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中国、日本和澳大利亚珍珠贝的ITS2序列特征分析

喻达辉 李有宁 吴开畅

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中国、日本和澳大利亚珍珠贝的ITS2序列特征分析

    作者简介: 喻达辉,男,副研究员,从事海洋生物技术研究。E-mail:yudh231@21cn.com;
  • 基金项目: 国家863重大项目(2002AA603022)
    广东省科技计划项目(2002B2150101)
    广东省自然科学基金项目(037148)

Analysis on sequence variation of ITS 2 rDNA in Pinctada fucata from China, Japan and Australia

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出版历程
  • 收稿日期:  2005-04-11
  • 刊出日期:  2005-05-30

中国、日本和澳大利亚珍珠贝的ITS2序列特征分析

    作者简介:喻达辉,男,副研究员,从事海洋生物技术研究。E-mail:yudh231@21cn.com
  • 1. 中国水产科学研究院南海水产研究所,广东 广州 510300
基金项目:  国家863重大项目(2002AA603022)广东省科技计划项目(2002B2150101)广东省自然科学基金项目(037148)

摘要: 对中国、日本和澳大利亚的珍珠贝核糖体DNA第二内部转录间隔子(ITS 2)的序列特征进行了分析。PCR扩增产物包括5.8 S基因部分序列、ITS 2基因和28 S基因部分序列。去除引物序列后5.8 S基因片段长64 bp,ITS 2长230~237 bp,28 S基因片段长249 bp。共分析了16个基因型的序列特征,结果表明,5.8 S和28 S基因片段高度保守,仅28 S有1个碱基位点突变;而ITS 2变异大,237个比对位点中有20个位点发生突变,其中12个位点为缺失/插入突变,4个简约信息位点。在碱基组成中,5.8 S和28 S的GC含量(58.1%~59.4%)高于AT含量,也高于ITS 2的GC含量(51.3%~52.0%),ITS 2的GC含量与AT含量相差不大。碱基组成中5.8 S的A碱基含量较低,28 S的T碱基含量较低,存在较大的碱基偏倚性。3个地理群体内和群体间的遗传距离都很小(0.010~0.013),且相互重叠。从基因型数据看,3个群体既有各自独立的基因型,也有共享基因型。但从序列的碱基变异数据看,3个群体没有各自独有的突变位点。上述结果表明,3个地理群体既具有丰富的遗传多样性,又具有高度的遗传一致性,即亲缘关系近,可能存在基因交流,或者分化时间不长。丰富的遗传多样性有利于合浦珠母贝的遗传选育。

English Abstract

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