Preliminary study on distribution characteristics and positioning of microsatellites in whole genome of Pelteobagrus vachelli
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摘要: 文章探究了瓦氏黄颡鱼 (Pelteobagrus vachelli) 全基因组微卫星的分布特征及其规律，旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据。利用MISA (MIcroSAtellite identification tool) 软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析，并对外显子中含有微卫星的基因进行了GO (Gene Ontology) 注释和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 富集分析。在瓦氏黄颡鱼全基因组 (约663.53 Mb) 中筛查到6种完整型微卫星共417 724个，相对丰度为630 个·Mb−1，在全基因组总长度中占比1.48%。其中二碱基重复类型的微卫星个数最多，占微卫星总数的43.36%，其他依次分别是单碱基 (39.02%)、四碱基 (9.05%)、三碱基 (7.34%)、五碱基 (1.12%)和六碱基 (0.12%)。对筛选得到的完整型微卫星进行初步定位，发现其中10 924个微卫星分布在外显子区，共定位到5 788个基因上。GO分析表明注释到生物过程的基因数量最多，GO富集较为显著的条目为结合活性和细胞大分子代谢过程。KEGG富集表明这些基因共富集到273条通路，其中黄酮与黄酮醇生物合成等通路最为显著 (P=0)。联合分析预测瓦氏黄颡鱼定位到外显子上的微卫星和其体内的生物代谢过程密切相关。Abstract: In this study, MISA (MIcroSAtellite identification tool) was used to screen and analyze the distribution characteristics of microsatellites in the whole genome of Pelteobagrus vachelli, aiming to provide a basis for the selection of functional microsatellite markers. The genes containing microsatellites in the exon regions were subjected to GO annotation and KEGG enrichment. In the whole genome of P. vachelli (Approximately 663.53 Mb), 417 724 perfect microsatellites were identified, accounting for 1.48% of the total length. The relative abundance of microsatellites in P. vachelli was 630 pcs·Mb−1. Among the six repeat types, dinucleotides were the most frequent, accounting for 43.36% of the total microsatellites, followed by mononucleotides (39.02%), tetranucleotides (9.05%), trinucleotides (7.34%), pentanucleotides (1.12%) and hexanucleotides (0.12%). By investigating the locations of microsatellites in the genome, we found that 10 924 microsatellites which belonged to 5 788 genes were located in the exons. The GO annotation shows that the number of genes annotated to biological process was the largest, mainly associated with binding activity and cellular macromolecular metabolism. KEGG enrichment analysis shows that these genes were enriched in 273 pathways, among which, flavonoids and flavonol biosynthesis (P=0) were the most significantly enriched pathways. Integrated analysis indicates that the microsatellites located in the exons of genes in P. vachelli were closely related to the biological metabolism processes.
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Keywords:
- Pelteobagrus vachelli /
- Genome /
- Microsatellite /
- Distribution characteristics
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透皮促进剂 (Penetration enhancers, PE) 是指通过改变角质层的屏障功能[1]，以达到增加药物经皮肤到达体内的通透率[2]和减少给药次数和剂量[3]的物质，使用方式通常是将PE与药物混匀，均匀涂抹到表皮组织或喷洒到黏膜组织[4−5]，或通过药浴给药[6−7]。常见的PE有石菖蒲 (Acorus tatarinowii) 挥发油和水溶性氮酮。石菖蒲的主要功能成分为挥发油，主要活性成分为细辛醚类[8]，具有抗氧化、抗血栓、抗抑郁和药物促透等作用，由于其促透效果卓著而备受关注[9−11]。水溶性氮酮为一种合成的PE，因其促透率高、副作用小，已被广泛应用于医药、农业和日化行业。水产养殖种苗捕捞、运输过程中，通常使用安全可靠的麻醉剂。丁香酚和间氨基苯甲酸乙酯甲磺酸盐 (三卡因、MS-222) 是2种常用的麻醉剂[12−13]，但因其存在安全隐患而被多次报道[14−19]。目前，PE在畜禽中使用较多，而在水产中研究甚少。本文以中国花鲈 (Lateolabrax maculatus) 幼鱼为实验对象，结合鳃组织的抗氧化指标分析，评价了石菖蒲挥发油和水溶性氮酮对丁香酚或MS-222的促透效果，明确最佳促透剂含量，以期为鱼类麻醉应激的防护和PE在水产上的应用提供参考。
1. 材料与方法
1.1 实验材料
中国花鲈幼鱼购自广东省珠海市某育苗厂。运输至实验室后先经1 g·m−3的碘制剂消毒，再置于室内水泥池 (3 m×4 m×1 m) 暂养2周以上，暂养密度为10尾·m−3。暂养期间，投喂海水鱼配合饲料 (广州海龙饲料有限公司)，每日早晚各1次，投喂质量为鱼体质量的 (3±1)%。日换水1次，换水率30%。水温 (28±0.5)℃，溶解氧始终高于6 mg·L−1，pH 7.6±0.2，自然光周期。实验所用石菖蒲挥发油 (挥发油≥99%) 和水溶性氮酮 (纯度≥99%) 均购自湖北省康纯香料有限公司；丁香酚 (纯度≥98%) 购于北京迈瑞达科技有限公司；MS-222 (纯度≥99%) 购于青岛文鼎商贸有限公司。
1.2 实验方法
1.2.1 促透实验
MS-222与碳酸氢钠以质量比1∶1溶于纯水，配制成母液，为防止光分解，保存于棕色玻璃瓶中备用[20]；以体积比1∶10将丁香酚溶于乙醇，制成母液备用 (MS-222和丁香酚各制备9份母液)。参照白一岑等[11]方法，将石菖蒲挥发油和水溶性氮酮以1∶10体积比溶于乙醇，向配制好的MS-222和丁香酚母液中分别加入质量分数为1%、4%、7%和10%的石菖蒲挥发油和1%、3%、5%和10%的水溶性氮酮 (PE与麻醉剂质量比) 配成促透麻醉液，同时设置乙醇为对照组。参照Wang等[14]的分类标准和麻醉剂量，将麻醉诱导过程简化为深度镇静阶段(对强刺激有反应；鳃盖张合频率减少；平衡正常)和麻醉阶段(完全丧失肌肉张力和平衡；鳃盖张合频率慢)，复苏评判标准为完全复苏(对外界刺激有反应；鳃盖张合和肌肉收缩正常)。选用10 mg·L−1丁香酚或50 mg·L−1MS-222对幼鱼进行麻醉 (此浓度的MS-222或丁香酚可诱导至麻醉阶段，但不能诱导至深度麻醉阶段)。平均体质量为 (98.1±7.3) g的幼鱼停食24 h后用于麻醉实验。先向白色塑料桶中加入10 L曝气2 d以上的自来水；然后加入麻醉液或促透麻醉液，使丁香酚或MS-222质量浓度分别达到10 mg·L−1或50 mg·L−1；最后将幼鱼置于麻醉桶中，记录每条幼鱼进入镇静和麻醉状态所用时间 (每个处理组10次重复，每尾鱼单独观察并只使用1次)。麻醉后幼鱼被转移至无麻醉液的复苏桶中进行复苏，记录复苏所用时间。此外，将幼鱼分别置于5 mg·L−1石菖蒲挥发油和5 mg·L−1水溶性氮酮溶液 (本实验用到最大剂量的PE)，观察幼鱼能否进入镇静状态或麻醉状态，以排除2种促皮渗透剂是否对幼鱼具有麻醉效果。
1.2.2 麻醉剂减量实验
根据促透实验得出质量分数为7%石菖蒲挥发油和3%水溶性氮酮促进麻醉效果最佳，将8 mg·L−1 丁香酚或40 mg·L−1MS-222与质量分数为7%石菖蒲挥发油或3%水溶性氮酮混合，同时设置无促透剂的对照组。进行麻醉实验，记录镇静、麻醉和复苏所用时间。
1.2.3 生化指标测定
设置对照组 (AC)、10 mg·L−1丁香酚 (EC)、8 mg·L−1丁香酚+7%石菖蒲挥发油 (ES)、8 mg·L−1 丁香酚+4%水溶性氮酮 (ED)、50 mg·L−1MS-222 (MC)、40 mg·L−1 MS-222+7%石菖蒲挥发油 (MS) 和40 mg·L−1 MS-222+4%水溶性氮酮 (MD) 共7个处理组。将幼鱼按照不同组处理后进行复苏，复苏后6 h [ 0~1 h内丁香酚在罗非鱼 (Oreochromis spp. ) 肝脏中的浓度逐渐升高，第1小时达到峰值，之后逐渐降低[21]；MS-222在白斑角鲨 (Squalus acanthias) 血液中的半衰期约为1.5~4 h [22]，考虑到药物在不同动物中的代谢动力学未必相同，故选择在复苏后6 h取样]，采集鳃组织进行抗氧化指标测定。取4 ℃无菌生理盐水先对鳃组织进行冲洗，再用9倍体积的4 ℃无菌生理盐水 (m/V) 将鳃组织匀浆，在低温离心机中以6 000 ×g离心20 min，收集上清液备用。酶活检测所用试剂盒均购自南京建成生物工程研究所，相应操作参照说明书进行。采用考马斯亮蓝法测定总蛋白浓度 (以牛血清为基准)；采用黄呤氧化酶法测定超氧化物歧化酶 (SOD) 活性 (组织中每毫克蛋白在0.24 mL反应液中，抑制率达50%时所对应的酶量定为1个酶活力单位)；采用比色法测定过氧化物酶 (POD) 活性 (在37 ℃条件下，每毫升样品每分钟催化1 μg底物的酶量定义为1个酶活力单位)；采用紫外法测定过氧化氢酶 (CAT) 活性 [组织中每毫克蛋白每秒分解1 μmol的过氧化氢 (H2O2)的量为1个酶活力单位]；采用比色法测定谷胱甘肽 (GSH) 浓度 (二硫代二硝基苯甲酸与巯基化合物反应生成黄色化合物，可进行比色定量测定)；采用硫代巴比妥酸法测定丙二醛 (MDA) 浓度 (过氧化脂质降解产物中的MDA可与硫代巴比妥酸缩合，形成红色产物，进行定量测定)。
1.2.4 数据处理
所有数据均以“平均数±标准差 (
$\overline X\pm {\rm{SD}}$ )”表示。使用SPSS 22.0软件对实验数据进行统计学分析。在单因素方差分析的基础上，采用Duncan多重比较法进行分析。显著性水平设定为P<0.05。使用ORIGIN 8.0软件对实验数据进行绘图。2. 结果
2.1 PE对丁香酚和MS-222的促透效果
随着2种PE质量分数的增加，幼鱼进入镇静阶段和麻醉阶段的时间呈现先减少后增加的趋势 (质量分数为7%的石菖蒲挥发油和3%的水溶性氮酮达到峰值)，完全复苏的时间同样呈现先减少后增加的趋势 (质量分数为7%的石菖蒲挥发油和3%的水溶性氮酮达到峰值，图1)。将幼鱼置于5 mg·L−1石菖蒲挥发油、5 mg·L−1水溶性氮酮溶液，均未观察到镇静与麻醉状态。
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图 1 中国花鲈达到镇静、麻醉和完全复苏的时间 (n=10)a. 丁香酚 (E) +石菖蒲挥发油 (S)；b. MS-222 (M) +石菖蒲挥发油 (S)；c. 丁香酚 (E) +水溶性氮酮 (D)；d. MS-222 (M) +水溶性氮酮 (D)；组间字母不同者差异显著 (P<0.05)Figure 1. Time to achieve sedation, anesthesia and complete resuscitation of L. maculatus (n=10)a. Eugenol (E) + A. tatarinowii essential oil (S); b. MS-222 (M) + A. tatarinowii essential oil (S); c. Eugenol (E) + water soluble azone (D); d. MS-222 (M) + water soluble azone (D); values with different letters were significantly different (P<0.05).2.2 PE对麻醉剂减量使用效果
向低剂量麻醉剂 (麻醉剂减量20%) 中加入质量分数为7%的石菖蒲挥发油或3%的水溶性氮酮后，可达到与高剂量麻醉剂相似的麻醉效果 (图1)。低剂量麻醉剂加入质量分数为7%的石菖蒲挥发油后，进入麻醉和复苏的时间较其对照组显著降低 (图1-a、b)。低剂量麻醉剂加入质量分数为3%的水溶性氮酮后，复苏时间较其对照组显著降低 (图1-c、d)。低剂量麻醉剂不加PE，仅进入镇静阶段，无法进入麻醉阶段 (图2)。
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图 2 中国花鲈达到镇静、麻醉和完全复苏的时间 (n=10)E. 丁香酚；S. 石菖蒲挥发油；D. 水溶性氮酮；M. MS-222；组间字母不同者差异显著 (P<0.05)；N. 未观察到Figure 2. Time to achieve sedation, anesthesia and complete resuscitation of L. maculatus (n=10)E. Eugenol; S. A. tatarinowii essential oil; D. Water soluble azone; M. MS-222; values with different letters were significantly different (P<0.05); N. Not observed2.3 鳃组织抗氧化指标测定
对鳃组织抗氧化指标分析发现，EC和MC组较AC组POD、SOD、CAT活性和MDA、GSH浓度显著升高 (P<0.05)；EC和MC组分别较ES和MS组POD、SOD、CAT活性和MDA、GSH浓度显著升高 (除EC组的POD活性，图3-a，P<0.05)；MC组较MD组SOD活性和MDA浓度显著升高 (P<0.05)；ED组较ES组SOD、CAT活性和MDA、GSH浓度出现升高，但不显著 (P>0.05)；MD组较MS组CAT活性显著升高 (P<0.05)，POD、SOD活性和MDA、GSH浓度也出现升高，但不显著 (P>0.05，图3)。
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图 3 鳃组织抗氧化指标 (n=5)a. 过氧化物酶；b. 超氧化物歧化酶；c. 过氧化氢酶；d. 丙二醛；e. 谷胱甘肽；AC. 对照组；EC. 10 mg·L−1丁香酚；ES. 8 mg·L−1丁香酚+7%石菖蒲挥发油；ED. 8 mg·L−1丁香酚+3%水溶性氮酮；MC. 50 mg·L−1 MS-222；MS. 40 mg·L−1 MS-222+7%石菖蒲挥发油；MD. 40 mg·L−1 MS-222+3%水溶性氮酮；组间大写或小写字母不同者差异显著 (P <0.05)Figure 3. Antioxidant indices of gill tissue (n=5)a. POD; b. SOD; c. CAT; d. MDA; e. GSH; AC. Control group; EC. 10 mg·L−1 eugenol; ES. 8 mg·L−1 eugenol + 7% A. tatarinowii essential oil; ED. 8 mg·L−1 eugenol + 3% water soluble azone; MC. 50 mg·L−1 MS-222; MS. 40 mg·L−1 MS-222 + 7% A. tatarinowii essential oil; MD. 40 mg·L−1 MS-222 + 3% water soluble azone; values with different uppercase or lowercase letters were significantly different.3. 讨论
3.1 PE对丁香酚与MS-222促透分析
本研究将幼鱼单独置于2种PE溶液中均未观察到镇静和麻醉状态，排除了该质量分数的石菖蒲挥发油和水溶性氮酮的麻醉效应。研究发现，麻醉剂加入2种PE，均能缩短中国花鲈镇静、麻醉和复苏的时间，这可能是因为石菖蒲挥发油和水溶性氮酮对2种麻醉剂的吸收具有促进作用，或是麻醉剂和PE具有协同作用，亦或是PE对麻醉效果具有加成作用。
质量分数为7%的石菖蒲和3%的氮酮促透效果最佳，且促透倍数相似，该结果与王建新和郭力 [23]、白一岑等[11]的相似。王建新和郭力[23]研究表明，质量分数为3%的水溶性氮酮对如意巴布剂能达到最大促透效果，质量分数过低或过高促透效果均出现减弱，表明PE并非质量分数越大效果越好。本研究中，随着2种PE质量分数增加，麻醉剂的麻醉效果呈先增强后减弱的趋势，这一结果说明PE对2种麻醉剂具有促透效果 (若无促透效果，随PE质量分数增加，麻醉剂的麻醉效果不会出现减弱)，但不排除存在协同和加成作用。目前，PE的增效方式暂不清晰，未来可根据麻醉剂在体内的浓度进行更深入的研究。
3.2 PE减少麻醉剂剂量分析
本研究显示，8 mg·L−1的丁香酚和40 mg·L−1的MS-222不能使幼鱼进入麻醉状态，加入质量分数为7%的石菖蒲挥发油或3%的水溶性氮酮后，幼鱼能顺利进入麻醉状态 (图2)，并且与10 mg·L−1丁香酚和50 mg·L−1MS-222的麻醉效果相似 (图1)，表明通过向麻醉剂加入PE可以减少麻醉剂使用剂量。这可能是由于PE改变了细胞脂质双分子层结构，提高了麻醉剂的通透率和吸收速率，从而降低了对麻醉剂的需求。杨晓春等[3]报道PE能减少给药剂量，这一结论与本研究结果一致。此外，有研究提出PE可增加经皮到达体内药物的有效治疗浓度[24]。因此，通过向麻醉剂中加入PE，降低麻醉剂使用剂量可行。
3.3 鳃组织氧化应激比较分析
鳃是参与呼吸、酸碱平衡、离子平衡、含氮废物排泄、渗透调节等多功能的组织[25-26]，也被认为是衡量水质的生物指标[27-28]，是鱼体与外界水环境互作的重要通道。此外，鳃也是吸收麻醉剂的重要器官。当细胞受到氧化应激时，SOD和CAT是第一道抗氧化防线。SOD和CAT将超氧化物转化为水 (H2O) 和氧气 (O2)，消除了自由基的不利影响[29-30]，在此过程中POD调节H2O2的水平[31]。因此，POD、SOD和CAT活性是衡量细胞抗氧化能力的关键标志物[32-33]。Ma等[34]研究发现将鲤 (Cyprinus carpio) 暴露于草甘膦后，鳃组织中的SOD和CAT活性升高；姜会民[35]研究发现，鲤暴露于低剂量氯化汞 (HgCl2) POD活性出现升高。GSH是细胞中重要的抗氧化剂，可以中和自由基或氧化剂，从而对抗过氧化损伤[36-37]；MDA是脂质氧化损伤的重要生物标志物[38-39]。Jiao等[26]发现将鲤暴露于毒死婢后，鳃组织中GSH和MDA浓度显著增加。本研究中，2种麻醉对照组较乙醇对照组POD、SOD、CAT活性和MDA、GSH浓度显著升高 (P<0.05)，可能是MS-222和丁香酚对幼鱼的鳃细胞造成了氧化应激，导致鳃细胞抗氧化酶活性和抗氧化剂浓度升高。MS-222和丁香酚造成的麻醉应激是否会对鳃细胞造成损伤，还有待进一步研究。此外，2种麻醉对照组较促透麻醉组的抗氧化物显著上升 (P<0.05)，这可能是通过使用PE减少了MS-222或丁香酚的使用剂量，降低了鳃组织所接触麻醉剂浓度，进而减轻了MS-222或丁香酚对鳃组织造成的氧化应激。因此，通过PE降低麻醉剂的使用剂量来减少对鳃的氧化应激可行。
石菖蒲挥发油和水溶性氮酮对丁香酚和MS-222有明显的促麻醉效果，并能缩短中国花鲈的入麻时间和复苏时间，但石菖蒲挥发油和水溶性氮酮用于水产品的食品安全性尚有待论证。
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图 1 瓦氏黄颡鱼各类型微卫星核心序列数分布
Figure 1. Distribution of different copy numbers of various types of microsatellites in P. vachelli
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图 2 瓦氏黄颡鱼微卫星分布于外显子的基因GO功能注释
1. 结合；2. 催化活性；3. 转运活性；4. 核酸结合转录因子活性；5. 分子传感器活性；6. 信号传感器活性；7. 分子功能调节剂；8. 结构分子活性；9. 转录因子活性、蛋白质结合；10. 翻译调节活性；11. 细胞；12. 细胞部分；13. 膜；14. 细胞器；15. 膜组分；16. 高分子复合物；17. 细胞器部分；18. 胞外区；19. 膜封闭腔；20. 膜外区部分；21. 细胞过程；22. 代谢过程；23. 单生物过程；24. 生物调节；25. 生物过程调节；26. 刺激应答；27. 信号；28. 定位；29. 细胞成分组织或生物发生；30. 多细胞生物过程；31. 发展过程；32. 生物过程的负调控；33. 生物过程的正调控；34. 生物黏附；35. 运动活性。
Figure 2. GO function annotation of genes with microsatellites in exons in P. vachelli
1. Binding; 2. Catalytic activity; 3. Transporter activity; 4. Nucleic acid binding transcription factor activity; 5. Molecular transducer activity; 6. Signal transducer activity; 7. Molecular function regulator; 8. Structural molecule activity; 9. Transcription factor activity, protein binding; 10. Translation regulator activity; 11. Cell; 12. Cell part; 13. Membrane; 14. Organelle; 15. Membrane part; 16. Macromolecular complex;17. Organelle part; 18. Extracellular region; 19. Membrane-enclosed lumen; 20. Extracellular region part; 21. Cellular process;22. Metabolic process; 23. single-organism process; 24. Biological regulation; 25. Regulation of biological process; 26. Response to stimulus; 27. Signaling; 28. Localization; 29. Cellular component organizationor biogenesis; 30. Multicellular organismal process; 31. Developmental process; 32. Negative regulation of biological process; 33. Positive regulation of biological process; 34. Biological adhesion; 35. Locomotion.
表 1 瓦氏黄颡鱼基因组中不同类型微卫星统计
Table 1 Summary of different types of microsatellite in genome of P. vachelli
重复类型
Repeat type数量
Total
number/个占比
Proportion/%总长度
Total
length/bp占比
Proportion/%平均长度
Average
length/bp频率
Frequency/
(个·Mb−1)密度
Density/
(bp·Mb−1)单核苷酸 Mononucleotide 162 987 39.02 2 137 066 21.75 13.11 245.63 3 220.73 二核苷酸 Dinucleotide 181 107 43.36 5 291 784 53.85 29.22 272.94 7 975.15 三核苷酸 Trinucleotide 30 661 7.34 956 385 9.73 31.19 46.21 1 441.35 四核苷酸 Tetranucleotide 37 787 9.05 1 228 528 12.50 32.51 56.95 1 851.49 五核苷酸 Pentanucleotide 4 689 1.12 188 890 1.92 40.28 7.07 284.67 六核苷酸 Hexanucleotide 493 0.12 23 472 0.24 47.61 0.74 35.37 
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表 2 次数排名前10的重复碱基类别
Table 2 Top ten types of SSRs with most repeated copy numbers
SSR类别
SSR typeSSR出现次数
SSR occurrence占各碱基类型比例
Proportion of each base type/%A 158 915 97.50 AC 130 224 71.90 AG 31 118 17.18 AT 19 593 10.82 AAT 17 101 55.77 AAAT 9 490 25.11 AATG 9 210 24.37 ATC 4 106 13.39 AGAT 3 755 9.94 AAAG 2 865 7.58
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表 3 瓦氏黄颡鱼基因组中排名前3的微卫星重复拷贝类别
Table 3 Top three dominant base classes in each base repeat type in P. vachelli genome
单碱基
Mononucleotide二碱基
Dinucleotide三碱基
Trinucleotide四碱基
Tetranucleotide五碱基
Pentanucleotide六碱基
HexanucleotideA
158 915a
97.50%bAC
13 002a
71.90%bAAT
17 101a
55.77%bAAAT
9 490a
25.11%bAATCT
365a
7.78%bGGGTTA
111a
22.5%bC
4 072a
2.50%bAG
31 118a
17.18%bATC
4 106a
13.39%bAATG
9 210a
24.37%bAAAGA
305a
6.50%bCTAACC
73a
14.8%bAT
19 593a
10.82%bAAG
3 060a
9.98%bAGAT
3 755a
9.94%bAAAAT
210a
4.48%bTGTAAA
54a
10.95%b注：a. 微卫星的个数；b. 该种微卫星占其碱基类型的比例。 Note: a. Number of microsatellites; b. Proportion of the microsatellites in the base type.
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表 4 瓦氏黄颡鱼微卫星分布于外显子的基因GO富集
Table 4 GO enrichment of genes with microsatellites located in exons in P. vachelli
条目
TermGO码
GO ID输入数
Input number/个背景数
Background number/个P 结合 Binding 0005488 2 660 8 375 7.20×10−17 细胞大分子代谢过程 Cellular macromolecule Metabolic process 0044260 976 2 782 1.49×10−14 核 Nucleus 0005634 371 920 3.38×10−14 大分子代谢过程 Macromolecule metabolic process 0043170 1 095 3 196 3.70×10−13 细胞膜结合细胞器 Intracellular membrane-bounded organelle 0043231 475 1 263 5.81×10−12 细胞代谢过程 Cellular metabolic process 0044237 1 134 3 353 6.36×10−12 膜结合细胞器 Membrane-bounded organelle 0043227 486 1 306 2.13×10−11 基因表达调控 Regulation of gene expression 0010468 364 939 3.10×10−11 RNA生物合成过程 RNA biosynthetic process 0032774 375 972 3.13×10−11 转录、DNA模板化 Transcription, DNA-templated 0006351 374 970 3.65×10−11
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表 5 瓦氏黄颡鱼微卫星分布于外显子的基因KEGG富集
Table 5 KEGG enrichment of genes with microsatellites in exons in P. vachelli
功能分类
Functional classification通路
Pathway输入数
Input number/个背景数
Background number/个P 机体系统
Organismal system甲状腺激素信号通路
Thyroid hormone signaling pathway66 147 1.45×10−5 胰岛素信号通路
Insulin signaling pathway73 173 7.57×10−5 神经营养因子信号通路
Neurotrophin signaling pathway64 156 4.83×10−4 昼夜节律
Circadian rhythm22 46 2.18×10−3 背腹轴形成
Dorso-ventral axis formation16 32 3.61×10−3 细胞过程
Cellular process黏合连接
Adherens junction59 115 1.51×10−7 内吞作用
Endocytosis135 345 1.86×10−5 黏着
Focal adhesion104 280 1.29×10−3 凋亡-果蝇
Apoptosis-fly29 63 1.37×10−3 自噬-酵母
Autophagy-yeast32 75 4.08×10−3 环境信息处理
Environmental information processingErbB信号通路
ErbB signaling pathway54 115 1.52×10−5 Hedgehog 信号通路-果蝇
Hedgehog signaling pathway-fly21 34 1.70×10−5 Hippo信号通路
Hippo signaling pathway84 200 3.07×10−5 FoxO信号通路
FoxO signaling pathway76 179 4.34×10−5 Notch信号通路
Notch signaling pathway35 69 4.48×10−5 代谢
Metabolism黄酮与黄酮醇生物合成
Flavone and flavonol biosynthesis1 1 0.00 单巴坦生物合成
Monobactam biosynthesis2 2 0.00 角质的生物合成
Cutin,suberine and wax biosynthesis1 1 0.00 安莎霉素的生物合成
Biosynthesis of ansamycins2 2 0.00 香叶醇降解
Geraniol degradation2 2 0.00 遗传信息处理
Genetic information processingmRNA监控通路
mRNA surveillance pathway42 96 7.33×10−4 基础转录因子
Basal transcription factors19 38 1.90×10−3 剪接体
Spliceosome49 124 4.54×10−3 RNA转运
RNA transport63 168 6.96×10−3 真核生物核糖体的生物合成
Ribosome biogenesisin eukaryotes30 74 1.22×10−2
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期刊类型引用(1)
1. 吴海星，黄安妮，高霞，申铉日，夏光华，张雪莹. Lysinibacillus sphaericus胶原酶的异源表达、鉴定及其在抗氧化活性肽制备中的应用. 食品工业科技. 2025(06): 206-216 . 
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