Sequencing of whole genome of Bacillus velezensis LG37 and screening of inorganic nitrogen metabolism candidate genes
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摘要: 前期研究发现贝莱斯芽孢杆菌 (Bacillus velezensis) LG37可高效同化无机氮，但其机理尚不清楚。为解读其高效同化无机氮的机理，结合三代PacBio RS II 和二代Illumina HiSeq 2000 测序技术对贝莱斯芽孢杆菌LG37进行全基因组测序，在此基础上利用NR、KEGG、eggNOG、GO和CARD数据库进行序列注释、分析，并通过本地Blast+对无机氮代谢相关基因进行挖掘。测序结果表明：1) 贝莱斯芽孢杆菌LG37的基因组为3 929 697 bp的环状染色体，GC含量为46.5%，包含3 854个蛋白质编码基因、86个tRNA 基因和27个rRNA基因。2) 共筛选出无机氮代谢相关候选基因94个，主要涉及编码感应蛋白、转录调控因子、转运蛋白、氧化还原酶和同化酶等，并对这些基因的GO功能进行了注释分析。综上，LG37 全基因组测序及无机氮代谢相关基因的分析为芽孢杆菌降低养殖水体中无机氮的研究提供了基因水平数据，为芽孢杆菌微生态制剂降低水体中无机氮的应用研究提供了理论依据。Abstract: It has been found that Bacillus velezensis can assimilate inorganic nitrogen efficiently. However, the underlying mechanism of inorganic nitrogen assimilation remains enigmatic. In order to elucidate the mechanism, we sequenced the complete genome of LG37 by PacBio RS II and Illumina HiSeq 2000, and then annotated and analyzed the sequence by the database of NR, KEGG, eggNOG, GO and CARD. Finally, we screened the genes related to inorganic nitrogen metabolism by local Blast+. The results show that: 1) The genome contained one circular chromosomal with a size of 3 929 697 bp and a GC-content of 46.5%. Gene prediction and annotation was performed to acquire a total of 3 854 protein-coding genes, 86 tRNA genes and 27 rRNA genes. 2) A total of 94 inorganic nitrogen metabolism candidate genes were screened by local Blast+. These genes were involved into coding sensing protein, transcriptional regulator, transporter, oxidoreductase and assimilator, etc.. In conclusion, the whole genome sequencing and data analysis of LG37 provide data at gene level and theoretical basis for functional study and application of Bacillus in reducing inorganic nitrogen in aquaculture water.
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Keywords:
- Bacillus velezensis /
- Whole genome sequence /
- Inorganic nitrogen /
- Metabolic pathway
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黄鳍金枪鱼 (Thunnus albacares) 属硬骨鱼纲、辐鳍鱼亚纲、鲈形目、鲭亚目、鲭科、金枪鱼属，是名贵的海洋暖水性上层鱼类。因其背鳍和臀鳍呈黄色 (成年后尤为明显) 而得名，属于金枪鱼中产量最高的一种。黄鳍金枪鱼具有高度洄游的特性，广泛分布于世界三大洋的热带和温带水域，最大体长可达3 m，体质量可达225 kg。因营养价值丰富、味道鲜美可口而深受消费者喜爱[1]。目前，关于黄鳍金枪鱼的研究主要集中在营养成分、捕捞、鱼群分布、开发利用、保鲜运输等方面。澳大利亚、日本、墨西哥、巴拿马等国已开展黄鳍金枪鱼的网箱养殖作业并取得良好效果[2-9]。我国关于黄鳍金枪鱼养殖研究的公开报道较少。Ma等[10]研究了美济礁深水网箱养殖的黄鳍金枪鱼幼鱼驯化过程中摄食水深的变化；方伟等[11]开展了5月龄黄鳍金枪鱼幼鱼形态性状对体质量的相关性及通径分析。目前黄鳍金枪鱼养殖方式主要为网箱养殖，养殖所需幼鱼主要来自于野生苗种诱捕。我国黄鳍金枪鱼网箱及陆基循环水驯化养殖技术仍处于起步阶段[12]。
高价值经济鱼类新品种的开发需要详细的基础研究数据，体质量能反映同批鱼苗的生长状况，通常用作优质品种选育的常规手段[13-16]。鱼类为低等变温脊椎动物，特异性免疫力较低，主要依靠非特异性免疫对外来入侵病原生物、异物或机体产生的有害物质进行清除[17]，因此非特异性免疫对其生存具有重要意义[18]。而免疫相关酶的活性变化能够有效反映黄鳍金枪鱼幼鱼免疫能力的变化。鱼体肠道在营养物质的消化和吸收中发挥着重要作用，消化酶活性与鱼类消化系统的功能相适应[19]，在一定程度上反映了鱼体消化道的生理状态，鱼体内消化酶活性及其肠道的形态结构受到多种因素影响[20]。有研究表明，投喂策略、投喂饵料种类、发育阶段等均会影响鱼体内的消化酶活性[20-21]。因此测定不同体质量黄鳍金枪鱼幼鱼的各种消化酶活性对研究其食性偏好有重要意义。目前关于黄鳍金枪鱼幼鱼陆基循环水养殖的基础数据较少，尚未见不同体质量黄鳍金枪鱼幼鱼酶活指标差异的研究。本研究测定了不同体质量黄鳍金枪鱼幼鱼的基础数据，为其陆基养殖积累基础数据，有利于构建设施化金枪鱼养殖技术体系，为我国后续开展金枪鱼深远海养殖和陆基循环水养殖推广奠定基础。
1. 材料与方法
1.1 材料来源
黄鳍金枪鱼幼鱼共60尾，由中国水产科学研究院深远海养殖技术与品种开发创新团队于2020年11月—2021年2月在海南陵水黎族自治县新村镇附近海域诱捕，并转运至基地后进行驯化养殖，驯养池规格为长8.6 m×宽5.6 m×高2.8 m。各项水质指标为：水温 (22.5±0.5) ℃，溶解氧质量浓度>8.50 mg·L−1，pH 7.93±0.12，盐度33，氨氮<0.1 mg·L−1，亚硝态氮质量浓度<0.1 mg·L−1，实验用鱼体质量410~2 580 g。驯化期间投喂新鲜杂鱼。
1.2 实验设计
经过1个月的驯养，野生黄鳍金枪鱼幼鱼能正常摄食人工投料视为驯化成功。驯化成功后，将其按照体质量分为4组 [500 g (250~750 g)、1 000 g (750~1 250 g)、1 500 g (1 250~2 000 g)、2 500 g (2 000~3 000 g)]，每组15尾，每组随机抽取5尾进行麻醉。黄鳍金枪鱼幼鱼使用丁香酚 (10~30 μg·L−1) 麻醉后，用一次性注射器 (注射器用抗凝剂肝素润洗) 从幼鱼尾部抽取血液样品 (每尾取血4 mL) 并按照比例加入抗凝剂 [(每mL血液肝素用量为(15±2.5) U]，于4 ℃保存并静置30 min，然后用台式高速冷冻离心机 (型号EXPERT 18K-R) 4 ℃、3 000 r·min−1离心10 min。提取上清液后测定血液样品酶活。采血完成后的黄鳍金枪鱼幼鱼解剖取肌肉、胃、前肠、肝脏等组织用于样品测定。测定酸性磷酸酶 (ACP)、碱性磷酸酶 (AKP)、淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等数据，数据精确到小数点后两位。
1.3 样品处理
称量各实验组样品后，与0.2 mol·L−1生理盐水按指定比例进行研磨，研磨液2 ℃，研磨后4 ℃、15 000 r·min−1离心10 min，取上清，置于−80 ℃备测，各消化酶及免疫酶活性分别采用相关试剂盒进行测定 (南京建成生物工程研究所)。本实验中酶活性以每毫克可溶解蛋白酶活性值 (U·mg−1)、每克可溶解蛋白酶活性值 (U·g−1)、每升可溶解蛋白酶活性值 (U·L−1) 表示。
1.4 数据统计分析
采用Excel 2010软件整理数据并作图，利用SPSS 19.0软件进行显著性差异分析，P<0.05为差异显著。
2. 结果
2.1 不同体质量黄鳍金枪鱼幼鱼ACP活性差异
不同体质量的黄鳍金枪鱼幼鱼不同组织中的ACP活性存在一定差异，均表现为肠道>肌肉>肝脏>血清 (图1)。血清中的ACP活性在体质量500 g时达到最高 [(1 655.99±194.95) U·L−1]，而后随着体质量的增加逐渐降低，而当体质量达1 500 g时降至最低 [(763.67±38.14) U·L−1]，当体质量达2 500 g时又轻微回升 [(929.64±86.85) U·L−1]，且相邻两组之间差异显著 (P<0.05) 。仅在体质量为1000 g时，肠组织中ACP活性 [(420 382.21±37 313.08) U·L−1]，显著低于其余体质量组 (P<0.05) ，其余组间差异不显著 (P>0.05)。肌肉组织和肝脏中ACP活性在不同体质量组间差异不显著 (P>0.05)，未见规律性变化。
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图 1 黄鳍金枪鱼幼鱼不同组织中酸性磷酸酶活性差异Figure 1. Difference of ACP activity in various tissues of juvenile T. albacares2.2 不同体质量黄鳍金枪鱼幼鱼AKP活性差异
不同体质量黄鳍金枪鱼幼鱼各组织中AKP活性存在差异，均表现为肠道>肝脏>肌肉>血清 (图2)。血清中AKP活性在体质量为500、1 000、1 500 g 组中差异不显著，当体质量为2 500 g时血清中AKP活性骤降 [(29.97±3.56) U·g−1]，与其他体质量组之间差异显著 (P<0.05)。肠组织中AKP活性在体质量为1 000 g时有所下降 [(29.97±3.56) U·g−1]，与其他体质量组之间差异显著 (P<0.05)，其他各组间差异不显著 (P>0.05)。肌肉组织中AKP活性随着体质量的增加呈先下降后逐渐稳定的趋势，500 g体质量组中AKP活性 [(411.62±49.32) U·g−1] 显著高于1 000和2 500 g组 (P<0.05)，1 500 g体质量组与其他各组间差异不显著 (P<0.05)。肝脏中AKP活性随着体质量的增加呈先轻微下降后缓慢增加的趋势，当体质量为1 000 g时，活性最低[(74 883.05±991.00) U·g−1]，体质量为2 500 g时活性最高 [(116 359.06±1 295.10) U·g−1]，相邻两组间差异显著 (P<0.05)。
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图 2 黄鳍金枪鱼幼鱼不同组织中碱性磷酸酶活性差异Figure 2. Difference of AKP activity in various tissues of juvenile T. albacares2.3 不同体质量黄鳍金枪鱼幼鱼消化酶活性差异
随着体质量的增加，黄鳍金枪鱼幼鱼消化器官中各消化酶活性出现一定波动，但整体较稳定 (图3)。肠道中3种消化酶活性依次为胰蛋白酶>淀粉酶>脂肪酶；胃中2种消化酶活性为淀粉酶>胃蛋白酶。黄鳍金枪鱼幼鱼各体质量之间肠道淀粉酶、肠道脂肪酶、胃淀粉酶、胃蛋白酶活性差异均不显著 (P>0.05)。肠道胰蛋白酶活性呈波动性变化，体质量为500 g时活性最高 [(3 230.51±628.91) U·mg−1]，显著高于体质量1 000和2 500 g 组 (P<0.05)，其他3组间差异不显著 (P>0.05)。
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图 3 黄鳍金枪鱼幼鱼不同器官中消化酶活性差异Figure 3. Difference of digestive enzyme activities in various tissues of juvenile T. albacares3. 讨论
3.1 不同体质量组之间黄鳍金枪鱼幼鱼4种组织中ACP和AKP活性差异
磷酸酶包括ACP和AKP 两种，是重要的磷代谢酶，具有促进含磷 (P) 物质消化吸收、代谢、转化、转运、再利用等的功能，同时是重要的免疫反应酶及重要的解毒酶类[22]。有研究表明，ACP和AKP是细胞磷酸化和去磷酸化可逆性调节机制的重要参与者，也是细胞增殖启动的重要参与者[23-24]，因此其活性高低可有效反映鱼类对P或含P物质的分解、吸收、再利用、转运等功能的有效性，反映对外来入侵物的分解能力，起到免疫的效果[25]。
3.1.1 ACP活性差异
ACP是溶酶体的标志酶之一，其反应颗粒分布之处表明溶酶体和其他水解酶的存在，细胞内消化过程在此处进行[18]。4个体质量组4种组织中ACP活性均表现为肠道>肌肉>肝脏>血清。研究结果与茴鱼 (Thymdlus grube) 相似 (肾脏>肌肉>肝脏)，且活性均高于茴鱼[18]。说明本实验中黄鳍金枪鱼幼鱼溶酶体和其他水解酶丰富，细胞内消化过程活跃，其中肠道、肌肉和肝脏代谢速率较高，对含P物质的分解、吸收和利用效率高，对外来入侵物质或入侵生物的清理能力强。外在表现为免疫力强、生长速度快和运动量大。其中肠道的ACP活性在所有质量组中均最高，表明本实验中肠道ACP更活跃，而其高活性代表对含P物质分解、消化和吸收能力更强。可能因为肠道是与食物直接接触的重要器官，需要更强的免疫力来分解细菌、病毒或有毒有害物质，保证自身的内环境稳态。而肌肉和肝脏中ACP活性较高可能是因为在本实验中黄鳍金枪鱼幼鱼处于快速生长阶段，需要大量的营养物质参与机体构建，因此通过提高ACP活性的方式提高细胞对含P物质的吸收利用能力。而血清中ACP活性最低，可能与血液的主要功能为转运有关。肠道、肌肉、肝脏3种组织中的ACP活性保持稳定，同时血清中ACP活性稳步地降低，表明无明显的外界刺激，黄鳍金枪鱼内环境稳定，养殖过程中生活环境及饵料供给较稳定，未发生突发性疾病印证了这一点。
3.1.2 AKP活性差异
AKP是一种重要的免疫反应酶，直接参与磷酸基团的转移，具有重要的调控功能，其活性在机体代谢中起着非常关键的作用，在临床医学中通常作为诊断外来病原入侵或环境毒素入侵等的重要指示[26-28]。在本研究中，AKP活性在所有体质量组中均表现为肠道>肝脏>肌肉>血清，这与长丝鲈 (Osphronemus goramy)、茴鱼及草鱼 (Ctenopharyngodon idella) 的研究结果类似，均为肝>肌肉[29-30]。且在本研究中，肠道及肝脏中AKP活性值远大于肌肉和血清 (相差3个数量级)，表明与外界食物直接接触的肠道和重要的免疫器官肝脏需要更高活性的AKP来提高免疫能力。同时肠道是含P物质重要的分解、吸收、转运起点，肝脏是磷酸基团重要的中间存储转化合成器官和免疫器官，对AKP活性均有较高的需求。随着体质量的增加，黄鳍金枪鱼幼鱼肠道和肝脏的AKP活性轻微上升，而血清和肌肉中的则逐渐下降。这可能是因为随着体质量的增加，黄鳍金枪鱼幼鱼器官组织发育程度逐渐完善，组织器官功能的定位及功能分化愈发清晰。同时，养殖条件下黄鳍金枪鱼幼鱼摄食难度低，运动量必然小于野生状态，这可能是导致肌肉AKP活性轻微下降的原因之一。在体质量为2 500 g时，血清中AKP活性骤降，且误差值较小，表明活性数值稳定，受突发性环境因素干扰的可能性较小，应与所处生长发育阶段有关，具体机理有待进一步研究。
AKP和ACP活性在肠道和肝脏中均较高，表明黄鳍金枪鱼对P具有较强的分解和合成能力，对氨基酸、核苷酸等大分子物质具有较好的分解和再利用能力；对外源物质和自身废弃物有较强的分解和再利用能力；对外界环境因子变化和病原体入侵具有较强的免疫能力和抗逆性。血清中AKP和ACP活性的降低可能与免疫器官逐步发育完善有关。
3.2 不同体质量组间黄鳍金枪鱼幼鱼3种消化酶活性差异
蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶等是参与营养物质消化和吸收的主要酶类，是评估消化吸收能力及功能的重要指标[31]。淀粉酶可将淀粉催化分解成单糖以便吸收利用[32]；脂肪酶能够将食物中的脂肪分解为脂肪酸和甘油分子以便吸收利用[33]；蛋白酶可将食物中的蛋白质水解为可供机体吸收的氨基酸[34]。因此测定消化器官中各种消化酶的活性，有助于了解养殖鱼类对所摄食饵料的消化状态[35]。鱼类消化酶活性受多种因素影响，包括发育阶段、季节变化、饵料变化、投喂策略、环境变化等。有研究表明鱼类在不同的发育阶段，其口径有较大变化，导致其摄食饵料的种类也发生变化，为充分吸收利用足够的营养，各种消化酶活性随着摄入饵料种类的变化而改变，例如大弹涂鱼 (Boleophthalmus pectinirostris) 幼鱼、成鱼消化酶活性有显著差异[36]。本研究中，不同体质量的黄鳍金枪鱼幼鱼，口径和体型存在一定差异，测定消化酶活性可有效反映其不同体质量之间生理生化及所需营养的变化。本研究中，黄鳍金枪鱼幼鱼消化器官中各消化酶活性随体质量的增加出现一定波动，但整体较稳定。不同体质量之间肠道淀粉酶、肠道脂肪酶、胃淀粉酶、胃蛋白酶活性均无显著差异 (P>0.05)。肠道蛋白酶活性呈波动性变化，体质量为500 g时活性最高 [(3 230.51±628.91) U·mg−1]，显著高于体质量为1 000 g和2 500 g两组 (P<0.05)，其他体质量组之间差异不显著 (P>0.05)。有研究表明，脂肪酶活性在肉食性鱼类中较高，淀粉酶活性在草食性鱼类中较高[37]，如在青鱼 (Mylopharyngodon piceus) 肠道中发现类似的结果，即胰蛋白酶活性>脂肪酶活性>淀粉酶活性[38]。本研究结果与之不同，黄鳍金枪鱼幼鱼肠道中3种消化酶活性排序为胰蛋白酶>淀粉酶>脂肪酶。与青鱼相比，黄鳍金枪鱼的淀粉酶活性更高、胰蛋白酶活性相似、脂肪酶活性较低，表明黄鳍金枪鱼幼鱼对蛋白类营养物质和淀粉类营养物质有较好的吸收利用能力，而对脂肪的需求量相对较少；与大弹涂鱼对比发现，本研究中黄鳍金枪鱼胃蛋白酶、淀粉酶活性更高，而脂肪酶活性差异较小[36]，表明黄鳍金枪鱼对蛋白类和淀粉类食物有更好的消化吸收能力。有研究指出黄鳍金枪鱼肌肉脂肪含量较低[4]，对脂肪的消化吸收能力相对较差，可能是导致肌肉的脂肪含量较低的原因。而降低对脂肪类食物的消化吸收速率，保持较高的蛋白酶、淀粉酶消化吸收速率，有利于降低体脂率，保持更好的运动能力。
4. 结论
本研究表明，黄鳍金枪鱼幼鱼在陆基循环水养殖条件下不同体质量之间存在免疫酶和消化酶活性差异。AKP和ACP活性在肠道和肝脏中均较高，黄鳍金枪鱼在重要的外源物质接触器官和重要的免疫器官对P或含P类营养物质具有较强的分解、吸收和合成利用的能力，对外源入侵物具有较高的免疫能力。肌肉ACP活性高于AKP，表明肌肉对P的利用功能大于转运。ACP和AKP活性随着体质量的增加在黄鳍金枪鱼幼鱼不同组织中的表达量有所变化。黄鳍金枪鱼幼鱼消化酶活性整体稳定，随着体质量的变化小范围地增加或降低，差异较小。蛋白酶活性最高表明其摄食偏好肉类。黄鳍金枪鱼2种免疫相关酶活性及其相关指标随体质量增加的变化规律有所差异，这可能与免疫器官的逐步发育完善有关，具体机理有待进一步研究。黄鳍金枪鱼幼鱼对蛋白类营养物质和淀粉类营养物质有较好的吸收利用能力，而对脂肪的需求量相对较少，内在原因及机理有待进一步探索。
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图 2 贝莱斯芽孢杆菌基于16S rDNA 序列构建的系统进化树
Figure 2. Neighbor-joining tree of B. velezensis LG37 based on 16S rDNA sequences
表 1 贝莱斯芽孢杆菌LG37 基因组特性
Table 1 Genome features of B. velezensis LG37 strain
特性
Feature数值
Value基因组大小 Genome size/bp 3 929 697 GC-含量 GC-content 46.5% 质粒数量 Plasmid number 0 总基因 Total genes 3 967 蛋白编码基因 Protein-coding genes 3 854 转运 RNA tRNA 86 核糖体 RNA rRNA 27 编码区域大小 Coding region size/bp 3 495 864 编码区域GC-含量 GC-content of coding region 47.3% 编码区域/全基因组 Coding region/Genome length 89.0% 间隔区域大小 Intergenic region size/bp 433 833 间隔区域占比 Ratio of intergenic region 11.0% 
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表 2 LG37 基因组氮代谢通路及其相关基因
Table 2 Related genes of nitrogen metabolism pathways of LG37
通路
Pathway IDKEGG 描述
KEGG description基因
Geneko00910 氮代谢 Nitrogen metabolism orf00490, orf00539, orf00544, orf00545, orf00546, orf00547, orf00817, orf01213, orf01254, orf01968, orf02226, orf02227, orf02368, orf03807, orf03808, orf03809, orf03810, orf03811 M00531 同化硝酸盐还原 Assimilatory nitrate reduction orf00539, orf03807, orf03809 M00530 异化硝酸盐还原 Dissimilatory nitrate reduction orf00544, orf00545, orf00547, orf03808, orf03809, orf03810, orf03811 M00529 反硝化 Denitrification orf00544, orf00545, orf00547, orf03809 M00804 完全硝化 Complete nitrification orf03809
下载: 导出CSV
表 3 无机氮代谢候选基因
Table 3 Candidate genes of inorganic nitrogen metabolism
基因
Gene大小
Size/bp蛋白
ProteinGO-分子功能
GO-Molecular functionorf00084 741 Type III pantothenate kinase YacB 泛酸激酶活性 orf00106 246 Putative septation protein SpoVG 分子功能的负调控 orf00148 885 Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS 谷氨酰胺水解活性 orf00173 2 004 Nitrate reductase YyaE 硝酸还原酶活性 orf00246 1 416 Arginine utilization regulatory protein RocR 转录因子结合 orf00250 1 206 Ornithine aminotransferase RocD 鸟氨酸氧酸转氨酶活性 orf00316 963 Iron(3+)-hydroxamate-binding protein YxeB 无机离子转运与代谢 orf00379 1 017 Respiratory nitrate reductase NarI 硝酸还原酶活性 orf00490 1 287 Glutamate dehydrogenase RocG 谷氨酸脱氢酶 (NAD+) 活性 orf00535 1 377 Cytochrome cd1-nitrite reductase-like YwhL 亚硝酸盐还原酶活性 orf00539 1 131 Nitrate transporter NarT 跨膜转运 orf00544 3 687 Nitrate reductase alpha chain NarG 硝酸还原酶活性 orf00545 1 464 Nitrate reductase beta chain NarH 硝酸还原酶活性 orf00546 558 Nitrate reductase NarJ 未折叠蛋白结合 orf00547 672 Nitrate reductase gamma chain NarI 硝酸还原酶活性 orf00608 318 Urease subunit gamma 氨基酸转运与代谢 orf00609 375 Urease subunit beta 氨基酸转运与代谢 orf00610 1 710 Urease subunit alpha 氨基酸转运与代谢 orf00623 351 Nitrogen regulatory protein P-II GlnB 酶调节活性 orf00624 1 212 Ammonium transporter NrgA 铵跨膜转运蛋白活性 orf00630 282 Stage III sporulation protein D SpoIIID DNA结合转录因子活性 orf00783 726 Glucosamine-6-phosphate deaminase NagB 葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶活性 orf00817 582 YvdA 无机离子转运与代谢 orf00959 2 112 YvgW 阳离子转运ATP酶活性 orf00966 1 716 Sulfite reductase [NADPH] CysI 亚硫酸盐还原酶 (NADPH) 活性 orf00998 1 047 ABC transporter permease protein YvrB 转运体活性 orf01042 357 Uncharacterized protein YusI 氧化还原酶活性 orf01058 1 398 ABC transporter ATP-binding protein ATP结合 orf01105 237 Nitrogen-fixing NifU domain-containing protein 铁硫簇结 orf01175 2 403 Cation:proton antiporter 单价无机阳离子跨膜转运蛋白活性 orf01213 1 032 Nitronate monooxygenase Ncd2 硝酸单加氧酶活性 orf01254 549 YtiB 无机离子转运与代谢 orf01262 813 Nitrate transport system permease protein YtlD 跨膜转运蛋白活性 orf01263 783 Nitrate ABC transporter permease YtlC 跨膜转运 orf01264 1 005 Nitrate ABC transporter periplasmic protein YtlA ATP酶活性 orf01290 753 Quaternary-amine-transporting ATPase 传输ATP酶活性的季铵盐化合物 orf01357 1 191 Nitric oxide dioxygenase 一氧化氮双加氧酶活性 orf01435 1 962 Threonine--tRNA ligase 1 ThrS ATP结合 orf01491 225 Spore germination protein GerE DNA结合 orf01591 657 GlnP 氨基酸转运与代谢 orf01592 651 GlnM 氨基酸转运与代谢 orf01593 828 GlnH 氨基酸转运与代谢 orf01617 801 Formate/nitrite transporter 跨膜转运蛋白活性 orf01659 726 RNA polymerase sigma factor DNA结合转录因子活性 orf01864 855 Nitrogen assimilation regulatory protein nac DNA结合转录因子活性 orf01911 450 Ferric uptake regulation protein DNA结合转录因子活性 orf01968 1 275 Glutamate dehydrogenase RocG 谷氨酸脱氢酶硝酸还原酶活性 orf02215 1 983 Nitrate reductase 硝酸还原酶活性 orf02225 903 HTH-type transcriptional regulator GltC DNA结合转录因子活性 orf02226 903 Glutamate synthase (NADPH/NADH) GltB 谷氨酸合酶 (NADPH) 活性 orf02227 4 560 Glutamate synthase (NADPH/ NADH) GltD 谷氨酸合酶 (NADPH) 活性 orf02368 1 335 Glutamine synthetase GlnA 谷氨酸氨连接酶活性 orf02369 405 HTH-type transcriptional regulator GlnR DNA结合 orf02384 315 Ammonium compound efflux SMR transporter 膜的组成部分 orf02385 354 Ammonium compound efflux SMR transporter 膜的组成部分 orf02417 261 Stage V sporulation protein S 核酸结合 orf02418 795 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase YmdB 2',3'-环核苷酸2'-磷酸二酯酶活性 orf02465 723 Uridylate kinase PyrH ATP结合 orf02483 363 Chemotaxis protein CheY 磷脂酶信号转导系统 orf02588 783 RNA polymerase sigma factor DNA结合转录因子活性 orf02638 930 Glutaminase 氨基酸转运与代谢 orf02680 666 Potassium uptake protein KtrA 阳离子跨膜转运蛋白活性 orf02747 1 914 YkvW 阳离子转运ATP酶活性 orf02756 342 Putative transcriptional regulator 转录调控，DNA模板 orf02787 1 353 YkrM 阳离子跨膜转运蛋白活性 orf02794 783 Uncharacterized membrane protein YkoY 膜的组成部分 orf02804 742 HTH-type transcriptional regulator TnrA 核心启动子结合 orf02828 315 Ammonium compound efflux SMR transporter 膜的组成部分 orf02830 339 Ammonium compound efflux SMR transporter 膜的组成部分 orf02854 999 Anion permease 无机磷酸盐跨膜转运蛋白活性 orf03008 396 ArsC family transcriptional regulator SpxA 电子转移活性 orf03161 1 215 Cation/H (+) antiporter YhaU 溶质：质子逆向转运活性 orf03186 396 Putative fluoride ion transporter CrcB 无机阴离子跨膜转运蛋白活性 orf03187 360 Putative fluoride ion transporter CrcB 无机阴离子跨膜转运蛋白活性 orf03209 435 HTH-type transcriptional regulator NsrR DNA结合 orf03262 834 ABC-type nitrate transport system 离子跨膜转运 orf03263 990 Putative binding protein SsuA ATP酶活性 orf03264 768 Aliphatic sulfonates import protein SsuB 阴离子跨膜转运蛋白活性 orf03448 720 Probable transcriptional regulatory protein 转录调控，DNA模板 orf03546 330 Ammonium compound efflux SMR transporter 膜的组成部分 orf03547 315 Ammonium compound efflux SMR transporter 膜的组成部分 orf03597 963 Arsenic resistance protein 无机阴离子跨膜转运蛋白活性 orf03677 822 Probable manganese catalase YdbD 无机离子转运与代谢 orf03682 366 Ammonium compound efflux SMR transporter 膜的组成部分 orf03807 1 206 Assimilatory nitrate reductase NasA 硝酸铁氧还蛋白还原酶活性 orf03808 2 328 Nitrite reductase large subunit NasB 亚硝酸盐还原酶 [NAD(P)H] 活性 orf03809 2 133 Assimilatory nitrate reductase NasC 硝酸还原酶活性 orf03810 2 418 Nitrite reductase [NAD(P)H] NasD 亚硝酸盐还原酶 [NAD(P)H] 活性 orf03811 321 Assimilatory nitrite reductase [NAD(P)H] NasE 亚硝酸盐还原酶 [NAD(P)H] 活性 orf03812 1 440 NasF 辅酶代谢 orf03840 1 257 Transport system atp-binding protein opuaa 传输ATP酶活性的季铵盐化合物 orf03889 984 Glutaminase 1 GlsA1 谷氨酰胺酶活性 orf03890 1 437 GlnT 假定的钠/谷氨酰胺转运体 orf03963 1 434 Sodium-independent anion transporter 次级活性硫酸盐跨膜转运蛋白活性
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