Transcriptome analysis of Plectropomus leopardus liver under different flow velocity
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摘要: 水流速度是影响鱼类生长的重要环境因子之一。为探究豹纹鳃棘鲈 (Plectropomus leopardus) 在不同流速条件下相关基因的功能和表达情况,利用RNA-Seq技术对差异流速下的豹纹鳃棘鲈肝脏组织进行了转录组分析。挑选相同繁育批次中规格一致的豹纹鳃棘鲈幼苗,分别在正常流速 (0.1 m·s−1, Low flow velocity, LFV) 和高流速 (0.4 m·s−1, High flow velocity, HFV) 实验组中养殖150 d后进行肝脏转录组测序分析,探究豹纹鳃棘鲈在差异流速下个体间的基因表达模式差异。结果显示,经筛选后共获得1 977个LFV-HFV显著性差异表达基因 (Differentially expressed genes, DGE),其中上调基因999个,下调基因978个。GO功能注释分类发现,共有1 124个DEGs被GO数据库注释到并归属为56个功能类别。KEGG富集分析结果显示,573个DEGs参与了154条KEGG通路,其中富集最显著的为PPAR信号通路。LFV和HFV两组鱼的肝脏组织学观察结果显示,两者之间脂肪含量差异明显,LFV组肝脏中的脂肪含量显著高于HFV组 (P<0.05)。通过转录组分析,筛选了大量豹纹鳃棘鲈差异流速下的DGEs,为深入探讨豹纹鳃棘鲈对流速变化适应性的分子调控机制提供了技术支撑。Abstract: Water flow velocity is one of important eco-environment factors which affects the fish growth. In order to explore the function and expression of related genes of Plectropomus leopardus under different flow velocity, we conducted a transcriptome analysis of liver tissue of P. leopardus under different flow velocity by RNA-seq technology. We selected the fish fry of P. leopardus with identical size from the same breeding batch and cultured them for 150 d with water flow velocity of 0.1 m·s−1 (Low flow velocity, LFV) and 0.4 m·s−1 (High flow velocity, HFV). Then, we conducted a transcriptome analysis on the liver so as to investigate the difference of gene expression patterns with different flow velocity. We had obtained a total of 1 977 differentially expressed genes (DEGs) by transcriptome analysis (999 up-regulated and 978 down-regulated for LFV-HFV, respectively). The GO functional annotation reveals that 1124 DEGs were annotated in Gene Ontology Consortium and assigned to 56 functional terms. KEGG pathway analysis shows that 573 DEGs belonged to 154 pathways, and PPAR signaling pathway was most significantly enriched. Histological observation of livers of the tested fish indicates that the difference in fat contents between LFV and HFV group was significant, and the fat content was obviously higher in LFV than in HFV (P<0.05). According to the transcriptome analysis, we excavated many DEGs under different flow velocity, which provids technical support for further research on the molecular regulation mechanism of adaptability to change in flow velocity of P. leopardus.
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水产养殖是世界上增长最快的食品生产领域之一,对全球粮食安全和优质蛋白质供给贡献重大,海水网箱养殖是其中的重要组成部分[1]。作为海水网箱养殖系统的核心构件之一,材质合适的网衣对于海水养殖生产至关重要。常规的聚乙烯和尼龙材料的养殖网衣很容易受到污损生物的影响[2]。污损生物在海水网箱养殖网衣上的附着已经成为一个日益影响海水养殖产业的全球性问题[3]。其会降低养殖网箱的容积,缩紧网眼,增加锚链的拖曳强度[3],养殖网箱的质量也会严重增加,并进一步导致网箱浮力的降低和网衣形变的增加[2-3]。另外,污损生物的附着还会对网衣造成直接的物理损伤,加速其老化;网目尺寸的降低会减少水流、营养物质的交换和养殖生物自身排泄物的扩散稀释[4]。同时,溶解氧含量也会受其干扰,特别是在污损生物附着量较大的夏季,污损生物附着叠加较高的水温,加上污损生物自身的呼吸活动,会进一步加剧溶解氧含量的下降,严重时可能会出现缺氧现象,不仅影响养殖生产,还可能会影响周边海洋环境,造成局部富营养化等负面影响[5]。此外,污损生物群落的形成可能会为寄生虫和病原微生物提供栖息场所,从而对养殖生物的健康产生潜在危害[6]。换网、人工或机器清理、防污涂层、化学产品的投入等物理、化学方法是海水网箱养殖业中常用的清除污损生物的途径,但上述方式可能会对周边海洋环境造成不利影响,有效性不强[7],也会额外增加养殖成本,降低养殖收入[8]。因此,需要寻找更有效的替代策略。
使用新型材料是替代并弥补传统网衣材料缺点的一种可行性策略[9]。目前海水养殖领域已经涌现出超高分子量聚乙烯、龟甲网和金属网等材料,替代传统的聚乙烯和尼龙材质的网衣,减少污损生物附着带来的危害[10]。其中,铜合金和超高分子量聚乙烯材料因其独特的性能而受到关注。铜合金是由铜和其他金属元素组成的合金材料,具有很好的抗腐蚀性、抗污损生物附着和抗凝水性能,以及较高的强度和耐磨性,已应用于海水养殖生产中,相比较传统网衣材料,其优越性也有相关报道[11]。超高分子量聚乙烯一般指相对分子质量在150×104以上的无支链线性聚乙烯,分子链上基本不含极性基团,结晶度一般在65%~85%,密度为0.920~0.964 g·cm−3。相对其他常用的工程塑料,超高分子量聚乙烯的密度降低,而其断裂伸长率和抗冲击强度均大幅提升,使其在水产养殖领域得到了不少应用[12]。新材料的应用在防止污损生物附着和养殖生物逃逸,保持养殖生物健康,减少传统网衣材料对环境的潜在负面影响等方面均表现出了良好的应用前景。但目前关于不同材质新材料之间防止污损生物附着效果的比较研究仍较缺乏,国内极少见相关文献,需要进一步开展相关筛选研究。
本研究通过超高分子量聚乙烯材质网衣和铜合金材质网衣的现场海上挂网实验,比较分析2种材质网衣附着的污损生物的种类组成、数量、季节变化及演替规律等,为海水网箱养殖网衣新材料的应用筛选、网衣的维护和清洗策略提供科学依据。
1. 材料与方法
1.1 实验材料
超高分子量聚乙烯纤维材料购自荷兰帝斯曼迪尼玛纤维公司 (DSM Dyneema) 并喷涂了防污涂层,铜合金材料购自日本三菱伸铜株式会社,由专业网衣厂商编织成网,具体规格为30 cm×30 cm。其中,铜合金网衣网目尺寸 (方形网目边长) 为5 cm,网线直径4 mm;超高分子量聚乙烯网衣网目拉直内径尺寸为5.2 cm,网线直径3 mm (图1)。另外配套的材料还包括钢筋、聚乙烯缆绳、尼龙扎带、铁锚、浮球等。
1.2 实验方法
1.2.1 挂网制作
超高分子量聚乙烯和铜合金网衣首先使用与其大小匹配的钢筋框固定并连接在一起,用尼龙扎带将网衣固定在钢筋框上,每组网衣均为铜合金和超高分子量聚乙烯网衣各1片,在外侧4个角使用聚乙烯缆绳将网衣材料串联。
1.2.2 实验海域
经现场踏勘调研,现场挂网实验在福建莆田南日岛福建龙源风力发电有限公司风电场海域开展,具体位置为风电场的测风塔 (119.54°E, 25.24°N) (图2-a)。实验海域水深约15 m,最低潮时水深约12 m,测风塔的桩基作为实验的挂点 (图2-b)。
1.2.3 实验设计
由图2可知,实验场所养殖设施密布,受周边船只通航的影响,实验方案需要减少缆绳在水平方向上的伸展。实验示意图如图3所示,首先将约100 m长的缆绳两头分别固定在测风塔两侧的桩基上,向外拉伸,形成“U”形,在“U”形的中间位置,垂直方向上沉积物中布设1根铁锚用缆绳连接,使“U”形稳定,然后水平方向上在“U”形的一侧布设挂网材料,与海面垂直,离海面约0.5 m,挂网材料垂直方向上使用长度约16 m的缆绳与浮筒连接固定,保持挂网材料能够随潮水涨落。同时,在浮筒上使用黄色油漆标记不同挂网组,便于后续识别取样。取样或者更换新的网衣组时,使用船舶起锚机将缆绳拉出海面取样或者更换新的网衣组,同时将网衣组拆解,分成单个网衣材料,然后平铺包装在聚乙烯密封袋中,分类编号带回实验室待分析。
在污损生物生长旺盛的春季 (2022年3—5月) 和夏季 (2022年6—8月) 开展逐月现场实验。
1.2.4 污损生物的鉴定分析
对每一个网衣对应的的污损生物用精密电子天平测定 (精度为0.01 g) 湿质量,采用体式显微镜进行种类鉴定。
1.2.5 密实度计算
网衣密实度指污损生物和网线面积之和与网衣面积的比值,可以反映污损生物的覆盖情况,基于计算机识别技术的计算方法为:输入网衣图像,调整图像大小,选取网衣总面积,计算网衣区域面积 (D1),利用大津算法 (Otsu's method) 将图像中的物体与背景进行自动分割,计算附着物及网线面积 (D2)。示意图见图4。公式为:
$$ \text { 密实度 }=\left(D_2 / D_1\right) \times 100 {\text{%}} $$ (1) 1.2.6 污损生物的群落优势种
采用相对重要性指数 (IRI) 进行污损生物的群落优势种分析[13],公式为:
$$ { {\rm{IRI}} }=(W+N) \times F \times 10^4$$ (2) 式中:W为某一种类的湿质量占总湿质量的百分比;N为某一种类的丰度占总丰度的百分比;F为该种类的出现频率。IRI≥1 000作为重要优势种的判别标准。
2. 结果
2.1 春、夏季2种网衣的密实度变化
春、夏季高分子量聚乙烯网衣和铜合金网衣的密实度变化趋势 (图5) 表明,2种网衣的密实度变化趋势基本一致,整体上表现为春季至夏季逐渐增加。其中,高分子量聚乙烯网衣的密实度均高于铜合金网衣。
由高分子量聚乙烯网衣和铜合金网衣污损生物的附着情况 (图6) 可以直观地看出,春季3月2种网衣污损生物开始有少量附着,4月污损生物有比较明显的增加,5月污损生物的种类发生转变;夏季6月污损生物的种类又发生转变,且6—7月污损生物的附着量增加,8月污损生物的种类又发生转变。
图 6 春、夏季 2 种网衣污损生物的附着情况注:图中sp代表春季,su代表夏季;3—8代表月份;c代表铜合金网衣,h代表高分子量聚乙烯网衣。Fig. 6 Adhesion of fouled organisms of ultra high molecular polyethylene mesh and copper alloy mesh in different seasonsNote: In the figure, sp represents spring, and su represents autumn; 3−8 represent months, c represents copper alloy mesh, and h represents ultra high molecular polyethylene mesh.2.2 春、夏季2种网衣污损生物的湿质量和附着密度
春季,高分子量聚乙烯网衣和铜合金网衣污损生物的平均湿质量分别为 (144.83±15.69) 和 (118.32±20.13) g·网−1;夏季,平均湿质量分别为 (1 054.59±34.81) 和 (876.25±23.16) g·网−1。春季,高分子量聚乙烯网衣和铜合金网衣污损生物的平均密度分别为 (2 699±49) 和 (2 678±42) 个·网−1;夏季,平均密度分别为 (4 630±53) 和 (3 870±64) 个·网−1。整体上,春、夏季高分子量聚乙烯网衣的平均湿质量和平均密度均高于铜合金网衣。
2.3 春、夏季2种网衣污损生物的种类构成
春季高分子量聚乙烯网衣共鉴定出5大类12种污损生物,其中甲壳动物种类数最多 (5种),占总种类数的41.67%;藻类4种,占总种类数的33.33%;软体动物、环节动物、刺胞动物各1种,均占总种类数的8.33%。春季铜合金网衣也共鉴定出5大类12种污损生物,其中甲壳动物种类数最多 (5种),占总种类数的41.67%;藻类3种,占总种类数的25.00%;环节动物2种,占总种类数的16.67%;软体动物、刺胞动物各1种,均占总种类数的8.33%。
夏季高分子量聚乙烯网衣共鉴定出7大类35种污损生物,其中以软体动物和甲壳动物种类数最多,各11种,均占总种类数的31.43%;藻类6种,占总种类数的17.14%;环节动物3种,占总种类数的8.57%;苔藓动物2种,占总种类数的5.71%;刺胞动物、棘皮动物各1种,均占总种类数的2.86%。夏季铜合金网衣共鉴定出6大类19种污损生物,其中以软体动物和甲壳动物种类数最多,各6种,均占总种类数的31.58%;藻类3种,占总种类数的15.79%;环节动物2种,占总种类数的10.53%;刺胞动物和苔藓动物各1种,均占总种类数的5.26%。
春季高分子量聚乙烯网衣和铜合金网衣污损生物种类数相同,而夏季高分子量聚乙烯网衣污损生物种类数明显多于铜合金网衣。
2.4 春、夏季2种网衣污损生物的优势种类
春、夏季2种网衣污损生物的优势种类如表1所示。春季,高分子量聚乙烯网衣出现的优势种有4种,分别为长颈麦杆虫 (Caprella equilibra)、中胚花筒螅 (Tubularia mesembryanthemum)、理石叶钩虾 (Jassa marmorata) 和厚壳贻贝 (Mytilus coruscus);铜合金网衣出现的优势种有3种,分别为长颈麦杆虫、理石叶钩虾和厚壳贻贝。其中,长颈麦杆虫、理石叶钩虾和厚壳贻贝是2种网衣的共同优势种,第一优势种均为长颈麦杆虫,高分子量聚乙烯网衣和铜合金网衣长颈麦杆虫的IRI分别为4 740和3 676。
表 1 春、夏季2种网衣污损生物的优势种类统计Table 1 Statistics of dominant species of fouled organisms for two kinds of net in spring and summer网衣类型
Type of mesh春季 Spring 夏季 Summer 种名
Species
name数量
Quantity/
(个·网–1)湿质量
Wet mass/
(g·网–1)相对
重要性
指数
IRI种名
Species
name数量
Quantity/
(个·网–1)湿质量
Wet mass/
(g·网–1)相对
重要性
指数
IRI高分子量聚乙烯网衣
Ultra-high molecular
weight polyethylene mesh长颈麦杆虫
Caprella equilibra19 647 25.02 4 740 理石叶钩虾
Jassa marmorata13 326 13.65 3 285 中胚花筒螅
Tubularia mesembryanthemum131 202.42 3 970 长颈麦杆虫
Caprella equilibra10 325 10.17 2 544 理石叶钩虾
Jassa marmorata15 582 7.18 3 451 翡翠股贻贝
Perna viridis4 024 766.58 1 718 厚壳贻贝
Mytilus coruscus2 389 89.44 1 073 中胚花筒螅
Tubularia mesembryanthemum139 349.86 1 549 — — — — 背棘麦杆虫
Caprella caura5 407 13.35 1 367 — — — — 网纹藤壶
Amphibalanus
reticulatu393 639.55 1 146 铜合金网衣
Copper alloy mesh长颈麦杆虫
Caprella equilibra11 300 14.28 3 676 翡翠股贻贝
Perna viridis3 435 675.28 4 138 理石叶钩虾
Jassa marmorata8 929 4.06 2 641 长颈麦杆虫
Caprella equilibra5 392 5.91 2 813 厚壳贻贝
Mytilus coruscus2 520 129.50 1 356 理石叶钩虾
Jassa marmorata4 845 5.60 2 529 — — — — 中胚花筒螅
Tubularia mesembryanthemum103 208.87 1 641 注:—. 未鉴定出。 Note: —. Not identified. 夏季,高分子量聚乙烯网衣出现的优势种有6种,分别为理石叶钩虾、长颈麦杆虫、翡翠股贻贝 (Perna viridis)、中胚花筒螅、背棘麦杆虫 (Caprella caura) 和网纹藤壶 (Amphibalanus reticulatu);铜合金网衣出现的优势种有4种,分别为翡翠股贻贝、长颈麦杆虫、理石叶钩虾和中胚花筒螅。其中,翡翠股贻贝、长颈麦杆虫、理石叶钩虾和中胚花筒螅是2种网衣的共同优势种。高分子量聚乙烯网衣第一优势种是理石叶钩虾,IRI为3 285,而铜合金网衣第一优势种是翡翠股贻贝,IRI为4 138。
3. 讨论
3.1 2种材质网衣污损生物的生态特性
海水养殖网箱的网衣为各类污损生物的附着提供了附着基,同时,海水养殖网箱水体中丰富的营养盐为污损生物的生长提供了养料,在环境合适时,污损生物在网衣上大量繁殖生长,其附着种类和附着量与养殖海域、养殖种类、养殖设施、养殖季节等因素密切相关[14]。目前已知的中国沿海主要污损生物可以分为藻类、腔肠动物、苔藓动物、多毛类动物、软体动物、甲壳动物、被囊动物及海绵动物等8大类群,其群落组成有明显的地域性,并呈季节性变化[15]。本研究实验点位于福建南日岛海域,出现的污损生物共有7个类群,基本覆盖了上述各类群。由于受当地海区的水温、盐度、光照、溶解氧、pH、水流和营养物质等环境因素的影响,本研究出现的主要群落以近岸暖水种和沿岸温带广温种为主,春、夏季2种网衣污损生物的主要优势种类与严涛等[16]报道的东海区主要污损生物优势种相吻合。本研究表明甲壳动物和软体动物是春、夏季的主要优势类群,原因是软体动物中腹足类生物较多,其生态习性使其容易附着在网衣上,如藤壶幼虫可以释放一种黏合剂,在适宜的附着表面进行永久附着[17],而贻贝则使用胶原蛋白形成的足丝与底质牢固结合,进行选择性附着[18]。随着网衣密实度的增加,附着面积也随之增大,给甲壳动物等污损生物的生存提供了良好的场所,导致甲壳动物种类数随之增加。已有研究[19]表明,东海海域污损生物出现的低谷期为水温较低的冬、春季,其附着种数少,附着密度低,6—9月则是东海海域污损生物附着量高的季节。本研究结果与该研究一致,2种网衣污损生物的种类和数量均表现出夏季高于春季,特别是夏季总湿质量约为春季的6~9倍,总密度也比春季高约1 000个·网−1。这种季节性差异,是因为随着水温的升高,污损生物进入生长和繁殖旺盛期,个体增多,导致夏季2种网衣的密实度远高于春季[20]。春季的3—4月和夏季的6—7月2种网衣对湿质量贡献最大的附着生物均为中胚花筒螅,而5和7月对湿质量贡献最大的附着生物分别为厚壳贻贝和翡翠股贻贝,说明相同季节的不同月份之间污损生物的主要优势种也存在差异。由表1可以看出,春、夏季的优势种也存在差异,这与不同污损生物的最适生长温度有关[21]。
3.2 2种材质网衣对污损生物附着的影响
目前世界范围内海水养殖网箱的网衣一般采用传统合成纤维网衣材料加工制作,在养殖生产中由于污损生物附着严重,严重影响了网箱养殖的正常生产。本研究结果表明,不同材质的网衣对污损生物的附着有较大影响,春、夏季高分子量聚乙烯网衣污损生物的湿质量和密度均高于铜合金网衣。2种不同材质的网衣悬挂于相同海域,季节、水温、盐度、水文等环境条件相同,出现的污损生物种类、群落和生物量的差异与网衣材质有关。细菌在不同材料的表面形成的微生物膜是污损生物附着的基础,铜合金作为一种金属网衣,具有抑制微生物菌类和水生生物的作用,其主要原理是铜/海水界面的化学作用可以释放出具有杀菌作用的铜离子和其他合金元素,使铜合金表面无法形成微生物膜,从而使污损生物无法附着[22]。这种抑制效果受铜/海水界面的化学作用及污损生物的附着强度控制,同时也受铜合金网衣周边物理、化学和生物因素的影响。尽管高分子量聚乙烯网衣拉伸力等综合性能也较优秀,且本实验用高分子量聚乙烯网衣也喷涂了防污涂层,但其防污损生物附着能力仍弱于铜合金网衣,可能是由于随着时间的延长,高分子量聚乙烯网衣的防污涂层由于环境条件的影响出现磨损、剥落;同时,由于高分子量聚乙烯网衣更粗糙,更易于污损生物的附着。
值得指出的是,尽管铜合金网衣比超高分子量聚乙烯网衣的防污效果好,具有很好的抗腐蚀性、抗凝水性能,较高的强度、耐磨性、可回收利用性及较好的环保性能[11],且已在日本、美国、北欧、澳大利亚等国家或地区的海水养殖领域开展了实际应用[9,23-24]。但是,铜合金网衣的成本及网箱规格和装配技术要求均较高,需要进一步研究和改进。建议根据养殖实际需求,将多种材质的网衣联合使用,既可降低成本,又能满足渔业发展的需要。
4. 结论
超高分子量聚乙烯和铜合金网衣的污损生物附着呈现出一定的季节性差异,2种网衣污损生物的密实度、种类数、优势种种类数、湿质量和密度均表现为春季低于夏季。铜合金网衣的防污损生物附着效果优于高分子量聚乙烯网衣。
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图 1 不同流速下豹纹鳃棘鲈肝脏组织 (H.E染色)
a. HFV低倍镜观察;b. LFV低倍镜观察;c. HFV高倍镜观察;d. LFV高倍镜观察。
Figure 1. Liver tissues (H.E staining) of P. leopardus with different flow velocities
a. Observation of sections with low magnification for HFV; b. Observation of sections with low magnification for LFV; c. Observation of sections with high magnification for HFV; d. Observation of sections with high magnification for LFV.
图 2 不同流速下豹纹鳃棘鲈肝脏组织 (油红O染色)
a. HFV低倍镜观察;b. LFV低倍镜观察;c. HFV高倍镜观察;d. LFV高倍镜观察。
Figure 2. Liver tissues (Oil red O staining) of P. leopardus with different flow velocities
a. Observation of sections with low magnification for HFV; b. Observation of sections with low magnification for LFV; c. Observation of sections with high magnification for HFV; d. Observation of sections with high magnification for LFV.
表 1 本研究所用引物及其序列
Table 1 Sequences of primers used in this study
基因编号
Gene ID基因
名称
Gene name引物序列
Primer sequenceutg000043l-1.624 cyp7b1 F: ACTTCATCGCCCTCTACCCTC R: TGAGCCTCTGACCGTCTTTG utg000067l-2.111 nr1d2 F: CCTCTGGTTTCCATTACGGG R: ATCAGGCATTTCTTGAAGCG utg000067l-3.316 ciart F: TTCAGTGAGAGCGAGCACAC R: TTGGTTTCTTCAGGGCAGTG utg000134l-0.116 cpt1a F: AGCACCTGACTGACCGTAAGC R: GCATCTCAAGTTCACTGGGTAAG utg000150l-1.275 irs2 F: TGACATCAGCGACCCTTGTG R: CGCCACTACTCTCTGTTGACG utg000157l-1.277 scm2a F: GCAGCAAAGACTGGAGCAAG R: TCGGTGAACTCATCTGGCAC utg000241l-0.137 lat3 F: CAGGAAGAGATGTTGAACCTTGG R: GCGAGGAAGATGAGACCAGAC utg000253l-0.17 wsb2 F: GCCACAGGTTTGGAGAACAG R: AACACCAGGTCCCTCACTACAC utg001131l-0.55 per1 F: CTCAAATACGCACTTCAATGTGTC R: TGAGGGTGTACTCTGAGGTGATG utg000003l-2.243 acod F: AGCAATGTTCTCCCTGAGGC R: CCAAAGCAAGGTCAAAGGATG utg000129l-0.32 cyp2j2 F: GGCAACTTATTCTCTGTGGATTTC R: GCTGTCTCCCTGATTTACCAGTG utg000134l-1.177 chka F: CTTTCACATCACCATCATAAGGG R: CTTTGTTTGACTGTCGGGAATC utg000537l-0.141 acsbg2 F: GCAGCAGAAGAGCCTGACCTAC R: TAGATGCCAACAGCAAACCC utg000714l-0.135 fasn F: TGAGAAACACTCTGACACGAATG R: TCAAAGCGTAGCCTCGGTAG 表 2 豹纹鳃棘鲈肝脏文库测序数据量统计
Table 2 Output statistics of P. leopardus liver library sequencing
样品编号
Sample ID有效读长
Clean readsGC含量
GC content/%Q30的碱基数比例
Base ratio of Q30/%比对效率
Mapping efficiency/%SP10-1 26861 072 51.42 95.30 93.78 SP10-2 35829 110 51.51 95.05 93.53 SP10-3 23503 733 50.44 94.98 93.65 SP40-1 28594 219 51.54 95.23 93.16 SP40-2 28147 723 51.04 95.20 92.82 SP40-3 24705 424 51.00 94.80 92.77 表 3 豹纹鳃棘鲈不同流速显著差异通路中部分候选基因表达模式
Table 3 Expression pattern of partial candidate genes of P. leopardus in significant pathways with different flow velocity
基因ID
Gene IDlog2 (差异倍数)
log2 (Fold change)FDR 登录号
Accession No.基因名
Gene nameutg000134l-0.116 −5.33 1.87×10−31 XP_008289244.1 cpt1a utg000043l-1.624 −3.55 9.54×10−166 XP_008291411.1 cyp7b1 utg000150l-1.275 −2.30 1.64×10−132 XP_018557299.1 irs2 utg000761l-0.82 −1.78 6.66×10−125 XP_018522996.1 angptl4 utg000248l-0.27 −1.64 1.10×10−12 XP_018560228.1 socs3 utg000172l-0.359 −1.59 4.89×10−195 XP_019209058.1 cyp46a1 utg000527l-0.63 −1.42 2.67×10−13 XP_018558522.1 acsl1 utg000455l_0.134 −1.41 9.36×10−31 XP_010731808.1 aqp7 utg000250l-2.242 −1.39 6.13×10−46 XP_019119573.1 adipor2 utg000129l-0.162 −1.21 1.22×10−37 XP_018522970.1 rxrgb utg000097l-1.90 −1.08 1.01×10−7 XP_019120297.1 traf2 utg000349l-0.213 −1.03 1.05×10−5 XP_018534038.1 dgke utg000794l-0.76 −1.02 1.54×10−6 XP_019126544.1 prkag2 utg000088l-2.212 −1.01 3.89×10−47 XP_020505581.1 akr1a utg000841l-0.8 1.01 4.13×10−8 XP_022072468.1 tradd utg000329l-0.218 1.03 8.07×10−32 XP_018527840.1 abhd16a utg001296l-0.11 1.07 7.82×10−5 XP_018525976.1 slc27a4 utg000225l-0.155 1.11 6.08×10−33 XP_018531738.1 lpin2 utg000681l-0.96 1.12 2.09×10−6 XP_018530981.1 acsl4 utg000325l-0.118 1.16 5.97×10−4 XP_005472382.1 hxk2 utg000841l_0.93 1.51 1.23×10−24 XP_018522449.1 adpgk utg000519l-0.406 1.82 1.04×10−29 XP_018527726.1 kmt5c utg000454l-0.43 1.98 3.21×10−12 XP_018528735.1 psat1 utg000537l-0.141 2.39 2.05×10−33 XP_020511829.1 acsbg2 utg000393l-0.311 10.65 3.25×10−128 XP_018529751.1 crhbp 表 4 SNP位点统计表
Table 4 Output statistics of SNP loci
样品编号
Sample IDSNP位点数
Number of SNP基因区SNP
Genic SNP基因间区SNP
Intergenic SNP转换类型占比
Transition/%颠换类型占比
Transversion/%SP10-1 161 388 121 218 40 170 30.88 93.78 SP10-2 178 270 133 923 44 347 31.22 93.53 SP10-3 171 685 129 389 42 296 31.37 93.65 SP40-1 168 801 126 800 42 001 31.69 93.16 SP40-2 171 772 128 821 42 951 31.79 92.82 SP40-3 165 186 123 814 41 372 31.79 92.77 -
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期刊类型引用(1)
1. 钱振家,徐金铖,张成林,余友斌,刘晃. 不同流速对豹纹鳃棘鲈摆尾频率和血液生理的影响. 南方水产科学. 2023(02): 89-97 . 本站查看
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