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凡纳滨对虾不同世代生长性状的变异
童馨, 龚世圆, 喻达辉, 杜博, 黄桂菊, 李莉好, 郭奕惠, 李色东
2007, 3(6): 30-33.
对从美国进口选育的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)海南群体(进口亲虾繁育的第1世代,G1)、山东和饶平群体(G2)、湛江2和湛江3群体(G3)、湛江1和上海群体(G4)共7个养殖群体4个世代1150个个体的生长性状体长和体重进行了分析。7个群体的平均体长(范围)分别为14.76(13.25~15.99)、8.46(6.28~10.48)、9.24(4.28~10.70)、7.75(5.13~9.36)、11.38(8.13~14.12)、5.25(3.47~6.83)和7.14(4.14~9.00),变异系数分别为0.04、0.08、0.08、0.09、0.12、0.14、0.14,平均体重(范围)分别为33.41(24.33~39.74)、5.19(1.80~9.68)、6.95(3.18~11.34)、4.62(1.52~9.87)、15.03(6.00~26.96)、1.47(0.48~3.42)、3.29(0.49~6.20),变异系数分别为0.10、0.23、0.21、0.27、0.32、0.39、0.36。体长和体重的变异系数随着繁育世代的增加而增加,其中体重的变异系数每繁殖1代增加10%,其第1代的变异系数与美国选育的亲本群体相同。体长、体重相关与回归分析表明,体长与体重相关极显著(P0.01),体长和体重的回归方程为W=0.01L2.93。表明随着繁育世代的增加,生长性状逐代分化。
关键词: 凡纳滨对虾, 生长性状, 变异系数, 养殖群体
吉富罗非鱼不同选育群体的遗传多样性
李莉好, 喻达辉, 黄桂菊, 杜博, 符云, 童馨, 郭奕惠, 叶卫
2007, 3(5): 40-48.
用微卫星和扩增片段长度多态(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星:FST为0.07~0.11,P0.01;AFLP:FST 为0.24~0.29,P0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。
关键词: 吉富罗非鱼, 遗传多样性, 遗传分化, 微卫星DNA, 扩增片段长度多态(AFLP)
合浦珠母贝3个家系的AFLP标记分离与遗传多样性研究
王小玉, 喻达辉, 黄桂菊, 郭奕惠, 杜博, 龚世园, 王爱民
2007, 3(5): 54-60.
对AFLP标记在合浦珠母贝(Pinctada fucata)印度家系(印度贝♀印度贝♂,PII)、杂交家系(三亚贝♀印度贝♂,PSI)和三亚家系(三亚贝♀三亚贝♂,PSS)的遗传分离及3个家系的遗传多样性进行了分析。3对引物共产生57个位点,分离位点比例为57.4%~87.7%,符合孟德尔规律的分离位点为70.0%~71.0%;1:1分离位点占总分离位点的24.0%~45.2%,其中杂交家系的比例最高。3个家系的多态位点比例为93.0%~100.0%,总基因多样性为0.460。家系内的基因多样性为PII 0.434,PSI 0.331,PSS 0.366,平均为0.3770.030。家系间的遗传分化显著(GST=0.180)。遗传距离分析表明,PSI与PSS之间的遗传距离最大(0.157),PII与PSS之间的遗传距离最小(0.121)。UPGMA系统树表明,PII和PSS的亲缘关系较近,而PSI与这2个家系较远。上述结果表明,第一代家系的遗传多样性仍很高,但家系之间的遗传分化较大。该研究结果对育种过程中遗传资源管理具有一定指导作用。
关键词: 合浦珠母贝家系, AFLP分子标记, 基因多样性, 遗传分化
合浦珠母贝全同胞家系贝壳珍珠质颜色分析
吴曼, 刘宝锁, 黄桂菊, 陈明强,  郭奕惠, 陈素文, 喻达辉
2014, 10(6): 44-50. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2014.06.006
合浦珠母贝(Pinctada fucata)小片贝的珍珠质颜色直接影响育珠贝所产珍珠的颜色。每个合浦珠母贝的珍珠质颜色都有自己的颜色特征值,即三刺激值和颜色参数。试验选择16个合浦珠母贝全同胞家系,用CSE成像分析色度系统测量并比较各家系左壳内侧外缘珍珠质颜色参数Lab和三刺激值,以筛选适合做插核小片贝的家系。珍珠质的颜色参数明度(L)为98.586~105.234,其中F16家系的明度最大,F3家系的明度最小;a(红绿色品)为-0.967~-6.577,b(黄蓝色品)为5.915~11.237,F14家系色品最偏向于绿色(-a),F16家系色品最偏向于黄色(b)。F3和F14家系贝壳外缘珍珠质的色差(Eab)最大(7.885),肉眼能明显觉察。16个家系的合浦珠母贝都属于白色系列,其中离白光中心最近(a2+b2最小)且个体颜色集中的F1家系最适合用作小片贝来选育培养。
关键词: 合浦珠母贝, 珍珠, 小片贝, 珍珠质颜色
育珠对合浦珠母贝N19和Prismalin-14基因表达水平的影响
龙敏明, 黄桂菊, 邹记兴, 郭奕惠, 范嗣刚, 刘宝锁, 喻达辉
2013, 9(5): 58-63. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2013.05.010
为探讨育珠对壳基质蛋白基因表达的影响,开展了合浦珠母贝(Pinctada fucata)N19和Prismalin-14基因在育珠贝和非育珠贝中的荧光定量表达研究。结果显示,N19和Prismalin-14在育珠贝与非育珠贝的闭壳肌、肝胰脏、性腺、肠、鳃等组织中均无表达,在外套膜均有表达;N19在珍珠囊表达,而Prismalin-14则不表达。N19与Prismalin-14在育珠贝外套膜的表达量均大于非育珠贝,表明育珠可能对某些壳基质蛋白的表达具有一定的促进作用。其中Prismalin-14在育珠贝外套膜的表达量最高(P0.01),是非育珠贝外套膜Prismalin-14的1.23倍,是育珠贝外套膜N19的25.04倍,是非育珠贝外套膜N19的41.04倍,推测珍珠贝在生长过程中,对Prismalin-14的需求量可能比N19大。N19在育珠贝珍珠囊中表达量最高(P0.01),是育珠贝N19外套膜的11.58倍,是非育珠贝外套膜的18.97倍,推测在珍珠形成的过程中,对N19的需求量可能比贝壳自身生长对N19的需求量大。
关键词: 壳基质蛋白, 实时荧光定量PCR, 组织表达, 育珠
瓶鼻海豚、中华白海豚和糙齿海豚线粒体16SrRNA基因的序列分析
李莉好, 郭奕惠, 黄桂菊, 江世贵, 贾晓平, 喻达辉
2007, 3(4): 38-45.
采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增瓶鼻海豚、中华白海豚和糙齿海豚的线粒体DNA 16S rRNA基因,获得了大约600 bp的片段。扩增产物直接测序,去除引物序列后分别获得515、519和529 bp的核苷酸片段。碱基组成平均为T 25.8%,C 20.7%,A 32.1%,G 21.4%,GC含量为 42.1%。与35种鲸豚类的55条同源序列比对,去除部分端部序列后得到497个比对位点,包括14个插入/缺失位点和127个变异位点(104个简约信息位点,23个单突变子)。序列比较表明,我国水域的瓶鼻海豚和中华白海豚与国外种存在一定的差异。NJ聚类分析结果与目前的主流观点基本相同,即须鲸亚目形成单系群而齿鲸亚目则为多系群,后者包括海豚总科、抹香鲸总科、喙鲸总科和淡水豚总科。其中抹香鲸总科与须鲸亚目聚合在一起,然后与海豚总科聚合再与喙鲸总科相聚。淡水豚总科为一并系群并处于整个鲸豚类的基部,其中恒河豚科是最早分化的一支。但在海豚总科中,鼠海豚科的江豚则与一角鲸科的白鲸聚合一起,与形态分类不同。
关键词: 海豚, 16S rRNA, 序列分析, 分子系统学
合浦珠母贝选育家系的遗传多样性分析
范嗣刚, 王婧璇, 黄桂菊, 刘宝锁, 郭奕惠, 喻达辉1
2016, 12(5): 90-96. doi: 10.3969/j.issn.2095-0780.2016.05.011
该研究选取具有多态性的6对微卫星引物对构建的2批合浦珠母贝(Pinctada fucata)完全双列杂交家系的遗传多样性进行了分析。6个微卫星标记在9个家系360个个体中共检测到32个等位基因, 有效等位基因(Ne)为1.758 7~3.586 5, 观测杂合度(Ho)为0.144 4~0.488 9, 期望杂合度(He)为0.432 0~0.722 2, Shannon 指数(I)为0.691 9~1.507 4。9个家系都有单态位点, 平均Ho为0.129 2~0.466 7, 平均He为0.155 0~0.439 6,平均I为0.248 5~0.712 2。有19个位点(占35.19% )极显著地偏离Hardy-Weinberg平衡。各家系之间的遗传距离为0.109 0~1.137 2, 遗传相似性系数为0.320 7~0.896 8。家系L4B46与L4B48的遗传距离最大, 与D3D313的遗传距离最小。UPGMA法聚类分析显示, 9个家系分为3 支, L4B48 单独成一支, B4D426、B4D427 与D4B445聚成一支, 其余家系聚成一支。该研究结果为合浦珠母贝家系选择育种的亲本选择与交配设计提供了科学依据。
关键词: 合浦珠母贝, 家系选育, 微卫星, 遗传多样性, 交配设计
RAPD标记在合浦珠母贝家系F1代的分离方式
喻达辉, 王小玉, 郭奕惠, 黄桂菊, 王爱民
2005, 1(6): 1-7.
对RAPD标记在合浦珠母贝F1代全同胞家系共27个样品中的分离方式进行了研究。从21条RAPD随机引物中筛选了8条引物用于扩增分析,结果共扩增出49个位点,其中正常位点47个(95.9%),异常位点2个(4.1%),即子代有扩增带而双亲无。47个正常位点中3个位点在F1中不分离(6.4%), 44个位点发生分离(93.6%,即多态位点)。卡方检验表明,44个分离位点中32个符合孟德尔分离规律(72.7%),12个位点发生偏分离(27.3%)。符合孟德尔分离位点中按1:1分离位点占43.8%,3:1分离位点占56.2%,其中,父本特有标记、母本特有标记和双亲共有标记分别占28.2%,15.6%和56.2%,父本特有标记略多于母本特有标记。根据双假测交理论,1:1分离位点是构建F1代家系的作图位点。较高的1:1分离位点表明,利用RAPD标记构建合浦珠母贝遗传连锁图谱是可行的。
关键词: 全同胞家系, F1代, 孟德尔遗传, 基因型, 多态性
珍珠贝基于16S rRNA基因序列的亲缘关系研究
黄桂菊, 喻达辉, 郭奕惠, 曲妮妮
2009, 5(6): 47-53. doi: 10.3969/j.issn.1673-2227.2009.06.009
利用PCR技术分别扩增合浦珠母贝(Pinctada fucata)、长耳珠母贝(P.chemnitzi)和企鹅珍珠贝(Pteria penguin)的16S rRNA基因片段,PCR产物直接测序,删去引物及部分端部序列后,得到439 bp可供分析的核苷酸片段,用MEGA 3.1软件分析了核苷酸差异。结果表明,合浦珠母贝种内个体间序列完全相同,长耳珠母贝种内个体间有2个颠换(Transversion)突变位点,而企鹅珍珠贝种内个体间有1个转换(Transision)突变位点,5个颠换(Transversion)突变位点。与GenBank数据库中其他9种珍珠贝的序列进行比较,得到464个同源比对位点,包括51个插入/缺失位点和231个变异位点(173个简约信息位点和53个单突变子)。合浦珠母贝与长耳珠母贝的同源性为83.2%,合浦珠母贝、长耳珠母贝与企鹅珍珠贝的同源性分别为55.4%和59%。NJ系统进化树表明合浦珠母贝和长耳珠母贝与珠母贝属的种类聚在一起,而企鹅珍珠贝与珍珠贝属的种类聚在一起,与形态学分类一致。
关键词: 珍珠贝, 16S rRNA基因, 序列分析
7种珍珠贝RAPD鉴别标记的初步研究
王小玉, 喻达辉, 郭奕惠, 黄桂菊, 龚世园
2006, 2(1): 18-22.
采用RAPD分子标记技术对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、黑珠母贝、白珠母贝、合浦珠母贝、长耳珠母贝和珍珠贝属的企鹅珍珠贝的基因组DNA的特异性遗传标记进行分析。从21个OPM和S系列中筛选出4个引物,共扩增出57个位点,每条引物平均产生143个位点。扩增片段大小在250~2000bp间,平均每种贝每条引物产生49条带。其中引物S10对7种珍珠贝的RAPD产物呈现出物种的特异性,可同时将7种珍珠贝分开,其余引物可以将2种或2种以上的珍珠贝区别开来。引物S10可以作为种间鉴定的标记。
关键词: 种类鉴定, 珠母贝属, 珍珠贝属, 分子标记, 随机扩增多态DNA
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