Analysis of population genetic structure of bullet tuna(Auxis rochei) in the South China Sea based on mitochondrial control region sequences
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摘要:
利用线粒体控制区(D-loop)高变区序列作为遗传标记，分析了中国南海5°N~21°N之间7个圆舵鲣(Auxis rochei)地理群体的遗传结构特征。201尾样本的D-loop区序列共检测到185种单倍型。各个采样点均呈现出很高的单倍型多样性(0.958 2~1.000 0)和较高的核苷酸多样性(0.034 327~0.041 235)的特征。单倍型邻接关系树未呈现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析和成对遗传分化系数(FST)显示南海海域圆舵鲣的遗传变异主要来自群体内(98.33%)，群体间基因交流频繁，是一个随机交配群。核苷酸不配对分布和中性检验表明南海圆舵鲣在更新世晚期曾经历过种群的快速扩张。结果表明，南海圆舵鲣具有丰富的遗传多样性水平，遗传分化不显著，在渔业上可以作为一个单元来管理。
Abstract:Based on hypervariable region of mitochondrial control region (D-loop) sequences, we examined the population genetic structure of the bullet tuna (Auxis rochei) collected from seven locations between 5°N to 21°N in the South China Sea. A total of 185 haplotypes were defined from 201 individuals of fishes. The genetic diversity analysis shows that the samples of A.rochei from the seven locations in the South China Sea possessed quite high haplotype diversity (0.958 2~1.000 0) and high nucleotide diversity (0.034 327~0.041 235). The neighbor-joining tree for D-loop haplotypes reveals no significant genealogical clades of the fish samples corresponding to the sampling locations. Analyses of molecular variance and pairwise FST suggest most of the genetic variation (98.33%) was attributed to variability within populations. A high rate of gene flow between different populations implies a panmixia for A.rochei in the South China Sea. Both mismatch distribution analysis and neutrality tests indicate a late Pleistocene expansion in A.rochei. The results demonstrate that A.rochei in the South China Sea belong to the same population with high genetic diversity. Thus, a single-stock management regime can be supported in fishery management.
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海藻是海洋生物资源中的重要组成部分，其中被人类广为利用的大型海藻主要有红藻门、褐藻门及绿藻门三大类[1]。越来越多的研究报道指出，海藻中含有的多糖具有抗氧化[2]、抗肿瘤[3]、抗病毒[4]、抑菌[5]、降血脂[6]等特性，并且其功效显著、作用直接、天然低毒，已经成为医药和食品领域的研究热点之一。
活性氧(reactive oxygen species，ROS)可衍生出大量的氧自由基，约占动物机体总自由基的95%以上，包括超氧阴离子(O2·ˉ)、羟自由基(OH·ˉ)、过氧化氢(H2O2)等[7]。氧自由基对细胞膜、脂肪组织和蛋白质都会产生影响，从而引起疾病[8]。抗氧化物质可以保护生物体免受自由基攻击，从而预防基因突变与肿瘤的发生。自然界中存在许多天然抗氧化物质，如多酚类、黄酮类、醌类、多糖类等，其中对多糖类的抗氧化研究较多。天然多糖主要包含真菌多糖、植物多糖和动物多糖三大类，其中真菌类多糖和植物类多糖研究较为广泛，绝大多数已进入应用阶段，如黑灵芝多糖、枸杞多糖、茶树菇多糖、黄芪多糖、鱼腥草多糖等[9-13]。
海藻多糖是一类多组分、复杂的混合物，主要包括褐藻糖胶、硫酸多糖、琼胶和卡拉胶等。随着近年来海洋生物活性物质的开发，海藻多糖对自由基的抑制和清除作用已经引起了广泛的关注。研究发现，马尾藻多糖清除OH·ˉ和对抗H2O2溶血的能力随着浓度的增加而升高，且对O2·ˉ具有一定的清除作用[14]。海藻硫酸多糖能显著抑制佛波酯刺激的多形核白细胞(PMN)呼吸爆发，并明显清除PMN呼吸爆发所产生的自由基[15]; 紫菜多糖能有效清除1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)和OH·ˉ，抑制小鼠肝组织的脂质过氧化，对亚铁离子(Fe2+)和H2O2诱导的肝组织过氧化物损伤具有保护作用，能减少线粒体肿胀和红细胞溶血的发生[16]。
不同种类的海藻多糖具有不同的抗氧化能力，主要是由于不同海藻多糖的组分、分子量及分子结构存在明显的差异性[17-20]。针对此点，该研究选取了隶属绿藻、红藻和褐藻门的5种代表性海藻，对不同属种的海藻多糖抗氧化活性、体外抗脂质过氧化作用进行比较研究，试图寻找一种抗氧化能力显著的海藻多糖，以期为海藻多糖的产品开发提供理论依据。
1. 材料与方法
1.1 样品
绿藻门的石莼(Ulva lactuca)，棒叶蕨藻(Caulerpa sertularioides); 褐藻门的匍枝马尾藻(Sargassum polycystum)，南方团扇藻(Padina australis); 红藻门的琼枝(Betaphycus gelatinae)。
以上5种海藻均采自三亚周边海域，并参考台湾生物多样性资源数据库(http://taibif.tw/zh)及王红勇等[21]对海南岛常见的大型底栖海藻的调查结果，通过形态进行分类及鉴定。
1.2 方法
1.2.1 海藻粗多糖的提取
对采集的新鲜海藻进行反复清洗，洗去黏附在海藻上的贝类及沙子，沥去水分，60 ℃烘干，打粉备用。称取每种海藻粉各10 g，加水40~60倍，于80 ℃水浴中提取2次，过滤后合并滤液，浓缩滤液至1/3体积后，加入Sevage试剂[22]除蛋白2次，10 000 g离心10 min，小心吸取上清液，浓缩上清液至1/3体积后，加无水乙醇至终体积分数为75%，醇沉过夜，4 ℃、10 000 g离心10 min，弃上清，沉淀冷冻干燥，得海藻粗多糖样品。所提取的海藻粗多糖分别简写为石莼多糖(UlPS)、棒叶蕨藻多糖(CaPS)、匍枝马尾藻多糖(SaPS)、南方团扇藻多糖(PaPS)和琼枝多糖(BePS)。
1.2.2 海藻粗多糖的总糖含量测定
以葡萄糖为标准品，采用苯酚-硫酸法在490 nm处检测5种海藻粗多糖的总糖含量。通过总糖含量的测定结果，将5种海藻粗多糖样品的多糖浓度进行相应调整，以此确定不同抗氧化指标中所使用的粗多糖样品中总糖含量一致。
1.2.3 抗氧化活性研究
1) 对O2·ˉ的清除作用。清除O2·ˉ自由基的能力测定采用邻苯三酚自氧化法[23-24]，稍做修改。向各管中加入4.5 mL的Tris-HCl缓冲液(50 mmol·L-1，pH=8.2)，在25 ℃下水浴20 min，向各试管中加入1 mL不同质量浓度的多糖溶液(200 μg·mL-1、400 μg·mL-1、600 μg·mL-1、800 μg·mL-1、1 000 μg·mL-1、1 200 μg·mL-1、1 400 μg·mL-1、1 600 μg·mL-1、1 800 μg·mL-1)，其中空白组以去离子水代替多糖溶液，然后加入25 mmol·L-1的邻苯三酚溶液0.4 mL，对照组用10 mmol·L-1盐酸代替邻苯三酚，混匀后放入25 ℃水浴中反应5 min，在波长320 nm条件下测定吸光值(A)。不同浓度的维生素C(Vc)替代多糖样品作为阳性对照。
清除率=[1-(A样品－A对照)/A空白]×100%
2) 对OH·ˉ的清除作用。OH·ˉ清除活性的测定参照程超和李伟[13]方法，稍做修改。取1 mL不同质量浓度的多糖溶液(100 μg·mL-1、200 μg·mL-1、300 μg·mL-1、400 μg·mL-1、500 μg·mL-1、600 μg·mL-1、700 μg·mL-1、800 μg·mL-1)于试管中，向各管中加入2 mL硫酸亚铁(FeSO4)溶液(3 mmol·L-1)和1.5 mL水杨酸溶液(1.8 mmol·L-1)，混匀后，加入0.03%双氧水0.1 mL启动反应，混匀，在37 ℃条件下水浴30 min后在波长510 nm条件下测定A。以去离子水代替多糖溶液做空白对照，不同浓度的Vc替代多糖样品作为阳性对照。
清除率=(A空白－A样品)/A空白×100%。
3) 对DPPH的清除作用。参照邵平等[25]方法，略作修改。分别取1 mL不同质量浓度(50 μg·mL-1、100 μg·mL-1、150 μg·mL-1、200 μg·mL-1、250 μg·mL-1、300 μg·mL-1、400 μg·mL-1、500 μg·mL-1)的海藻多糖水溶液，加入1 mL浓度为0.2 mmol·L-1的DPPH乙醇溶液，混匀后室温避光反应30 min，在517 nm处测定其吸光值。对照组用1 mL无水乙醇溶液代替DPPH乙醇溶液，空白组用1 mL去离子水代替多糖溶液，不同浓度的Vc替代多糖样品作为阳性对照。
清除率=[1－(A样品－A对照)/A空白]×100%
4) 还原力的测定。参考YEN和CHEN[26]方法，稍作改变。取0.4 mL不同质量浓度的多糖样品(200 μg·mL-1、400 μg·mL-1、600 μg·mL-1、800 μg·mL-1、1 000 μg·mL-1、1 200 μg·mL-1、1 400 μg·mL-1、1 600 μg·mL-1)，加入1 mL磷酸盐缓冲液(0.2 mol·L-1，pH=6.6)和10 mg·mL-1的铁氰化钾溶液1 mL，混合均匀，对照组用去离子水代替铁氰化钾，50 ℃水浴中反应20 min后加入100 mg·mL-1的三氯乙酸(TCA)溶液1 mL中止反应，再加入1 mg·mL-1的三氯化铁溶液0.2 mL，混匀后室温放置30 min，在700 nm波长处测定A，A越大则还原能力越强。不同浓度的Vc替代多糖样品作为阳性对照。
还原力=A实验－A对照
1.2.4 肝脂质过氧化作用的抑制
10%肝匀浆的制备方法参照周琪和梁运祥[27]，略作修改。取石斑鱼(珍珠龙胆)肝脏，在4 ℃冰浴下，加入12 mg·mL-1的生理盐水进行漂洗，漂洗的过程中用手术剪快速剪碎肝脏，洗去残留在组织中的血液，组织块放到干净的滤纸上沥干水分，称取20 g肝脏组织块，加入10倍体积预冷的PBS缓冲液，4 ℃下匀浆，即制成10%的肝匀浆液。
每支试管加入10%的肝匀浆液0.2 mL，对照组以0.2 mL生理盐水代替肝匀浆，再分别向每管加入0.2 mL不同质量浓度的多糖样品(200 μg·mL-1、400 μg·mL-1、600 μg·mL-1、800 μg·mL-1、1 000 μg·mL-1)，空白组则加入0.2 mL生理盐水代替多糖样品，混匀后加入5 mmol·L-1的硫酸亚铁溶液0.1 mL。混匀后在37 ℃水浴1 h，后依次加入100 mg·mL-1的三氯乙酸1 mL，46.5 mmol·L-1的硫代巴比妥酸(TBA)1 mL，充分混合均匀，沸水浴15 min后立即冷却至室温，5 000 g离心10 min，取上清液，532 nm处测定A，并计算丙二醛(MDA)生成的抑制率。
抑制率=[1－(A样品－A对照)/A空白]×100%
1.2.5 溶血保护能力
血红细胞(RBC)悬液的制备方法参考魏智清等[28]，略作修改。石斑鱼尾静脉取血，加入备有肝素钠溶液的试管中，充分摇匀，制成抗凝血。抗凝血在800 g离心2 min，弃上清，加入12 mg·mL-1的生理盐水洗涤3次，离心后缓慢吸取下层红细胞，加入生理盐水中，制成2%的RBC悬液。
分别取2%的RBC悬液1 mL，对照组以生理盐水代替RBC悬液，加入1 mL不同质量浓度的多糖样品(200 μg·mL-1、400 μg·mL-1、600 μg·mL-1、800 μg·mL-1、1 000 μg·mL-1)，空白组则加入1 mL生理盐水代替多糖样品，混匀后加入H2O2溶液(终体积分数为0.3%)，在37 ℃水浴中温育1 h，3 000 g离心10 min，取上清液在540 nm处测定A，并计算血红细胞溶血保护率。
保护率＝[1－(A样品－A对照)/A空白]×100%
1.3 统计分析
采用SPSS 19.0软件对以上实验数据进行回归分析，并根据统计结果计算出几种海藻多糖在不同抗氧化体系中的半数清除或抑制浓度(IC50)。所有实验数据均重复3次，并计算标准误差，结果以“平均值±标准差(X±SD)”表示。
2. 结果与分析
2.1 超氧阴离子的清除活性
O2·ˉ作为初级氧自由基可通过酶或金属的催化同其他分子反应生成次级活性氧自由基，从而引起细胞中脂类、蛋白质和DNA的氧化损伤[29]。因此，超氧自由基的清除能力是一种重要的体外抗氧化指标。5种海藻多糖对超氧自由基清除活性均随多糖浓度的增加而有不同程度的升高(图 1)，PaPS和SaPS对O2·ˉ的清除能力明显高于其他3种海藻多糖，半抑制浓度(IC50)分别为(262.00±24.60) μg·mL-1和(458.00±18.70) μg·mL-1(表 1)，当PaPS的质量浓度达到600 μg·mL-1以上时，清除率为90%左右，SaPS次之，而BePS的清除能力最弱，仅维持在17%~21%。
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图 1 不同海藻多糖对超氧阴离子的清除能力Figure 1. Scavenging capacity of different algal polysaccharides on superoxide anion表 1 不同海藻多糖对自由基清除及脂质过氧化抑制的半抑制浓度(IC50)Table 1. IC50 for free radical-scavenging and anti-lipid peroxidation capacity海藻多糖
algal polysaccharide清除或抑制的IC50/μg·mL-1 IC50 for scavenging or inhibitory capacity 羟自由基
hydroxyl radical超氧阴离子
superoxide anionDPPH MDA生成
formation of MDA溶血
erythrocyte lysis石莼多糖UlPS 1 062.00±56.56a 1 738.00±61.80a 1 769.00±106.00a 1 061.79±133.80ab 488.30±37.08b 匍技马尾藻多糖SaPS 312.04±37.42b 458.00±18.70c 95.80±7.48d 337.55±59.20c 598.60±45.97a 南方团扇藻多糖PaPS 388.00±45.29b 262.00±24.60d 726.00±54.90b 283.67±44.14c 335.50±22.47c 棒叶蕨藻多糖CaPS 1 153.30±52.88a 656.00±68.6b 367.00±19.70c 816.32±143.29b 229.60±39.99cd 琼技多糖BePS n.d. n.d. n.d. 1 217.41±68.12a 304.90±41.42c 维生素C Vc 198.17±13.83b 480.35±9.55c n.d. 178.00±5.25c 177.50±16.66d 注：n.d.表示该数据无法确定，统计分析中估计值极大或极小; 同列不同上标字母表示差异显著
Note：n.d.indicates data cannot be confirmed because the estimated values are maximum or minimum in statistical analysis.Values with different superscripts in the same column are significantly different.2.2 羟自由基的清除活性
OH·ˉ具有极强的氧化能力，几乎能和所有的生物大分子、有机物或无机物发生各种不同类型的化学反应，属于强氧化剂[30]。5种海藻多糖清除OH·ˉ的活性与多糖浓度存在不同程度的依赖关系，但BePS较为异常，其在质量浓度低于100 μg·mL-1时，清除率随浓度增加而快速升高，达到峰值35%左右，此后浓度继续升高，清除OH·ˉ的活性略微下降，并维持在30%左右，这说明BePS对OH·ˉ的清除能力有限(图 2)。PaPS和SaPS对OH·ˉ的清除能力仍然优于其他3种海藻多糖，IC50分别为(312.04±37.42) μg·mL-1和(388.00±45.29) μg·mL-1(表 1)，当多糖浓度为400 μg·mL-1时，清除率分别为54%和67%左右，但都明显低于Vc(97%)。
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图 2 不同海藻多糖对羟自由基的清除能力Figure 2. Scavenging capacity of different algal polysaccharides on hydroxyl radical2.3 DPPH的清除活性
DPPH是一种很稳定的自由基，其被广泛运用作为一种评价抗氧化剂的抗氧化活性的方法[31]。当向DPPH体系中加入自由基清除剂时，可以结合DPPH，使自由基数量减少，A变小，溶液颜色变浅，借此可评价清除自由基的能力。4种海藻多糖(SaPS、UlPS、CaPS和PaPS)对DPPH的清除活性均随浓度增加而升高，其中SaPS的清除活性表现良好，IC50为(95.80±7.48)μg·mL-1，优于其他4种多糖(P < 0.05，表 1)，质量浓度达到200 μg·mL-1时清除率达到72%，此后保持在70%左右(图 3)。值得注意的是，CaPS的清除活性随浓度增加一直在升高，IC50为(367.00±19.70)μg·mL-1(表 1)，质量浓度达到500 μg·mL-1时清除率达到77%左右，有超过SaPS的趋势。PaPS对DPPH的清除活性相对较低，IC50为(726.00±54.90)μg·mL-1(表 1)，质量浓度为500 μg·mL-1时清除率达到42%左右。此外，BePS对DPPH的清除活性极低，质量浓度达到500 μg·mL-1时清除率仅为3%左右，几乎为零。
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图 3 不同海藻多糖对DPPH的清除能力Figure 3. Scavenging capacity of different algal polysaccharides on DPPH2.4 还原力
抗氧化剂可通过自身氧化作用，提供电子还原被自由基氧化的物质，从而实现自由基的清除，因此，还原力与抗氧化能力密切相关。SaPS和PaPS的还原力明显高于其他3种海藻多糖，并且随多糖浓度增加而显著增高，在质量浓度达到800 μg·mL-1时，还原力分别达到0.9和1.0左右，但都低于Vc的还原力，而其他3种海藻多糖浓度与效用依赖关系较不明显，基本处于0.2以下(图 4)。
2.5 脂质过氧化作用的抑制
MDA是重要的脂质过氧化产物之一，其能和TBA反应生成粉红色的物质，通过添加强自由基诱导剂FeSO4或H2O2可诱导MDA的生成。5种海藻多糖均对MDA的生成有一定程度的抑制能力，并且这种能力随浓度增加而升高(图 5)。SaPS和PaPS对MDA生成的抑制能力明显高于其他3种海藻多糖，IC50分别为(337.55±59.20)μg·mL-1和(283.67±44.14)μg·mL-1(表 1)，当多糖质量浓度达到400 μg·mL-1以上时，PaPS的抑制能力明显优于SaPS，并且其与同等浓度的Vc的抑制能力较为接近。
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图 5 不同海藻多糖对硫酸铁诱导下丙二醛生成的抑制率Figure 5. Inhibitory effect of different algal polysaccharides on MDA induced by FeSO42.6 溶血保护能力
不同海藻多糖对H2O2诱导下血红细胞的溶解存在不同程度的抑制保护能力，并且抑制能力与浓 度存在显著的依赖关系(图 6)。PaPS、BePS和CaPS对血红细胞的保护作用相对较强,IC50分别为(335.50±22.47)μg·mL-1、(304.90±41.42)μg·mL-1和(229.60±39.99)μg·mL-1(表 1)，而SaPS对于血红细胞的溶解保护作用不强,IC50为(598.60±45.97)μg·mL-1，其整体水平不如其他4种海藻多糖。
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图 6 不同海藻多糖对过氧化氢诱导下血红细胞溶解的抑制率Figure 6. Inhibitory effect of different algal polysaccharides on erythrocyte lysis induced by H2O23. 讨论
实验结果显示，5种海藻多糖的抗氧化活性与浓度剂量存在一定的依赖关系，并具有明显的差异性。匍枝马尾藻和南方团扇藻同属褐藻纲，其多糖均具有较强的还原力，并对O2·ˉ和OH·ˉ有较强的清除活性，其中PaPS在O2·ˉ的清除方面显著高于SaPS(P < 0.05)，而在OH·ˉ的清除方面与SaPS较为相近(P>0.05)，说明PaPS和SaPS能够直接提供氢离子给O2·ˉ及OH·ˉ，这可能与这2种多糖氢氧键的弱解离能有关[32]，推测PaPS和SaPS含有较多的硫酸基及羧基[33]。DPPH在有机溶剂中是一种稳定的自由基，其具有单一电子，故能接受一个电子或氢离子[34]。SaPS对DPPH的清除能力优于其他4种海藻多糖，而PaPS的DPPH清除能力相对较差。值得注意的是，隶属绿藻纲的棒叶蕨藻，其多糖CaPS对OH·ˉ和O2·ˉ的清除能力一般，但是对DPPH的清除相对有效，且明显高于PaPS。这说明CaPS主动提供氢离子的能力较差，但可能存在向DPPH提供电子的抗氧化途径。此外，隶属红藻纲的琼枝麒麟菜，其多糖BePS的抗氧化活性表现最差，几个指标均明显低于褐藻纲的PaPS和SaPS，这一结果与MATSUKAWA等[35]研究较为一致。以上实验结果说明不同属种海藻多糖对不同类型自由基的清除能力存在明显的差异性，造成这种差异性的主要原因是海藻多糖的组分、分子量、官能团的种类及分子结构[17-20, 36-37]。多糖抗氧化活性并非由单一因素决定，而是多种因素共同作用的结果[38-39]。因此，该实验中选取的5种海藻多糖抗氧化活性差异与结构效应之间的关系还需要通过实验进一步分析和阐述。
脂质体过氧化是一个复杂的过程，其所产生的自由基引起的细胞损伤与引发疾病紧密相关[40]。脂质体过氧化涉及脂质过氧化物的形成和传播，并最终破坏脂质膜，产生次级产物，如MDA[41]。因此，对肝细胞MDA形成的检测能够很好地反映出海藻多糖对脂质体过氧化抑制及细胞膜损伤保护的 能力。从实验中发现，不同海藻多糖对脂质体过氧 化反应中MDA的产生有不同的抑制能力。PaPS和SaPS对MDA生成的抑制能力明显高于UlPS、CaPS和BePS，该结果与其对自由基的清除能力较为一致，尤其是与O2·ˉ和OH·ˉ的清除能力关系紧密。这说明PaPS和SaPS可能是通过对O2·ˉ和OH·ˉ的清除作用来保护细胞膜的氧化损伤，从而抑制MDA的生成。
RBC膜易受自由基攻击而发生脂质过氧化反应，产生的MDA可以交联磷脂和蛋白质，也可以使蛋白质的巯基氧化，从而损伤RBC膜，导致溶血[42]。实验结果发现不同海藻多糖对红细胞溶血的保护作用存在一定的差异性，但与自由基清除能力的结果不太一致，其中自由基清除能力较强的SaPS的溶血保护能力较差，而自由基清除能力最差的BePS，其溶血保护能力较强，该结果说明，海藻多糖对红细胞溶血保护作用不仅与自由基的清除能力有关，可能还与多糖的分子量及组分相关，这需要通过实验进一步分析。
4. 结论
通过体外抗氧化活性及脂质过氧化作用的研究发现，不同海藻多糖对不同类型的自由基清除作用存在明显的差异性，并且这种差异性可以体现在对细胞膜脂质过氧化及膜损伤的抑制和保护上。PaPS具有较好的OH·ˉ和O2·ˉ清除作用，并且对细胞膜的氧化损伤有较好的的保护作用，该结果为进一步探讨该多糖的功能活性及其作用机制奠定了基础，同时也为南方团扇藻多糖的产品开发提供了一定理论依据。
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图 1 圆舵鲣采样点示意图
南海九段线参见彩色宣传页的调查区域图
Figure 1. Map of sampling sites for A.rochei in the South China Sea
For information about the nine-dash line of the South China Sea, see the survey area map on the colored leaflet.
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图 2 圆舵鲣D-loop区单倍型邻接系统发育树
每一枝的末端代表单倍型来源群体；各分支标记大于70%的自展值
Figure 2. Neighbor-joining tree for D-loop haplotypes of A.thazard
The tails of branches represent the populations for each haplotypes. Bootstrap supports of >70% are shown at nodes.
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图 3 圆舵鲣D-loop区序列单倍型核苷酸不配对分布曲线
Figure 3. Mismatch distribution of D-loop haplotypes for A.rochei
表 1 南海圆舵鲣样本信息及D-loop区遗传多样性参数
Table 1 Specimen information of A.rochei and genetic diversity parameters based on D-loop sequences
采样点
sampling site采样时间
sampling date经度/纬度
longitude/latitude样本量(N)
number of samples单倍型数量(H)
number of haplotypes多态性位点数(S)
number of polymorphic sites单倍型多样性
(h±SD) haplotype diversity核苷酸多样性
(π±SD) nucleotide diversityA 2014-11-22 108°03′E /18°12′N 30 30 103 1.000 0±0.008 6 0.034 966±0.017 627 B 2015-03-17 112°58′E /18°29′N 42 34 130 0.958 2±0.025 3 0.037 692±0.018 765 C 2015-04-22 116°53′E /20°28′N 36 36 125 1.000 0±0.006 5 0.035 815±0.017 933 D 2013-03-27 115°32′E /11°01′N 38 35 116 0.994 3±0.008 2 0.037 030±0.018 494 E 2013-03-20 110°31′E / 5°34′N 32 32 103 1.000 0±0.007 8 0.034 327±0.017 276 F 2014-11-28 112°03′E /20°14′N 10 9 31 0.977 8±0.054 0 0.034 347±0.018 732 G 2013-04-05 117°28′E /15°04′N 13 13 83 1.000 0±0.030 2 0.041 235±0.021 749 总计 total - - 201 185 202 0.997 2±0.001 5 0.036 807±0.017 981 
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表 2 圆舵鲣5个地理群体D-loop区遗传变异的分子方差分析
Table 2 Analysis of molecular variance for five populations of A.rochei based on D-loop sequences
变异来源
source of variation自由度
degree of freedom变异百分比
percentage of variation分化系数
F statisticsP值
P value群体间 among populations 4 1.67 FST = 0.016 74 0.000 50 群体内 within populations 173 98.33 所有样本 total 177
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表 3 圆舵鲣两两地理群体间D-loop区的遗传分化系数(对角线下方)及显著性水平(对角线上方)
Table 3 Pairwise FST (below diagonal) and P values (above diagonal) among geographic populations of A.rochei based on D-loop sequences
A B C D E A 0.004 36 0.056 23 0.327 59 0.429 86 B 0.036 45 0.001 09 0.002 48 0.005 35 C 0.015 65 0.033 77 0.847 24 0.336 11 D 0.002 12 0.034 59 -0.007 26 0.645 38 E -0.000 13 0.033 57 0.001 82 -0.003 69
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表 4 圆舵鲣两两地理群体间随机交配假设检验的显著性水平
Table 4 P values of exact test of sample differentiation of A.rochei based on D-loop haplotype frequencies
A B C D B 0.000 01 C 1.000 00 0.000 01 D 0.128 85 0.000 01 0.128 70 E 1.000 00 0.001 60 1.000 00 0.112 95
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表 5 圆舵鲣D-loop区序列核苷酸不配对分布分析的参数估计值
Table 5 Mismatch distribution parameter estimates for A.rochei based on D-loop sequence
核苷酸不配对分布 mismatch distribution 吻合度检验 goodness-of-fit test 扩张时间
τ初始值
θ0最终值
θ1平方和
SSD显著性
P粗糙指数
HRI显著性
PA 21.7 0.003 52 248.325 00 0.001 82 0.817 20 0.003 80 0.926 20 B 19.8 3.636 91 152.992 97 0.004 68 0.202 30 0.011 64 0.016 80 C 21.3 0.047 46 387.304 30 0.001 53 0.713 70 0.004 09 0.710 80 D 22.7 0.007 03 189.716 41 0.001 71 0.740 30 0.004 31 0.653 60 E 19.9 0.451 76 703.750 00 0.001 40 0.818 30 0.004 54 0.735 10 总计 total 21.8 0.029 88 219.521 48 0.000 37 0.680 50 0.001 35 0.831 20
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表 6 圆舵鲣D-loop区序列的Tajima′s D和Fu′s FS统计值及显著性水平
Table 6 Tajima′s D, Fu′s FS statistics, corresponding P values for A.rochei based on D-loop sequences
Tajima′s D Fu′s FS D P FS P A -0.858 93 0.208 60 -15.264 13 0.000 40 B -1.044 75 0.145 60 -7.948 97 0.022 00 C -1.170 23 0.113 00 -20.597 32 0.000 01 D -0.851 71 0.203 60 -13.510 01 0.000 80 E -0.840 11 0.209 60 -17.268 99 0.000 01 总计 total -1.215 72 0.089 00 -23.701 30 0.003 60
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-
[1] LAIKRE L, PALM S, RYMAN N. Genetic population structure of fishes: implications for coastal zone management[J]. Ambio, 2005, 34(2): 111-119. doi: 10.1579/0044-7447-34.2.111
[2] MCHICH R, CHAROUKI N, AUGER P, et al. Optimal spatial distribution of the fishing effort in a multi fishing zone model[J]. Ecol Model, 2006, 197(3/4): 274-280.
[3] LOESCHCKE V, TOMIUK J, JIAN S K, et al. Conservation genetics[M]. Basel: Birkhauser Veriag, 1994: 37-53.
[4] COLLETTE B B, NAUEN C E. FAO species catalogue, vol. 2. Scombrids of the world. An annotated and illustrated catalogue of tunas, mackerels, bonitos, and related species known to date[M]. FAO Fisheries Synopsis, 1983, 125: 1-137.
[5] FROESE R, PAULY D. FishBase[DB/OL]. [2016-01-25]. http://www.fishbase.se/summary/Auxis-rochei.html.
[6] FAO. Global production statistics 1950-2014, frigate and bullet tunas[R]. Rome: FAO, 2015.
[7] 晏磊, 张鹏, 杨吝, 等. 2011年春季南海中南部海域灯光罩网渔业渔获组成的初步分析[J]. 南方水产科学, 2014, 10(3): 97-103. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2014.03.015 [8] 张鹏, 曾晓光, 杨吝, 等. 南海区大型灯光罩网渔场渔期和渔获组成分析[J]. 南方水产科学, 2013, 9(3): 74-79. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2013.03.012 [9] 张鹏, 张俊, 李渊, 等. 秋季南海中南部海域的一次灯光罩网探捕调查[J]. 南方水产科学, 2016, 12(2): 67-74. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2016.02.010 [10] 张仁斋. 圆舵鲣仔、稚鱼的形态特征和产卵期[J]. 海洋水产研究, 1984, 7 (6): 79-84. [11] 张玉玲. 圆舵鲣的生物学和渔业[J]. 动物学杂志, 1999, 34(3): 44-47. [12] 江素菲, 王德明. 闽南-台湾浅滩渔场金枪鱼类仔鱼的分布和产卵期[J]. 厦门大学学报(自然科学版), 1986, 25(4): 476-483. [13] 童铃, 金毅, 徐坤华, 等. 3种鲣鱼背部肌肉的营养成分分析及评价[J]. 南方水产科学, 2014, 10(5): 51-59. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2014.05.008 [14] 李敏, 张鹏, 李玉芳, 等. 南海扁舵鲣种群遗传结构和遗传多样性评价[J]. 南方水产科学, 2015, 11(5): 82-89. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2015.05.010 [15] HALL T A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT [J]. Nucl Acids Symp, 1999, 41: 95-98.
[16] TAMURA K, STECHER G, PETERSON D, et al. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis Version 6.0[J]. Mol Biol Evol, 2013, 30(12): 2725-2729.
[17] POSADA D, CRANDALL K A. MODELTEST: testing the model of DNA substitution[J]. Bioinformatics (Oxford, England), 1998, 14(9): 817-818.
[18] LIBRADO P, ROZAS J. DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data[J]. Bioinformatics (Oxford, England), 2009, 25(11): 1451-1452.
[19] EXCOFFIER L, LISCHER H E. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows[J]. Mol Ecol Resour, 2010, 10(3): 564-567.
[20] EXCOFFIER L, SMOUSE P E, QUATTRO J M. Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA restriction data[J]. Genetics, 1992, 131(2): 479-491.
[21] TAMURA K, NEI M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees[J]. Mol Biol Evol, 1993, 10(3): 512-526.
[22] EXCOFFIER L. Patterns of DNA sequence diversity and genetic structure after a range expansion: lessons from the infinite-island model[J]. Mol Ecol, 2004, 13(4): 853-864.
[23] RAY N, CURRAT M, EXCOFFIER L. Intra-deme molecular diversity in spatially expanding populations[J]. Mol Biol Evol, 2003, 20(1): 76-86.
[24] HARPENDING H C. Signature of ancient population growth in a low-resolution mitochondrial DNA mismatch distribution[J]. Hum Biol, 1994, 66(4): 591-600.
[25] RAMOS-ONSINS S E, ROZAS J. Statistical properties of new neutrality tests against population growth[J]. Mol Biol Evol, 2002, 19(12): 2092-2100.
[26] TAJIMA F. Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism[J]. Genetics, 1989, 123(3): 585-595.
[27] FU Y X. Statistical tests of neutrality of mutations against population growth, hitchhiking and background selection[J]. Genetics, 1997, 147(2): 915-925.
[28] ROGERS A R, HARPENDING H. Population growth makes waves in the distribution of pairwise genetic differences[J]. Mol Biol Evol, 1992, 9(3): 552-569.
[29] LEE W J, CONROY J, HOWELL W H, et al. Structure and evolution of teleost mitochondrial control regions[J]. J Mol Evol, 1995, 41(1): 54-66.
[30] 熊丹, 李敏, 陈作志, 等. 南海短尾大眼鲷的种群遗传结构分析[J]. 南方水产科学, 2015, 11(2): 27-34. doi: 10.3969/j.issn.2095.0780.2015.02.004 [31] ZHANG J B, CAI Z P, HUANG L G. Population genetic structure of crimson snapper Lutjanus erythropterus in East Asia, revealed by analysis of the mitochondrial control region[J]. ICES J Mar Sci, 2006, 63(4): 693-704.
[32] HAN Z Q, LI Y Z, CHEN G B, et al. Population genetic structure of coral reef species Plectorhinchus flavomaculatus in South China Sea[J]. Afr J Biotechnol, 2008, 7(11): 1774-1781.
[33] FRANKHAM R, BALLOU J D, BRISCOE D A. Introduction to conservation genetics[M]. Cambridge: Cambridge University Press, 2002: 78-104.
[34] WANG P. Response of western Pacific marginal seas to glacial cycles: paleoceanographic and sedimentological features[J]. Mar Geol, 1999, 156(1): 5-39.
[35] IMBRIE J, BOYLE E A, CLEMENS S C, et al. On the structure and origin of major glaciation cycles, 1. Linear responses to Milankovitch forcing[J]. Paleoceanography, 1992, 7(6): 701-738.
[36] WANG P. Response of western Pacific marginal seas to glacial cycles: paleoceanographic and sedimentological features[J]. Mar Geol, 1999, 156(1): 5-39.
[37] FREELAND J R. Molecular ecology[M]. Chichester: John Wiley & Sons Ltd., 2005: 112-116.
[38] WRIGHT S. The genetical structure of populations[J]. Annals of Eugenics, 1951, 15(4): 323-354.
[39] WRIGHT S. Evolution and the genetics of population: variability within and among Natural Population [M]. Chicago: University of Chicago Press, 1978: 79-103
[40] GRANT W S, BOWEN B W. Shallow population histories in deep evolutionary lineages of marine fishes: insights from sardines and anchovies and lessons for conservation[J]. J Hered, 1998, 89(5): 415-426.
[41] HEWITT G. The genetic legacy of the Quaternary ice ages[J]. Nature, 2000, 405(6789): 907-913.
[42] PALUMBI S R. Genetic divergence, reproductive isolation, and marine speciation[J]. Annu Rev Ecol Syst, 1994, 25: 547-572.
[43] 陈真然, 魏淑珍. 南海东北部海域夏季浮性鱼卵和仔稚鱼的种类组成及其分布特征[C]//南海海洋生物研究论文集(一). 北京: 海洋出版社, 1983: 192-198. [44] 张仁斋. 西沙群岛附近海区金枪鱼类仔稚鱼的调查研究报告[J]. 水产学报, 1981, 5(4): 301-315. [45] 陈真然, 魏淑珍. 南海中部海域金枪鱼类仔稚鱼的分布[J]. 水产学报, 1981, 4(1): 41-47. [46] 苏纪兰. 南海环流动力机制研究综述[J]. 海洋学报(中文版), 2005, 27(6): 1-8. [47] 苏纪兰. 中国近海水文[M]. 北京: 海洋出版社, 2005: 1-367. -
期刊类型引用(21)
1. 李盛楠，王晶，于玮洁，卜晓翠，单体锋. 几种褐藻多糖硫酸酯的提取、成分分析及抗氧化活性研究. 海洋科学. 2023(03): 106-115 . 
百度学术
2. 吕佳桐，林海生，秦小明，章超桦，曹文红，高加龙，郑慧娜. 牡蛎及其酶解产物抗皮肤光老化的初步研究. 南方水产科学. 2021(01): 91-100 . 本站查看
3. 王露楠，杨少玲，戚勃，杨贤庆，李春生，马海霞，胡晓. 3种改性方法对琼胶理化性质的影响. 南方水产科学. 2021(02): 97-103 . 本站查看
4. 邓龙生，孙琳，宋爽，高亚辉. 藻类抗氧化活性化合物对男性不育症的潜在治疗作用. 中国海洋药物. 2021(04): 72-78 . 百度学术
5. 李飞飞，刘克海. 脆江蓠多糖的理化分析及其抗氧化活性评价. 山东农业大学学报(自然科学版). 2021(05): 746-752+783 . 百度学术
6. 陈胜军，刘欢，杨少玲，杨贤庆，戚勃，胡晓. 舌状蜈蚣藻多糖提取工艺及抗氧化活性分析. 上海海洋大学学报. 2020(01): 153-160 . 百度学术
7. 黄海潮，王锦旭，潘创，杨贤庆，戚勃，李来好，赵永强. 超声波辅助过氧化氢法降解坛紫菜多糖及其抗氧化活性的研究. 南方水产科学. 2020(01): 110-119 . 本站查看
8. 金鑫，熊川，李萍，李强，陈祖琴，张璐，黄文丽. 三株海南岛野生灵芝的鉴定、多糖组成及其抗氧化活性研究. 天然产物研究与开发. 2020(02): 190-199 . 百度学术
9. 杨大俏，王锦旭，李来好，杨贤庆，马海霞，岑剑伟，王悦齐. 近江牡蛎多糖的结构鉴定及免疫调节能力分析. 食品科学. 2020(10): 38-46 . 百度学术
10. 邹鹏飞，杜芬，魏星，付雪媛，杜可欣，刘楚怡. 纤维素酶法制备海茸抗氧化多糖的研究. 安徽农业科学. 2020(10): 145-147+160 . 百度学术
11. 孙瑞彬，高梦舒，王茜，李铂阳，邢荣莲，周革非. 强壮硬毛藻粗多糖的组成、理化性质和抗氧化活性. 江苏农业科学. 2020(11): 206-211 . 百度学术
12. 冯书珍，卢宇凤，刘南英，徐畅，谢广燕，冯学珍. 海藻多糖的单糖组成对体外抗氧化活性的影响. 天然产物研究与开发. 2019(01): 116-121+169 . 百度学术
13. 袁朝原，曹迷霞，韦英益. 海藻多糖对猪免疫功能影响的初步研究. 广西畜牧兽医. 2019(01): 3-6 . 百度学术
14. 陈胜军，刘先进，杨贤庆，李来好，黄卉，吴燕燕，胡晓，李春生. 鲍鱼内脏多糖分离纯化与抗氧化活性评价. 南方农业学报. 2019(02): 372-377 . 百度学术
15. 杨大俏，王锦旭，李来好，杨贤庆，马海霞. 海洋生物多糖多肽联产制备技术的研究现状. 中国渔业质量与标准. 2019(02): 1-8 . 百度学术
16. 刘金龙，张永和. 中药对冠心病的治疗作用及其机制探究. 长春中医药大学学报. 2019(03): 589-592 . 百度学术
17. 白海娜. 多糖的分离纯化及生物活性研究进展. 现代食品. 2019(17): 10-11+14 . 百度学术
18. 陈胜军，蔡苗苗，杨贤庆，杨少玲，李春生. 海洋藻类来源ACE IPs的酶法制备及评价模型的研究进展. 食品与发酵工业. 2019(20): 298-303 . 百度学术
19. 李瑞杰，胡晓，李来好，杨贤庆，陈胜军，吴燕燕，林婉玲，荣辉. 罗非鱼皮酶解物钙离子结合能力及其结合物的抗氧化活性. 南方水产科学. 2019(06): 106-111 . 本站查看
20. 彭臻菲，李泳宁，魏碧娜，林碧珠. 海带多糖抑制平滑肌细胞增殖及抗氧化活性研究. 福建农业学报. 2019(12): 1457-1462 . 百度学术
21. 王锐. 余甘子多糖体外降血糖及抗氧化活性研究. 食品研究与开发. 2018(17): 189-192+224 . 百度学术
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