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基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究

赵彦花 区又君 温久福 李加儿 周慧

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基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究

    作者简介: 赵彦花(1990—),女,硕士研究生,从事鱼类种质资源鉴定及基础生物学研究。E-mail:zyhrenata@163.com;
    通讯作者: 区又君, ouyoujun@126.com
  • 中图分类号: S 917.4

Analysis of genetic diversity of Bahaba flavolabiata based on microsatellite markers

    Corresponding author: Youjun OU, ouyoujun@126.com ;
  • CLC number: S 917.4

  • 摘要: 文章利用微卫星标记对珠江口海域19个黄唇鱼DNA样品进行了遗传多样性研究,以期为黄唇鱼的种质鉴定和保育等研究奠定基础。结果显示,29个微卫星位点的等位基因数(Na)分别为2~7个,等位基因总数为121个,平均等位基因数为4.17个。有效等位基因数(Ne)在1.060 6~6.056 1之间,总和为85.205 0。平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别为0.659 3和0.597 3。多态性信息含量PIC值在0.055 5~0.813 7之间,平均值为0.542 3,其中19个位点表现出高度多态性。5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(校正P≤0.036)。基因丰富度Rs在2~6.976之间,总和为119.638。基因多样性(GD)在0.059~0.856之间。这些数据显示黄唇鱼群体遗传多样性水平处于较高水平。
  • 图 1  黄唇鱼双重荧光PCR的产物电泳图

    Figure 1.  Electrophoretogram of fluorescent double-plex PCR of B. flavolabiat

    图 2  黄唇鱼微卫星引物在个体中的等位基因峰图

    Figure 2.  Electropherogram peaks of microsatellite primers in B. flavolabiat

    表 1  29对黄唇鱼微卫星引物的信息

    Table 1.  Information of 29 pairs of microsatellite primers of B. flavolabiat

    位点
    locus
    正向引物(F)
    forward primer
    反向引物(R)
    reverse primer
    条带大小/bp
    size range
    退火温度/℃
    annealing temperature
    SLN01 tgcgtgtctgtgtttcttgtatt accaacgtttcattttcacaaac 155 58
    SLN03 aaaaatcagtctggggtttcttc aggacgtccagagtgagaattta 135 58
    SLN05 ttcctgttatcggacacaagatt tcgccgcttattattatacacaac 100 58
    SLN07 gaaaacccaaacagacagacaag gaacacagaactctgaggaggac 106 58
    SLN09 cctcgagttcatcagccaat atgacgagtttgcagctaaaatg 148 58
    SLN11 agcttattaggctgagcattgtg gaatggttttcatttctctgcac 143 58
    SLN12 gcagagcactgaattgaaatagg aggaaaatgcaaaacgagtctta 160 58
    SLN14 tttgccataacttgtctgtgttg ctatggagcatctcccagcc 159 58
    SLN16 cagcaaataaagaaggcacagac ctctcctttcttttcctctcacc 151 58
    SLN17 ccatgcacacatacagttgttct gggtctggtaggtaggtaatgga 146 58
    SLN18 caaattcattacaaaagcagtatcca taaaaaccagagtgcgagttacc 159 58
    SLN19 gcgaaaagagcagaaagacg cgacatcttcgaaccaaaactac 153 58
    SLN20 gctgtgactttgagtcattttct tggcagaaatttatgttttcatt 160 58
    SLN21 gttgtctcaaatgctgtgttttg catgttcagacacatatcccaga 130 58
    SLN22 acactagctgtcatgtggctctc tttttgttttgcacctcatacct 141 58
    SLN24 ttctaccacgccaggtaacac ccgaataactatggggagaaagt 89 58
    SLN25 cacaacactccaaatcctttttc aggtcctctcacacactgaagag 157 58
    SLN26 ccagtggctggatgtcagtag atctctccacagcaataaggtca 135 58
    SLN29 agcctcgacacactctgaagac ccaaagactcgaagacagagtga 120 58
    SLN31 cattggcaacctttgacttagac gaggaggatagcataggagaagg 145 58
    SLN32 ttaatctgtggaaaaactgagcc gggaccagtctgtaaaatgagtt 146 58
    SLN33 acatgatcgacacatgacacaac gtcacgtctctgtgaggagagat 104 58
    SLN34 agctcaagacaaacaaaaagctg ggataaaattgtgtccagtcagg 156 58
    SLN35 tagggatgtaaggggaaacttgt acatttgataagcaactgccatt 156 58
    SLN38 gacgaagagagacgaagagtcaa gttacatttgagccaaccaacat 150 58
    SLN42 aagccattaagtgggaaataagc cgactctgcctcatttatcaagt 156 58
    SLN44 ctttgtcactggcgacatctagt accctgtctcagtagcacacatt 151 58
    SLN45 actgaagtgaccaatcacagagg taaaccgatcgtctgaaggaat 130 58
    SLN46 cagagtccagaacattttgatcc tactctgcagaccatactgtcca 160 58
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    表 2  黄唇鱼29个微卫星位点的遗传多样性

    Table 2.  Genetic diversity statistics in 29 microsatellite loci of B. flavolabiat

    位点locus N Na Ne Ho He PHWE PIC Rs GD
    SLN24 15 4 2.432 4 0.200 0 0.588 9 0.033 0.502 6 4 0.624
    SLN32 19 2 1.870 5 0.526 3 0.465 4 0.568 0.357 1 2 0.477
    SLN09 16 7 4.531 0 0.562 5 0.779 3 0.112 0.747 1 6.875 0.813
    SLN05 18 7 6.056 1 0.944 4 0.834 9 0.469 0.813 7 6.976 0.856
    SLN16 17 7 3.753 2 1.000 0 0.733 6 0.174 0.702 5 6.86 0.748
    SLN07 19 3 2.714 3 0.894 7 0.631 6 0.015 0.558 1 3 0.642
    SLN44 19 4 2.787 6 0.736 8 0.641 3 0.117 0.576 8 3.992 0.656
    SLN29 18 7 4.263 2 0.944 4 0.765 4 0.405 0.735 6 6.804 0.783
    SLN45 16 3 2.497 6 0.937 5 0.599 6 0.061 0.515 1 3 0.599
    SLN19 18 5 3.192 1 0.944 4 0.686 7 0.212 0.641 7 4.833 0.699
    SLN01 19 6 3.902 7 0.894 7 0.743 8 0.626 0.707 5 5.952 0.76
    SLN03 18 2 1.456 2 0.388 9 0.313 3 0.306 0.264 2 2 0.32
    SLN34 17 2 1.972 7 0.647 1 0.493 1 0.198 0.371 5 2 0.504
    SLN26 19 4 2.569 4 0.684 2 0.610 8 0.000 0.556 4 3.96 0.626
    SLN42 17 2 1.060 6 0.058 8 0.057 1 0.901 0.055 5 1.882 0.059
    SLN22 19 4 3.721 6 0.947 4 0.731 3 0.135 0.681 6 4 0.746
    SLN25 19 5 4.247 1 0.894 7 0.764 5 0.061 0.727 5 4.999 0.782
    SLN12 18 4 2.242 2 0.333 3 0.554 0 0.036 0.498 5 3.973 0.577
    SLN11 18 4 2.347 8 0.444 4 0.574 1 0.000 0.500 3 3.952 0.595
    SLN20 16 4 2.048 0 0.437 5 0.511 7 0.585 0.461 1 3.938 0.531
    SLN31 19 3 2.181 3 0.473 7 0.541 6 0.849 0.457 5 2.993 0.558
    SLN46 19 6 5.084 5 1.000 0 0.803 3 0.117 0.776 8 5.999 0.82
    SLN14 19 3 2.766 3 0.684 2 0.638 5 0.654 0.563 5 3 0.655
    SLN17 19 3 1.464 5 0.368 4 0.317 2 0.809 0.294 0 2.992 0.325
    SLN18 16 6 3.122 0 0.750 0 0.679 7 0.736 0.641 5 5.875 0.7
    SLN21 19 3 2.533 3 0.684 2 0.605 3 0.336 0.521 2 3 0.62
    SLN35 19 4 2.329 0 0.631 6 0.570 6 0.627 0.493 3 3.783 0.585
    SLN33 19 2 1.429 7 0.368 4 0.300 6 0.325 0.255 4 2 0.307
    SLN38 19 5 4.628 2 0.736 8 0.783 9 0.055 0.748 9 5 0.807
    平均 average 0.659 3 0.597 3 0.542 3
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出版历程
  • 收稿日期:  2018-11-26
  • 录用日期:  2019-03-27
  • 网络出版日期:  2019-05-07

基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究

    作者简介:赵彦花(1990—),女,硕士研究生,从事鱼类种质资源鉴定及基础生物学研究。E-mail:zyhrenata@163.com
    通讯作者: 区又君, ouyoujun@126.com
  • 1. 中国水产科学研究院南海水产研究所,农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东 广州 510300
  • 2. 水产科学国家级实验教学示范中心,上海海洋大学水产与生命学院,上海 201306

摘要: 文章利用微卫星标记对珠江口海域19个黄唇鱼DNA样品进行了遗传多样性研究,以期为黄唇鱼的种质鉴定和保育等研究奠定基础。结果显示,29个微卫星位点的等位基因数(Na)分别为2~7个,等位基因总数为121个,平均等位基因数为4.17个。有效等位基因数(Ne)在1.060 6~6.056 1之间,总和为85.205 0。平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别为0.659 3和0.597 3。多态性信息含量PIC值在0.055 5~0.813 7之间,平均值为0.542 3,其中19个位点表现出高度多态性。5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(校正P≤0.036)。基因丰富度Rs在2~6.976之间,总和为119.638。基因多样性(GD)在0.059~0.856之间。这些数据显示黄唇鱼群体遗传多样性水平处于较高水平。

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