多基因解析长江与珠江鳤的遗传结构

陈蔚涛, 段辛斌, 高雷, 李新辉, 杨计平, 汪登强

陈蔚涛, 段辛斌, 高雷, 李新辉, 杨计平, 汪登强. 多基因解析长江与珠江鳤的遗传结构[J]. 南方水产科学, 2022, 18(6): 19-25. DOI: 10.12131/20220007
引用本文: 陈蔚涛, 段辛斌, 高雷, 李新辉, 杨计平, 汪登强. 多基因解析长江与珠江鳤的遗传结构[J]. 南方水产科学, 2022, 18(6): 19-25. DOI: 10.12131/20220007
CHEN Weitao, DUAN Xinbin, GAO Lei, LI Xinhui, YANG Jiping, WANG Dengqiang. Genetic structure analysis of Ochetobius elongatus between Yangtze River and Pearl River using multiple loci[J]. South China Fisheries Science, 2022, 18(6): 19-25. DOI: 10.12131/20220007
Citation: CHEN Weitao, DUAN Xinbin, GAO Lei, LI Xinhui, YANG Jiping, WANG Dengqiang. Genetic structure analysis of Ochetobius elongatus between Yangtze River and Pearl River using multiple loci[J]. South China Fisheries Science, 2022, 18(6): 19-25. DOI: 10.12131/20220007

多基因解析长江与珠江鳤的遗传结构

基金项目: 国家重点研发计划项目 (2018YFD0900903);珠江渔业资源调查与评估创新团队项目 (2020TD10, 2020ZJTD-04)
详细信息
    作者简介:

    陈蔚涛 (1988—),男,助理研究员,博士,研究方向为鱼类分子生态学。E-mail: ncuskchenweitao@163.com

    通讯作者:

    汪登强 (1973—),男,研究员,博士,研究方向为渔业生态。E-mail: wdq@yfi.ac.cn

  • 中图分类号: S 932.4

Genetic structure analysis of Ochetobius elongatus between Yangtze River and Pearl River using multiple loci

  • 摘要: 为保护极濒危物种鳤 (Ochetobius elongatus) 的遗传多样性,通过野外调查在长江获得了7尾鳤样本,利用Sanger测序技术测定了其2个线粒体基因 [细胞色素b (Cytb) 和酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NADH) 脱氧酶亚单位2 (ND2)] 和2个核基因 [肌球蛋白重链6 (myh6) 和重组激活基因2 (RAG2)] 的序列,结合已公开发表的52尾珠江鳤的4个基因序列,采用系统发育分析、单倍型网状图构建、分化时间估算等方法,对珠江和长江鳤的遗传结构和分化历史展开研究。系统发育分析和单倍型网状图表明,珠江和长江鳤群体分别形成了高度分化的遗传谱系,并且在核基因水平上形成了特有的等位基因型,表明这两个水系的鳤群体独立进化且不存在基因交流。分化时间估算表明珠江和长江鳤两谱系在0.38~0.76 Ma (百万年前) 分化,中更新世青藏高原的快速隆升很可能是促进其分化的重要因素。鉴于珠江和长江的鳤群体在线粒体基因和核基因层面上存在严格的地理分化,建议将这两个群体看作不同的演化显著单位 (Evolutionary Significant Unit, ESU) 进行区别管理和保护。
    Abstract: To protect the genetic diversity of a critically endangered species Ochetobius elongatus, taking seven individuals of O. elongatus collected from the field investigation in the Yangtze River as samples, we sequenced two mitochondrial genes (Cytb and ND2) and two nuclear genes (mhy6 and RAG2) for the seven samples by Sanger sequencing technique. Combining with the published four gene sequences of 52 O. elongatus samples in the Pearl River, we explored the genetic structure of O. elongatus between the Pearl River and the Yangtze River, so as to provide scientific support for its conservation. We applied phylogenetic analyses, haplotype networks and divergence time estimation. Phylogenetic analyses and haplotype networks reveal that O. elongatus populations in the two rivers generated two deep and independent lineages, and formed private alleles at the nuclear gene level. The results suggest that O. elongatus populations in the two rivers evolved independently without agene flow. The rapid lifting of the Qinghai-Xizang Plateau during the middle Pleistocene might be an important factor that triggered the split of O. elongatus populations in the two rivers 0.38~0.76 million years ago (Ma). In view of the strictly geographical division of O. elongatus populations between the two rivers at both mitochondrial and nuclear gene levels, we suggest that these two populations should be regarded as two evolutionary significant units, and targeted strategies should be urgently put forward to manage and protect its resources.
  • 海带 (Laminaria japonica) 提取物作为天然生物刺激素的一种,在农业领域已被广泛应用[1-3],其在提高作物产量[4-10]、促进种子发芽[11-13]、根系生长[14-16]和代谢产物积累[17]等方面均有显著作用,还可增强植物对各种胁迫的抗逆性,例如冷冻胁迫、盐分胁迫、水分胁迫、热胁迫和病原体胁迫[17-24]。海带提取物的功效性在于其富含生物活性物质,包括各种植物激素 (Plant hormones, PHS)、甜菜碱、甾醇、独特的多糖和相应的低聚物 (海藻酸盐、海带淀粉和岩藻多糖等) 以及矿物质等[2-3]。这些化合物参与植物光合作用或作为细胞分裂、增殖及分化和器官发生的诱导剂,并表现出协同活性[25]。其中植物激素被认为是最重要的因素,痕量的植物激素可改变植物的生长和发育模式,从而有效地促进生理过程[26-27]。此外,褐藻中含量最丰富的海藻酸盐降解生成的活性成分海藻酸寡糖 (Alginate oligosaccharides, AOS) 被证实在植物根系发育等方面具有显著的促进作用[15]

    海带是我国最大的养殖海藻品种,中国渔业统计年鉴显示2020年我国海带年产量已达165×104 t [28]。海带主要用作饲料和食物,也是生产海藻酸钠和海带提取物主要原料之一[29-30]。破坏褐藻细胞壁从而使生物活性物质释放,是海带提取物生产工艺最重要的一环。用稀碱或酸碱溶液进行化学处理 (Chemical processing, CP) 一直是海带提取的主要方法[2-3,31],但需要高浓度的酸碱和较长的提取时间,存在污染环境、提取效率低、生物活性物质被破坏等缺点[32-33]。因此亟需高效环保的替代工艺,实现海带原料中有效成分的高效提取。

    目前,已开发出特异性纤维素酶可有效破坏藻类细胞壁,同时褐藻胶裂解酶可将褐藻细胞间质中的海藻酸盐水解成可溶性海藻酸寡糖[34-35],从而使胞内成分得到有效释放和提取[36],酶解工艺 (Enzymolysis processing, EP) 已成为一种可行的绿色提取方法。此外,EM菌剂作为一种生态调理剂在农业上被广泛应用,在酶解工艺基础上,进一步添加EM菌剂,通过酶解与微生物发酵联用 (Combined enzymolysis and microbial fermentation processing, CEMP) 可建立一种提取新方法[23]。本研究对传统化学工艺、酶解工艺和酶解发酵联用工艺得到的海带提取物中11种植物激素、海藻酸寡糖含量和分子量进行系统分析,为不同褐藻生物提取工艺效果比较提供了理论依据,也为海藻绿色生物提取技术的开发提供了新思路。

    本研究所用原料为干海带,购自寻山集团有限公司,海带加工日期为2019年5—6月,整颗海带干燥除湿后研磨至约50目,室温保存直至使用。D-葡萄糖醛酸和葡萄糖标准品购自Sigma-Aldrich, Inc., St. Louis, USA。纤维素酶 (CellicCTec2) 由诺维信中国投资有限公司赠予。EM菌 (有效菌活≈6×109 CFU) 购自郑州百亿宝生物科技有限公司,含乳酸菌、抗菌肽、芽孢杆菌、光合细菌、酵母菌等。

    吲哚乙酸 (IAA)、吲哚丁酸 (IBA)、脱落酸 (ABA)、玉米素 (cZ)、反式玉米素核苷酸(tZR)、赤霉素A3 (GA3)、水杨酸 (SA)、茉莉酸 (JA) 购自Sigma-Aldrich, Inc., St. Louis, USA。赤霉素A1 (GA1)、赤霉素A4 (GA4) 和赤霉素A7 (GA7) 的标准品购自 Toronto Research Chemicals, Inc., North York, CA。

    本研究中使用的所有其他试剂均为分析纯。

    褐藻胶裂解酶使用前期研究获得的Alyw203,从弧菌W2中克隆获得并在食品级解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)中成功表达[37]。将表达菌株在YPD液体种子培养基 (20.0 g·L−1葡萄糖、20.0 g·L−1蛋白胨、10.0 g·L−1酵母提取物) 中培养20 h,然后换用GPPB培养基 {20.0 g·L−1葡萄糖、1.0 g·L−1硫酸铵 [(NH4)2SO4]、2.0 g·L−1酵母提取物、2.0 g·L−1 磷酸二氢钾 (KH2PO4)、3.0 g·L−1 磷酸钾 (K2HPO4)和0.1 g·L−1 硫酸镁 (MgSO4·7H2O)},接种量为5%。培养60 h后,收集酵母培养物并以5 000×g离心,回收上清液作为褐藻胶裂解酶使用。

    将10 g海带干粉加入100 mL含有1.5 g氢氧化钾 (KOH) 的蒸馏水中,在红外线加热炉中加热沸腾并保持约10 h,不断添加蒸馏水以保持总体积恒定,直至体系黏度低于10 mPa·s。将混合物以5 000 r·min−1离心5 min,上清液即为化学工艺海带提取物,冻干后收集作为样品。制备3个重复样品。

    将10 g海带干粉加入100 mL蒸馏水 (含20 mmol·L−1,pH 7.0磷酸盐缓冲液) 中,40 ℃预热后将0.3 g纤维素酶和0.5 mL褐藻胶裂解酶溶液加入混合物中,40 ℃下持续搅拌6~8 h,体系黏度低于10 mPa·s时停止反应。将混合物以5 000 r·min−1离心5 min,上清液即为酶解工艺海带提取物,冻干后收集作为样品。制备3个重复样品。

    将10 g海带干粉加入100 mL蒸馏水 (含20 mmol·L−1,pH 7.0磷酸盐缓冲液) 中,40 ℃预热后将0.3 g纤维素酶和 0.5 mL褐藻胶裂解酶溶液加入混合物中,保持40 ℃并持续搅拌反应4 h后,将5.0 mL活化的EM菌剂和 0.1 g豆浆加入混合物中,置于37 ℃下培养约30 h,直至混合物的黏度低于10 mPa·s。将混合物在5 000 r·min−1的条件下离心5 min,上清液即为酶解发酵联用工艺海带提取物,冻干后收集作为样品。制备3个重复样品。

    采用Gupta等[38]和刘雪梅等[39]的改进方法,对样品中的11种植物激素进行分析。50 mg海带干粉或粉状海带提取物在−80 ℃下冷冻1 h,然后在液氮浴中研磨成更细的粉末。在粉末中加入2 mL萃取溶剂 [V(甲醇)∶V(甲酸)∶V(水)=15∶1∶4],超声辅助 (功率30 W,频率40 kHz) 萃取20 min。将混合物在 −20 ℃下保持16 h,然后以10 000 r·min−1离心10 min,收集上清液,残留物再用1 mL萃取溶剂萃取2次。合并提取的上清液在35 ℃下减压蒸发,溶解在1 mL甲醇 (0.1%甲酸) 中。再次以10 000 r·min−1离心10 min,上清液过0.22 μm滤膜后用于分析。

    LC-MS/MS分析使用 Agilent 1290系列HPLC与配备电喷雾电离接口的API 6500 Qtrap (AB Sciex) 质谱仪联用进行。使用美国安捷伦科技有限公司的Poroshell 120 SB-C18 反相柱(150×2.1 mm, 2.7 μm) 进行HPLC分离。流动相由含0.1%甲酸的甲醇(A)和含0.1%甲酸的水 (B)组成;使用梯度0~1 min 20% A、1~9 min 20%~80% A、9~10 min 80% A、10~10.1 min 80%~20% A和10.1~15 min 20% A。流动相流量流速为 0.3 mL·min−1,柱温保持在30 ℃。源参数包括雾化器气体65 psi;加热器气体70 psi;离子源温度400 ℃;离子喷雾电压为4 500 V。使用自动进样器10 μL等分进样。

    应用改良的间羟基联苯方法分析样品中海藻酸盐含量[40]。将10 μL氨基磺酸 (4 mol·L−1)加入到1 mL稀释样品中 (×103稀释倍数),然后在冰水浴中缓慢加入3 mL四硼酸钠-硫酸溶液 (75 mmol·L−1)。混匀后沸水浴15 min,冷却至室温,将100 μL 0.5% 氢氧化钠 (NaOH)溶液 (含0.15%间羟基联苯) 添加到样品中并涡旋混合。所有样品均在525 nm处读取吸光值。使用去离子水代替样品作为对照。用葡萄糖醛酸标准溶液 (0、10、20、40、60、80、100 μg·mL−1) 制作标准曲线。海藻酸盐的提取率为提取物中总海藻酸盐与海藻原料中海藻酸盐的质量比。

    将不同工艺海带提取物冻干粉 (0.05 g) 完全溶解在10 mL 0.1 mol·L−1 碳酸氢铵(NH4HCO3)中,并以10 000 r·min−1离心10 min。上清液通过0.22 μm滤膜进一步净化。采用色谱柱Superdex TM Peptide 10/300GL (GE,美国),液相色谱UltiMate 3000 (Dionex,美国) 配备示差折光检测器 (RID) 用于分子量分析。流动相为0.1 mol·L−1碳酸氢铵,流速为0.1 mL·min−1,柱温为35 ℃,进样量为20 μL。不同聚合度的海藻酸寡糖 (AO) 标准品购自青岛海洋医药研究院。

    发酵液中葡萄糖检测方法参照GB 5009.8—2016《食品安全国家标准 食品中果糖、葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖的测定》中第一法高效液相色谱法。

    采用HPLC-MS/MS分析了11种植物激素 (ng·g−1$ \overline { X}\pm { \rm {SD}} $表1)。结果显示,无论是干海带原料还是海带提取物中,吲哚乙酸 (IAA) 均为含量最高的植物激素,这与已有的研究报道一致。Stirk等[41]从巨藻 (Macrocystis pyrifera) 提取的新鲜海藻浓缩物中含约11.67 pmol·mL−1 IAA、0.01 pmol·mL−1 cZ和0.29 pmol·mL−1 tZR,IAA也是最丰富的植物激素,而tZR和cZ检测到的水平较低;南非Kelpak海藻肥产品中的脱落酸 (ABA) 质量浓度约为0.31~20.70 pg·mL−1,GA1—GA7约为0.01~4.47 pg·mL−1[42]。干海带原料及海带提取物还具有相当数量的茉莉酸 (JA) 和水杨酸 (SA),其主要生理作用是缓解植物中细菌或真菌引起的生物胁迫[43-44]

    表  1  干海带原料与不同提取工艺制备样品中植物激素质量分数
    Table  1.  Contents of 11 PHS species in seaweed material and seaweed extracts by different methods ng·g−1
    植物激素种类
    Plant hormone
    species
    干海带原料
    Dry seaweed
    material
    化学法海带提取物
    Seaweed extract
    by CP
    酶解法海带提取物
    Seaweed extract
    by EP
    酶解发酵联用法
    海带提取物
    Seaweed extract by CEMP
    吲哚乙酸 Indole-3-acetic acid (IAA) 31.26±1.72 4.46±0.42 2.64±0.17 64.59±4.05
    吲哚丁酸 3-Indolebutyric acid (IBA) 0.19±0.02 0.01±0.005 0.13±0.02
    反式玉米核苷酸 Trans-Zeatin Riboside (tZR) 0.10±0.08
    玉米素 Cis-Zeatin (cZ) 0.58±0.06 0.03±0.005 0.12±0.01
    脱落酸 Abscisic acid (ABA) 0.62±0.08 0.09±0.008 1.28±0.23
    茉莉酸 Jasmonic acid (JA) 0.22±0.03 0.05±0.01 0.19±0.16 13.09±1.85
    水杨酸 Salicylic acid (SA) 10.29±1.48 0.46±0.09 1.07±0.12 0.44±0.1
    赤霉素A1 gibberellin A1 (GA1) 0.08±0.006 0.08±0.01 0.03±0.005
    赤霉素A3 gibberellin A3 (GA3) 0.02±0.01 0.02±0.003
    赤霉素A4 gibberellin A4 (GA4) 0.92±0.03 0.03±0.004 0.21±0.016
    赤霉素A7 gibberellin A7 (GA7) 0.02±0.002 0.34±0.03
    注:—. 未检出。 Note: —. Undetected.
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    表1显示原料中各种植物激素的含量显著高于化学工艺和酶解工艺的海带提取物中的含量,其他类别的植物激素含量也与IAA有相同趋势,说明化学工艺和酶解工艺均对植物激素提取有较大的破坏。酶解发酵联合工艺海带提取物中某些植物激素的含量显著高于其他样品,如IAA和ABA含量是干海藻原料中相应含量的2倍以上,而JA的含量更是相较于原料增高了近60倍。这些性状可能是由EM发酵菌剂中的微生物区系引起,因为许多微生物菌株可以产生植物激素作为代谢产物[45-46]

    图1为不同海带提取物中海藻酸盐的提取率。化学工艺海带提取物的海藻酸盐质量分数最低,仅22.3%;酶解工艺海带提取物和酶解发酵联用工艺海带提取物中的质量分数均约35%。化学工艺只能从干海藻原料中提取约38.1%的海藻酸盐,而酶解工艺的提取率接近100%,酶解发酵联用工艺的提取率则为82.3%。说明酶解工艺是将海藻中的高分子海藻酸盐分解为可溶性海藻酸寡糖的最有效方法。因为微生物生长会利用部分海藻酸寡糖[47],故酶解发酵联用工艺的海藻酸盐提取率较低。

    图  1  不同加工处理的海藻酸盐含量及其提取率
    Figure  1.  Alginate content and its extract rate in seaweed extracts by different processing methods

    在前期研究中,笔者测试了该褐藻胶裂解酶将海藻酸盐降解成海藻酸寡糖的能力,产物聚合度 (Degree of polymerization, DP) 为2~7[48]。在本研究的化学处理过程中,由于强碱和高温的影响,化学工艺提取物只能得到较低分子量的寡糖,海藻酸寡糖DP为1~2,而酶解和酶解发酵联用工艺提取物中的海藻酸寡糖DP分别为1~7和2~7,分子量约为200~1 600 D (图2)。不同的褐藻胶裂解酶将海藻酸盐降解为不同DP的海藻酸寡糖。黄杆菌属 (Flavobacterium sp.) UMI-01的褐藻胶裂解酶FlAlyA将海藻酸盐降解为DP 2~4的寡糖[49],黄杆菌属S20的褐藻胶裂解酶Alg2A产生高DP海藻酸寡糖,如五糖、六糖和七糖[50]。目前研究使用的裂解酶可以降解海藻酸盐产生DP 1~7的寡糖,而酶解发酵联用工艺提取物得到DP 2~7的寡糖,这可能是由于微生物的同化利用主要使用单糖所致。

    图  2  不同工艺海带提取物中不同聚合度海藻酸寡糖的含量
    Figure  2.  Content of alginate oligosaccharides with different degree of polymerization in seaweed extracts from different processing methods

    海藻酸寡糖的生物活性已被广泛报道。大分子量或更高古洛糖醛酸/甘露糖醛酸比的海藻酸寡糖可能与大豆中较高的甘油三酯诱导活性相关[51]。也有报道称富含甘露糖醛酸的海藻酸寡糖会增加植物中苯丙氨酸解氨酶 (PAL) 和过氧化物酶 (POD) 的活性[52]。海藻酸寡糖还具有促进胡萝卜和大米植物根系增长的活性,并且与寡糖的聚合度相关[16]

    EM菌因具有土壤改良、生根壮苗等多种有益效果,已被广泛应用于农业领域。本研究中,为验证该菌种是否有利于生物活性物质的提取,将EM菌接种在酶解工艺提取物中30 h。发酵24 h,葡萄糖几乎完全被细胞生长消耗,海藻酸盐从2.6 g·L−1小幅下降至2.3 g·L−1,这可能由于EM菌在发酵培养过程中利用原料中的碳源实现了增殖,并且发酵过程中发酵液中植物激素含量显著增加 (图3)。在酶解发酵联用工艺提取物中,IAA质量分数最高 (64.59 ng·g−1),JA次之 (13.09 ng·g−1),ABA也达1.28 ng·g−1。相较于海带干粉原料中的植物激素含量,IAA和ABA含量是海带干粉原料的2倍多,JA含量接近6倍 (表1);IBA和反式玉米核苷酸 (tZR) 含量也明显提升。结果表明EM菌在以提取物发酵培养过程中可以产生植物激素代谢产物,大幅增加提取物中的植物激素含量,进而增强了提取物作为海藻肥产品的功效[53]。因此,EM菌的生物转化作用是增加海带提取物中植物激素含量的有效手段。

    图  3  发酵过程中葡萄糖、海藻酸盐、吲哚乙酸和茉莉酸含量变化
    Figure  3.  Contents of glucose, alginate, IAA and JA during fermentation

    本研究采用酶解工艺从海带中提取植物激素和海藻酸寡糖,酶解处理采用3%纤维素酶和5%褐藻胶裂解酶,酶解工艺AOS提取率达90.8%,寡糖DP为1~7,PHS和AOS的提取率均远高于化学工艺。进一步通过EM菌对酶解工艺提取物进行生物转化,可实现IAA、JA、ABA等植物激素的显著增加。基于AOS和PHS含量的比较,酶解发酵联用工艺比传统化学工艺和酶解工艺有更好的提取效果。本研究为海藻肥生产工艺提取效果的比较提供了数据支撑,也为海藻生物活性物质绿色生物提取技术开发提供了新的思路。本研究发现EM菌对海带酶解工艺提取物的生物转化作用,但其作用机制尚不明确,且酶解发酵联用工艺作用的最佳工艺尚需优化。下一步将开展菌种筛选和发酵培养条件的优化等研究,实现酶解发酵联用工艺的产业化应用,为我国高值农用海藻产品的加工开辟一条新路径。

  • 图  1   采样示意图

    Figure  1.   Map of sampling sites

    图  2   单倍型/等位基因中介网状图

    注:圆的大小代表单倍型频率,颜色代表所属群体,空心圆代表未检测到的单倍型。

    Figure  2.   Haplotype/allele median joining network

    Note: The size of the circle represents the haplotype frequency; the color represents the group, and the hollow circle represents the undetected haplotype.

    图  3   基于不同基因组合的贝叶斯系统发育树

    Figure  3.   Bayesian phylogenetic trees based on different gene combinations

    图  4   基于线粒体基因组合的分化时间结果

    Figure  4.   Estimation of divergence time based on combination of two mitochondrial genes

    表  1   采样信息和GenBank序列号

    Table  1   Sampling information and GenBank No.

    采样站位
    Sampling site
    样本量
    Sample number/尾
    GenBank序列号 GenBank No.
    CytbND2myh6RAG2
    公安 Gongan 7 MW657590—MW657596 MW657598—MW657604 MW657606—MW657612 MW657614—MW657620
    梧州 Wuzhou 1 MW657432 MW657484 MW657536 MW657588
    桂平 Guiping 1 MW657431 MW657483 MW657535 MW657587
    肇庆 Zhaoqing 50 MW657381—MW657430 MW657433—MW657482 MW657485—MW657534 MW657537—MW657586
    下载: 导出CSV

    表  2   系统发育树构建和分化时间估算的最优模型

    Table  2   Optimal model of phylogenetic tree construction and differentiation time estimation

    基因组合
    Gene combination
    最优模型
    Optimal model
    不变位点比例
    Proportion of invariable site
    Gamma分布形状参数
    Gamma distribution shape parameter
    Cytb+ND2 GTR+I+G 0.474 0.986
    myh6+RAG2 K80+I 0.881
    Cytb+ND2+myh6+RAG2 GTR+I+G 0.697 0.857
    下载: 导出CSV

    表  3   鳤种群的单倍型与遗传多样性指数

    Table  3   Haplotypes and genetic diversity indexes of O. elongatus populations

    基因组合
    Gene combination
    水系
    River system
    序列数
    Sequence number
    单倍型数
    Haplotype number
    单倍型多样性
    Haplotype diversity
    核苷酸多样性
    Nucleotide diversity/%
    Cytb+ND2 珠江 52 26 0.940±0.017 0.219±0.020
    长江 7 3 0.714±0.127 0.187±0.003
    合计 59 29 0.950±0.014 0.494±0.080
    myh6+RAG2 珠江 104 5 0.546±0.050 0.040±0.006
    长江 14 8 0.923±0.044 0.135±0.021
    合计 118 13 0.643±0.036 0.071±0.009
    下载: 导出CSV
  • [1] 乐佩琦. 中国动物志. 硬骨鱼纲. 鲤形目 (中卷)[M]. 北京: 科学出版社, 2000: 106-108.
    [2] 周解, 张春光. 广西淡水鱼类志[M]. 南宁: 广西人民出版社, 2006: 140-142.
    [3] 郑慈英. 珠江鱼类志[M]. 北京: 科学出版社, 1989: 81-82.
    [4] 李捷, 李新辉, 贾晓平, 等. 西江鱼类群落多样性及其演变[J]. 中国水产科学, 2010, 17(2): 298-311.
    [5] 范凤娟, 章群. 汩罗江与柳江鳤鱼线粒体细胞色素b基因的遗传变异初探[J]. 生态科学, 2009, 28(5): 457-459. doi: 10.3969/j.issn.1008-8873.2009.05.015
    [6] 蒋志刚, 江建平, 王跃招, 等. 中国脊椎动物红色名录[J]. 生物多样性, 2016, 24(5): 500-551. doi: 10.17520/biods.2016076
    [7]

    WANG X, LI J, HE S. Molecular evidence for the monophyly of East Asian groups of Cyprinidae (Teleostei: Cypriniformes) derived from the nuclear recombination activating gene 2 sequences[J]. Mol Phylogenet Evol, 2007, 42(1): 157-170. doi: 10.1016/j.ympev.2006.06.014

    [8]

    TAO W, ZOU M, WANG X, et al. Phylogenomic analysis resolves the formerly intractable adaptive diversification of the endemic clade of east Asian Cyprinidae (Cypriniformes)[J]. PLoS One, 2010, 5(10): e13508. doi: 10.1371/journal.pone.0013508

    [9] 杨计平, 李策, 陈蔚涛, 等. 西江中下游鳤的遗传多样性与种群动态历史[J]. 生物多样性, 2018, 26(12): 1289-1295. doi: 10.17520/biods.2018121
    [10]

    XING Y, ZHANG C, FAN E, et al. Freshwater fishes of China: species richness, endemism, threatened species and conservation[J]. Divers Distrib, 2016, 22(3): 358-370. doi: 10.1111/ddi.12399

    [11]

    YANG L, MAYDEN R L, HE S. Population genetic structure and geographical differentiation of the Chinese catfish Hemibagrus macropterus (Siluriformes, Bagridae): evidence for altered drainage patterns[J]. Mol Phylogenet Evol, 2009, 51(2): 405-411. doi: 10.1016/j.ympev.2009.01.004

    [12]

    PERDICES A, CUNHA C, COELHO M M. Phylogenetic structure of Zacco platypus (Teleostei, Cyprinidae) populations on the upper and middle Chang Jiang (=Yangtze) drainage inferred from cytochrome b sequences[J]. Mol Phylogenet Evol, 2004, 31(1): 192-203. doi: 10.1016/j.ympev.2003.07.001

    [13]

    PERDICES A, SAYANDA D, COELHO M M. Mitochondrial diversity of Opsariichthys bidens (Teleostei, Cyprinidae) in three Chinese drainages[J]. Mol Phylogenet Evol, 2005, 37(3): 920-927. doi: 10.1016/j.ympev.2005.04.020

    [14]

    EDGAR R C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput[J]. Nucleic Acids Res, 2004, 32(5): 1792-1797. doi: 10.1093/nar/gkh340

    [15]

    ROZAS J, FERRER-MATA A, SÁNCHEZ-DELBARRIO J, et al. DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets[J]. Mol Biol Evol, 2017, 34(12): 3299-3302. doi: 10.1093/molbev/msx248

    [16]

    BANDELT H J, FORSTER P, ROHL A. Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies[J]. Mol Biol Evol, 1999, 16(1): 37-48. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036

    [17]

    RONQUIST F, TESLENKO M, van der MARK P, et al. MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space[J]. Syst Biol, 2012, 61(3): 539-542. doi: 10.1093/sysbio/sys029

    [18]

    NYLANDER J. MrModeltest v2. Program distributed by the author (ed. Nylander JAA)[M]. Uppsala: Evolutionary Biology Centre, Uppsala University, 2004: 1-2.

    [19]

    KIMURA M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences[J]. J Mol Evol, 1980, 16(2): 111-120. doi: 10.1007/BF01731581

    [20]

    KUMAR S, STECHER G, TAMURA K. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets[J]. Mol Biol Evol, 2016, 33(7): 1870-1874. doi: 10.1093/molbev/msw054

    [21]

    DRUMMOND A J, RAMBAUT A. BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees[J]. BMC Evol Biol, 2007, 7: 214. doi: 10.1186/1471-2148-7-214

    [22]

    DURAND J D, TSIGENOPOULOS C S, UNLU E, et al. Phylogeny and biogeography of the family Cyprinidae in the Middle East inferred from cytochrome b DNA: evolutionary significance of this region[J]. Mol Phylogenet Evol, 2002, 25(1): 218-218. doi: 10.1016/S1055-7903(02)00343-3

    [23]

    KETMAIER V, BIANCO P G, COBOLLIA M et al. Molecular phylogeny of two lineages of Leuciscinae cyprinids (Telestes and Scardinius) from the peri-Mediterranean area based on cytochrome b data[J]. Mol Phylogenet Evol, 2004, 32(3): 1061-1071. doi: 10.1016/j.ympev.2004.04.008

    [24]

    MEYER A. Evolution of mitochondrial DNA in fishes[M]. The Hague: Elsevier, 1993: 1-38.

    [25]

    RAMBAUT A, DRUMMOND A J. Tracer v1. 4[CP/OL]. [2021-12-20]. http://beast.bio.ed.ac.uk/Tracer.

    [26]

    CHEN W, ZHONG Z, DAI W, et al. Phylogeographic structure, cryptic speciation and demographic history of the sharpbelly (Hemiculter leucisculus), a freshwater habitat generalist from southern China[J]. BMC Evol Biol, 2017, 17(1): 216. doi: 10.1186/s12862-017-1058-0

    [27]

    LI G Y, WANG X Z, ZHAO Y H, et al. Speciation and phylogeography of Opsariichthys bidens (Pisces: Cypriniformes: Cyprinidae) in China: analysis of the cytochrome b gene of mtDNA from diverse populations[J]. Zool Stud, 2009, 48(4): 569-583.

    [28] 朱叶. 基于线粒体细胞色素b的3江水系草鱼群体遗传多样性分析[D]. 广州: 暨南大学, 2012: 1-54.
    [29] 付晓艳. 长江和珠江水系青鱼线粒体细胞色素b基因遗传多样性分析[D]. 广州: 暨南大学, 2011: 1-42.
    [30]

    LI C, WANG J, CHEN J, et al. Native bighead carp Hypophthalmichthys nobilis and silver carp Hypophthalmichthys molitrix populations in the Pearl River are threatened by Yangtze River introductions as revealed by mitochondrial DNA[J]. J Fish Biol, 2020, 96(3): 651-662. doi: 10.1111/jfb.14253

    [31] 任美锷, 包浩生, 韩同春, 等. 云南西北部金沙江河谷地貌与河流袭夺问题[J]. 地理学报, 1959, 26(2): 135-155. doi: 10.11821/xb195902003
    [32]

    LIU H Z. A preliminary analysis to biogeographical process of the eastern Asian freshwater fishes[J]. Acta Zootaxonomica Sinica, 1998, 23(Suppl): 49-55.

    [33]

    YAP S Y. On the Distributional patterns of southeast-east Asian freshwater fish and their history[J]. J Biogeogr, 2002, 29(9): 1187-1199. doi: 10.1046/j.1365-2699.2002.00771.x

    [34]

    DUFRESNES C, NICIEZA A G, LITVINCHUK S N, et al. Are glacial refugia hotspots of speciation and cytonuclear discordances? Answers from the genomic phylogeography of Spanish common frogs[J]. Mol Ecol, 2020, 29(5): 986-1000. doi: 10.1111/mec.15368

    [35]

    RINCÓN-SANDOVAL M, BETANCUR R R, OCAMPO J A M. Comparative phylogeography of trans-Andean freshwater fishes based on genome-wide nuclear and mitochondrial markers[J]. Mol Ecol, 2019, 28(5): 1096-1115. doi: 10.1111/mec.15036

    [36] 李吉均, 方小敏. 青藏高原隆起与环境变化研究[J]. 科学通报, 1998, 43(15): 1568-1574.
    [37] 李吉均, 方小敏, 潘保田, 等. 新生代晚期青藏高原强烈隆起及其对周边环境的影响[J]. 第四纪研究, 2001, 21(5): 381-391. doi: 10.3321/j.issn:1001-7410.2001.05.001
    [38]

    HE D K, CHEN Y F. Biogeography and molecular phylogeny of the genus Schizothorax (Teleostei: Cyprinidae) in China inferred from cytochrome b sequences[J]. J Biogeogr, 2006, 33(8): 1448-1460. doi: 10.1111/j.1365-2699.2006.01510.x

    [39]

    YANG J, YANG J X, CHEN X Y. A re-examination of the molecular phylogeny and biogeography of the genus Schizothorax (Teleostei: Cyprinidae) through enhanced sampling, with emphasis on the species in the Yunnan-Guizhou Plateau, China[J]. J Zool Syst Evol Res, 2012, 50(3): 184-191. doi: 10.1111/j.1439-0469.2012.00661.x

    [40] 曹文宣, 陈宜瑜, 武云飞, 等. 裂腹鱼类的起源和演化及其与青藏高原隆起的关系[M]. 北京: 科学出版社, 1981: 118-130.
    [41] 李敏, 黄梓荣, 许友伟, 等. 基于线粒体cytb序列的花斑蛇鲻种群遗传结构研究[J]. 南方水产科学, 2019, 15(6): 41-48. doi: 10.12131/20190123
    [42] 徐豪, 梁绪虹, 王丛丛, 等. 基于线粒体NADH脱氢酶亚基2标记的东南太平洋不同表型间茎柔鱼群体遗传学分析[J]. 南方水产科学, 2022, 18(1): 153-159. doi: 10.12131/20210119
    [43]

    RYDER O A. Species conservation and systematics: the dilemma of subspecies[J]. Trends Ecol Evol, 1986, 1: 9-10. doi: 10.1016/0169-5347(86)90059-5

    [44]

    MORITZ C. Defining 'Evolutionarily Significant Units' for conservation[J]. Trends Ecol Evol, 1994, 9(10): 373-375. doi: 10.1016/0169-5347(94)90057-4

  • 期刊类型引用(1)

    1. 翟东东,王东,何天琪,蔡方陶,段辛斌,胡兴坤,朱滨,谢仲桂,夏明,刘红艳,熊飞. 长江中游鳤的遗传多样性及种群历史动态分析. 水生生物学报. 2024(10): 1736-1744 . 百度学术

    其他类型引用(1)

图(4)  /  表(3)
计量
  • 文章访问数:  683
  • HTML全文浏览量:  174
  • PDF下载量:  63
  • 被引次数: 2
出版历程
  • 收稿日期:  2022-01-09
  • 修回日期:  2022-02-19
  • 录用日期:  2022-03-27
  • 网络出版日期:  2022-04-13
  • 刊出日期:  2022-12-04

目录

/

返回文章
返回