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上川岛至海陵岛海域中华白海豚种群特征初探
李敏, 王新星, 许友伟, 陈涛
2017, 13(5): 1-7. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2017.05.001
珠江口中华白海豚(Sousa chinensis)种群从伶仃洋一直连续分布至上川岛海域。为探究上川岛以西海域是否也有中华白海豚分布,于2013-2015年采用船基截线法在上川岛至海陵岛海域进行了8个航次的考察。结果显示各个航次均有中华白海豚的目击记录,考察期共目击到78群次(约623头次),部分个体有重复目击记录,证实了该海域常年栖息着一定数量的中华白海豚。海豚的目击分布以下川岛、漭洲岛周围水域,以及东平港至庙湾角近岸水域较为集中。海豚的平均目击率与珠江东部河口(伶仃洋)和珠江西部河口区处于同一水平,海豚聚群规模较大并发现有大于30头的超大规模聚群,整体的年龄组成较为年轻化,表明上川岛至海陵岛海域是中华白海豚的重要栖息地,具有较好的保护潜力。
关键词: 中华白海豚, 截线调查, 种群分布, 上川岛, 海陵岛
基于RAD-seq技术的长体圆鲹二、三核苷酸重复微卫星标记开发与评价
孔啸兰, 李敏, 陈作志, 龚玉艳, 张俊, 张鹏
2019, 15(3): 97-103. doi: 10.12131/20180256
通过对长体圆鲹(Decapterus macrosoma)基因组进行RAD-Seq高通量测序,共获得58 180条微卫星序列,选取112条二、三核苷酸重复的微卫星序列设计引物,经筛选后,共获得27个具有多态性的微卫星标记。利用一个长体圆鲹群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。结果显示,27对引物扩增的序列中18个位点为二核苷酸重复,重复次数为9~14次,9个位点为三核苷酸重复,重复次数为6~10次,等位基因数(Na)为5~17 (平均10.6),表观杂合度(Ho)为0.342 9~0.857 1 (平均0.631 7),期望杂合度(He)为0.538 3~0.911 8 (平均0.796 8),多肽信息含量(PIC)为0.497~0.886 (平均0.780 9),除1个位点外,其他位点PIC值均大于0.500,表明开发的微卫星位点具有较高的多态性。“哈迪-温伯格”平衡(HWE)检测结果显示,19个标记等位基因频率符合HWE。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。该研究开发的27个微卫星标记可为长体圆鲹种群遗传学研究提供基础。
关键词: 长体圆鲹, 高通量测序, 微卫星标记
基于线粒体cytb序列的花斑蛇鲻种群遗传结构研究
李敏, 黄梓荣, 许友伟, 陈作志
doi: 10.12131/20190123
利用线粒体细胞色素b (cytochrome b, cytb)基因全序列作为分子标记,分析了中国近海和陆架的花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)的遗传结构特征。从8个采样点266尾样本中共检测到142种单倍型,各个采样点均表现出很高的单倍型多样性(0.925 1~0.992 9)和较低的核苷酸多样性(0.003 145~0.003 852)特征。单倍型的中间连接网络图呈现以4个优势共享单倍型为中心的星状发散结构,未发现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析表明花斑蛇鲻的遗传变异绝大部分(99.79%)来自种群内的个体之间,而群体之间几乎没有贡献遗传变异。成对遗传分化系数(FST)显示花斑蛇鲻群体间基因交流频繁,不存在明显的遗传差异,是一个随机交配群。中性检验表明种群历史动态显著偏离稳定种群模型,核苷酸错配分布表明花斑蛇鲻历史上曾经历过种群的快速扩张,扩张时间推算约在距今(4~10)万年之前。该研究结果表明,中国近海和陆架的花斑蛇鲻遗传分化不显著,在渔业上可以作为一个单元来管理。
关键词: 渔业管理, 种群遗传结构, 分子标记, 底层鱼类, 遗传多样性