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基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定
马军, 刘嘉鑫, 姜智景, 周永森, 于震豪, 王海山, 陈燕, 陈攀, 黄海
doi: 10.12131/20190147
以密斑刺鲀 (Diodon hystrix) 为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221 762条Unigene序列,N50为2 240 nt,GC含量为46.20 %。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106 221个符合条件的SSR位点,分布于62 451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90%和2.70%。选取SSR长度大于等于20 bp的位点设计了17 563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38%。通过多态性验证,最终获得30对稳定的、可重复性的多态性引物 (占有效扩增引物的31.58%),其中有15对引物表现出高多态性 (PIC>0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力。结果表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础。
关键词: 密斑刺鲀, 转录组, 简单重复序列, 多态性位点