南海区虾拖网网囊对刀额新对虾的选择性研究

杨炳忠; 杨吝; 谭永光; 晏磊; 张鹏; 李杰

doi:10.12131/20180197

南海区虾拖网网囊对刀额新对虾的选择性研究

中国水产科学研究院南海水产研究所，农业农村部外海渔业开发重点实验室，广东广州 510300

基金项目: 国家重点研发计划“海洋环境安全保障”专项 (2018YFC1407500、2018YFC1407505)；中国水产科学研究院基本科研业务费(2019CY0303)；农业部财政项目“渔具标准及管理制度完善” (2015—2018)；公益性行业 (农业) 科研专项经费项目 (201203018)

详细信息

作者简介:
杨炳忠(1984 —)，男，助理研究员，从事渔具渔法及选择性研究。E-mail: ybzaaa@163.com

中图分类号: S 972.13
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出版历程
- 收稿日期: 2018-09-05
- 修回日期: 2018-11-19
- 录用日期: 2018-12-16
- 网络出版日期: 2018-12-21
- 刊出日期: 2019-04-04

Size selectivity of codend mesh size of shrimp beam trawl for Metapenaeus ensis in South China Sea

Key Laboratory of Open-Sea Fishery Development, Ministry of Agriculture and Rural Affairs; South China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou 510300, China

摘要

摘要:
为了研究虾拖网网囊对刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的选择性，2014—2017年于南海海域使用套网法和裤网法对2组菱目网囊(D25和D30)和6组混目网囊(S35+D18、S25+D25、S30+D25、S35+D25、S35+D30和S35+D35)进行选择性试验。以SELECT模型为基础框架，以logsitic曲线为模型，使用极大似然估算法估算单网次和联合网次下网囊对刀额新对虾的选择性。结果表明，菱目网囊D25和D30对刀额新对虾的选择性很差，逃逸数量很少；套网法试验中，混目网囊S35+D18、S25+D25、S30+D25和S35+D25对刀额新对虾的平均50%选择体长(L₅₀)分别为51.52 mm、60.84 mm、63.21 mm和64.53 mm，平均选择范围(SR)分别为16.48 mm、14.31 mm、12.84 mm和9.75 mm；裤网法试验中，混目网囊S35+D25、S35+D30和S35+D35对刀额新对虾的平均L₅₀分别为75.43 mm、82.38 mm和95.39 mm，平均SR分别为6.93 mm、6.39 mm和20.44 mm，平均相对作业强度(p)分别为0.51、0.52和0.64。综合南海区刀额新对虾的首次性成熟体长(80 mm)和网囊选择性等多方面因素，认为S35+D30网囊的选择性较好，研究结果可为南海海域虾拖网的渔具管理和刀额新对虾资源的合理利用提供参考。
- 虾拖网 /
- 网囊 /
- 刀额新对虾 /
- 选择性
Abstract:
In order to investigate the size selectivity of codend of shrimp beam trawl for Metapenaeus ensis, with covered codend method and trouser trawl method, we carried out fishing experiments on two traditional diamond-mesh codends (D25 and D30), and six novel combined square-mesh and diamond-mesh codends (S35+D18, S25+D25, S30+D25, S35+D25, S35+D30 and S35+D35) in the South China Sea during 2014−2017. We used maximum likelihood method to estimate the selective parameters at haul by haul level and combined haul level with the logistic equation. The results indicate that the D25 and D30 codend were nearly nonselective for M. ensis. In experiments of covered codend method, the mean 50% retention lengths (L₅₀) of M. ensis for the S35+D18, S25+D25, S30+D25 and S35+D25 codends were 51.52 mm, 60.84 mm, 63.21 mm and 64.53 mm, respectively, and the mean selection ranges (SR) were 16.48 mm, 14.31 mm, 12.84 mm and 9.75 mm, respectively. In the experiments of trouser trawl method, the mean L₅₀s for the S35+D25, S35+D30 and S35+D35 were 75.43 mm, 82.38 mm and 95.39 mm, respectively, and the mean SRs were 6.93 mm, 6.39 mm and 20.44 mm, respectively, and the mean relative fishing intensities (p) were 0.51, 0.52 and 0.64, respectively. Considering the first mature length of M. ensis (80 mm) in the South China Sea as well as economical efficiency of fishing and selective properties of codends, it is suggested that the S35+D30 has the best selectivity. The results are benefit for the management of shrimp beam trawl and sustainable harvest of the fishery resources of M. ensis in the South China Sea.
- shrimp beam trawl /
- codend /
- Metapenaeus ensis /
- selectivity

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鱼类皮肤暴露于水环境中，其表面形成的黏膜层对宿主具有重要的物理、化学和生物屏障作用^[1]。当鱼体处于健康状态时，皮肤黏膜层微生物与宿主互利共生，维持相对稳定的动态平衡状态^[2]。环境胁迫、病原入侵等均会破坏鱼体皮肤黏膜层的微生物稳态，影响宿主健康^[3-4]。研究发现，感染了传染性造血器官坏死病毒 (Infectious hematopoietic necrosis virus, IHNV) 的虹鳟 (Oncorhynchus mykiss) 皮肤微生物中变形菌门丰度显著下降，而放线菌门的丰度显著升高^[5]。与健康大鲵 (Andrias davidianus) 相比，患溃疡病大鲵皮肤中的金黄杆菌属(Chryseobacterium)、伯克氏菌属 (Burkholderia) 和韩国丛毛单胞菌 (Comamonas koreensis) 的丰度显著升高^[6]。

中华鲟 (Acipenser sinensis) 是我国一级重点保护水生动物，被认为是长江水生动物保护的旗舰物种^[7]。近年来，中华鲟物种保护研究工作不断取得新突破，人工迁地保护规模日益扩大。然而，随着集约化养殖程度不断加深，中华鲟的病害问题也日趋增多。迄今为止，常见的细菌性病害包括细菌性烂鳃病、细菌性败血症、肠炎病、肿嘴病、腹水病、分枝杆菌病等^[8-10]。传统的细菌分离培养方法是目前中华鲟病害研究的主要手段^[11-12]。

花斑病是近年来中华鲟养殖过程中出现的一种新型疾病，该病以体表部分背骨板及周围皮肤褪色形成花斑为主要临床症状。中华鲟体表皮肤裸露，与水环境密切接触，寄生着复杂多样的微生物菌群。细菌培养法在处理皮肤等复杂样本时，大部分微生物难以进行分离纯化培养，具有一定的局限性。近十年来，高通量测序技术快速发展，能够全面解析微生物群落结构的种类和丰度，具有高效、全面、准确等特点，已逐渐应用于揭示人类疾病与微生物的互作关系^[13-14]。本研究以健康和患花斑病中华鲟幼鱼为研究对象，利用高通量测序技术比较分析了二者皮肤黏膜层的微生物菌群结构特征，探索用于监测中华鲟健康状况的菌群标志物，以期为中华鲟的健康养殖和疾病防控提供参考依据。

1.   材料与方法

1.1   样品采集

实验样品为中华鲟研究所2023年繁殖的子二代中华鲟，全长 (10.02±0.65) cm，体质量 (3.62±0.32) g。如图1所示，健康中华鲟体色均匀，体表皮肤光滑；患花斑病中华鲟部分背骨板及周围皮肤褪色形成花斑。在无菌条件下，对6尾健康和6尾自然患病的中华鲟皮肤进行取样，分别为健康中华鲟皮肤黏液组 (HM组) 和患病中华鲟皮肤黏液组 (DM组)。具体方法如下：用无菌水冲洗鱼体3遍，用无菌镊刮取背骨板及周围皮肤黏液0.5 g，分装置2 mL离心管中，液氮速冻后置于 –80 ℃冰箱保存备测。

图 1 健康和患病中华鲟的特征和病症

Figure 1. Features and symptoms of healthy and diseased A. sinensis

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1.2   DNA提取、PCR扩增和高通量测序

采用Fast DNA®Spin Kit for Soil (MP Biomedicals，美国) 试剂盒提取皮肤总DNA。提取到的DNA经1% (w)琼脂糖凝胶电泳检测其合格性。使用338F (5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3') 和806R (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3') 通用引物对16S rRNA基因的V3—V4变异区进行PCR扩增。PCR反应程序为：95 ℃ 3 min；95 ℃ 30 s；53 ℃ 30 s，72 ℃ 45 s，29个循环；72 ℃ 10 min。PCR产物经回收、纯化等处理后，通过上海美吉生物医药科技有限公司Illumina Miseq PE300平台进行高通量测序。

1.3   数据处理和生物信息学分析

在美吉生物云平台完成数据处理及生物信息学分析工作。测序获得的原始数据使用fastp (Version 0.19.6) 和Fasth (Version 1.2.11) 进行质控和拼接，再采用Uparse (Version 11) 软件进行处理，根据97%的相似度对序列进行OTU聚类。采用PDR Classifier (Version 2.13) 软件对每条序列进行物种注释分类，基于Silva (Version 138) 数据库进行比对注释。按照最小样本序列数对数据抽平处理后，利用R语言 (Version 3.3.1) 工具制作韦恩图、群落柱形图和PCoA图；采用Mothur (Version 1.30.2) 软件计算α多样性；通过Wilcoxon秩和检验开展健康和患病中华鲟皮肤黏膜层优势菌属的差异分析。

2.   结果

2.1   物种组成分析

12个中华鲟皮肤样品经高通量测序和序列优化后，共获得675 884条高质量序列，序列的平均长度为424 bp。所有样品的覆盖率均超过99.5%，表明其测序深度能够全面反映出各样品的细菌菌群结构。韦恩图 (图2) 显示，健康和患病中华鲟皮肤黏膜层共有OTUs数量为453个，健康中华鲟皮肤黏膜层特有OTUs数量为1 823个，患病中华鲟皮肤黏膜层特有OTUs数量为126个。二者间的OTUs数量相差较大，健康中华鲟皮肤黏膜层总OTUs数量为2 276个，患病中华鲟皮肤黏膜层总OTUs数量为579个，相比健康中华鲟减少了1 697个(74.56%)。

图 2 健康和患病中华鲟皮肤黏膜层OTUs数量分布韦恩图

Figure 2. Venn diagram of quantity distribution of OTUs among skin mucosa from healthy and diseased A. sinensis

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在门水平上 (图3-a)，健康中华鲟皮肤黏膜层的优势菌门为厚壁菌门 (45.26%)、变形菌门 (31.65%)和拟杆菌门 (15.02%)。患病中华鲟皮肤黏膜层的优势菌门转变为拟杆菌门和变形菌门，尤其是拟杆菌门的丰度由15.02%升至78.83%，成为第一优势菌门。

图 3 健康和患病中华鲟皮肤黏膜层微生物结构组成分析

Figure 3. Dominant species of bacteria in skin mucosa from healthy and diseased A. sinensis

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在属水平上 (图3-b)，健康中华鲟皮肤黏膜层优势菌属为乳杆菌属 (Lactobacillus, 26.73%)、不动杆菌属 (Acinetobacter, 19.64%)、norank_f_Muribaculaceae (6.23%)、明串珠菌属 (Leuconostoc, 5.92%) 和假单胞菌属 (Pseudomonas, 2.84%)，其他各菌属不足2%。患病中华鲟皮肤黏膜层优势菌属为黄杆菌属 (Flavobacterium, 78.38%) 和不动杆菌属 (17.62%)，其他菌属不足2%。不动杆菌属是健康和患病中华鲟皮肤中的共同优势菌属。除不动杆菌属外，二者间的其他优势菌属均不同，患病中华鲟皮肤黏膜层的优势菌属种类明显少于健康中华鲟，且黄杆菌属高度富集，相对丰度由0.99%升至78.38%。

2.2   多样性分析

选取α多样性指数比较健康和患病中华鲟皮肤微生物的物种丰富度和多样性。Chao指数和Ace指数均显示，患病中华鲟皮肤黏膜层微生物物种丰富度显著低于健康中华鲟 (p<0.001，图4-a—4-b)。Shannon指数和Simpson指数均显示，患病中华鲟皮肤黏膜层微生物物种多样性均显著低于健康中华鲟 (p<0.001，图4-c—4-d)。由PCoA图 (图5) 可见，健康中华鲟皮肤中的全部样品落在第二和第四象限并形成一个组群，而患病中华鲟皮肤中的全部样品均落在第一和第三象限并形成另外一个组群，表明两者间的菌群结构具有明显差异。

图 4 健康和患病中华鲟皮肤黏膜层微生物α多样性分析

注：*. p<0.05；**. p<0.01；***. p<0.001。

Figure 4. Alpha diversity analysis of skin mucosa from healthy and diseased A. sinensis

Note: *. p<0.05; **. p<0.01; ***. p<0.001.

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图 5 健康和患病中华鲟皮肤黏膜层微生物PCoA图

Figure 5. PCoA of skin mucosa from healthy and diseased A. sinensis

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2.3   差异性分析

为进一步解析健康和患病中华鲟皮肤在属水平微生物群落结构上的差异性，对2组样品采用Wilcoxon秩和检验进行优势菌属的显著性差异分析。结果显示，与健康中华鲟皮肤相比，患病中华鲟皮肤黄杆菌属显著升高 (图6-a，p<0.01)，不动杆菌属无显著性差异 (图6-b，p>0.05)，乳杆菌属 (图6-c)、norank_f_Muribaculaceae(图6-d)、明串珠菌属 (图6-e)、假单胞菌属 (图6-f)、戴尔福特菌属(Delftia，图6-g)、Lachnospiraceae_NK4A136_group (图6-h)、普雷沃氏菌属 (Prevotella，图6-i) 显著下降 (p<0.01)。黄杆菌属在患病中华鲟皮肤中丰度较高，乳杆菌属、norank_f_Muribaculaceae、明串珠菌属、假单胞菌属在健康组丰度较高，以上5种菌属可能是反映中华鲟健康状态的敏感菌群。

图 6 健康和患病中华鲟皮肤黏膜层微生物优势菌属差异分析

注：*. p<0.05；**. p<0.01；***. p<0.001。

Figure 6. Differentinal dominant bacterium community of skin mucosa from healthy and diseased A. sinensis

Note: *. p<0.05; **. p<0.01; ***. p<0.001.

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3.   讨论

3.1   花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群物种组成及丰度的影响

已有研究发现健康状态可以影响鱼类皮肤黏膜层微生物菌群结构的变化^[15]。许峻旗等^[6]发现大鲵在感染溃疡病后，拟杆菌门和变形菌门显著升高 (p<0.05)，而厚壁菌门和放线菌门显著降低 (p<0.05)。张雪萍等^[16]采用高通量测序技术对患烂皮病棘胸蛙 (Quasipaa spinosa) 的健康和溃烂皮肤样本进行比较研究，结果显示其健康皮肤的优势菌门为蓝细菌门/叶绿体、变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门，而溃烂皮肤的优势菌门为变形菌门。本研究结果与上述研究相似，健康中华鲟皮肤黏膜层优势菌门以厚壁菌门 (45.26%)、变形菌门 (31.65%) 和拟杆菌门 (15.02%) 为主，而患病中华鲟皮肤黏膜层优势菌门则以拟杆菌门 (78.83%) 和变形菌门 (20.28%) 为主，厚壁菌门退出优势菌门，相对丰度不足1%。厚壁菌门可以促进皮肤发酵产生活性物质，同时还可以维持皮肤表面酸性环境，帮助宿主抑制病原体的入侵^[17-18]。拟杆菌门包括拟杆菌纲、黄杆菌纲和鞘脂杆菌纲等，其中黄杆菌纲中含有多种条件致病菌。因此，推测患病中华鲟皮肤黏膜层厚壁菌门的大幅减少和拟杆菌门的高度富集与中华鲟的感染发病密切相关。

进一步细化至属水平，对健康和患病中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群组成进行对比分析，发现花斑病导致中华鲟皮肤黏膜层优势菌属减少，优势菌属由5种降至2种。在患病中华鲟皮肤中，相对丰度最高的是黄杆菌属，占比超78%。黄杆菌属隶属于拟杆菌门、黄杆菌纲、黄杆菌目、黄杆菌科，地理分布广泛，为条件致病菌，宿主种类繁多，可感染虹鳟^[19]、大西洋鲑 (Salmo salar)^[20]、西伯利亚鲟 (A. baerii)^[21]、罗非鱼^[22]等多种水生动物。有研究发现，黄杆菌属感染后的主要临床症状表现为鳃丝腐烂、体表溃疡、皮肤褪色^[23-24]，这与本研究中的患病中华鲟临床症状具有相似之处。综上，拟杆菌门中的黄杆菌属高度富集表明中华鲟皮肤黏膜层的微生物稳态被破坏，黄杆菌属可能是花斑病引起中华鲟皮肤黏膜层菌群改变的特征菌属。

3.2   花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群多样性的影响

微生物多样性在维持宿主生态功能和健康状态方面具有重要作用，多样性高意味着宿主具有更强的抗性，多样性下降可直接增加宿主患病的风险^[25-26]。张雪晨^[27]比较分析了健康和感染虾肝肠孢虫 (Enterocytozoon hepatopenaei) 凡纳滨对虾 (Litopenaeus vannamei) 肠道微生物群落的变化，结果显示患病对虾肠道微生物多样性显著低于健康对虾。Wang等^[28]利用高通量测序方法研究了健康和患病大西洋鲑肠道菌群的结构特征，发现健康鱼肠道细菌多样性明显高于患病鱼。本研究也得到了相似结果，与健康中华鲟相比，患病中华鲟皮肤黏膜层微生物多样性和丰富度均显著下降 (p<0.001)。此外，本研究还发现在多样性和丰富度显著降低的同时，微生物群落结构呈简单化；健康中华鲟皮肤黏膜层总OTUs数量和特有OTUs数量分别为2 276和1 823个，而患病中华鲟则分别减少至579和126个；这提示微生物多样性和群落结构可间接反映鱼体的健康状态。

3.3   中华鲟健康状态菌群标志物的筛选

通过对健康和患病中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群优势菌属进行差异性显著分析，获得5种反映中华鲟健康状态的敏感菌属。其中黄杆菌属在患病中华鲟皮肤中高度富集，而乳杆菌属、norank_f_Muribaculaceae、明串珠菌属、假单胞菌属等4种菌属在健康中华鲟皮肤中具有较高的丰度。黄杆菌属在自然界中广泛存在，是细菌性冷水病^[29]、柱形病^[30]等疾病的主要致病菌。根据黄杆菌属的富集状态，结合其临床意义；本研究筛选出黄杆菌属作为监测中华鲟花斑病病原的菌群标志物，其相对丰度升高提示鱼体患花斑病风险增加。在实际养殖过程中，可以通过定期检测体表皮肤菌群标志物的丰度来评估中华鲟的健康状态。随着中华鲟集约化养殖程度的不断提高，疾病问题也日趋增多。在面对新型疾病，特别是在病原体难培养或不可培养的情况下，采用高通量测序技术能有效发现病原体线索，有助于深入开展系统性研究。

4.   结论

本研究基于高通量测序技术对健康和患花斑病中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群进行比较分析。结果表明，与健康中华鲟相比，花斑病破坏了中华鲟皮肤黏膜层正常的微生态稳态结构，优势菌群由乳杆菌属、不动杆菌属等转变为黄杆菌属，因此黄杆菌属可以作为监测中华鲟花斑病病原的菌群标志物，其相对丰度的高低可用以评估中华鲟的患病风险。

图 1 套网法网囊选择性试验渔具网衣展开图

Figure 1. Schematic diagram of trawl and tested codends with covered codend method

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图 2 裤网法网囊选择性试验渔具网衣展开图

Figure 2. Schematic diagram of trawl and tested codends with trouser trawl method

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图 3 套网法选择性试验各网囊捕捞刀额新对虾的体长分布

Figure 3. Length distribution of M. ensis caught by each codend with covered codend method

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图 4 裤网法选择性试验各网囊捕捞刀额新对虾的体长分布

Figure 4. Length distribution of M. ensis caught by each codend with trouser trawl method

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图 5 套网法混目网囊对刀额新对虾的平均选择性曲线

Figure 5. Mean selective curves of tested codends for M. ensis with covered codend method

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图 6 裤网法混目网囊对刀额新对虾的平均选择性曲线

Figure 6. Mean selective curves of tested codends for M. ensis with trouser trawl method

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表 1 网囊选择性试验基本信息

Table 1 Basic information of tested codends

航次 trial	时间 time	网囊 codend	试验渔船 vessel	方法 method	网目内径/mm mesh opening	网囊规格 (圆周×纵向) codend specification (circumferernce×vertical)	有效网次 valid haul
1	2014.08	D25	粤阳东渔 12057YYDY12057	套网法 covered	21.10±0.93	58×60	6
1	2014.08	D30	粤阳东渔 12057YYDY12507	套网法 covered	26.64±0.73	48×50	8
2	2015.08	S35+D18	粤阳东渔 12081YYDY12081	套网法 covered	S: 32.70±0.63 D: 15.07±0.36	S: 29×43，D: 80×42	8
3	2016.08	S25+D25	粤阳东渔 12081YYDY12081	套网法 covered	S: 21.80±0.42 D: 21.80±0.42	S: 40×60，D: 58×30	11
3	2016.08	S30+D25	粤阳东渔 12081YYDY12081	套网法 covered	S: 27.14±0.45 D: 21.80±0.42	S: 35×50，D: 58×30	12
3	2016.08	S35+D25	粤阳东渔 12081YYDY12081	套网法 covered	S: 32.42±0.18 D: 21.80±0.42	S: 29×43，D: 58×30	10
4	2017.09	S35+D25	粤阳东渔 12081YYDY12081	裤网法 trouser	S: 32.42±0.18 D: 21.80±0.42	S: 23×29，D: 81×20	11
4	2017.09	S35+D30	粤阳东渔 12081YYDY12081	裤网法 trouser	S: 32.42±0.18 D: 27.14±0.45	S: 23×29，D: 67×17	10
4	2017.09	S35+D35	粤阳东渔 12081YYDY12081	裤网法 trouser	S: 32.42±0.18 D: 32.42±0.18	S: 23×29，D: 58×14	8
						合计 total	84
注：S. 方形网目；D. 菱形网目　Note: S. square mesh; D. diamond mesh

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表 2 试验渔获产量基本信息

Table 2 Basic information of fish catch

方法 method	网囊 codend	质量/kg mass		质量百分比/% ratio of mass
方法 method	网囊 codend	刀额新对虾 M. ensis	总渔获 total catch	质量百分比/% ratio of mass
套网法 cover	D25	8.80	27.92	31.50
	D30	13.43	45.01	29.83
	S35+D18	9.50	28.53	33.28
	S25+D25	15.36	23.36	65.77
	S30+D25	4.94	33.61	14.70
	S35+D25	20.13	37.60	53.53
裤网法 trouser	S35+D25	18.47	32.47	56.89
	S35+D30	7.18	42.91	16.73
	S35+D35	2.92	23.27	12.53
合计 total		100.73	294.68	34.18

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表 3 刀额新对虾的渔获数量及体长分布

Table 3 Number of M. ensis caught by each codend

网囊 codend	渔获尾数 number of catch		体长范围/mm length range		众数体长/mm modal length
网囊 codend	网囊 codend	套网/对照网 cover/control	网囊 codend	套网/对照网 cover/control	网囊 codend	套网/对照网 cover/control
D25	964	2	53~123	33~58	88~93 (38.38%)
D30	1 698	3	53~113	53~63	83~88 (51.94%)
S35+D18	1 810	28	63~128	63~98	78~83 (37.07%)	73~78 (67.86%)
S25+D25	2 307	384	58~103	28~93	78~83 (48.63%)	43~48 (39.84%)
S30+D25	499	33	63~103	63~98	83~88 (46.49%)	73~78 (42.42%)
[S35+D25]₁	3 008	117	58~118	28~98	78~83 (41.42%)	73~78 (42.74%)
[S35+D25]₂	1 121	1 366	63~133	63~133	83~88 (58.25%)	83~93 (65.37%)
S35+D30	283	270	63~133	73~133	93~103 (55.83%)	93~103 (60.00%)
S35+D35	113	132	63~128	68~133	93~98 (47.79%)	93~98 (46.97%)
合计 total	11 803	2 335
注：[S35+D25]₁. 套网法中的S35+D25网囊；[S35+D25]₂. 裤网法中的S35+D25网囊　Note: [S35+D25]₁. the S35+D25 codend for the covered codend method; [S35+D25]₂. the S35+D25 codend for the trouser trawl method

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表 4 套网法选择性试验参数估算

Table 4 Selective parameters of tested codends with covered codend method

时间 time	网囊 codend	网次 NH	选择性指标 selective index				选择性参数 selective parameter				拟合度 goodness of fit			网次间差异 estimate of REP				尾数 number
时间 time	网囊 codend	网次 NH	L₅₀/ mm	SD	SR/ mm	SD	a	SD	b	SD	D	df	P	Q	d	P	REP	网囊 codend	套网 cover
2014	D25	c-b																964	2
2014	D30	c-b																1 698	3
2015	S35+D18	9	51.25	8.94	16.48	7.20	–6.83	4.14	0.13	0.06	4.295	8	0.83					203	11
2016	S25+D25	2	59.65	5.84	21.51	7.41	–6.09	2.66	0.10	0.04	5.919	7	0.55					137	24
		4	53.89	12.68	50.44	26.94	–2.35	1.79	0.04	0.02	10.608	7	0.16					120	44
		6	53.31	7.79	30.96	11.92	–3.78	1.98	0.07	0.03	6.283	9	0.71					127	31
		9	60.86	1.19	6.05	1.07	–22.12	4.21	0.36	0.06	14.094	14	0.44					367	64
		10	60.94	1.70	5.18	1.21	–25.84	6.39	0.42	0.10	2.288	14	1.00					278	75
		c-b	60.84	1.74	14.31	1.90	–9.34	1.44	0.15	0.02	51.617	14	<0.05	155.94	39	<0.05	4.00	1 029	238
	S30+D25	4	61.48	7.89	11.78	6.01	–11.47	7.25	0.19	0.10	9.811	10	0.46					106	4
		5	63.18	3.47	13.93	3.23	–9.97	2.80	0.16	0.04	8.822	6	0.18					233	17
		c-b	63.21	2.97	12.84	2.66	–10.82	2.70	0.17	0.04	3.657	9	0.93	20.22	21	0.51	0.96	342	21
	S35+D25	1	66.16	1.22	3.56	0.89	–40.86	10.77	0.62	0.15	7.000	11	0.80					443	16
		5	68.58	1.61	7.76	1.83	–19.42	4.92	0.28	0.07	9.946	6	0.13					188	17
		7	62.43	3.45	9.00	2.31	–15.25	4.70	0.24	0.06	22.166	4	<0.05					356	15
		8	65.19	3.10	10.64	2.78	–13.46	4.11	0.21	0.05	14.343	7	0.05					279	18
		9	71.90	3.55	14.86	5.32	–10.63	4.20	0.15	0.05	5.303	6	0.51					40	12
		c-b	64.53	1.15	9.75	1.00	–14.54	1.72	0.23	0.02	37.441	6	<0.05	72.31	71	0.43	1.02	1 306	78
注：NH. 网次；c-b. 联合网次；L₅₀. 50%选择体长；SR. 选择范围；a、b. 选择性参数；SD. 标准差；D. 残差值；dof和d. 自由度；Q. 皮尔逊卡方统计量；REP. 过度离散叠加估算值. 　Note: NH. number of hauls; c-b. combined hauls; L₅₀. 50% retention length; SR. selection range; a and b are selective parameters; SD. standard error; D. value of model deviance; dof and d indicate the degree of freedom; Q. Pearson chi-square statistic; REP. replication estimation of dispersion

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表 5 裤网法选择性试验参数估算

Table 5 Selective parameters of tested codends with trouser trawl method

时间 time	网囊 codend	网次 NH	选择性指标 selective index				选择性参数 selective parameter						拟合度 goodness of fit			网次间差异 estimate of REP				尾数 number
时间 time	网囊 codend	网次 NH	L₅₀/mm	SD	SR/mm	SD	a	SD	b	SD	P	SD	D	df	P	Q	d	P	REP	网囊 codend	对照 control
2017	S35+D25	2	78.16	3.15	3.74	4.45	–45.88	53.61	0.59	0.70	0.41	0.07	8.262	9	0.51					24	43
		3	75.35	3.03	7.17	4.69	–23.08	14.44	0.31	0.20	0.46	0.07	8.968	6	0.18					55	101
		4	73.52	1.40	3.45	2.58	–46.77	34.53	0.64	0.48	0.41	0.03	39.625	10	<0.05					149	244
		6	78.46	7.90	7.46	6.76	–23.12	19.45	0.29	0.27	0.77	0.10	10.982	10	0.36					28	12
		7	72.79	5.32	6.92	7.07	–23.12	22.96	0.32	0.32	0.51	0.06	9.766	8	0.28					54	57
		8	75.98	2.38	8.55	3.66	–19.52	7.89	0.26	0.11	0.54	0.04	47.531	6	<0.05					244	288
		9	73.52	1.47	4.22	3.61	–38.32	32.46	0.52	0.45	0.51	0.03	29.720	7	<0.05					182	193
		11	85.59	4.74	10.74	3.67	–17.51	5.22	0.20	0.07	0.73	0.08	25.517	10	<0.05					116	108
		c-b	75.43	1.36	6.93	2.14	–23.93	7.09	0.32	1.00	0.51	0.03	53.559	12	<0.05	152.00	81	<0.05	1.88	852	1046
	S35+D30	1	78.84	6.40	7.68	8.90	–22.57	25.18	0.29	0.33	0.65	0.08	15.361	8	0.05					30	20
		5	86.79	4.96	6.92	6.25	–27.56	24.11	0.32	0.29	0.50	0.07	9.579	11	0.57					39	48
		7	81.18	3.61	5.01	4.56	–35.60	31.57	0.44	0.40	0.44	0.05	12.484	11	0.33					62	90
		8	88.47	5.70	11.32	7.00	–17.17	9.82	0.19	0.12	0.60	0.08	14.706	11	0.20					64	65
		9	92.09	8.49	9.80	7.41	–20.64	14.18	0.22	0.17	0.71	0.14	5.986	8	0.65					23	19
		c-b	82.38	2.01	6.39	2.72	–28.32	11.68	0.34	0.15	0.52	0.03	14.308	8	0.07	44.21	50	0.70	0.88	218	242
	S35+D35	1	83.59	7.52	8.72	9.18	–21.06	21.32	0.25	0.27	0.55	0.10	10.743	10	0.38					23	24
		2	92.13	8.37	9.62	9.67	–21.03	19.67	0.23	0.23	0.65	0.14	6.200	7	0.52					24	22
		3	110.78	31.97	20.43	19.45	–11.91	8.42	0.11	0.10	0.77	0.29	6.397	9	0.70					17	19
		5	100.52	37.58	29.78	31.29	–7.42	5.58	0.07	0.08	0.65	0.30	10.246	11	0.51					36	47
		c-b	95.39	10.43	20.44	10.51	–10.25	4.44	0.11	0.06	0.64	0.11	11.599	11	0.39	22.73	34	0.93	0.67	100	112

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参考文献(29)

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[4]	杨炳忠, 杨吝, 谭永光, 等. 湛江近海虾拖网虾蟹类渔获组成[J]. 广东农业科学, 2014, 41(4): 152-155. doi: 10.3969/j.issn.1004-874X.2014.04.038
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施引文献(8)

期刊类型引用(7)

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1. 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 DNA提取、PCR扩增和高通量测序
1.3 数据处理和生物信息学分析
2. 结果
2.1 物种组成分析
2.2 多样性分析
2.3 差异性分析
3. 讨论
3.1 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群物种组成及丰度的影响
3.2 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群多样性的影响
3.3 中华鲟健康状态菌群标志物的筛选
4. 结论

1. 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 DNA提取、PCR扩增和高通量测序
1.3 数据处理和生物信息学分析
2. 结果
2.1 物种组成分析
2.2 多样性分析
2.3 差异性分析
3. 讨论
3.1 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群物种组成及丰度的影响
3.2 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群多样性的影响
3.3 中华鲟健康状态菌群标志物的筛选
4. 结论

参考文献(29)

施引文献

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南海区虾拖网网囊对刀额新对虾的选择性研究

作者简介: 杨炳忠(1984 —)，男，助理研究员，从事渔具渔法及选择性研究。E-mail: ybzaaa@163.com

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出版历程

Size selectivity of codend mesh size of shrimp beam trawl for Metapenaeus ensis in South China Sea

1. 材料与方法

1.1 样品采集

1.2 DNA提取、PCR扩增和高通量测序

1.3 数据处理和生物信息学分析

2. 结果

2.1 物种组成分析

2.2 多样性分析

2.3 差异性分析

3. 讨论

3.1 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群物种组成及丰度的影响

3.2 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群多样性的影响

3.3 中华鲟健康状态菌群标志物的筛选

4. 结论

期刊类型引用(7)

其他类型引用(1)

计量

出版历程

目录

1. 材料与方法

1.1 样品采集

1.2 DNA提取、PCR扩增和高通量测序

1.3 数据处理和生物信息学分析

2. 结果

2.1 物种组成分析

2.2 多样性分析

2.3 差异性分析

3. 讨论

3.1 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群物种组成及丰度的影响

3.2 花斑病对中华鲟皮肤黏膜层微生物菌群多样性的影响

3.3 中华鲟健康状态菌群标志物的筛选

4. 结论

作者简介:
杨炳忠(1984 —)，男，助理研究员，从事渔具渔法及选择性研究。E-mail: ybzaaa@163.com