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基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定
马军, 刘嘉鑫, 姜智景, 周永森, 于震豪, 王海山, 陈燕, 陈攀, 黄海
doi: 10.12131/20190147
以密斑刺鲀 (Diodon hystrix) 为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221 762条Unigene序列,N50为2 240 nt,GC含量为46.20 %。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106 221个符合条件的SSR位点,分布于62 451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90%和2.70%。选取SSR长度大于等于20 bp的位点设计了17 563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38%。通过多态性验证,最终获得30对稳定的、可重复性的多态性引物 (占有效扩增引物的31.58%),其中有15对引物表现出高多态性 (PIC>0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力。结果表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础。
关键词: 密斑刺鲀, 转录组, 简单重复序列, 多态性位点
几种海藻多糖抗氧化活性及体外抗脂质过氧化作用的研究
马军, 侯萍, 陈燕, 黄娟华, 张洪业, 王珊宁, 黄海
2017, 13(6): 97-104. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2017.06.012
为了探讨不同海藻多糖抗氧化活性的差异, 对琼枝(Betaphycus gelatinae)、石莼(Ulva lactuca)、匍枝马尾藻(Sargassum polycystum)、南方团扇藻(Padina australis)和棒叶蕨藻(Caulerpa sertularioides)的粗多糖的自由基清除及脂质过氧化抑制能力进行了研究。结果表明,5种海藻多糖的抗氧化活性存在明显的差异性,南方团扇藻和匍枝马尾藻多糖具有较强的还原力,对超氧阴离子和羟自由基均有较强的清除活性,其中南方团扇藻多糖对超氧阴离子清除活性较强[半抑制浓度(IC50)为(262.00±24.60) μg·mL-1],明显高于匍枝马尾藻多糖[IC50=(458.00±18.70) μg·mL-1],对羟自由基的清除活性[IC50=(388.00±45.29) μg·mL-1]与匍枝马尾藻多糖相近[IC50=(312.04±37.42) μg·mL-1],匍枝马尾藻多糖对DPPH的清除能力[IC50=(95.80±7.48) μg·mL-1]显著高于其他4种海藻多糖,而南方团扇藻多糖对DPPH的清除能力较差[IC50=(726.00±54.90) μg·mL-1]。通过体外抗脂质过氧化作用研究发现,南方团扇藻多糖对肝细胞膜脂质氧化有较高的抑制能力[IC50=(283.67±44.14) μg·mL-1],并且对过氧化氢诱导的红细胞溶解有一定的保护能力IC50=(335.50±22.47) μg·mL-1]。
关键词: 海藻多糖, 抗氧化, 自由基, 脂质过氧化, 溶血保护