Cloning and sequence analysis of Cyt b gene in 2 Gobiidae fishes
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摘要:
测定了矛尾刺虾虎鱼(Acanthogobius hasta)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列。2种虾虎鱼Cyt b基因序列全长均为1 141 bp，通过序列比对，检测到266个变异位点，序列中碱基转换频率高于颠换，碱基替换主要发生在密码子第3位。结合GenBank中的虾虎鱼科其他物种的细胞色素b基因全序列，利用Kimura-双参数模型分析遗传距离表明，10种虾虎鱼科鱼类的遗传差异在0.118~0.330之间，大头新虾虎鱼(Neogobius kessleri)与同属的裸喉新虾虎鱼(N.gymnotrachelus)遗传距离最小，为0.118；大头新虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼遗传距离最大，为0.330。以Cyt b基因全序列构建的NJ进化树分析表明，10种虾虎鱼分为3个主要类群，红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼聚为1支，且与其余8种虾虎鱼类遗传距离较远。
Abstract:The complete sequences of Cyt b genes in Acanthogobius hasta and Odontamblyopus rubicundus were amplified, cloned and sequenced. The Cyt b genes in both species are 1 141 bp in length. Comparing the obtained sequences, we detected 266 nucleotide variation sites, finding more transitions than transversions. Most base substitutions occur at the 3rd locus of the codon. Based on the complete Cyt b sequences of Gobiidae fishes recorded in GenBank, the genetic distance among 10 Gobiidae species calculated by Kimura-2 parameters model ranges from 0.118 to 0.330. The distance between Neogobius kessleri and N.gymnotrachelus is the shortest, being 0.118, while the distance between N.kessleri and A.hasta is the farthest, being 0.330. The phylogenetic analysis based on Cyt b gene sequence using NJ method suggests that the 10 Gobiidae fishes are divided into 3 main groups. Specifically, O.rubicundus and A.hasta cluster into one clade, having a relative far genetic distance to the other 8 Gobiidae species.
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Keywords:
- Cobiidae /
- Cyt b /
- sequence analysis /
- phylogeny
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鱼类是脊椎动物中较原始而种属数量又占优势的类群，其物种繁多，遗传背景复杂，研究其系统发生，阐明其进化途径，一直是研究的热点。随着分子技术向生物学各研究领域的渗透，从分子水平上研究鱼类的遗传与进化，已经受到极大的关注。鱼类线粒体DNA(mtDNA)与其他脊椎动物的mtDNA一样，呈共价闭合环状，包括1条轻链，1条重链，是细胞核外具有自主复制、转录和翻译能力的遗传因子。与核DNA相比，鱼类线粒体DNA具有分子小、结构简单、进化速度快、不同区域进化速度存在差别等特点，是一个相对简单的复制单位，其不少基因已成为研究鱼类群体遗传结构与系统演化关系的重要标记[1-5]。
虾虎鱼亚目统称虾虎鱼类，是鲈形目鱼类中最大的一个类群，全世界共有虾虎鱼类9科，270属，2 211种，广泛分布于亚洲、大洋洲、非洲、美洲和欧洲的热带、亚热带与温带水域中[6]。中国现有虾虎鱼类9科5亚科106属307种，占世界虾虎鱼类总数的13.9%，其中淡水虾虎鱼66种，海水虾虎鱼241种，虽然个别种类如大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)和纹缟虾虎鱼(Tridentiger trigonocephalus)等已开展人工养殖研究，但是多数虾虎鱼类由于体型小、寿命短、经济价值低、采样困难等原因，长期以来对其开展的研究较少，已有的报道也主要集中在繁殖生物学、早期生活史和物种调查等方面[7-10]。此外，虾虎鱼物种间的系统发生关系至今仍存在很大的争议，GIINTHER[11]根据鳍条数、纵列鳞数等形态学特征将虾虎鱼科分为Gobiinae、Amblyopinae、Trypaucheninae和Callionymina；BLEEKER[12]在分析牙齿、骨骼以及眼睛的位置后重新定义了虾虎鱼科的4个亚科。REGAN[13]在1911年提出应将虾虎鱼亚目分为Eleotridae、Gobiidae和Kraemeriidae 3个科，首次将Kraemeriidae划分到虾虎鱼亚目中，而GOSLINE[14]在比较了虾虎鱼亚目种类的骨骼后指出，仅利用肩带骨和上颌骨的形态学特征还不足以将Eleotridae和Gobiidae区分开。在分子系统发生方面，CHRISTINE和MICHAEL[15]利用COI、ND1和ND2基因重建虾虎鱼亚目系统发生关系，系统树显示Gobiinae与Microdesmidae的关系较近，难以区分，其结果与之前的形态分类结果差距较大。因此，目前关于虾虎鱼类物种的分类地位尚不明确，存在较多争议。
该研究首次克隆测定了2种虾虎鱼的Cyt b基因全序列，分析了其序列特征和10种虾虎鱼类之间的遗传距离，并结合GenBank数据库中虾虎鱼亚目近缘种的Cyt b基因全序列进行系统进化分析，旨在为研究虾虎鱼类分子进化关系积累一定的资料。
1. 材料与方法
1.1 材料
矛尾刺虾虎鱼(Acanthogobius hasta)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)为采集于浙江海域的野生个体，肌肉组织保存于－80 ℃冰箱。分子系统分析所用8种虾虎鱼Cyt b基因序列以及外群东太虎鲨(Heterodontus framcisci)Cyt b基因序列均来自GenBank数据库(表 1)。
表 1 所研究鱼类的DNA序列数据来源Table 1 Data source of DNA sequence of investigated fishes科
family属
genus种
speciesGenBank登录号
accession No.虾虎鱼科Gobiidae 原吻虾虎鱼属Proterorhinus 云斑原吻虾虎鱼P.marmoratus EU444656 虾虎鱼属Gobius 库氏虾虎鱼G.couchi FJ389196 斜颌虾虎鱼属Quisquilius 马来斜颌虾虎鱼Q.malayanus AB449797 细棘虾虎鱼属Acentrogobius 青斑细棘虾虎鱼A.viridipunctatus AB449790 刺虾虎鱼属Acanthogobius 矛尾刺虾虎鱼A.hasta HM219219 中虾虎鱼属Mesogobius 蛙头中虾虎鱼M.batrachocephalus EU444668 蛇头虾虎鱼Z.ophiocephalus EU444670 新虾虎鱼属Neogobius 裸喉新虾虎鱼N.gymnotrachelus EU444667 大头新虾虎鱼N.kessleri EU444669 狼牙虾虎鱼属Odontamblyopus 红狼牙虾虎鱼O.rubicundus HM219221 虎鲨科Heterodontidae 虎鲨属Heterodontus 东太虎鲨H.francisci NC_003137 1.2 基因组DNA提取
采用传统的苯酚\ 氯仿抽提法，每个样本取约100 mg尾部肌肉组织，剪碎后加入500 μL组织裂解液(10 mmol · L-1 Tris-HCl，pH 8.0；50 mmol · L-1 EDTA，pH 8.0)，混匀后加入50 μL质量浓度为0.1 g · mL-1的SDS溶液和10 μL 200 μg · mL-1的蛋白酶K，55 ℃水浴3~4 h。加入等体积V(Tris-饱和酚) : V(氯仿) : V(异戊醇) =25:24:1添加，摇匀后12 000 r·min-1离心10 min，上清液转移至新的离心管，抽提3次。向上清液中加入2倍体积预冷的无水乙醇沉淀DNA，70%乙醇漂洗沉淀2次，离心去除多余乙醇，加入50 μL TE溶液溶解DNA。吸取1 μL溶解的DNA，在比色杯中稀释至1/100，于Eppendorf蛋白核酸仪上测定其浓度和OD260 nm/OD280 nm值。
1.3 PCR扩增和产物电泳检测
引物Cyt b-F和Cyt b-R用于扩增矛尾刺虾虎鱼以及红狼牙虾虎鱼的Cyt b全长基因[16]。PCR扩增体系为50 μL，包括模板2 μL，10×Reaction Buffer 5 μL，dNTP各0.2 m mol · L-1，上、下游引物各0.2 μmol · L-1，TaqDNA聚合酶2 U，MgCl2 1.5 mmol · L-1。反应在Bio-Rad Mycycler PCR仪上进行。循环参数设置为94 ℃预变性4 min，94 ℃变性30 s，50 ℃退火45 s，72 ℃延伸60 s，循环30次，最后于72 ℃延伸10 min。每组反应均设不含模板的空白对照。1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物。
1.4 产物纯化以及克隆测序
利用凝胶纯化试剂盒(Tiangen)纯化回收PCR扩增产物，回收产物与pGEM-T载体(Promega)于4 ℃连接过夜后，转化进Top10感受态细胞。转化子于涂有IPTG和X-gal含氨苄青霉素的LB平板上37 ℃培养15 h，蓝白斑筛选，挑取单克隆，利用T7/SP6引物经菌液PCR鉴定阳性克隆子。将鉴定的阳性克隆子扩大培养后，利用质粒提取试剂盒(Tiangen)提取质粒，通过T7/SP6引物，用ABI3730自动测序仪进行双向测序。每个物种重复测定3个个体，以保证序列可信。
1.5 数据处理与系统关系发生分析
序列通过DNAstar软件包中的SeqMan和Megalin子程序进行拼接，并同近缘物种的Cyt b序列进行多重对比以去除两侧载体序列和tRNA基因序列，经人工核查后用于后续的分析。利用MEGA 4.0软件比对所测2种虾虎鱼的Cyt b序列，计算碱基组成、密码子平均使用频率及相对遗传距离。采用NJ法构建系统进化树并分析，自举检验1 000次重复以估计各分支的置信度。
2. 结果与讨论
2.1 Cyt b基因碱基组成与特征
经克隆测序，得到的碱基序列由DNAstar软件拼接剪切，去除两端载体序列和tRNA基因片段后得到全长均为1 141 bp的Cyt b基因全序列(图 1)。BLAST分析显示，两者同其他虾虎鱼Cyt b基因全序列具有很高的相似性。提交序列至GenBank数据库，获得序列号(表 1)。碱基组成见表 2，T、C、A和G碱基在研究的10种虾虎鱼中的平均含量为30.3%、29.5%、24.2%和16.0%，A+T的平均含量为55.5%，高于G+C的含量，这一特征同已报道的鱼类线粒体Cyt b序列特征具有一致性[16-18]。其中蛇头虾虎鱼的碱基组成却存在相反的趋势，即GC含量高于AT含量，尽管G3的含量明显低于其他3种碱基，表现出反G选择，但是相比其他虾虎鱼，G3的含量也是较高的。类似的情况也体现在库氏虾虎鱼的碱基组成上，AT含量(50.1%)几乎等于GC含量，且也具有较高的G3含量(13.9%)。
表 2 10种虾虎鱼科鱼类Cyt b基因碱基组成Table 2 Base composition of Cyt b genes in 10 Gobiidae fishes物种species T C A G A+T T3 C3 A3 G3 红狼牙虾虎鱼O.rubicundus 33.1 27.3 25.6 14.0 58.7 34 29.7 32.9 3.2 矛尾刺虾虎鱼A.hasta 31.2 30.1 24.2 14.5 55.4 26 36.6 29.7 7.6 蛇头虾虎鱼Z.ophiocephalus 29.4 31.6 20.3 18.6 49.7 24 41.3 19.5 15.3 青斑细棘虾虎鱼A.viridipunctatus 25.9 34.0 24.2 16.0 50.1 12 50.0 29.5 8.4 库氏虾虎鱼G.couchi 29.4 31.8 20.7 18.1 50.1 23 42.6 20.5 13.9 蛙头中虾虎鱼M.batrachocephalus 30.7 28.0 25.6 15.8 56.3 25 34.7 33.9 6.6 裸喉新虾虎鱼N.gymnotrachelus 31.5 27.6 26.2 14.7 57.7 28 33.0 33.5 5.5 大头新虾虎鱼N.kessleri 31.4 27.6 25.7 15.3 57.1 27 33.7 32.1 7.4 云斑原吻虾虎鱼P.marmoratus 32.6 26.8 25.5 15.1 58.1 27 32.2 32.7 7.7 马来斜颌虾虎鱼Q.malayanus 27.5 31.9 24.6 16.0 52.1 16 43.9 31.6 8.7 平均数avg. 30.3 29.5 24.2 16.0 54.5 24 37.8 29.6 8.4 注：表中数字3代表密码子第3位
Note：The number 3 indicates the 3rd codon position.2.2 Cyt b基因密码子使用情况
相对核基因，2种虾虎鱼Cyt b基因在遗传密码的使用上存在差异。UGA编码Trp而不是终止密码子，此外Cyt b基因的终止密码子为不完全的终止密码子T，但通过转录加工过程中的多聚腺苷酸化，从而形成完整的TAA终止密码子[19]。编码Leu的CUU密码个数最多，平均为22.8，占总密码子数的2.20%；UUG密码子使用频率最低，均在总密码子数的0.07%。在简并密码子使用中也存在明显的偏性选择，在编码Leu的6个简并密码子中，CUU使用频率最高，而UUG使用频率最低；在编码Val的4个简并密码子中，GUA密码子个数平均为10，占总数的1.58%，GUG密码子个数最少，平均为0.8，占总数的0.12%。其余的简并密码子也均表现出这一偏倚(表 3)。研究发现，虽然脊椎动物mtDNA编码的蛋白基因在序列上存在很大差异，但其中绝大部分为同义替代，且主要发生在密码子第3位，该位置存在显著的核苷酸偏性选择，由于mtDNA进化速率较快，因此, 同义取代可被认为是线粒体系统在进化速度较快的情况下保持自身蛋白质结构与功能稳定的一种方式[20]。该研究中的Cyt b基因序列同样表现出这一特征，在密码子第3位，T、C、A和G的平均含量分别为30%、34.2%、31.3%和4.7%，可以看出G的含量明显低于其他3种碱基，存在明显的反G选择(表 2)。分析表明各序列为显著的同义选择，也表明Cyt b基因序列间的差异主要集中在密码子第3位。
表 3 红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼Cyt b基因密码子平均使用频率Table 3 Average usage frequency of codon in Cyt b genes in O.rubicundus and A.hastacodon/AA C/% codon/AA C/% codon/AA C/% codon/AA C/% UUU/Phe 15.5(0.95) UCU/Ser 8.5(2.37) UAU/Tyr 5.5(0.77) UGU/Cys 1.0(0.67) UUC/Phe 17.0(1.05) UCC/Ser 6.5(1.81) UAC/Tyr 8.8(1.23) UGC/Cys 2.0(1.33) UUA/Leu 8.3(0.80) UCA/Ser 5.5(1.53) UAA/Stop 0.0(0.00) UGA/Trp 10.5(1.79) UUG/Leu 0.8(0.07) UCG/Ser 0.0(0.00) UAG/Stop 0.0(0.00) UGG/Trp 1.3(0.21) CUU/Leu 22.8(2.20) CCU/Pro 4.8(0.87) CAU/His 3.5(0.61) CGU/Arg 1.0(0.50 CUC/Leu 11.5(1.11) CCC/Pro 8.5(1.56) CAC/His 8.0(1.39) CGC/Arg 1.5(0.75) CUA/Leu 15.8(1.52) CCA/Pro 7.8(1.43) CAA/Gln 6.0(1.71) CGA/Arg 5.5(2.75) CUG/Leu 3.0(0.29) CCG/Pro 0.8(0.14) CAG/Gln 1.0(0.29) CGG/Arg 0.0(0.00) AUU/Ile 18.0(1.22) ACU/Thr 3.8(0.72) AAU/Asn 6.5(0.71) AGU/Ser 0.0(0.00) AUC/Ile 11.5(0.78) ACC/Thr 5.8(1.11) AAC/Asn 11.8(1.29) AGC/Ser 1.0(0.28) AUA/Met 6.0(1.33) ACA/Thr 11.0(2.12) AAA/Lys 8.0(1.78) AGA/Stop 0.0(0.00) AUG/Met 3.0(0.67) ACG/Thr 0.3(0.05) AAG/Lys 1.0(0.22) AGG/Stop 0.0(0.00) GUU/Val 7.8(1.23) GCU/Ala 6.5(0.83) GAU/Asp 5.3(0.91) GGU/Gly 3.3(0.48) GUC/Val 6.8(1.07) GCC/Ala 13.8(1.76) GAC/Asp 6.3(1.09) GGC/Gly 9.5(1.39) GUA/Val 10.0(1.58) GCA/Ala 10.8(1.38) GAA/Glu 2.8(1.10) GGA/Gly 11.0(1.61) GUG/Val 0.8(0.12) GCG/Ala 0.3(0.03) GAG/Glu 2.3(0.90) GGG/Gly 3.5(0.51) 2.3 10种虾虎鱼类遗传距离
利用MEGA 4.0软件，基于kimura-双参数法计算10种虾虎鱼科种类的遗传距离(表 4)。可以看出10个种类的遗传距离在0.118~0.330之间，各个物种之间的遗传差距较大。大头新虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼遗传距离最大(0.330)，即在虾虎鱼科内，新虾虎鱼属同刺虾虎鱼属亲缘关系同其他属相比较远。大头新虾虎鱼与同属的裸喉新虾虎鱼遗传距离最小，为0.118。矛尾刺虾虎鱼同马来斜颌虾虎鱼亲缘关系最近，两者的遗传距离为0.270，而红狼牙虾虎鱼同马来斜颌虾虎鱼以及裸喉新虾虎鱼也具有最近的亲缘关系，遗传距离均为0.271。
表 4 10种虾虎鱼科鱼类Cyt b序列的遗传距离Table 4 Pair-wise genetic distance among 10 Cyt b sequences of Gobiidae fishes1 2 3 4 5 6 7 8 9 1.红狼牙虾虎鱼O.rubicundus 2.矛尾刺虾虎鱼A.hasta 0.282 3.蛇头虾虎鱼Z.ophiocephalus 0.318 0.315 4.青斑细棘虾虎鱼A.viridipunctatus 0.289 0.291 0.241 5.库氏虾虎鱼G.couchi 0.301 0.295 0.176 0.247 6.蛙头中虾虎鱼M.batrachocephalus 0.287 0.316 0.263 0.270 0.283 7.裸喉新虾虎鱼N.gymnotrachelus 0.271 0.329 0.284 0.272 0.280 0.168 8.大头新虾虎鱼N.kessleri 0.272 0.330 0.267 0.265 0.281 0.185 0.118 9.云斑原吻虾虎鱼P.marmoratus 0.304 0.327 0.297 0.282 0.300 0.178 0.200 0.195 10.马来斜颌虾虎鱼Q.malayanus 0.271 0.270 0.254 0.188 0.267 0.278 0.278 0.261 0.297 2.4 虾虎鱼科系统进化分析
系统进化分析表明，所建的NJ分子树可将虾虎鱼科10个物种分为3个主要类群(图 2)。红狼牙虾虎鱼同矛尾刺虾虎鱼聚在一起构成第1个类群，但这一拓扑结构的自举检验值较低。可看出在进化上红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼是较早分化的物种，它们与其余7个虾虎鱼属存在较远的遗传进化关系，两两间遗传距离均大于或等于0.270。蛙头中虾虎鱼和云斑原吻虾虎鱼聚为1支，并同新虾虎鱼属的2个物种聚在一起形成第2个类群，自举支持率为100%。库氏虾虎鱼与蛇头虾虎鱼聚为1支，自举支持率为100%，且与两者之间遗传距离最小相符合；青斑细棘虾虎鱼同马来斜颌虾虎鱼聚为1支，自举支持率为95%，4个物种构成第3个类群，但是对这一类群的自举检验率较低。由于标本数目以及分子数据的局限性，虾虎鱼科内各物种系统分类地位的明确尚需发掘更多的标本和不同类型的分子数据以及采用不同遗传算法分析[21-24]。
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图 2 基于10种虾虎鱼Cyt b全序列构建的NJ系统分析树Fig. 2 NJ phylogenetic tree of 10 Gobiidae species based on complete Cyt b gene sequences通过克隆浙江舟山海域2种虾虎鱼亚目鱼类的Cyt b基因，并结合其余虾虎鱼亚目近缘种的Cyt b基因全序列进行系统分析，将为今后更加深入研究虾虎鱼亚目各物种亲缘进化关系、系统分类地位以及遗传多样性提供可靠的依据。
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图 2 基于10种虾虎鱼Cyt b全序列构建的NJ系统分析树
Figure 2. NJ phylogenetic tree of 10 Gobiidae species based on complete Cyt b gene sequences
表 1 所研究鱼类的DNA序列数据来源
Table 1 Data source of DNA sequence of investigated fishes
科
family属
genus种
speciesGenBank登录号
accession No.虾虎鱼科Gobiidae 原吻虾虎鱼属Proterorhinus 云斑原吻虾虎鱼P.marmoratus EU444656 虾虎鱼属Gobius 库氏虾虎鱼G.couchi FJ389196 斜颌虾虎鱼属Quisquilius 马来斜颌虾虎鱼Q.malayanus AB449797 细棘虾虎鱼属Acentrogobius 青斑细棘虾虎鱼A.viridipunctatus AB449790 刺虾虎鱼属Acanthogobius 矛尾刺虾虎鱼A.hasta HM219219 中虾虎鱼属Mesogobius 蛙头中虾虎鱼M.batrachocephalus EU444668 蛇头虾虎鱼Z.ophiocephalus EU444670 新虾虎鱼属Neogobius 裸喉新虾虎鱼N.gymnotrachelus EU444667 大头新虾虎鱼N.kessleri EU444669 狼牙虾虎鱼属Odontamblyopus 红狼牙虾虎鱼O.rubicundus HM219221 虎鲨科Heterodontidae 虎鲨属Heterodontus 东太虎鲨H.francisci NC_003137 
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表 2 10种虾虎鱼科鱼类Cyt b基因碱基组成
Table 2 Base composition of Cyt b genes in 10 Gobiidae fishes
物种species T C A G A+T T3 C3 A3 G3 红狼牙虾虎鱼O.rubicundus 33.1 27.3 25.6 14.0 58.7 34 29.7 32.9 3.2 矛尾刺虾虎鱼A.hasta 31.2 30.1 24.2 14.5 55.4 26 36.6 29.7 7.6 蛇头虾虎鱼Z.ophiocephalus 29.4 31.6 20.3 18.6 49.7 24 41.3 19.5 15.3 青斑细棘虾虎鱼A.viridipunctatus 25.9 34.0 24.2 16.0 50.1 12 50.0 29.5 8.4 库氏虾虎鱼G.couchi 29.4 31.8 20.7 18.1 50.1 23 42.6 20.5 13.9 蛙头中虾虎鱼M.batrachocephalus 30.7 28.0 25.6 15.8 56.3 25 34.7 33.9 6.6 裸喉新虾虎鱼N.gymnotrachelus 31.5 27.6 26.2 14.7 57.7 28 33.0 33.5 5.5 大头新虾虎鱼N.kessleri 31.4 27.6 25.7 15.3 57.1 27 33.7 32.1 7.4 云斑原吻虾虎鱼P.marmoratus 32.6 26.8 25.5 15.1 58.1 27 32.2 32.7 7.7 马来斜颌虾虎鱼Q.malayanus 27.5 31.9 24.6 16.0 52.1 16 43.9 31.6 8.7 平均数avg. 30.3 29.5 24.2 16.0 54.5 24 37.8 29.6 8.4 注：表中数字3代表密码子第3位
Note：The number 3 indicates the 3rd codon position.
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表 3 红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼Cyt b基因密码子平均使用频率
Table 3 Average usage frequency of codon in Cyt b genes in O.rubicundus and A.hasta
codon/AA C/% codon/AA C/% codon/AA C/% codon/AA C/% UUU/Phe 15.5(0.95) UCU/Ser 8.5(2.37) UAU/Tyr 5.5(0.77) UGU/Cys 1.0(0.67) UUC/Phe 17.0(1.05) UCC/Ser 6.5(1.81) UAC/Tyr 8.8(1.23) UGC/Cys 2.0(1.33) UUA/Leu 8.3(0.80) UCA/Ser 5.5(1.53) UAA/Stop 0.0(0.00) UGA/Trp 10.5(1.79) UUG/Leu 0.8(0.07) UCG/Ser 0.0(0.00) UAG/Stop 0.0(0.00) UGG/Trp 1.3(0.21) CUU/Leu 22.8(2.20) CCU/Pro 4.8(0.87) CAU/His 3.5(0.61) CGU/Arg 1.0(0.50 CUC/Leu 11.5(1.11) CCC/Pro 8.5(1.56) CAC/His 8.0(1.39) CGC/Arg 1.5(0.75) CUA/Leu 15.8(1.52) CCA/Pro 7.8(1.43) CAA/Gln 6.0(1.71) CGA/Arg 5.5(2.75) CUG/Leu 3.0(0.29) CCG/Pro 0.8(0.14) CAG/Gln 1.0(0.29) CGG/Arg 0.0(0.00) AUU/Ile 18.0(1.22) ACU/Thr 3.8(0.72) AAU/Asn 6.5(0.71) AGU/Ser 0.0(0.00) AUC/Ile 11.5(0.78) ACC/Thr 5.8(1.11) AAC/Asn 11.8(1.29) AGC/Ser 1.0(0.28) AUA/Met 6.0(1.33) ACA/Thr 11.0(2.12) AAA/Lys 8.0(1.78) AGA/Stop 0.0(0.00) AUG/Met 3.0(0.67) ACG/Thr 0.3(0.05) AAG/Lys 1.0(0.22) AGG/Stop 0.0(0.00) GUU/Val 7.8(1.23) GCU/Ala 6.5(0.83) GAU/Asp 5.3(0.91) GGU/Gly 3.3(0.48) GUC/Val 6.8(1.07) GCC/Ala 13.8(1.76) GAC/Asp 6.3(1.09) GGC/Gly 9.5(1.39) GUA/Val 10.0(1.58) GCA/Ala 10.8(1.38) GAA/Glu 2.8(1.10) GGA/Gly 11.0(1.61) GUG/Val 0.8(0.12) GCG/Ala 0.3(0.03) GAG/Glu 2.3(0.90) GGG/Gly 3.5(0.51)
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表 4 10种虾虎鱼科鱼类Cyt b序列的遗传距离
Table 4 Pair-wise genetic distance among 10 Cyt b sequences of Gobiidae fishes
1 2 3 4 5 6 7 8 9 1.红狼牙虾虎鱼O.rubicundus 2.矛尾刺虾虎鱼A.hasta 0.282 3.蛇头虾虎鱼Z.ophiocephalus 0.318 0.315 4.青斑细棘虾虎鱼A.viridipunctatus 0.289 0.291 0.241 5.库氏虾虎鱼G.couchi 0.301 0.295 0.176 0.247 6.蛙头中虾虎鱼M.batrachocephalus 0.287 0.316 0.263 0.270 0.283 7.裸喉新虾虎鱼N.gymnotrachelus 0.271 0.329 0.284 0.272 0.280 0.168 8.大头新虾虎鱼N.kessleri 0.272 0.330 0.267 0.265 0.281 0.185 0.118 9.云斑原吻虾虎鱼P.marmoratus 0.304 0.327 0.297 0.282 0.300 0.178 0.200 0.195 10.马来斜颌虾虎鱼Q.malayanus 0.271 0.270 0.254 0.188 0.267 0.278 0.278 0.261 0.297
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