基于CBAM-UNet的大菱鲆鱼卵识别计数方法

钱程, 张佳鹏, 涂雪滢, 刘晃, 乔淦, 刘世晶

钱程, 张佳鹏, 涂雪滢, 刘晃, 乔淦, 刘世晶. 基于CBAM-UNet的大菱鲆鱼卵识别计数方法[J]. 南方水产科学, 2024, 20(6): 132-144. DOI: 10.12131/20240123
引用本文: 钱程, 张佳鹏, 涂雪滢, 刘晃, 乔淦, 刘世晶. 基于CBAM-UNet的大菱鲆鱼卵识别计数方法[J]. 南方水产科学, 2024, 20(6): 132-144. DOI: 10.12131/20240123
QIAN Cheng, ZHANG Jiapeng, TU Xueying, LIU Huang, QIAO Gan, LIU Shijing. Turbot fish egg recognition and counting method based on CBAM-UNet[J]. South China Fisheries Science, 2024, 20(6): 132-144. DOI: 10.12131/20240123
Citation: QIAN Cheng, ZHANG Jiapeng, TU Xueying, LIU Huang, QIAO Gan, LIU Shijing. Turbot fish egg recognition and counting method based on CBAM-UNet[J]. South China Fisheries Science, 2024, 20(6): 132-144. DOI: 10.12131/20240123

基于CBAM-UNet的大菱鲆鱼卵识别计数方法

基金项目: 国家重点研发计划项目“海水鱼循环水智能育苗设备技术合作研究”(2021YFE0108700)
详细信息
    作者简介:

    钱 程 (1995—),男,研究实习员,硕士,研究方向为机器视觉与图像处理、渔业信息化。E-mail: qiancheng@ fmiri.ac.cn

    通讯作者:

    刘世晶 (1982—),男,副研究员,博士,研究方向为渔业信息化、图像处理、模式识别和机器视觉。E-mail: liushijing@fmiri.ac.cn

  • 中图分类号: S 951.2

Turbot fish egg recognition and counting method based on CBAM-UNet

  • 摘要:

    大菱鲆 (Scophthalmus maximus) 鱼卵数量的精准统计是影响其苗种优选过程的重要因素。由于大菱鲆鱼卵体积微小、透明度高且容易粘连,目前人工操作效率低下且误差较大。为了实现鱼卵的自动、快速、准确计数,根据大菱鲆鱼卵的成像特点,提出了一种基于卷积块注意力机制和U形卷积神经网络 (CBAM-UNet) 的大菱鲆鱼卵计数方法。首先,设计了一套由工业相机、漫反射光源和图像采集箱构成的标准化鱼卵采样结构,获取无影的高清鱼卵图像,构建鱼卵图像样本集;随后,以UNet网络作为基础语义分割模型,针对鱼卵图像中无法有效分割鱼卵与背景边界及细节等问题,进一步引入了双重注意力机制,以增强模型对鱼卵特征的表达能力,提高分割精度;最后,根据分割后鱼卵面积、拍摄高度及鱼卵数量等构建多元线性回归模型,实现鱼卵的精准计数。结果表明,所提出的基于CBAM-UNet的鱼卵识别计数方法能有效提高大菱鲆鱼卵的计数精确度,平均计数误差为6.32%,低于基于其他模型和人工统计方法(质量比对法)的平均计数误差。

    Abstract:

    The accurate statistics of the number of turbot (Scophthalmus maximus) eggs is a crucial factor affecting the seedling selection process. Due to the small size, high transparency, and easy adhesion of turbot eggs, the manual counting methods are inefficient and prone to significant errors. To achieve automated, rapid and accurate counting of turbot eggs, a turbot fish egg counting method based on convolutional block attention mechanism and U-shaped convolutional neural network (CBAM-UNet) is proposed. According to the imaging characteristics of turbot eggs, a standardized fish egg sampling structure composed of an industrial camera, a diffuse reflection light source, and an image acquisition box was first designed and developed to obtain shadow-free high-definition egg images and construct a fish egg image sample set. Then, with UNet network as the basic semantic segmentation model, a dual attention mechanism was further introduced to enhance the segmentation of the boundaries and details of fish eggs and the background, so as to improve the expression ability of the model to the egg features and the segmentation accuracy. Finally, a multiple linear regression model was constructed based on the segmented fish egg area, shooting height, and the number of fish eggs to achieve accurate counting of the fish eggs. Experimental results show that the proposed recognition and counting method based on CBAM-UNet can effectively improve the accuracy of fish egg counting, with an average counting error of 6.32%, lower than the average counting error of other models and manual statistical methods (Quality comparison method).

  • 斑节对虾(Penaeus monodon)属于对虾科,对虾属,广泛分布于西太平洋和印度洋沿岸的大部分地区,我国的海南、广东、广西、浙江、福建以及台湾省沿岸都有分布。这种虾具有生长快、个体大、产量高、肉味鲜美、营养丰富等优点,成为我国东南沿海以及东南亚各国水产养殖的重要对象。目前,国内用于生产的斑节对虾亲虾主要来源于东南亚国家和我国海南的野生种群。由于过度捕捞,三亚海区成熟斑节对虾资源量锐减,该种群的遗传多样性受到关注。因此,研究该种群的遗传结构和遗传变异水平,对于管理、保护和利用该种群的种质资源具有重要意义。

    动物线粒体DNA由于具有分子量小、结构简单、母性遗传、一级结构进化速度快等特征而作为一种优良的分子标记广泛应用于动物的群体遗传学和系统进化研究[1-2]。本文通过测定斑节对虾mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列片段,分析了斑节对虾海南三亚野生地理种群16S rRNA基因和控制区序列的多态性,其目的是了解目前该种群的遗传多样性水平,为种质资源保护和遗传育种提供理论依据。

    2003年,从中国海南三亚海区采集了野生成熟斑节对虾样品20尾,样品编号依次为1~20。每个样品取一小块肌肉组织,于75%酒精中4℃冰箱保存。采集的样品所在地见图 1

    图  1  样品采集所在位置
    ●表示样品采集点
    Fig. 1  Sample collection site
    ● indicates the sample collection site.

    每个样品取约100 mg肌肉剪碎,使其乙醇完全挥发后,加入500 μL TEN9细胞裂解缓冲液(Tris.Cl 50 mmol · L-1,pH 9.0;EDTA 100 mmol ·L-1;NaCl 200 mmol · L-1),终浓度为2%的SDS和1 mg · mL-1的蛋白酶K,混匀后56℃消化过夜,分别用等体积的酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿抽提,至无蛋白质中间相,再用2倍体积无水乙醇和1/10体积NaAc(3 mol · L-1,pH 5.2)沉淀,70%乙醇洗涤后,用无离子超纯水溶解,-20℃存放。

    用于16S rRNA扩增的引物序列为L2510(5′-CGCCTGTTTAACAAAAACAT-3′)和H3059(5′-CCGGTCTGAACTCAGATCATGT-3′)[3]。用于控制区序列扩增的引物为:12S(5′-AAGAACCAGCTAGGATAAAACTTT-3′)和PCR-1R(5′-GATCAAAGAACATTCTTTAACTAC-3′)[4]。扩增的反应总体积60 μL,其中10×ExTaq Buffer (Takara) 6 μL,ExTaq polymerase (Takara 5 U · μL-1) 0.3 μL,dNTP (Takara 2.5 mmol · L-1) 4 μL,10 pmol · μL-1引物2 μL,1 μL模板DNA,补足灭菌双蒸水至60 μL。16S rRNA扩增条件为:94℃预变性2 min,之后进行35个循环(94℃ 45 s,50℃ 45 s,72℃ 60 s),最后72℃延伸7 min。控制区序列的扩增条件:94℃预变性3 min,之后进行35个循环(94℃ 45 s,48.8℃ 20 s,72℃ 40 s),最后72℃延伸5 min扩增产物经1.5%琼脂糖凝胶电泳,胶回收纯化。纯化后的产物送至测序公司(博亚公司)测序。

    用Clustal X程序对所得的DNA序列进行比对[5]。种群的遗传多样性指标基因多样度(Genediversity,H)[6]和碱基多样度(Nucleotide diversity,π)[7]由ARLEQUIN 2000[8]统计软件计算获得。利用MEGA软件构建NJ系统树。

    对斑节对虾20个个体的mtDNA 16S rRNA和控制区部分序列进行了PCR扩增,均获得了特异性很好的PCR产物,经序列测定,获得的mtDNA 16S rRNA的片段大小为495 bp,对应整个斑节对虾mtDNA序列(GenBank序列号NC_ 002184)位置在12 817~13 311 bp之间。共检测出多态位点17个,8个单倍型(单倍型编号为:a~h,图 2),其中具有单倍型b的个体有11个,具有单倍型a和d的个体各2个,具有其它单倍型的个体各1个。20个个体16S rRNA基因的4种碱基T、C、A、G的平均含量分别为34.9%,12.2%,33.9%,19.0%,这个结果与其他研究者得到甲壳类的16S rRNA碱基组成类似。

    图  2  20个斑节对虾样品16S rRNA的变异位点及单倍型
    Fig. 2  Variable sites and haplotypes of mtDNA 16S rRNA in 20 P.monodon individuals

    获得的mtDNA控制区序列的片段大小为470 bp,对应整个斑节对虾mtDNA序列(GenBank序列号NC_ 002184)位置在15 024~15 492 bp之间。共检测出多态位点100个,17种单倍型(单倍型编号为:A~Q,图 3),其中具有单倍型A、B、C的个体各2个,具有其它单倍型的个体各1个。20个个体控制区部分序列的4种碱基T、C、A、G的平均含量分别为40.1%,9.5%,41.2%,9.3%。

    图  3  20个斑节对虾样品控制区的变异位点及单倍型
    Fig. 3  Variable sites and haplotypes of mtDNA control region in 20 P.monodon individuals

    通过ARLEQUIN 2000软件分别计算出20个个体16S rRNA、控制区序列的主要遗传多样性指数,具体数据见表 1

    表  1  20个个体种群内16S rRNA和控制区序列主要的遗传多样性指数
    Table  1  Diversity indices of 20 P.monodon individuals based on mtDNA 16S rRNA and control region
    遗传多样性指数diversity indices 16S rRNA mtDNA 16S rRNA sequence 控制区序列mtDNA control region sequence
    单倍型数haplotype 8 17
    基因多样度gene diversity, H 0.7000±0.1092 0.9842±0.0205
    碱基多样度nucleotide diversity, π 0.004519±0.002901 0.048022±0.024639
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    以20个个体的16S rRNA基因和控制区部分序列构建的NJ系统树分别见图 4图 5。从图 4图 5可以看出,16S rRNA基因和控制区部分序列构建的NJ系统树基本一致。

    图  4  由16S rRNA基因部分序列得到的NJ系统树
    * 1~20为样品编号
    Fig. 4  NJ phylogenetic tree based on 16S rRNA gene sequences
    * 1~20 indicates No. of samples.
    图  5  由mtDNA control region部分序列得到的NJ系统树
    * 1~20为样品编号
    Fig. 5  NJ phylogenetic tree based on control region sequences
    * 1~20 indicates No. of samples.

    mtDNA序列分析较其它DNA分子标记技术更为直接、准确和可靠,因为它可以直接检测到基因碱基间的替换、缺失及插入等每一个变异位点情况,更灵敏地分析个体、群体及种间的遗传变异情况,广泛应用于种水平的系统发育和种内种群遗传差异分析及遗传多样性分析。QUAN等[9]和CHU等[4]认为mtDNA 16S rRNA基因序列比较保守,不适应甲壳类种群内类的遗传多样性分析。CHU等[4]认为mtDNA控制区序列进化比较快,是进行甲壳类种群内遗传多样性分析的理想分子标记。本文利用线粒体DNA 16S rRNA基因和控制区序列片段对三亚海区斑节对虾野生种群进行遗传多样性分析,发现16S rRNA序列比较保守,不适应斑节对虾种群内遗传多样性分析;而控制区序列是进行斑节对虾种群内遗传多样性分析的理想分子标记,与以上学者的观点一致。

    本文得到的海南三亚野生种群20个个体斑节对虾控制区部分序列的碱基多样度为4.80%,高于东亚沿海日本对虾群体的碱基多样度[10],说明海南三亚野生种群的遗传多样性较为丰富。但是与深圳斑节对虾野生群体比较,其碱基多样度略低[11]。由于尚未有人利用mtDNA序列碱基变异进行海南三亚斑节对虾种群的遗传多样性分析,本文的结果只能反映海南三亚斑节对虾遗传多样性的现状,无法与以前的遗传多样性水平进行比较,因而无法了解到其遗传多样性的变化。海南三亚斑节对虾遗传多样性会否因亲虾资源量的下降而有所下降,还需要长期定期的对该种群进行监测。

  • 图  1   鱼卵图像采集系统

    Figure  1.   Image acquisition system of fish eggs

    图  2   图像标注

    Figure  2.   Image annotation

    图  3   U-Net网络结构

    Figure  3.   U-Net Network structure

    图  4   改进的U-Net网络结构

    Figure  4.   Improved U-Net structure

    图  5   双重注意力机制结构及各模块结构

    Figure  5.   CBAM structure and each modules' structure

    图  6   训练损失曲线图

    Figure  6.   Training loss plot

    图  7   不同注意力机制下的分割效果图

    注:青色方框为局部区域放大后的结果,红色框为其他模型出现分割错误的区域。

    Figure  7.   Segmentation effect diagram under different attention mechanisms

    Note: The cyan box is the result of zooming in on a local area, while the red box is the area where the segmentation error occurs in other models.

    图  8   不同模型的分割效果图

    注:青色方框为局部区域放大后的结果,红色框为其他模型出现分割错误的区域。

    Figure  8.   Effect of segmentation of different models

    Note: The cyan box is the result of zooming in on a local area, and the red box is the area where the segmentation error occurs in other models.

    图  9   鱼卵计数误差趋势图

    Figure  9.   Trend plot of fish egg counting error

    表  1   消融实验结果

    Table  1   Results of ablation experiment

    模型
    Model
    空间注意力
    CAM
    通道注意力
    SAM
    平均交并比
    MioU/% ↑
    平均像素识别准确率
    mPA/% ↑
    戴斯系数
    DSC/% ↑
    每秒浮点运算次数
    FLOPS/G
    模型参数量
    Parameter/M
    U形卷积神经网络U-Net 98.3 99.1 98.6 97.3 1.94
    模型1 Model 1 98.3 99.2 98.7 97.4 1.96
    模型2 Model 2 98.5 99.3 98.9 97.4 1.94
    模型3 Model 3 98.7 99.8 99.2 97.5 1.96
    注:“√”表示模型采用了该模块;“↑”表示该参数值越大越好。 Note: "√" indicates that the model uses this module, and "↑" means that the larger the parameter value, the better.
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    表  2   不同图像分割模型的实验结果

    Table  2   Experimental results of differernt image segmentation models

    模型
    Model
    平均交并比
    MioU/% ↑
    平均像素识别准确率
    mPA/% ↑
    戴斯系数
    DSC/% ↑
    每秒浮点运算次数
    FLOPS/G
    模型参数量
    Parameter/M
    基于K均值聚类的分割方法KSeg 76.5 82.4 79.4
    全卷积神经网络U-Net FCN 92.3 94.7 93.7 215.0 0.518
    嵌套U形卷积神经网络U-Net++ 97.4 99.2 98.2 123.0 0.112
    基于通道注意力的U形卷积神经网络CBAM-UNet 98.7 99.8 99.2 97.5 1.960
    注:“↑”表明该参数值越大越好 Note: "↑" indicates that the larger the parameter value, the better.
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    表  3   鱼卵数量统计结果

    Table  3   Results of fish eggs counting statistics

    方法 Method
    (计数误差△ Count Error△)
    实际鱼卵数量 Actual number of eggs 绝对误差百分比
    APE/%↓
    938 1 324 3 018 3 211 4 684 5 276 6 286
    基于K均值聚类的分割方法KSeg −213 −394 −805 −893 −1 154 1543 −1 956 27.4
    质量比对法MCM +62 +176 +482 +789 +816 +1 324 +1214 17.47
    全卷积神经网络U-Net FCN −119 −202 −401 −468 −629 −863 −1 158 14.86
    U形卷积神经网络U-Net −64 −110 −203 −235 −242 −409 −608 7.39
    嵌套U形卷积神经网络 U-Net++ −61 −107 −208 −219 −239 −407 −599 7.23
    基于通道注意力的U形卷积神经网络CAM-U-Net −59 −103 −197 −224 −234 −397 −598 7.09
    基于空间注意力的U形卷积神经网络SAM-UNet −57 −98 −196 −221 −237 −398 −594 6.99
    基于卷积块注意力的U形卷积神经网络CBAM-UNet −45 −87 −176 −204 −217 −376 −563 6.32
    注:“↓”表明该参数值越小越好。 Note: "↓" indicates that the smaller the parameter value, the better.
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Association of preoperative hepatorenal function and lipid profile with improvement in disordered eating symptoms after bariatric metabolic surgery
ZHANG Huilin et al., CHINA JOURNAL OF GENERAL SURGERY, 2025
Time-restricted eating: watching the clock to treat obesity
Ezpeleta, Mark et al., CELL METABOLISM, 2024
Profiling the human intestinal environment under physiological conditions
Shalon, Dari et al., NATURE, 2023
Competitive transport and adsorption of co2/h2o in the graphene nano-slit pore: a molecular dynamics simulation study
SEPARATION AND PURIFICATION TECHNOLOGY, 2024
Improved health outcomes of nasopharyngeal carcinoma patients 3 years after treatment by the ai-assisted home enteral nutrition management
FRONTIERS IN NUTRITION, 2025
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出版历程
  • 收稿日期:  2024-05-31
  • 修回日期:  2024-09-04
  • 录用日期:  2024-10-07
  • 网络出版日期:  2024-10-25
  • 刊出日期:  2024-12-04

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