cDNA cloning and expression pattern analysis of b2m from spotted sea bass (Lateolabrax maculatus)
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摘要:
为探究花鲈 (Lateolabrax maculatus) b2m (Beta-2 microglobulin) 基因对细菌和病毒感染的响应，该研究通过RACE-PCR扩增获得了花鲈b2m基因，该基因cDNA全长为1 383 bp，开放阅读框 (Open reading frame, ORF) 为357 bp，编码118个氨基酸。所推测的编码蛋白与已报道的鱼类B2m的氨基酸序列相似度为44.8%~63.2%。基因共线性分析显示，b2m基因座位置在鱼类基因组中高度保守。利用实时荧光定量PCR检测花鲈b2m基因在各组织器官中的分布，结果表明花鲈b2m在所检测组织器官中均有表达，脾脏中表达量最高，鳃、头肾和脑中次之。通过腹腔注射脂多糖 (Lipopolysaccharide, LPS)、聚肌苷-脱氧胞苷酸 (Poly I:C) 和迟缓爱德华氏菌 (Edwardsiella tarda, Edw) 研究花鲈感染后b2m的表达变化，结果显示3种刺激物均可诱导花鲈b2m在鳃、肠、头肾、脾脏组织中表达上调，推测b2m基因参与了花鲈抗细菌、抗病毒感染的免疫应答过程。
Abstract:To investigate the response of b2m gene from spotted sea bass (Lateolabrax maculatus) to bacterial and viral infections, we cloned the cDNA sequence of L. maculatus b2m gene by RACE-PCR. The full length of the cDNA was 1 383 bp with an open reading frame (ORF) of 357 bp encoding 118 amino acids. The similarity between deduced amino acid sequence of L. maculatus and the counterparts of other fishes was 44.8%−63.2%. The result of synteny analysis indicates that b2m loci were highly conserved in the fish genome. The b2m gene from L. maculatus was constitutively expressed in various tissues, with the highest expression level in spleen, and then gill, head kidney and brain. The mRNA expression level of b2m gene increased significantly in gill, head kidney and spleen after intraperitoneal injection of Lipopolysaccharide (LPS), Poly (I:C) and Edwardsiella tarda (Edw) by quantitative real-time PCR. These stimulants and pathogen can up-regulate the level of b2m gene of L. maculatus in various tissues, which indicates that b2m gene is involved in the immune defense process of anti-bacterial and anti-viral infection in L. maculatus.
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Keywords:
- Lateolabrax maculatus /
- b2m gene /
- Gene cloning /
- Tissue distribution /
- Bacterial infection
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近年来，在南太平洋海域进行商业捕捞作业的船队主要为中国大陆和中国台湾船队[1]。有研究表明环境变化对于长鳍金枪鱼 (Thunnus alalunga) 的分布和洄游有显著影响[2-3]，由于长鳍金枪鱼的高度洄游性使商业捕捞作业船队对其渔场的寻找成为一项高成本生产活动。因此，了解长鳍金枪鱼的资源分布与环境因子的关系对提高该渔业的生产效率具有重要意义。南太平洋长鳍金枪鱼作为延绳钓渔船的主要捕捞对象，一般栖息在200~300 m水层[4]。而目前国内外学者多选择表层环境因子作为研究对象[5-7]，较少采用不同水层的环境数据。广义可加模型 (Generalized additive model, GAM) 作为定量分析渔获率与环境要素之间关系的方法，目前已得到广泛应用。而这些研究在变量选择中多加入了时空因子[8-10]，忽略了时空因子与环境因子之间和不同环境因子之间的多重共线性[11]。此外，由于缺少该鱼种完整的渔捞日志数据，研究多采用5°方格数据[7,10]，但这种较低空间分辨率的环境数据往往会弱化数值分析的效果。
本文根据中国大陆地区所有渔船2015—2017年在南太平洋的渔捞日志，整理出了空间分辨率为1°×1°的月渔获数据，用GAM模型逐步回归分析各环境因子与长鳍金枪鱼资源的关系，以探讨环境因子的变化对长鳍金枪鱼资源分布的影响，以期为南太平洋长鳍金枪鱼的合理开发利用和资源养护管理提供参考。
1. 材料与方法
1.1 数据来源
1.1.1 渔业数据
来自中国大陆地区2015—2017年所有渔船渔捞日志，选取在南太平洋海域 (140°E—130°W，0°N—50°S，图1) 且捕捞对象为长鳍金枪鱼的渔捞日志数据 (具体数据总量见表1)，包括日期、作业位置、投钩数、各鱼种渔获量尾数和千克数等。
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图 1 2015—2017年南太平洋长鳍金枪鱼单位捕捞努力渔获量的平均分布Figure 1. Average distribution of CPUE of T. alalunga in South Pacific during 2015–2017表 1 南太平洋长鳍金枪鱼延绳钓渔业作业天数情况Table 1. Fishing days of longline fishery of T. alalunga in South Pacific年份
Year总渔船数
Total vessels累计作业天数
Total fishing days2015 107 18 070 2016 115 20 591 2017 136 26 291 1.1.2 水文环境数据
包括海表温度 (Sea surface temperature，SST) 及不同深度水温、海表盐度 (Sea surface salinity，SSS) 及不同水层盐度、叶绿素a浓度 (Chlorophyll a concentration，Chla)、海表风场 (Sea surface wind，SSW)、海表面高度 (Sea surface height，SSH)、混合层深度 (Mixed layer depth，MLD) 的月数据。其中海表温度及不同水深温度、海表盐度及不同水层盐度、混合层深度来自中国Argo实时资料中心提供的《全球海洋Argo网格数据集 (BOA_Argo) 》，空间分辨率为1°。叶绿素a浓度来自美国国家海洋和大气管理局 (National Oceanic and Atmospheric Administration, NOAA) 的Ocean Watch网站，空间分辨率为0.05°。海表风场来自美国宇航局物理海洋学数据分发存档中心 (PO.DAAC) 提供的CCMP风速，空间分辨率为0.25°，海表面高度来自德国汉堡大学的综合气候数据中心提供的ORA-S4资料，空间分辨率为1°。
1.2 数据预处理
1) 单位捕捞努力量渔获量 (Catch per unit effort，CPUE) 可以作为代表长鳍金枪鱼渔业资源状态的指标。其计算公式为：
$$ {\rm{CPUE}} = \dfrac{{{U_{{\rm{catch}}}}}}{{{f_{{\rm{hooks}}}}}} $$ (1) 式中Ucatch表示1°×1°单位渔区内的累计渔获量 (kg)，fhooks是1°×1°单位渔区内的累计投钩数 (千钩)，时间尺度为月。
2) 用Matlab读取海表温度、叶绿素a浓度、海表风场数据，并与单位渔区进行数据匹配。受云层遮挡等因素影响，环境数据尤其是叶绿素a浓度数据存在缺失情况。本文采用计算周围变量均值的方法对缺失数据进行处理。
1.3 分析方法
1.3.1 相关性分析
利用Pearson相关系数计算环境因子之间的相关系数[12]，其公式为：
$$ r = \frac{{\displaystyle\sum\nolimits_{i = 1}^n {\left( {{x_i} - \bar x} \right)\left( {{y_i} - \bar y} \right)} }}{{\sqrt {\displaystyle\sum\nolimits_{i = 1}^n {{{\left( {{x_i} - \bar x} \right)}^2}{{\displaystyle\sum\nolimits_{i = 1}^n {\left( {{y_i} - \bar y} \right)} }^2}} } }} $$ (2) 式中r表示相关系数，xi表示环境因子x的第i个观测值，
$\bar x $ 表示环境因子的均值，yi表示环境因子y的第i个观测值，${\bar y}_i $ 表示环境因子y的均值。1.3.2 GAM模型
GAM模型能够较好地处理响应变量和一组解释变量之间高度非线性和非单调关系的能力，被广泛用于渔获率与环境关系研究[13-14]。其一般表达式为：
$$ g\left( {\rm{\mu}} \right) = {\beta _0} + \sum\nolimits_{i = 1}^k {{f_i}} \left( {{x_i}} \right) + \varepsilon \left[ {{\rm{\mu}} = E\left( {Y/X} \right)} \right] $$ (3) 式中g(μ) 表示联系函数，β0表示常数截距项，fi(xi) 表示用来描述g(μ) 与第i个解释变量关系的平滑函数。
GAM模型和逐步回归计算在R-3.5.0中实现。
2. 结果
2.1 环境因子之间的相关性
本研究在不同水深环境数据中选择了60、120、180、240、300 m深度水温和盐度与其他表层环境因子进行了相关性分析。计算表明各层之间温度和盐度相关性较大 (由于篇幅所限，结果未列出)，最后选取了相关性较小的三层 (表层、120 m300 m) 参与最后的要素分组中。通常认为如果相关系数大于0.75为强相关[15]，介于0.5~0.75为中等程度相关，小于0.5为弱相关。SST和t120，t300和s300，SST与SSH，t120与SSH为高度相关因子；SST与s120，SST与MLD，SST与Uwnd，t120与s120，t120与Uwnd均中度相关；SSS、Chla、Vwnd与其他环境因子之间的相关性均较小 (表2)。
表 2 各环境变量相关系数矩阵Table 2. Correlation coefficients matrix of environmental factors变量
Variablet120 t300 SSS s120 s300 MLD Uwnd Vwnd Chla SSH SST 0.916 0.005 −0.359 0.545 −0.091 −0.560 −0.541 −0.146 −0.316 0.753 t120 − −0.002 −0.239 0.582 −0.098 −0.307 −0.542 −0.137 −0.221 0.757 t300 − − 0.176 0.165 0.925 −0.152 −0.277 0.428 −0.068 0.440 SSS − − − 0.408 0.097 0.396 −0.056 −0.175 0.128 −0.432 s120 − − − − −0.008 −0.124 −0.504 −0.242 −0.150 0.258 s300 − − − − − −0.117 −0.127 0.451 0.114 0.407 MLD − − − − − − 0.255 0.004 0.326 −0.451 Uwnd − − − − − − − −0.308 0.178 −0.493 Vwnd − − − − − − − − 0.137 0.212 Chla − − − − − − − − − −0.238 注：SST. 海表温度；t120. 120 m水深温度；t300. 300 m水深温度；SSS. 海表盐度；s120.120 m水深盐度；s300. 300 m水深盐度；MLD. 混合层深度；Chla. 海表面叶绿素a浓度；Uwnd. 海表风场东西分量，即纬向风，以东为正；Vwnd. 海表风场南北分量，即经向风，以北为正；SSH. 海表面高度；下同 Note: SST. Sea surface temperature; t120. Sea temperature at depth of 120 m; t300. Sea temperature at depth of 300 m; SSS. Sea surface salinity; s120. Sea salinity at depth of 120 m; s300. Sea salinity at depth of 300 m; MLD. Mixed layer depth; Chla. Sea surface chlorophyll a concentration; Uwnd. Eastward Sea surface wind; Vwnd. Northward Sea surface wind; SSH. Sea surface height. The same case in the following table 2.2 GAM模型的构建与分析
本研究使用GAM模型分析长鳍金枪鱼CPUE与各环境因子之间的关系，其中CPUE作为响应变量，SST、t120、t300、SSS、s120、s300、Chla、Uwnd、Vwnd、SSH、MLD作为解释变量，根据相关性分析结果，将环境因子分为4组分别建立GAM模型，表达式为：
$$ \begin{array}{c} {\rm{log}}\left( {{\rm{CPUE}} + 1} \right)\sim s\left( {{\rm{SST}}} \right) + s\left( {{t_{300}}} \right) + s({\rm{SSS}}) + {\rm{ }}s\left( {{V_{{\rm{wnd}}}}} \right) + \\s\left( {{\rm{Chla}}} \right) + \varepsilon \\ {\rm{log}}\left( {{\rm{CPUE}} + 1} \right)\sim s({t_{120}}) + s\left( {{\rm{SSS}}} \right) + s\left( {{s_{300}}} \right) + s\left( {{\rm{MLD}}} \right) + \\s\left( {{V_{{\rm{wnd}}}}} \right) + s\left( {{\rm{Chla}}} \right) + \varepsilon \\ {\rm{log}}\left( {{\rm{CPUE}} + 1} \right)\sim s({t_{300}}) + s\left( {{\rm{SSS}}} \right) + s\left( {{s_{120}}} \right) + s({\rm{MLD}}) +\\ s\left( {{V_{{\rm{wnd}}}}} \right) + s\left( {{\rm{SSH}}} \right) + s\left( {{\rm{Chla}}} \right) + \varepsilon \\ {\rm{log}}\left( {{\rm{CPUE}} + 1} \right)\sim s\left( {{t_{300}}} \right) + s\left( {{\rm{SSS}}} \right) + s\left( {{\rm{MLD}}} \right) + s\left( {{U_{{\rm{wnd}}}}} \right) + \\s\left( {{V_{{\rm{wnd}}}}} \right) + s\left( {{\rm{SSH}}} \right) + s\left( {{\rm{Chla}}} \right) + \varepsilon \end{array} $$ 式中为了防止零值出现，采用CPUE加上1再进行对数化处理，s为自然立方样条平滑 (Natural cube spline smoother)，ε为误差项。
结果显示，各模型的总偏差解释率介于30%~40% (表3)。各环境因子的平均可解释偏差大小依次为t120 (19.7%)、SST (18.5%)、t300 (12.5%)、t120 (12.3%)、SSH (7.0%)、s300 (4.9%)、SSS (3.3%)、MLD (2.4%)、Vwnd (2.4%)、Uwnd (1.8%)、Chla (0.8%)。
表 3 GAM模型拟合结果的偏差分析Table 3. Analysis of deviance for generalized additive models (GAM)分组
Group累加影响因子
Cumulative of influencing factorsP 决定系数
R2累计解释偏差
Cumulative of deviance explained可解释偏差
Deviance explainedAIC值
AIC value第一组 Group 1 +SST <2×10−16*** 0.185 18.5% 18.5% 24 376.49 +t300 <2×10−16*** 0.297 29.9% 11.4% 23 222.20 +SSS <2×10−16*** 0.306 30.8% 0.9% 23 136.20 +Vwnd <2×10−16*** 0.326 32.9% 2.1% 22 908.96 +Chla <2×10−16*** 0.341 34.3% 1.4% 22 746.25 第二组 Group 2 +t120 <2×10−16*** 0.196 19.7% 19.7% 24 265.62 +SSS <2×10−16*** 0.215 21.6% 1.9% 24 087.74 +s300 <2×10−16*** 0.263 26.5% 4.9% 23 599.79 +MLD <2×10−16*** 0.282 28.5% 2.0% 23 410.19 +Vwnd <2×10−16*** 0.295 29.8% 1.3% 23 276.47 +Chla <2×10−16*** 0.307 31% 1.2% 23 147.81 第三组 Group 3 +t300 <2×10−16*** 0.13 13.1% 13.1% 24 881.85 +SSS <2×10−16*** 0.18 18.2% 5.1% 24 428.97 +s120 <2×10−16*** 0.303 30.5% 12.3% 23 165.18 +MLD <2×10−16*** 0.319 32.1% 1.6% 23 000.88 +Vwnd <2×10−16*** 0.337 34% 1.9% 22 795.21 +SSH <2×10−16*** 0.393 39.6% 5.6% 22 110.88 +Chla 0.002 75** 0.394 39.8% 0.2% 22 100.98 第四组 Group 4 +t300 <2×10−16*** 0.13 13.1% 13.1% 24 881.85 +SSS 4.89×10-8*** 0.18 18.2% 5.1% 24 428.97 +MLD <2×10−16*** 0.214 21.7% 3.5% 24 105.96 +Uwnd 0.030 1* 0.231 23.4% 1.7% 23 942.02 +Vwnd <2×10−16*** 0.267 27.1% 3.7% 23 574.18 +SSH <2×10−16*** 0.352 35.5% 8.4% 22 626.40 +Chla 2.51×10−15*** 0.356 36% 0.5% 22 571.78 2.3 各因子对CPUE的影响和关系
GAM模型分析发现，SST、t120、t300、s120是对CPUE影响较大的环境变量 (表3)。SST与CPUE介于15~30 ℃整体呈现负相关，其中介于25~28 ℃显示正相关 (图2-a)。t120与SST的趋势一致，呈负效应关系，其中介于18~23 ℃保持平稳状态 (图2-b)。t300在10 ℃之前置信区间较大且数据量较小故不予讨论，在10 ℃之后呈现出明显的正相关 (图2-c)。s120与CPUE以35.5为中心总体呈开口向上的抛物线，在36.4之后呈负相关 (图2-e)。
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图 2 不同环境因子对南太平洋延绳钓渔业长鳍金枪鱼单位捕捞努力渔获量的影响Figure 2. Effects of different environmental factors on CPUE of longline fishery of T. alalunga in South Pacific对CPUE影响比较小的几个环境因子分别为SSS、s300、MLD、Uwnd、Vwnd、SSH、Chla。各模型得出的SSS对CPUE的影响略有差异，总体与CPUE保持平稳状态 (图2-d)。s300与CPUE以34.8为中心呈开口向上的抛物线 (图2-f)，在35.0之后基本保持平稳。MLD与CPUE总体保持稳定 (图2-g)，呈现轻微的正效应关系。Uwnd与CPUE基本保持平稳 (图2-h)。Vwnd与CPUE总体上呈现正效应关系 (图2-i)，其中在−1~3 m·s−1保持平稳。Chla与CPUE整体上呈现轻微的负相关 (图2-j)。SSH与CPUE总体上呈负效应关系 (图2-k)，在0.5 m之后这种负效应明显放缓。
在参与2个及以上模型的环境因子中，MLD、Vwnd、Chla在较小的置信区间内总体趋势相似，与CPUE基本保持平稳状态，t300、SSH对CPUE的影响较大，但依然表现出了较高的拟合度。SSS在对CPUE的影响略有差异，介于35.2~35.0拟合较好。
3. 讨论
3.1 环境因子的多重共线性
目前通过GAM模型分析环境因子与渔场的关系时通常会加入时空因子。然而时空因子的加入可能会影响环境因子与渔场关系的判断，如海表温度分布与纬度存在相关性，海表温度从低纬度向高纬度递减，纬度因素的加入会影响海表温度与渔场真实关系的推断。因此时空因子的加入对渔场与环境因子的关系分析可能会造成误判。
除了时空因子与环境因子的相互影响外，环境因子之间也存在不可避免的自相关和多重共线性问题[16]。长鳍金枪鱼的渔场分布与各环境因子显著相关，是各个环境因子综合作用的结果，而环境因子间的高度相关性又会掩盖单个环境因子与渔场分布的真实关系。本研究发现，海表温度除了与混合层深度、海表风场、海表面高度等海表面环境因素有较大的相关性外，与各水层的温度、盐度也具有较大的相关性，因此在构建模型探讨海表温度与长鳍金枪鱼渔场的关系前，需要进行环境因子的相关性分析，通过排除相关系数较大的环境因子，降低这种多重共线性的负面影响[17]。
在建模过程中为避免同一模型内环境因子之间的多重共线性，同时又要确保放入尽量多的环境因子，本研究将环境因子分为4组分别建立GAM模型。由于每组模型选择的环境因子不同，得出的总解释偏差也有所差异。而在参与多个模型的环境因子中，t300、MLD、Vwnd、Chla、SSH的总体趋势相似 (图2)，验证了这种分组建模方式分析环境因子与渔场分布具有较高的可信度。海表面的盐度略有差异，可能是由于其与120 m水深盐度、混合层深度、海表面高度均呈中等程度相关，不同的环境因子的选择影响了海表盐度与CPUE的关系。
3.2 CPUE与环境因子的关系
作为影响海洋鱼类活动最重要的环境因子之一，温度的变化对鱼类的分布、洄游和集群等会造成直接或者间接的影响[18]，在进行长鳍金枪鱼时空分布与主要环境因子的关系研究时，一般都会选用SST作为环境因子[19-20]。海表温度对南太平洋长鳍金枪鱼的分布有显著影响，由GAM模型结果可以发现，长鳍金枪鱼的主要作业渔区出现在SST介于20~30 ℃的海域 (图2-a)，这与樊伟等[21]的南太平洋长鳍金枪鱼产量高密度区呈双峰型，出现在20 ℃和29 ℃海域的研究结果一致。同时发现，SST与CPUE总体上呈现负相关，在25 ℃之前随温度的升高CPUE逐渐降低，在25 ℃之后略有回升。说明相对低温海域的作业频率较低但CPUE较高，可以探寻相对低温海域的长鳍金枪鱼渔区并进行开发。
延绳钓渔船通常以长鳍金枪鱼成鱼为目标鱼种，主要在0~400 m深度设钩。水温垂直结构在长鳍金枪鱼渔场的形成过程中有直接影响[22]。研究结果显示，120~300 m水层，温度显著影响长鳍金枪鱼的产量，这可能是因为该水层是水温急剧下降的温跃层，温度和密度变化大，溶解氧含量高，饵料资源丰富。Hoyle等[23]发现，东南太平洋长鳍金枪鱼主要栖息于170~220 m水层，中西太平洋为150~300 m，与本文研究结果相似。Williams等[24]在汤加附近海域发现，长鳍金枪鱼高渔获率水深一般为200~300 m，与本文研究结果有一定差异，这可能是缘于研究海域不同。
海表面盐度对于长鳍金枪鱼渔获量的影响较小，这与范永超等[25]、蒋汉凌[26]的研究结果一致。本研究还发现，s120对长鳍金枪鱼渔获量有显著影响。这说明海表面盐度影响较小可能是因为其主要通过影响溶解气体、海流等其他海表面环境因素从而对长鳍金枪鱼CPUE间接造成影响，而各水深盐度是影响长鳍金枪鱼CPUE的一个重要因素，在以后的研究中不可忽略。120~300 m温度和盐度显著影响长鳍金枪鱼CPUE的分布，这也验证了本研究长鳍金枪鱼主要栖息于120~300 m水层的结果。
海面高度主要与水团、水系、海流、潮汐、中尺度涡等海洋动力信息有关。随着海面高度的增加，表层水团进行辐散或汇合[27]，底层水上升进行补充，海水底层营养盐上升对表层营养盐进行补充，使海水表层初级生产力增加，浮游生物密度增加，长鳍金枪鱼资源量增加。本研究中，SSH与长鳍金枪鱼CPUE呈现负效应，可能是由于处于上升流的中心区域，营养盐浓度高，初级生产力高，浮游生物密度高，导致水体中氧气的大量消耗。
混合层深度会对栖息于混合层的长鳍金枪鱼造成垂直分布的限制[28]。本研究中混合层深度与CPUE呈现出轻微的正效应。以往的研究中，可能由于存在与混合层深度有较大相关性的环境因素，导致混合层深度与CPUE的关系并不明显，这与本文结果略有不同，未来可作进一步探究。
从食物链的角度看，叶绿素a浓度通常表征以浮游植物为食的浮游动物量，间接影响渔场分布[29]。以往的研究中，叶绿素a浓度通常是影响南太平洋长鳍金枪鱼CPUE的重要原因，而本研究中仅呈现出轻微的负相关，这可能是由于在叶绿素a浓度升高、浮游植物生物量增大、长鳍金枪鱼聚集增加的过程中存在时间延迟现象[30]。
国内外学者在长鳍金枪鱼CPUE与环境因子关系的研究中多使用海表面温度、海表面高度、叶绿素a浓度等，除此之外，海面风场也是影响鱼类活动的一个重要因子。
本研究表明，Uwnd与CPUE总体保持稳定，Vwnd与CPUE呈现正效应，其中在−2~4 m·s−1保持平稳状态。海面风场对长鳍金枪鱼CPUE的影响显著，总体呈正相关关系，可能是由于较大的风速导致海水的湍流混合加大、水柱混合加深以及海水浑浊度增加[31-32]，使海域营养盐增加、生产力提高，因此形成了良好的渔场，也有可能是这种混合造成海域适宜的水温对长鳍金枪鱼资源有促进作用。
由于本文仅有3年 (2015—2017年)的渔捞日志数据，对环境关系的研究存在一些制约，未来将选择更长时间尺度的渔业数据并结合溶解气体、水系和海流、潮汐和潮流、气象因素等其他影响鱼类行为的环境因子作进一步研究。
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图 1 花鲈b2m的核酸和氨基酸序列
起始密码子 (ATG) 和终止密码子 (TAA) 用阴影覆盖；预测的信号肽用黑色单下划线标示；预测的Igc1结构域用红色双下划线标示；红色框标记为酪氨酸磷酸化位点；黑色框标记为苏氨酸磷酸化位点
Figure 1. Nucleotide and deduced amino acid sequence from b2m gene of L. maculatus
Translation start (ATG) and stop (TAA) codens are shaded. The predicted signal peptide is marked with a single black underline. The predicted Igc1 domain is marked with a red double underscore. The red box is the tyrosine phosphorylation site. The black box is the threonine phosphorylation site.
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图 2 花鲈B2m与其他物种B2m的氨基酸序列比对
双向箭头标注为信号肽；红色三角形区间标注为免疫球蛋白样结构域Igc1；*表示高度保守的半胱氨酸位点；黑色表示此位点氨基酸完全一致；深灰色和浅灰色表示此位点氨基酸相似度由75%到50%
Figure 2. Multiple alignment of B2m amino acid sequences from L. maculatus and other species
Two-way arrows are labeled as signal peptides; the red triangle region is marked as Igc1; *. A highly conserved cysteine site; Black. The identical amino acids; dark gray, light gray. The similarities change form 75% to 50%.
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图 3 依B2m氨基酸序列构建的系统进化树
系统发育进化树由MEGA X软件以最大似然法构建
Figure 3. Phylogenetic tree of B2m from various species
Phylogenetic trees are constructed with the maximum likelihood method by MEGA X software.
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图 4 花鲈B2m二级和三级结构预测
A. 花鲈B2m二级结构，粉色：α螺旋, 黄色：β折叠，灰色：无规则卷曲结构；B. 花鲈B2m三级结构卡通模型；C. 花鲈B2m三级结构空间立体球模型
Figure 4. Prediction of secondary structure and tertiary structure of L. maculatus B2m
A. Secondary structure of B2m from L. maculatus; pink. α-helix; yellow. β-sheet; gray. Coils; B. Cartoon model of tertiary structure B2m from L. maculatus; C. Spacefill model of tertiary structure of B2m from L. maculatus
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图 5 花鲈和齿舌鲈的b2m基因结构比较
Figure 5. Comparison of b2m gene structure between L. maculatus and D. labrax
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图 6 智人、珍珠鸟、红原鸡、抹香鲸、斑马鱼、半滑舌鳎和花鲈中b2m基因的共线性分析图
Figure 6. Synteny diagram of b2m gene loci in H. sapiens, T. guttata, G. gallus, P. catodon, D. rerio, C. semilaevis and L. maculatus
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图 7 花鲈b2m的组织表达模式
Figure 7. Expression level of L. maculatus b2m mRNA in different tissues
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图 8 腹腔注射LPS、Poly (I:C)、Edw对花鲈b2m表达调控的影响
通过比较处理组 [腹腔注射LPS、Poly (I:C)、Edw] 和对照组的b2m基因表达水平，计算基因表达的倍数变化；数据以“平均值±标准差” (n=3) 表示；*. 显著性相关 (P<0.05)；**. 极显著性相关 (P<0.01)
Figure 8. Effect of intraperitoneal injection with LPS, Poly (I:C) and Edw on regulation of b2m expression in L.maculatus
Fold change of gene expression was calculated by comparing the level of LPS, Poly (I:C) and Edw groups with that of control group. The data are presented as "$\overline X \pm {\rm{SD}} $" (n=3); *. Significant at 0.05 level (P<0.05); **. Very significant at 0.01 level (P<0.01)
表 1 实验中用到的引物
Table 1 Primers used in this experiment
引物名称
Primer name引物序列 (5'–3')
Primer sequence用途
Purposeb2m-F CATGAAGATGTTTGTCTGCGCA 中间片段克隆 b2m-R GAGAACTGGCACTACCACCT 中间片段克隆 b2m-5'R1 AGTGTTCGACAAGCCCAACAC 5'RACE-PCR b2m-5'R2 TCTGCTCTGCCTCCTGGCGCTTT 5'RACE-PCR b2m-3'F1 AGGAGGACTGGCACTACCACCT 3'RACE-PCR b2m-3'F2 ATGGAGAGTTAATACCTGAAGCC 3'RACE-PCR b2m-CF AGAGCGACTGAAGGTGAAG 序列验证 b2m-CR GGTGTACATTTGGAGATAAATGG 序列验证 b2m-qF TCGACAAGCCCAACACCT qPCR b2m-qR CAAAGGAGACGACTACGCCT qPCR EF1α-qF ATCTCTGGATGGCACG GAGA qPCR EF1α-qR CAGTGTGGTTCCGCTA GCAT qPCR 
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表 2 用于序列比对和系统进化树构建所用物种的信息
Table 2 Information of species used for sequence alignment and construction of phylogenetic tree
物种
Species氨基酸数量
Number of amino acids相似度
Similarity/%登录号
Accession No.鲤 C. carpio 116 47.20 Q03422.1 犀角金线鲃 S. rhinocerous 116 48.00 XP_016430127.1 齐口裂腹鱼 S. prenanti 116 49.60 QEE82339.1 斑马鱼 D. rerio 116 45.60 Q04475.1 斑点叉尾鮰 I. punctatus 116 50.40 O42197.1 青鳉 O. latipes 116 44.80 Q90ZJ6 鮸 M. miiuy 116 48.00 ADV36787.1 白斑狗鱼 E. lucius 116 44.80 ACO14540.1 大西洋鲑 S. salar 116 50.40 AAG17537.1 虹鳟 O. mykiss 116 52.00 AAB04663.1 玻璃梭鲈 S. vitreus 116 49.60 AAW65850.1 欧洲齿舌鲈 D. labrax 116 48.80 CBJ56267.1 半滑舌鳎 C. semilaevis 118 48.00 ACR38919.1 大黄鱼 L. crocea 118 63.20 XP_010753212.1 智人 H. sapiens 119 38.40 NP _004039.1 草原田鼠 M. ochrogaster 119 36.80 XP_005364420.1
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[1] 温海深, 张美昭, 李吉方, 等. 我国花鲈养殖产业现状与种子工程研究进展[J]. 渔业信息与战略, 2016, 31(2): 105-111. [2] 李富祥, 王鹏飞, 闫路路, 等. 花鲈irak4基因cDNA的克隆与表达分析[J]. 南方水产科学, 2018, 14(5): 72-81. [3] 周光炎. 免疫学原理[M]. 3版. 北京: 科学出版社, 2013: 128-135. [4] SOLDANO F, FRANCESCO M M. Loss of HLA class I antigens by melanoma cells: molecular mechanisms, functional significance and clinical relevance[J]. Immunol Today, 1995, 16(10): 487-494. doi: 10.1016/0167-5699(95)80033-6
[5] 郝慧芳. 草鱼MHCⅠ和β2m基因组与二级结构及其单链复合体鉴定病毒表位的研究[D]. 北京: 中国农业大学, 2006: 101-102. [6] MATS L L, PAULINA A, TRUDI H, et al. Characterization of beta2-microglobulin in a primitive fish, the Siberian sturgeon (Acipenser baeri)[J]. Immunogenetics, 1999, 50(1/2): 79-83.
[7] CHRISTIE D, WEI G, FUJIKI K, et al. Cloning and characterization of a cDNA encoding walleye (Sander vitreum) beta-2 microglobulin[J]. Fish Shellfish Immunol, 2007, 22(6): 727-733. doi: 10.1016/j.fsi.2006.08.009
[8] HAO H F, YANG T Y, YAN R Q, et al. cDNA cloning and genomic structure of grass carp (Ctenophayngodon idellus) beta2-microglobulin gene[J]. Fish Shellfish Immunol, 2006, 20(1): 118-123. doi: 10.1016/j.fsi.2005.04.003
[9] CRISCITIELLO M F, BENEDETTO R, ANTAO A, et al. Beta 2-microglobulin of ictalurid catfishes[J]. Immunogenetics, 1998, 48(5): 339-343. doi: 10.1007/s002510050441
[10] XU T J, SHA Z X, CHEN S L. Unexpected variations of β2-microglobulin gene in the half-smooth tongue sole[J]. Fish Shellfish Immunol, 2010, 28(1): 212-215. doi: 10.1016/j.fsi.2009.09.015
[11] CHEN H, KSHIRSAGAR S, JENSEN I, et al. Characterization of arrangement and expression of the beta-2 microglobulin locus in the sandbar and nurse shark[J]. Dev Comp Immunol, 2010, 34(2): 189-195. doi: 10.1016/j.dci.2009.09.008
[12] PINTO R D, RANDELLI E, BUONOCORE F, et al. Molecular cloning and characterization of sea bass (Dicentrarchus labrax, L.) MHC class I heavy chain and β2-microglobulin[J]. Dev Comp Immunol, 2013, 39(3): 234-254. doi: 10.1016/j.dci.2012.10.002
[13] CHOI W, LEE E Y, CHOI T J. Cloning and sequence analysis of the beta2-microglobulin transcript from flounder, Paralichthys olivaceous[J]. Mol Immunol, 2006, 43(10): 1565-1572. doi: 10.1016/j.molimm.2005.09.021
[14] ONO H, FIGUEROA F, O'HUIGIN C, et al. Cloning of the β2-microglobulin gene in the zebrafish[J]. Immunogenetics, 1993, 38(1): 1-10. doi: 10.1007/BF00216384
[15] 余素红, 王玉桥, 陈新华. 大黄鱼β2-微球蛋白基因的克隆及其在大肠杆菌中的重组表达[J]. 应用海洋学学报, 2009, 28(1): 13-17. doi: 10.3969/j.issn.1000-8160.2009.01.003 [16] MOHD-PADIL H, TAJUL-ARIFIN K, MOHD-ADNAN A. Characterization of the functional domain of β2-microglobulin from the Asian seabass, Lates calcarifer[J]. PLoS One, 2010, 5(10): 1-7.
[17] 张栋, 高风英, 卢迈新, 等. 尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析[J]. 水生生物学报, 2018, 42(5): 903-912. doi: 10.7541/2018.111 [18] DIXON B, STET R J, ERP S H V, et al. Characterization of beta 2-microglobulin transcripts from two teleost species[J]. Immunogenetics, 1993, 38(1): 27-34. doi: 10.1007/BF00216387
[19] NARUSE K, FUKAMACHI S, MITANI H, et al. A detailed linkage map of Medaka, Oryzias latipes: comparative genomics and genome evolution[J]. Genetics, 2000, 154(4): 1773-1784.
[20] SUN Y N, SU X R, XU T J, et al. Genomic characterization and sequence diversity of the β2-microglobulin gene in the Miiuy croaker, Miichthys miiuy[J]. Genet Mol Res, 2015, 14(3): 10249-10257. doi: 10.4238/2015.August.28.9
[21] KONDO H, DARAWIROJ D, GUNG Y T A, et al. Identification of two distinct types of beta-2 microglobulin in marine fish, Pagrus major and Seriola quinqueradiata[J]. Vet Immunol Immunop, 2009, 134(3/4): 284-288.
[22] SHUM B P, AZUMI K, ZHANG S, et al. Unexpected β 2-microglobulin sequence diversity in individual rainbow trout[J]. P Natl Acad Sci USA, 1996, 93(7): 2779-2784. doi: 10.1073/pnas.93.7.2779
[23] 吴平, 高谦, 刘德立, 等. 鲤tyk2基因的克隆鉴定及组织表达分析[J]. 水生生物学报, 2015, 39(1): 229-233. doi: 10.7541/2015.30 [24] STEWART R, OHTA Y, MINTER R R, et al. Cloning and characterization of Xenopus β2-microglobulin[J]. Dev Comp Immunol, 2005, 29(8): 723-732. doi: 10.1016/j.dci.2004.12.004
[25] KOZLOWSKI S, TAKESHITA T, BOEHNCKE W H, et al. Excess β2-microglobulin promoting functional peptide association with purified soluble class I MHC molecules[J]. Nature, 1991, 349(6304): 74-77. doi: 10.1038/349074a0
[26] OTTEN G R, BIKOFF E K, RIBAUDO R K, et al. Peptide and β2-microglobulin regulation of cell surface MHC class I conformation and expression[J]. J Immunol, 1992, 148(12): 3723.
[27] SHIELDS M J, ASSEFI N, HODGSON W, et al. Characterization of the interactions between MHC class I subunits: a systematic approach for the engineering of higher affinity variants of β2-microglobulin[J]. J Immunol, 1998, 160(5): 2297.
[28] 何贤辉, 徐丽慧, 刘毅, 等. 人β2-微球蛋白基因克隆及其在大肠杆菌中的高效表达[J]. 生物工程学报, 2004, 20(1): 99-103. doi: 10.3321/j.issn:1000-3061.2004.01.020 [29] URIBE C, FOLCH H, ENRIQUEZ R, et al. Innate and adaptive immunity in teleost fish: a review[J]. Vet Med, 2011, 56(10): 486-503. doi: 10.17221/3294-VETMED
[30] 王树青, 鞠伟华, 周宣秀. 常见药物不良反应与救治 (西药分册) [M]. 北京: 军事医学科学出版社, 2013: 64. [31] 黄琪琰. 水产动物疾病学[M]. 上海: 上海科学技术出版社, 1993: 123. -
期刊类型引用(12)
1. 赵诣，袁红春. 基于多通道单回归的太平洋长鳍金枪鱼渔场预测模型与可解释性研究. 水生生物学报. 2025(03): 15-27 . 
百度学术
2. 杜艳玲，马玉玲，汪金涛，陈珂，林泓羽，陈刚. 基于ConvLSTM-CNN预测太平洋长鳍金枪鱼时空分布趋势. 海洋通报. 2024(02): 174-187 . 百度学术
3. 李东旭，邹晓荣，周淑婷. 中太平洋黄鳍金枪鱼CPUE时空分布及其与环境因子的关系. 南方水产科学. 2024(04): 68-76 . 本站查看
4. 丁鹏，邹晓荣，许回，丁淑仪，白思琦，张子辉. 基于BP神经网络的长鳍金枪鱼渔获量与气候因子关系研究. 海洋学报. 2024(09): 88-95 . 百度学术
5. 何露雪，付东洋，李忠炉，王焕，孙琰，刘贝，余果. 南海西北部蓝圆鲹时空分布及其与环境因子的关系. 渔业科学进展. 2023(01): 24-34 . 百度学术
6. 王志华，杨晓明，田思泉. 南太平洋长鳍金枪鱼资源不同尺度的空间格局特征. 南方水产科学. 2023(02): 31-41 . 本站查看
7. 韩霈武，王岩，方舟，陈新军. 北太平洋柔鱼不同群体耳石日增量对海洋环境的响应研究. 海洋学报. 2022(01): 101-112 . 百度学术
8. 宋利明，任士雨，洪依然，张天蛟，隋恒寿，李彬，张敏. 大西洋热带海域长鳍金枪鱼渔场预报模型的比较. 海洋与湖沼. 2022(02): 496-504 . 百度学术
9. 方伟，周胜杰，赵旺，杨蕊，胡静，于刚，马振华. 黄鳍金枪鱼5月龄幼鱼形态性状对体质量的相关性及通径分析. 南方水产科学. 2021(01): 52-58 . 本站查看
10. 周胜杰，杨蕊，于刚，吴洽儿，马振华. 青干金枪鱼和小头鲔循环水养殖生长研究. 水产科学. 2021(03): 339-346 . 百度学术
11. 宋利明，许回. 金枪鱼延绳钓渔获性能研究进展. 中国水产科学. 2021(07): 925-937 . 百度学术
12. 谢笑艳，汪金涛，陈新军，陈丕茂. 南印度洋长鳍金枪鱼渔获率与水深温度关系研究. 南方水产科学. 2021(05): 86-92 . 本站查看
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