ、Actin的引物序列Table 1. Oligonucleotide primers used to amplify cDNA for mud carp IGF-Ⅰand Actin引物 primer 序列 sequence Actin-F 5′-GTGTTGGCG/ATACAGGTCCTTACG-3′ Actin-R 5′-CAGACTACCTC/GATGAAGATCCTGAC-3′ IGF-Ⅰ-F 5′-ATGGAAAACCAGCGCCTCTTC-3′ IGF-Ⅰ-R 5′-TGCATGTCCTTCTTGAAGCAAG-3′ 1.5 各组织mRNA表达检测结果分析
利用GeneTools软件分析，计算出步骤1.4中所有IGF-Ⅰ和Actin条带的相对质量，再将对应的IGF-Ⅰ与Actin质量相比，得出GH的相对表达量。
1.6 IGF-Ⅰ含量检测
利用GeneTools软件分析，计算出步骤1.4中所有IGF-Ⅰ和Actin条带的相对质量，再将对应的IGF-Ⅰ与Actin质量相比，得出IGF-Ⅰ的相对表达量。
2. 结果
2.1 总RNA提取与RT-PCR
从100 mg鲮组织中提取RNA，经1%琼脂糖凝胶电泳检测，可见清晰的28 s、18 s条带(图 1)，表明总RNA完整性很好，根据测定RNA的OD260和OD280值，计算其比值，比值均在1.9~2.0之间，也说明RNA纯度较高，可用于后续反应。
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图 1 鲮组织总RNA 1%琼脂糖凝胶电泳1. 脑；2. 肝；3. 肾；4. 性腺；5. 肠；6. 鳃；7. 脾脏；8. 心脏；9. 皮肤；10. 肌肉Figure 1. 1% agarose gel electrophoresis of total RNA from tissues of mud carp1. brain; 2. liver; 3. kidney; 4. gonad; 5. intestine; 6. gill; 7. spleen; 8. heart; 9. skin; 10. muscle2.2 PCR循环数的确定
首先确定PCR反应条件，即确定PCR扩增反应循环数。通过鲮的分子内标Actin基因的相对表达量确定PCR扩增反应循环数，用于检测鲮IGF-ⅠmRNA组织表达。由图 2结果可知，循环数在25以下时，Actin扩增量较低，电泳条带不够清晰；循环数在30以上时结果较好，循环数为35最为理想(图 2)。
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图 2 PCR循环数的确定M. 100 bp DNA分子量标准；15~45. 循环数分别为15、20、25、30、35、40、45Figure 2. Validation of PCR cyclesM. 100 bp DNA molecular weight marker; 15~45. Numbers on each lane represents the number of PCR cycles preformed.2.3 鲮IGF-ⅠmRNA组织表达与重组鲮GH对鲮IGF-ⅠmRNA组织表达的影响
通过半定量RT-PCR方法对经重组鲮GH处理前后鲮IGF-ⅠmRNA在各组织中表达检测结果显示，鲮IGF-ⅠmRNA在肝组织中表达最高，其次是肾和脑，另外在肠、鳃脾、性腺和心脏组织中也有表达，而在肌肉、皮肤中没有检测到鲮IGF-ⅠmRNA的表达；研究了经腹腔注射重组鲮GH(120 μg·g-1鱼体重) 12 h后，鲮IGF-Ⅰ表达变化情况，结果表明，经重组鲮GH处理后，鲮肝组织IGF-ⅠmRNA水平显著升高，脑组织IGF-ⅠmRNA水平也稍有升高，而在肌肉中仍未检测到IGF-ⅠmRNA的表达(图 3)。
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图 3 半定量RT-PCR检测重组鲮GH处理前后鲮actin和IGF-ⅠmRNA的组织表达B1. 半定量RT-PCR检测对照组中鲮各组织中actin mRNA的表达；B2. 半定量RT-PCR检测对照组中鲮各组织中IGF-ⅠmRNA的表达；C1. 半定量RT-PCR检测处理组中鲮各组织中actin mRNA的表达；C2. 半定量RT-PCR检测处理组中鲮各组织中IGF-ⅠmRNA的表达；D. 处理前后鲮组织IGF-ⅠmRNA的相对表达；M. 100 bp DNA分子量标准；NC. 负对照；1~10. 肝、脑、肌肉、肾、肠、鳃、脾、性腺、心脏、皮肤Figure 3. Semi-quantitative RT-PCR analysis of expression of Actin and IGF-Ⅰ mRNA in various tissues in mud carpB1. Actin mRNA was detected in various tissues by semi-quantitative RT-PCR in control group; B2. IGF-ⅠmRNA was detected in various tissues by semi-quantitative RT-PCR in control group; C1. Actin mRNA was detected in various tissues by semi-quantitative RT-PCR in rmcGH in treated group; C2. IGF-Ⅰ mRNA was detected in various tissues by semi-quantitative RT-PCR in rmcGH in treated group; D. relative quantity of IGF-ⅠmRNA in various tissues in mud carp; M.100 bp DNA molecular weight marker; NC. a negative control (no template); 1~10. brain, liver, muscle, kidney, intestine, gill, spleen, gonad, heart, skin2.4 血清中IGF-Ⅰ的含量
血清中IGF-Ⅰ的含量，对照组为145.59±21.84 ng·mL-1，重组鲮GH处理组为247.71±2.83 ng·mL-1，经t检验，P=0.043 < 0.05，存在显著性差异；血清中GH的含量，对照组为0.037±0.0067 ng·mL-1，重组鲮IGF-Ⅰ处理组为0.04±0.0058 ng·mL-1，经t检验，P=0.508>0.05，故不存在显著性差异(表 2)。
表 2 对照组和重组鲮IGF-Ⅰ处理组鲮血清中GH和IGF-Ⅰ浓度Table 2. The GH and IGF-Ⅰconcentration in sera in control and rmc IGF-Ⅰtreated fish浓度±S.E.(n=3)/ng·mL-1 concentration±S.E. 对照组
control重组鲮IGF-Ⅰ处理组
rmcIGF-Ⅰtreated groupP值 胰岛素样生长因子-Ⅰ浓度
IGF-Ⅰconcentration145.59±21.84 247.71±2.83 P=0.043＜0.05 生长激素浓度
GH concentration0.037±0.0067 0.053±0.0067 P=0.508＞0.05 3. 讨论
采用半定量RT-PCR方法，检测到鲮肝、肾、脑、肠、鳃、脾、性腺、心脏组织都有IGF-ⅠmRNA表达，且在鲮肝组织中表达量最高，在鲮肾、脑、肠、鳃、脾、性腺、心脏组织中表达量较低；而在鲮皮肤和肌肉组织中未检测到有IGF-ⅠmRNA的表达。鲮IGF-ⅠmRNA组织表达的特异性，表明了鲮IGF-Ⅰ主要由肝组织合成并进入血液(内分泌功能)，其它组织也能合成少量的IGF-Ⅰ作用于自身细胞(自分泌或旁分泌功能)。这一结果与草鱼(Cirrhinus molitorella)、金鲷(Sparus aurata)以及其它一些脊椎动物中的结果一致[10-15]。
与哺乳类相似，生长激素是鱼类IGF-Ⅰ表达调控的主要影响因子之一。生长激素能诱导肝脏中IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ的合成[10, 16-17]。用放射免疫分析法分析经重组大麻哈鱼GH投喂或注射后，虹鳟的细胞内GH在较短时间内(12 h)升到最高值，并很快降低至正常水平，而IGF-Ⅰ逐渐升高并维持在较高水平至少96 h[18]。生长激素能提高鱼类IGF-ⅠmRNA表达水平，但生长激素对IGF-Ⅱ基因的转录调控可能在不同的物种具有不同的作用模式，例如，生长激素能使金鲷肝脏IGF-ⅠmRNA表达水平提高2.2倍，但IGF-ⅡmRNA表达水平不受生长激素的影响；而虹鳟IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ表达水平都受生长激素的影响。CAO[19]研究生长激素GH对鱼IGF-Ⅰ表达的调节作用，发现切除垂体后，肝组织IGF-ⅠmRNA丰度下降，而注射GH后IGF-ⅠmRNA水平又得到恢复。后来对GH家族对IGF-Ⅰ表达的调节作用进行的在体和离体试验均证明，GH能显著促进肝组织IGF-ⅠmRNA的表达，且具有剂量依赖性。该研究也证实了重组mcGH对鲮IGF-Ⅰ的表达和分泌都有促进作用。
在银大麻哈鱼(Oncorhynchus kisutch)和罗非鱼(O.mossambicus)中重组GH对肝组织IGF-ⅠmRNA表达有促进作用，但对肝外组织的IGF-ⅠmRNA表达水平没有影响[20-21]。该试验中，重组mcGH不仅促进了肝组织IGF-ⅠmRNA表达，而且促进肝外组织(脑组织)IGF-ⅠmRNA表达。BIGA等[10]利用重组牛生长激素(recombinant bovine somatotropin，rbST)处理虹鳟，发现不仅肝脏组织中IGF-ⅠmRNA水平升高，在鳃、性腺、脑、肠等一些肝外组织IGF-ⅠmRNA水平也有升高。TSE等[22]研究了用不同剂量的猪生长激素处理鲤(Cyprinus carpio)之后脑和肝脏中IGFs的表达情况，结果表明，生长激素能提高鲤脑和肝脏组织IGF-Ⅰ和IGF-ⅡmRNA的表达水平，且具有剂量依赖效应，脑中IGF-ⅡmRNA水平对生长激素反应更灵敏。GH能诱导肝细胞和其它细胞合成IGF-Ⅰ，并且能调节机体内IGF-Ⅰ浓度。PEREZ-SANCHEZ等[23]对虹鳟研究也表明重组GH刺激了肝和肝外组织IGF-ⅠmRNA表达。该试验中经重组mcGH处理，鲮脑组织中大于肝组织中IGF-ⅠmRNA增加量，这可能是器官特异性引起的不同的调节。
该试验中发现, 经外源GH处理，鲮血清中GH浓度变化不显著(表 2)。这可能由于重组mcGH不影响鲮内源GH的分泌。这一观点与LEEDOM等[24]利用重组牛生长激素刺激罗非鱼发现其内源GH变化并不明显的结果一致。
尽管重组mcGH刺激对鲮内源GH影响不大，但鲮内源IGF-Ⅰ显著升高(表 2)。这与对哺乳动物和其它一些脊椎动物中GH和IGF的研究结果一致[5, 25-26]。这也说明了在鲮中，GH对IGF-Ⅰ的分泌起到很重要的作用。
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图 1 渔业一、渔业二和渔业三的模拟生物量和捕捞努力量
Figure 1. Simulated biomass and effort data for fishery 1, 2 and 3
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图 2 北大西洋剑鱼渔业的单位捕捞努力量渔获量和产量
Figure 2. CPUE and yield data of swordfish fishery in the North Atlantic Ocean
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图 3 渔业一、渔业二和渔业三观测产量和评估产量的对比关系(10%白色噪音)
Figure 3. Observed and estimated yield for fishery 1, 2 and 3 (10% white noise)
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图 4 北大西洋剑鱼渔业的观测产量和评估产量
Figure 4. Estimated and observed yield of swordfish fishery in the North Atlantic Ocean
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图 5 3种渔业在白色噪音50%时的PPE%比较
Figure 5. The PPE% for fishery 1, 2 and 3 with white noise 1%, 10%, 30% and 50%, respectively
表 1 参数估计值与真实值之间偏差RBM%
Table 1 Bias between the estimated and true parameter values
白色噪音 white noise 0.01 0.1 0.3 0.5 B1 渔业一 7.1×10-10 2.2×10-4 10.2 21.4 渔业二 1.1×10-6 2.61 0.3 0.3 渔业三 1.9×10-6 0.64 0.9 2.9 r 渔业一 0.001 0.73 2.7 1.8 渔业二 0.03 0.02 1.4 7.8 渔业三 0.01 0.57 0.9 11.5 K 渔业一 1.1×10-8 0.3 2.6×10-4 4.3 渔业二 6.11×0-7 9.3×10-4 0.6 6.0 渔业三 6.3×10-10 0.9 7.5 17.2 q 渔业一 0.2 1.31 0 7.5 渔业二 0.2 0.26 3.4 32.8 渔业三 0.3 2.8 16.7 2.4 最大可持续产量
MSY渔业一 0.01 0.5 3.8 2.0 渔业二 0.02 1.07 0.1 6.9 渔业三 6.5×10-4 0.08 5.8 1.9 最大可持续产量时的捕捞努力量
fMSY渔业一 0.2 1.4 0.4 3.8 渔业二 0.2 0.04 8.6 36.7 渔业三 0.3 3.3 12.0 15.2 
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表 2 参数估计值的四分位数间距IQR
Table 2 Interquartile range of the estimated parameters
白色噪音 white noise 0.01 0.1 0.3 0.5 B1 渔业一 2 222 976 1 306 渔业二 3 139 268 325 渔业三 13 136 411 799 r 渔业一 0.001 0.04 0.20 0.26 渔业二 0.002 0.10 0.20 0.20 渔业三 0.002 0.04 0.14 0.20 K 渔业一 0.2 192 878 1 172 渔业二 0.7 565 1 036 828 渔业三 9.0 209 621 1 287 q 渔业一 6.6×10-5 0.002 0.01 0.013 渔业二 9.9×10-5 0.006 0.01 0.012 渔业三 6.4×10-5 0.002 0.006 0.007 最大可持续产量
MSY渔业一 0.5 14 56 83 渔业二 0.6 40 81 66 渔业三 0.6 14 44 81 最大可持续产量时的捕捞努力量
fMSY渔业一 0.1 2.6 11.7 14.5 渔业二 0.3 6.5 12.7 8.6 渔业三 0.09 1.3 3.3 4.8
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表 3 参数估计值的相对四分位数间距RIQR%
Table 3 Relative IQR(RIQR%)of the estimated parameters
白色噪音 white noise 0.01 0.1 0.3 0.5 B1 渔业一 0.3 4.9 110.8 134.5 渔业二 1.4 67.7 133.6 162.2 渔业三 1.6 17.1 51.9 97.1 r 渔业一 0.3 9.8 52.3 65.3 渔业二 0.4 24.2 48.9 44.8 渔业三 0.5 11.2 34.5 51.9 K 渔业一 0.2 19.2 87.8 112.4 渔业二 0.07 56.5 104.2 88.1 渔业三 0.9 20.7 67.1 109.9 q 渔业一 0.7 18.3 101.7 125.3 渔业二 0.9 57.0 137.9 92.6 渔业三 0.6 16.7 53.6 72.1 最大可持续产量
MSY渔业一 0.4 9.6 39.5 55.4 渔业二 0.3 26.8 55.1 48.5 渔业三 0.4 9.6 31.6 54.4 最大可持续产量时的捕捞努力量
fMSY渔业一 0.6 13.2 58.1 75.1 渔业二 1.3 32.5 69.3 68.3 渔业三 0.5 6.9 18.5 28.2
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表 4 北大西洋剑鱼渔业参数估计值和参数四份位数间距及相对四份位数间距
Table 4 Median and IQR, IQR% for the North Atlantic swordfish fishery
参数名称
parameter参数中值
median四分位数间距
IQR相对四分位数间距
RIQR%B1 30 773 6 021 19.6 r 0.94 0.05 5.6 K 44 733 2 697 6.0 q 0.013 0.001 9.2 最大可持续产量 MSY 15 678 621 3.9 最大可持续产量时的捕捞努力量 fMSY 37 4.5 12.3
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表 5 约束参数与不约束参数评估结果比较
Table 5 Comparison of the results with constrained and unconstrained parameters
r K q 最大可持续产量
MSY最大可持续产量时的捕捞努力量
fMSY四分位数间距
IQR无约束 0.10 565 0.006 40.0 6.5 约束 0.03 116 0.001 8.9 2.1 相对四分位数间距
RIQR%无约束 24.2 56.5 57.0 26.8 32.5 约束 8.2 11.9 11.2 6.1 10.7
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